FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8339, 310 aa
  1>>>pF1KB8339 310 - 310 aa - 310 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8549+/-0.000848; mu= 9.6994+/- 0.051
 mean_var=111.4415+/-22.077, 0's: 0 Z-trim(110.4): 57  B-trim: 3 in 1/51
 Lambda= 0.121493
 statistics sampled from 11524 (11580) to 11524 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.356), width:  16
 Scan time:  2.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1214.1 USF1 gene_id:7391|Hs108|chr1            ( 310) 2006 361.9 3.6e-100
CCDS12453.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19          ( 279)  756 142.8   3e-34
CCDS12452.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19          ( 346)  756 142.8 3.5e-34
CCDS82329.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19          ( 215)  681 129.6 2.2e-30


>>CCDS1214.1 USF1 gene_id:7391|Hs108|chr1                 (310 aa)
 initn: 2006 init1: 2006 opt: 2006  Z-score: 1911.9  bits: 361.9 E(32554): 3.6e-100
Smith-Waterman score: 2006; 100.0% identity (100.0% similar) in 310 aa overlap (1-310:1-310)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MKGQQKTAETEEGTVQIQEGAVATGEDPTSVAIASIQSAATFPDPNVKYVFRTENGGQVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MKGQQKTAETEEGTVQIQEGAVATGEDPTSVAIASIQSAATFPDPNVKYVFRTENGGQVM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YRVIQVSEGQLDGQTEGTGAISGYPATQSMTQAVIQGAFTSDDAVDTEGTAAETHYTYFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YRVIQVSEGQLDGQTEGTGAISGYPATQSMTQAVIQGAFTSDDAVDTEGTAAETHYTYFP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 STAVGDGAGGTTSGSTAAVVTTQGSEALLGQATPPGTGQFFVMMSPQEVLQGGSQRSIAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 STAVGDGAGGTTSGSTAAVVTTQGSEALLGQATPPGTGQFFVMMSPQEVLQGGSQRSIAP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 RTHPYSPKSEAPRTTRDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCSMESTKSGQSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RTHPYSPKSEAPRTTRDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCSMESTKSGQSK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 GGILSKACDYIQELRQSNHRLSEELQGLDQLQLDNDVLRQQVEDLKNKNLLLRAQLRHHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GGILSKACDYIQELRQSNHRLSEELQGLDQLQLDNDVLRQQVEDLKNKNLLLRAQLRHHG
              250       260       270       280       290       300

              310
pF1KB8 LEVVIKNDSN
       ::::::::::
CCDS12 LEVVIKNDSN
              310

>>CCDS12453.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19               (279 aa)
 initn: 909 init1: 749 opt: 756  Z-score: 728.4  bits: 142.8 E(32554): 3e-34
Smith-Waterman score: 891; 51.2% identity (73.6% similar) in 303 aa overlap (4-304:22-273)

                                 10        20         30        40 
pF1KB8                   MKGQQKTAETEEGTVQIQEGAVATG-EDPTSVAIASIQSAAT
                            ..:  :.::: :..:::. . : :. :.:::.:.:.:: 
CCDS12 MDMLDPGLDPAASATAAAAASHDKGPEAEEG-VELQEGGDGPGAEEQTAVAITSVQQAA-
               10        20        30         40        50         

              50         60        70        80        90       100
pF1KB8 FPDPNVKYVFRTE-NGGQVMYRVIQVSEGQLDGQTEGTGAISGYPATQSMTQAVIQGAFT
       : : :..: :::: ::::                                  ::::. :.
CCDS12 FGDHNIQYQFRTETNGGQ----------------------------------AVIQNPFS
       60        70                                          80    

              110       120       130       140       150       160
pF1KB8 SDDAVDTEGTAAETHYTYFPSTAVGDGAGGTTSGSTAAVVTTQGSEALLGQATPPGTGQF
       .  .  .:....:....:::...:::        .::  :..: ..    :.   : :::
CCDS12 NGGSPAAEAVSGEARFAYFPASSVGD--------TTA--VSVQTTD----QSLQAG-GQF
           90       100       110                 120              

              170       180       190       200       210       220
pF1KB8 FVMMSPQEVLQGGSQRSIAPRTHPYSPKSEAPRTTRDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIV
       .:::.::.::: :.::.::::::::::: .. :: :::.:::::::::::::::::::::
CCDS12 YVMMTPQDVLQTGTQRTIAPRTHPYSPKIDGTRTPRDERRRAQHNEVERRRRDKINNWIV
     130       140       150       160       170       180         

              230       240       250       260       270       280
pF1KB8 QLSKIIPDCSMESTKSGQSKGGILSKACDYIQELRQSNHRLSEELQGLDQLQLDNDVLRQ
       :::::::::. ...:.: :::::::::::::.::::.:.:..: ..  ..::.::..:::
CCDS12 QLSKIIPDCNADNSKTGASKGGILSKACDYIRELRQTNQRMQETFKEAERLQMDNELLRQ
     190       200       210       220       230       240         

              290       300       310
pF1KB8 QVEDLKNKNLLLRAQLRHHGLEVVIKNDSN
       :.:.:::.: ::::::..:.::.:      
CCDS12 QIEELKNENALLRAQLQQHNLEMVGEGTRQ
     250       260       270         

>>CCDS12452.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19               (346 aa)
 initn: 1000 init1: 749 opt: 756  Z-score: 727.0  bits: 142.8 E(32554): 3.5e-34
Smith-Waterman score: 1005; 51.5% identity (74.7% similar) in 336 aa overlap (4-304:22-340)

                                 10        20         30        40 
pF1KB8                   MKGQQKTAETEEGTVQIQEGAVATG-EDPTSVAIASIQSAAT
                            ..:  :.::: :..:::. . : :. :.:::.:.:.:: 
CCDS12 MDMLDPGLDPAASATAAAAASHDKGPEAEEG-VELQEGGDGPGAEEQTAVAITSVQQAA-
               10        20        30         40        50         

              50         60        70        80              90    
pF1KB8 FPDPNVKYVFRTE-NGGQVMYRVIQVSEGQLDGQTEGTGAISGYPAT------QSMTQ--
       : : :..: :::: ::::: :::.::..:::::: . .::.:   ..      :..::  
CCDS12 FGDHNIQYQFRTETNGGQVTYRVVQVTDGQLDGQGDTAGAVSVVSTAAFAGGQQAVTQVG
       60        70        80        90       100       110        

                                     100       110       120       
pF1KB8 -------------------------AVIQGAFTSDDAVDTEGTAAETHYTYFPSTAVGDG
                                ::::. :..  .  .:....:....:::...::: 
CCDS12 VDGAAQRPGPAAASVPPGPAAPFPLAVIQNPFSNGGSPAAEAVSGEARFAYFPASSVGD-
      120       130       140       150       160       170        

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB8 AGGTTSGSTAAVVTTQGSEALLGQATPPGTGQFFVMMSPQEVLQGGSQRSIAPRTHPYSP
              .::  :..: ..    :.   : :::.:::.::.::: :.::.::::::::::
CCDS12 -------TTA--VSVQTTD----QSLQAG-GQFYVMMTPQDVLQTGTQRTIAPRTHPYSP
              180             190        200       210       220   

       190       200       210       220       230       240       
pF1KB8 KSEAPRTTRDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCSMESTKSGQSKGGILSKA
       : .. :: :::.::::::::::::::::::::::::::::::. ...:.: :::::::::
CCDS12 KIDGTRTPRDERRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCNADNSKTGASKGGILSKA
           230       240       250       260       270       280   

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB8 CDYIQELRQSNHRLSEELQGLDQLQLDNDVLRQQVEDLKNKNLLLRAQLRHHGLEVVIKN
       ::::.::::.:.:..: ..  ..::.::..::::.:.:::.: ::::::..:.::.:   
CCDS12 CDYIRELRQTNQRMQETFKEAERLQMDNELLRQQIEELKNENALLRAQLQQHNLEMVGEG
           290       300       310       320       330       340   

       310
pF1KB8 DSN
          
CCDS12 TRQ
          

>>CCDS82329.1 USF2 gene_id:7392|Hs108|chr19               (215 aa)
 initn: 762 init1: 672 opt: 681  Z-score: 659.1  bits: 129.6 E(32554): 2.2e-30
Smith-Waterman score: 681; 53.6% identity (77.3% similar) in 207 aa overlap (102-304:9-209)

              80        90       100       110       120           
pF1KB8 DGQTEGTGAISGYPATQSMTQAVIQGAFTSDDAVDTEGTAAETHYTYFPSTAVG----DG
                                     : :... ..:: .:    : .  :    .:
CCDS82                       MDMLDPGLDPAASATAAAAASH-DKGPEAEEGVELQEG
                                     10        20         30       

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB8 AGGTTSGSTAAVVTTQGSEALLGQATPPGTGQFFVMMSPQEVLQGGSQRSIAPRTHPYSP
       . :  .   .::. :. ..: .:. .     :: .  .     : :.::.::::::::::
CCDS82 GDGPGAEEQTAVAITSVQQAAFGDHNIQ--YQFRTETNGG---QTGTQRTIAPRTHPYSP
        40        50        60          70           80        90  

       190       200       210       220       230       240       
pF1KB8 KSEAPRTTRDEKRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCSMESTKSGQSKGGILSKA
       : .. :: :::.::::::::::::::::::::::::::::::. ...:.: :::::::::
CCDS82 KIDGTRTPRDERRRAQHNEVERRRRDKINNWIVQLSKIIPDCNADNSKTGASKGGILSKA
            100       110       120       130       140       150  

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB8 CDYIQELRQSNHRLSEELQGLDQLQLDNDVLRQQVEDLKNKNLLLRAQLRHHGLEVVIKN
       ::::.::::.:.:..: ..  ..::.::..::::.:.:::.: ::::::..:.::.:   
CCDS82 CDYIRELRQTNQRMQETFKEAERLQMDNELLRQQIEELKNENALLRAQLQQHNLEMVGEG
            160       170       180       190       200       210  

       310
pF1KB8 DSN
          
CCDS82 TRQ
          




310 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 11:54:13 2016 done: Fri Nov  4 11:54:13 2016
 Total Scan time:  2.270 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]