Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8288
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8288, 407 aa
1>>>pF1KB8288 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0200+/-0.000901; mu= 0.3220+/- 0.054
mean_var=194.6920+/-39.852, 0's: 0 Z-trim(112.6): 76 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.091918
statistics sampled from 13242 (13318) to 13242 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.755), E-opt: 0.2 (0.409), width: 16
Scan time: 2.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9060.1 ELK3 gene_id:2004|Hs108|chr12 ( 407) 2642 362.6 3.8e-100
CCDS1456.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 ( 431) 753 112.1 1e-24
CCDS1457.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 ( 405) 741 110.5 2.9e-24
CCDS14283.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 428) 495 77.9 2e-14
CCDS59165.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX ( 95) 474 74.7 4e-14
>>CCDS9060.1 ELK3 gene_id:2004|Hs108|chr12 (407 aa)
initn: 2642 init1: 2642 opt: 2642 Z-score: 1911.4 bits: 362.6 E(32554): 3.8e-100
Smith-Waterman score: 2642; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDGEFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKLS
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CCDS90 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDGEFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMDPHAVEISRESLLLQDSDCKASPEGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 RALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMDPHAVEISRESLLLQDSDCKASPEGRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 AHKHGLAALRSTSRNEYIHSGLYSSFTINSLQNPPDAFKAIKTEKLEEPPEDSPPVEEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 AHKHGLAALRSTSRNEYIHSGLYSSFTINSLQNPPDAFKAIKTEKLEEPPEDSPPVEEVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TVIRFVTNKTDKHVTRPVVSLPSTSEAAAASAFLASSVSAKISSLMLPNAASISSASPFS
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CCDS90 TVIRFVTNKTDKHVTRPVVSLPSTSEAAAASAFLASSVSAKISSLMLPNAASISSASPFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SRSPSLSPNSPLPSEHRSLFLEAACHDSDSLEPLNLSSGSKTKSPSLPPKAKKPKGLEIS
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CCDS90 SRSPSLSPNSPLPSEHRSLFLEAACHDSDSLEPLNLSSGSKTKSPSLPPKAKKPKGLEIS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 APPLVLSGTDIGSIALNSPALPSGSLTPAFFTAQTPNGLLLTPSPLLSSIHFWSSLSPVA
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CCDS90 APPLVLSGTDIGSIALNSPALPSGSLTPAFFTAQTPNGLLLTPSPLLSSIHFWSSLSPVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB8 PLSPARLQGPSTLFQFPTLLNGHMPVPIPSLDRAASPVLLSSNSQKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 PLSPARLQGPSTLFQFPTLLNGHMPVPIPSLDRAASPVLLSSNSQKS
370 380 390 400
>>CCDS1456.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 (431 aa)
initn: 1139 init1: 533 opt: 753 Z-score: 557.2 bits: 112.1 E(32554): 1e-24
Smith-Waterman score: 1199; 50.9% identity (71.6% similar) in 436 aa overlap (1-407:1-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDGEFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKLS
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CCDS14 MDSAITLWQFLLQLLQKPQNKHMICWTSNDGQFKLLQAEEVARLWGIRKNKPNMNYDKLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 RALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMDPHAV---EISRESLLLQD-SDCKASP
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CCDS14 RALRYYYVKNIIKKVNGQKFVYKFVSYPEILNMDPMTVGRIEGDCESLNFSEVSSSSKDV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EGREAHKHGLAALRSTSRNEYIHSGLYSSFTINSLQNPP-DAFKAIKTEK-LEEPPEDSP
:. : . ...:::.:::::::::::.:::.. :: ::::. :. : .
CCDS14 ENGGKDKPPQPGAKTSSRNDYIHSGLYSSFTLNSLNSSNVKLFKLIKTENPAEKLAEKKS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB8 PVEEVRTVIRFVTNKTDKHVTRPV---VSL-PSTSEAAAASA-FLASSVSAKISSLMLPN
: : . .::.:::. . : ..:: .:. :: : .. . : . :: :. :: :.
CCDS14 PQEPTPSVIKFVTTPSKKPPVEPVAATISIGPSISPSSEETIQALETLVSPKLPSLEAPT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB8 AAS-----ISSASPFSS----RSPSLSPNSPLPSEHRSLFLEAACHDSDSLE-PLNLSSG
.:: .... :.:: . : .:. :: : : .. . :. .: : :::
CCDS14 SASNVMTAFATTPPISSIPPLQEPPRTPSPPLSS-HPDIDTDIDSVASQPMELPENLSLE
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 SKTKSPSLPPK--------AKKPKGLEISAPPLVLSGTDIGSIALNSPALPSGSLTPAFF
: .. : : .:::::::. :: ::....: . ... ::.::..:::::::
CCDS14 PKDQDSVLLEKDKVNNSSRSKKPKGLEL-APTLVITSSDPSPLGILSPSLPTASLTPAFF
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 TAQTPNGLLLTPSPLLSSIHFWSSLSPVAPLSPARLQGPSTLFQFPTLLNGHMPVPIPSL
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CCDS14 S-QTP--IILTPSPLLSSIHFWSTLSPVAPLSPARLQGANTLFQFPSVLNSHGPFTLSGL
360 370 380 390 400 410
400
pF1KB8 DRAASPVLLSSNSQKS
: ..: .: . ::.
CCDS14 DGPSTPGPFSPDLQKT
420 430
>>CCDS1457.1 ELK4 gene_id:2005|Hs108|chr1 (405 aa)
initn: 850 init1: 533 opt: 741 Z-score: 549.0 bits: 110.5 E(32554): 2.9e-24
Smith-Waterman score: 921; 48.4% identity (69.6% similar) in 378 aa overlap (1-350:1-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDGEFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKLS
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CCDS14 MDSAITLWQFLLQLLQKPQNKHMICWTSNDGQFKLLQAEEVARLWGIRKNKPNMNYDKLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 RALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMDPHAV---EISRESLLLQD-SDCKASP
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CCDS14 RALRYYYVKNIIKKVNGQKFVYKFVSYPEILNMDPMTVGRIEGDCESLNFSEVSSSSKDV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EGREAHKHGLAALRSTSRNEYIHSGLYSSFTINSLQNPP-DAFKAIKTEK-LEEPPEDSP
:. : . ...:::.:::::::::::.:::.. :: ::::. :. : .
CCDS14 ENGGKDKPPQPGAKTSSRNDYIHSGLYSSFTLNSLNSSNVKLFKLIKTENPAEKLAEKKS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB8 PVEEVRTVIRFVTNKTDKHVTRPV---VSL-PSTSEAAAASA-FLASSVSAKISSLMLPN
: : . .::.:::. . : ..:: .:. :: : .. . : . :: :. :: :.
CCDS14 PQEPTPSVIKFVTTPSKKPPVEPVAATISIGPSISPSSEETIQALETLVSPKLPSLEAPT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 AAS-----ISSASPFSSRSP-SLSPNSPLP--SEHRSLFLEAACHDSDSLE-PLNLSSGS
.:: .... :.:: : . : .: : : : .. . :. .: : :::
CCDS14 SASNVMTAFATTPPISSIPPLQEPPRTPSPPLSSHPDIDTDIDSVASQPMELPENLSLEP
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KB8 KTKSPSLPPK--------AKKPKGLEISAPPLVLSGTDIGSIALNSPALPSGSLTPAFFT
: .. : : .:::::::. :: ::....: . ... ::.::..:::::::.
CCDS14 KDQDSVLLEKDKVNNSSRSKKPKGLEL-APTLVITSSDPSPLGILSPSLPTASLTPAFFS
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 AQTPNGLLLTPSPLLSSIHFWSSLSPVAPLSPARLQGPSTLFQFPTLLNGHMPVPIPSLD
:. .:... ::::: :
CCDS14 -QVACSLFMV-SPLLSFICPFKQIQNLYTQVCFLLLRFVLERLCVTVM
360 370 380 390 400
>>CCDS14283.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX (428 aa)
initn: 699 init1: 362 opt: 495 Z-score: 372.3 bits: 77.9 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 824; 38.6% identity (59.4% similar) in 438 aa overlap (1-406:1-427)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDG-EFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKL
:. ..:::::::::: .: . :.: ::: :: ::::. :::::.::::::::::::::::
CCDS14 MDPSVTLWQFLLQLLREQGNGHIISWTSRDGGEFKLVDAEEVARLWGLRKNKTNMNYDKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SRALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMD----PHAVEISRESLL--LQDSDCK
:::::::::::::.:: ::::::::::.::. . : :.: : . . . .
CCDS14 SRALRYYYDKNIIRKVSGQKFVYKFVSYPEVAGCSTEDCPPQPEVSVTSTMPNVAPAAIH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB8 ASPEGREAHKHGL---------AALRSTSRNEYIHSGLYSSFTINSLQN--PPDAFKAIK
:.: . : : ..: .:::::..:::::.:::.::: :: :.
CCDS14 AAPGDTVSGKPGTPKGAGMAGPGGLARSSRNEYMRSGLYSTFTIQSLQPQPPPHPRPAVV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB8 TEKLEEPPEDSPPVEEVRTV---IRFVTNKTDKHVTRPVVSLPST-----SEAAAASAFL
. .:: : .. . . . :. : :: . :
CCDS14 LPSAAPAGAAAPPSGSRSTSPSPLEACLEAEEAGLPLQVILTPPEAPNLKSEELNVEPGL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 ASSVSAKISSLMLPNAASISSASPFSSRSPSLSPNSPLPSEHRSLFLEAACHDSDSLEPL
. .. ... . ... : .. . :. : :.: : :. :. .
CCDS14 GRALPPEVKVEGPKEELEVAGERGFVPETTKAEPEVP-PQEGVPARLPAVVMDTAGQ---
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB8 NLSSGSKTKSP--SLPPKAKKPKGLEISAPPLVLSGTDI----GSIALNSPALPSGSLTP
..: ..:: : : :..::. ::. : .:.: :: . .. :. .:::
CCDS14 --AGGHAASSPEISQPQKGRKPRDLELPLSPSLLGGPGPERTPGSGSGSGLQAPGPALTP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 AFFTAQTPNGLLLTPSPLLSSIHFWSSLSPVAPLSPARLQGPSTLFQFPTLLNGHMPVPI
... ..: . .::::: : ::::::.:::.:: :::.:. ::::. .... .:
CCDS14 SLLPTHTLTPVLLTPSSLPPSIHFWSTLSPIAPRSPAKLS-----FQFPSSGSAQVHIPS
360 370 380 390 400
390 400
pF1KB8 PSLDRAASPVLLSSNSQKS
:.: ..::.:: . ::
CCDS14 ISVDGLSTPVVLSPGPQKP
410 420
>>CCDS59165.1 ELK1 gene_id:2002|Hs108|chrX (95 aa)
initn: 358 init1: 358 opt: 474 Z-score: 367.0 bits: 74.7 E(32554): 4e-14
Smith-Waterman score: 474; 78.9% identity (90.0% similar) in 90 aa overlap (1-89:1-90)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MESAITLWQFLLQLLLDQKHEHLICWTSNDG-EFKLLKAEEVAKLWGLRKNKTNMNYDKL
:. ..:::::::::: .: . :.: ::: :: ::::. :::::.::::::::::::::::
CCDS59 MDPSVTLWQFLLQLLREQGNGHIISWTSRDGGEFKLVDAEEVARLWGLRKNKTNMNYDKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SRALRYYYDKNIIKKVIGQKFVYKFVSFPEILKMDPHAVEISRESLLLQDSDCKASPEGR
:::::::::::::.:: ::::::::::.::
CCDS59 SRALRYYYDKNIIRKVSGQKFVYKFVSYPESHCAP
70 80 90
407 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 11:25:17 2016 done: Fri Nov 4 11:25:17 2016
Total Scan time: 2.550 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]