Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8156
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8156, 404 aa
1>>>pF1KB8156 404 - 404 aa - 404 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6782+/-0.000933; mu= 10.8012+/- 0.056
mean_var=94.7102+/-18.893, 0's: 0 Z-trim(106.6): 35 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.131788
statistics sampled from 9025 (9054) to 9025 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 1.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13130.1 SNX5 gene_id:27131|Hs108|chr20 ( 404) 2600 504.7 6.4e-143
CCDS41942.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14 ( 418) 1772 347.2 1.6e-95
CCDS8113.2 SNX32 gene_id:254122|Hs108|chr11 ( 403) 1666 327.1 1.8e-89
CCDS9648.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14 ( 290) 1253 248.5 6e-66
>>CCDS13130.1 SNX5 gene_id:27131|Hs108|chr20 (404 aa)
initn: 2600 init1: 2600 opt: 2600 Z-score: 2679.3 bits: 504.7 E(32554): 6.4e-143
Smith-Waterman score: 2600; 100.0% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYML
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 NIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB8 LINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
370 380 390 400
>>CCDS41942.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14 (418 aa)
initn: 1767 init1: 1739 opt: 1772 Z-score: 1828.3 bits: 347.2 E(32554): 1.6e-95
Smith-Waterman score: 1772; 64.5% identity (90.0% similar) in 400 aa overlap (5-404:21-417)
10 20 30 40
pF1KB8 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDK
:..: .::::. :....:::. : .::.:: ::::::::
CCDS41 MRACAGPRLGAAMMEGLDDGPDFL--SEEDRG-LKAINVDLQSDAALQVDISDALSERDK
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 VKFTVHTKTTLPTFQSPEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPRE
::::::::..::.:.. ::::.::::.:.::::...:. :::: :::::: .::::. ::
CCDS41 VKFTVHTKSSLPNFKQNEFSVVRQHEEFIWLHDSFVENEDYAGYIIPPAPPRPDFDASRE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 KMQKLGEGEGSMTKEEFAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHV
:.:::::::::::::::.::::::::::::.:::::. ::::: :...::.: .: ::::
CCDS41 KLQKLGEGEGSMTKEEFTKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEVFLCRVAAHPILRRDLNFHV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 FLEYDQDLSVRRKNTKEMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIK
::::.:::::: :: :: . :::..::::: :. .:::.::::::.:..::..:.::.:
CCDS41 FLEYNQDLSVRGKNKKEKLEDFFKNMVKSADGVIVSGVKDVDDFFEHERTFLLEYHNRVK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 DSCVKADKMTRSHKNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVS
:. .:.:.::::::..:::: . .. :..:. .. : : :..:::.:::.: ::.:.:::
CCDS41 DASAKSDRMTRSHKSAADDYNRIGSSLYALGTQDSTDICKFFLKVSELFDKTRKIEARVS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 SDEDLKLTELLRYYMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQ
.::::::..::.::. . .:::::::::...:.::::.:::::::: :.::: ::. ::
CCDS41 ADEDLKLSDLLKYYLRESQAAKDLLYRRSRSLVDYENANKALDKARAKNKDVLQAETSQQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 ECCQKFEQLSESAKEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
::::::..:::::.:::.:: .:::::::::.:..:::.:::..:..:::.:. .....
CCDS41 LCCQKFEKISESAKQELIDFKTRRVAAFRKNLVELAELELKHAKGNLQLLQNCLAVLNGD
360 370 380 390 400 410
CCDS41 T
>>CCDS8113.2 SNX32 gene_id:254122|Hs108|chr11 (403 aa)
initn: 1678 init1: 868 opt: 1666 Z-score: 1719.6 bits: 327.1 E(32554): 1.8e-89
Smith-Waterman score: 1666; 63.3% identity (88.5% similar) in 384 aa overlap (22-402:17-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
::::. : :::..: ::.::::::::::.::. :: : .
CCDS81 METYAEVGKEGKPSCASVDLQGDSSLQVEISDAVSERDKVKFTVQTKSCLPHFAQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
::::.::::.:.::::. .:. .:::::::::: .:::.. :::.::::::..:.:.::
CCDS81 TEFSVVRQHEEFIWLHDAYVENEEYAGLIIPPAPPRPDFEASREKLQKLGEGDSSVTREE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
::::::::::::::.:::::. ::::::::..::.: .:.:: ::::: :::::: :: :
CCDS81 FAKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEVFLQRLAAHPTLRRDHNFFVFLEYGQDLSVRGKNRK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGV---KEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSH
:..:::....::::::.:.::. ::::::::.:..::..:..::.:.:..::.. :.:
CCDS81 ELLGGFLRNIVKSADEALITGMSGLKEVDDFFEHERTFLLEYHTRIRDACLRADRVMRAH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRY
: .::::: .: : ::. .: . .. .::.:::::.:::.::::.:::::::...:::
CCDS81 KCLADDYIPISAALSSLGTQEVNQLRTSFLKLAELFERLRKLEGRVASDEDLKLSDMLRY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 YMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESA
:: . .::::::::: .:: ::::.:::::::: ....:. ::.::: :::.::.::.::
CCDS81 YMRDSQAAKDLLYRRLRALADYENANKALDKARTRNREVRPAESHQQLCCQRFERLSDSA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB8 KEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
:.::..:: .::..:::::::..:::.:::. .. .:.. . .:
CCDS81 KQELMDFKSRRVSSFRKNLIELAELELKHAKASTLILRNTLVALKGEP
360 370 380 390 400
>>CCDS9648.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14 (290 aa)
initn: 1253 init1: 1253 opt: 1253 Z-score: 1297.5 bits: 248.5 E(32554): 6e-66
Smith-Waterman score: 1253; 63.7% identity (90.0% similar) in 289 aa overlap (116-404:1-289)
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 AGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEEFAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEV
::::::.::::::::::::.:::::. :::
CCDS96 MTKEEFTKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEV
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 FLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTKEMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEV
:: :...::.: .: ::::::::.:::::: :: :: . :::..::::: :. .:::.:
CCDS96 FLCRVAAHPILRRDLNFHVFLEYNQDLSVRGKNKKEKLEDFFKNMVKSADGVIVSGVKDV
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 DDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKY
:::::.:..::..:.::.::. .:.:.::::::..:::: . .. :..:. .. : : :.
CCDS96 DDFFEHERTFLLEYHNRVKDASAKSDRMTRSHKSAADDYNRIGSSLYALGTQDSTDICKF
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 LLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKA
.:::.:::.: ::.:.:::.::::::..::.::. . .:::::::::...:.::::.:::
CCDS96 FLKVSELFDKTRKIEARVSADEDLKLSDLLKYYLRESQAAKDLLYRRSRSLVDYENANKA
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 LDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIK
::::: :.::: ::. :: ::::::..:::::.:::.:: .:::::::::.:..:::.:
CCDS96 LDKARAKNKDVLQAETSQQLCCQKFEKISESAKQELIDFKTRRVAAFRKNLVELAELELK
220 230 240 250 260 270
390 400
pF1KB8 HARNNVSLLQSCIDLFKNN
::..:..:::.:. .....
CCDS96 HAKGNLQLLQNCLAVLNGDT
280 290
404 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 10:04:29 2016 done: Fri Nov 4 10:04:29 2016
Total Scan time: 1.710 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]