Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8275
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8275, 306 aa
1>>>pF1KB8275 306 - 306 aa - 306 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3623+/-0.00101; mu= 9.0997+/- 0.061
mean_var=238.3284+/-51.209, 0's: 0 Z-trim(111.8): 99 B-trim: 743 in 1/50
Lambda= 0.083078
statistics sampled from 12573 (12673) to 12573 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.389), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 2042 257.3 1.1e-68
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 1887 238.8 4.5e-63
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 1332 172.3 4.6e-43
CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 363) 1071 141.0 1.3e-33
CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 1065 140.2 1.8e-33
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 988 131.0 1.2e-30
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 988 131.2 1.4e-30
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 606 85.3 7.8e-17
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 600 84.6 1.2e-16
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 576 81.7 8.9e-16
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 576 81.7 9e-16
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 557 79.4 4.1e-15
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 557 79.4 4.5e-15
CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 552 78.8 6.4e-15
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 545 77.9 1.1e-14
CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 251) 542 77.4 1.2e-14
CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 536 76.8 2.4e-14
CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12 ( 362) 523 75.3 7.5e-14
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 471 69.0 5.1e-12
>>CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (306 aa)
initn: 2042 init1: 2042 opt: 2042 Z-score: 1346.9 bits: 257.3 E(32554): 1.1e-68
Smith-Waterman score: 2042; 100.0% identity (100.0% similar) in 306 aa overlap (1-306:1-306)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGGDQQSGYGKVSRRGGHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGGDQQSGYGKVSRRGGHQ
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 NSYKPY
::::::
CCDS35 NSYKPY
>>CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (355 aa)
initn: 2309 init1: 1886 opt: 1887 Z-score: 1245.8 bits: 238.8 E(32554): 4.5e-63
Smith-Waterman score: 1887; 93.8% identity (96.4% similar) in 307 aa overlap (1-303:1-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB8 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGG----DQQSGYGKVSRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . ..::.. .
CCDS35 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGGGPSQNWNQGYSNYWNQ
250 260 270 280 290 300
300
pF1KB8 GGHQNSYKPY
: . .:
CCDS35 GYGNYGYNSQGYGGYGGYDYTGYNNYYGYGDYSNQQSGYGKVSRRGGHQNSYKPY
310 320 330 340 350
>>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa)
initn: 2054 init1: 1269 opt: 1332 Z-score: 886.5 bits: 172.3 E(32554): 4.6e-43
Smith-Waterman score: 1708; 87.6% identity (90.2% similar) in 307 aa overlap (1-303:1-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 AESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS35 AESEGAKIDASKNEEDEG-------------------KMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKF
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIM
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB8 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGG----DQQSGYGKVSRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . ..::.. .
CCDS35 EKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGRGGGPSQNWNQGYSNYWNQ
230 240 250 260 270 280
300
pF1KB8 GGHQNSYKPY
: . .:
CCDS35 GYGNYGYNSQGYGGYGGYDYTGYNNYYGYGDYSNQQSGYGKVSRRGGHQNSYKPY
290 300 310 320 330
>>CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 (363 aa)
initn: 1145 init1: 934 opt: 1071 Z-score: 717.1 bits: 141.0 E(32554): 1.3e-33
Smith-Waterman score: 1081; 65.6% identity (82.8% similar) in 250 aa overlap (63-306:133-363)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 ATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATA
.::.::.::::..:.:
CCDS75 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDG--------------
110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 QREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVD
:::::::::::.:::: .:.:.::::::::.: ::.:::::::::::::.. :::
CCDS75 -----KMFIGGLSWDTSKKDLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVD
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 KVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIE
::.. :::::.::.::::::::.: ::: ::.::::::::: ::.:.::::.:::.:.::
CCDS75 KVLELKEHKLDGKLIDPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIE
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 LPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQY--QQQQQWG
::::.:::.::::::::. .::::::..:..::..: .:::::::. :: : ::::: :
CCDS75 LPMDTKTNERRGFCFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKG
270 280 290 300 310 320
280 290 300
pF1KB8 SRGGFAGR---ARGRGGDQQSGYGKVSRRGG-HQNSYKPY
.::. :: .:::: ::: :::.:: :: :::.:.::
CCDS75 GRGAAAGGRGGTRGRGRGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY
330 340 350 360
>>CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (285 aa)
initn: 1075 init1: 474 opt: 1065 Z-score: 714.4 bits: 140.2 E(32554): 1.8e-33
Smith-Waterman score: 1124; 60.5% identity (79.4% similar) in 296 aa overlap (22-306:12-285)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAA-AAAGSGAGTGGGTASGGTEGG
..: :.. :. .: . :.::.::..:.: :... .:
CCDS34 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SAE-SEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFS
. . .:: .:.::::::: : :::.:::::::.::::::::.
CCDS34 NQNGAEGDQINASKNEEDAG-------------------KMFVGGLSWDTSKKDLKDYFT
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTK
:::::::::.:.:: :::::::::.:::.. ::.::.:::::.:.:.:::::.: ::: :
CCDS34 KFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK-K
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKK
.::::::::::.:.. ::::::::: :::.:.:::::: : :::::: ::::::::::::
CCDS34 DPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KB8 IMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGR---------GGDQQSG
..:::.:.:. ::::::::. :: ::::: .:: :: ..: :: ::. ...
CCDS34 VLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQ-YGS-GGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTN
220 230 240 250 260
290 300
pF1KB8 YGKVSRRGGHQNSYKPY
::: .:::::::.::::
CCDS34 YGKSQRRGGHQNNYKPY
270 280
>>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (332 aa)
initn: 1105 init1: 474 opt: 988 Z-score: 663.8 bits: 131.0 E(32554): 1.2e-30
Smith-Waterman score: 1061; 58.5% identity (77.6% similar) in 299 aa overlap (22-305:12-288)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAA-AAAGSGAGTGGGTASGGTEGG
..: :.. :. .: . :.::.::..:.: :... .:
CCDS34 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 SAE-SEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFS
. . .:: .:.::::::: : :::.:::::::.::::::::.
CCDS34 NQNGAEGDQINASKNEEDAG-------------------KMFVGGLSWDTSKKDLKDYFT
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTK
:::::::::.:.:: :::::::::.:::.. ::.::.:::::.:.:.:::::.: ::: :
CCDS34 KFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK-K
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 EPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKK
.::::::::::.:.. ::::::::: :::.:.:::::: : :::::: ::::::::::::
CCDS34 DPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KB8 IMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGR---------GGDQQS-
..:::.:.:. ::::::::. :: ::::: .:: :: ..: :: ::..::
CCDS34 VLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQ-YGS-GGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQSQSW
220 230 240 250 260
290 300
pF1KB8 --GYGKVSRRG-GHQNSYKPY
:::. .: :.:..: :
CCDS34 NQGYGNYWNQGYGYQQGYGPGYGGYDYSPYGYYGYGPGYDYSQGSTNYGKSQRRGGHQNN
270 280 290 300 310 320
>>CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 (420 aa)
initn: 1107 init1: 934 opt: 988 Z-score: 662.6 bits: 131.2 E(32554): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 1007; 60.8% identity (80.4% similar) in 250 aa overlap (63-302:133-363)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 ATQGAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATA
.::.::.::::..:.:
CCDS35 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDG--------------
110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 QREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVD
:::::::::::.:::: .:.:.::::::::.: ::.:::::::::::::.. :::
CCDS35 -----KMFIGGLSWDTSKKDLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVD
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 KVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIE
::.. :::::.::.::::::::.: ::: ::.::::::::: ::.:.::::.:::.:.::
CCDS35 KVLELKEHKLDGKLIDPKRAKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIE
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KB8 LPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQW---
::::.:::.::::::::. .::::::..:..::..: .:::::::. :: :.::::
CCDS35 LPMDTKTNERRGFCFITYTDEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKG
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300
pF1KB8 ------GSRGGFAGRARGRGGDQQSGYGKVSRRG-GHQNSYKPY
:.::: ::.::.: . ..:... .: :. ::
CCDS35 GRGAAAGGRGGTRGRGRGQGQNWNQGFNNYYDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYN
330 340 350 360 370 380
CCDS35 YGNYGYGQGYADYSGQQSTYGKASRGGGNHQNNYQPY
390 400 410 420
>>CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 (378 aa)
initn: 720 init1: 333 opt: 606 Z-score: 415.7 bits: 85.3 E(32554): 7.8e-17
Smith-Waterman score: 606; 39.5% identity (70.8% similar) in 243 aa overlap (69-303:13-249)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 AAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWK
:... .. .:. . .:.. : :
CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLR------K
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 MFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQK
.::::::..:: .:...: :.: ..::.. :: : :::::::: .. : :: .: .
CCDS22 LFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGTLTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCAR
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 EHKLNGKVIDPKRAKAMKTK-EP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIE
::..:.:..:::: . . . .: ::::::::.. :: : ..:.:: .:..:.::
CCDS22 PHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIE
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 LPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSR
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CCDS22 VMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTVDKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAGSQRGR
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