Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8152
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8152, 206 aa
1>>>pF1KB8152 206 - 206 aa - 206 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0402+/-0.000964; mu= 10.1396+/- 0.058
mean_var=87.1755+/-17.207, 0's: 0 Z-trim(106.4): 202 B-trim: 264 in 1/50
Lambda= 0.137365
statistics sampled from 8764 (8987) to 8764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 1.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 1328 272.9 1e-73
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 1098 227.3 5.3e-60
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 188) 652 138.9 2e-33
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 189) 616 131.7 2.8e-31
CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 189) 609 130.3 7.3e-31
CCDS877.1 NRAS gene_id:4893|Hs108|chr1 ( 189) 609 130.3 7.3e-31
CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1 ( 184) 595 127.6 4.9e-30
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 588 126.2 1.4e-29
CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 184) 585 125.6 1.9e-29
CCDS7699.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 170) 554 119.4 1.3e-27
CCDS3100.1 MRAS gene_id:22808|Hs108|chr3 ( 208) 551 118.9 2.3e-27
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 547 118.1 4.1e-27
CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19 ( 218) 541 116.9 9.4e-27
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 539 116.5 1.2e-26
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 539 116.5 1.3e-26
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 ( 183) 533 115.3 2.4e-26
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 527 114.1 5.6e-26
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX ( 183) 521 112.9 1.3e-25
CCDS53603.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 169) 488 106.3 1.1e-23
CCDS58036.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 183) 464 101.6 3.2e-22
CCDS8673.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 199) 443 97.5 6.1e-21
CCDS62431.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 153) 422 93.2 8.8e-20
CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19 ( 198) 390 87.0 8.9e-18
CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9 ( 199) 390 87.0 8.9e-18
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 388 86.6 1.2e-17
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 387 86.4 1.4e-17
CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 ( 296) 387 86.5 1.9e-17
CCDS5927.1 RHEB gene_id:6009|Hs108|chr7 ( 184) 382 85.4 2.5e-17
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 381 85.2 3.2e-17
CCDS58253.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 165) 374 83.7 6.9e-17
CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 ( 308) 374 83.9 1.2e-16
CCDS58254.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 142) 364 81.7 2.4e-16
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 366 82.2 2.5e-16
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 366 82.2 2.5e-16
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 365 82.0 3e-16
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 363 81.6 3.9e-16
CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 ( 298) 364 81.9 4.4e-16
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 362 81.4 4.6e-16
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 360 81.0 5.8e-16
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 360 81.0 5.9e-16
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 359 80.8 6.5e-16
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 360 81.1 6.6e-16
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 358 80.6 7.7e-16
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 356 80.2 9.8e-16
CCDS8778.1 RHEBL1 gene_id:121268|Hs108|chr12 ( 183) 355 80.0 1e-15
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 355 80.0 1.1e-15
CCDS35246.1 ERAS gene_id:3266|Hs108|chrX ( 233) 354 79.9 1.4e-15
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 351 79.2 2e-15
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 348 78.6 2.9e-15
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 348 78.7 3.1e-15
>>CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 (206 aa)
initn: 1328 init1: 1328 opt: 1328 Z-score: 1437.0 bits: 272.9 E(32554): 1e-73
Smith-Waterman score: 1328; 100.0% identity (100.0% similar) in 206 aa overlap (1-206:1-206)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
190 200
>>CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 (206 aa)
initn: 1038 init1: 703 opt: 1098 Z-score: 1190.7 bits: 227.3 E(32554): 5.3e-60
Smith-Waterman score: 1098; 82.1% identity (95.2% similar) in 207 aa overlap (1-206:1-206)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
::::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 MAANKSKGQSSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVK-EDEN
:::::::::::::::::::::::::::::: :::::: :::.:::.::::::::: :...
CCDS21 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLLVFSITEHESFTATAEFREQILRVKAEEDK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VPFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARK
.:.:.::::::::..::: ::::...::.:.:.::::::::::::::::::::::::..:
CCDS21 IPLLVVGNKSDLEERRQVPVEEARSKAEEWGVQYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRTKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 MEDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
: ..:.:::::. :. : ..::::.:
CCDS21 MSENKDKNGKKSSKN-KKSFKERCCLL
190 200
>>CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 (188 aa)
initn: 682 init1: 497 opt: 652 Z-score: 713.6 bits: 138.9 E(32554): 2e-33
Smith-Waterman score: 652; 51.6% identity (82.3% similar) in 192 aa overlap (15-206:4-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:...::.:::::::::.:.. ..::..:.:: :::::.::.:::
CCDS87 MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
.:::::::::.:.:.::.:.:.::::::::.:.. .:: .:::: :::..:.:
CCDS87 TCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
:..::::: :: . : :....:.. :..... ..::::::: .:: .:. :.:::: :
CCDS87 PMVLVGNKCDLPS-RTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIR--KH
110 120 130 140 150 160
190 200
pF1KB8 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
... :.::::.: . . .: :.
CCDS87 KEKMSKDGKKKKK----KSKTKCVIM
170 180
>>CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 (189 aa)
initn: 573 init1: 497 opt: 616 Z-score: 675.0 bits: 131.7 E(32554): 2.8e-31
Smith-Waterman score: 616; 49.0% identity (80.7% similar) in 192 aa overlap (15-206:4-189)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:...::.:::::::::.:.. ..::..:.:: :::::.::.:::
CCDS87 MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
.:::::::::.:.:.::.:.:.::::::::.:.. .:: .:::: :::..:.:
CCDS87 TCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
:..::::: :: . : :....:.. :..... ..::::::: :. .:. :.:::: ..
CCDS87 PMVLVGNKCDLPS-RTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQRVEDAFYTLVREIRQYRL
110 120 130 140 150 160
190 200
pF1KB8 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
. : .:... .:. .: :.
CCDS87 K----KISKEEKTPGCVKIK-KCIIM
170 180
>>CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 (189 aa)
initn: 572 init1: 492 opt: 609 Z-score: 667.5 bits: 130.3 E(32554): 7.3e-31
Smith-Waterman score: 609; 54.2% identity (84.9% similar) in 166 aa overlap (15-180:4-168)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:...::.:::::::::.:.. ..::..:.:: :::::.::.:::
CCDS76 MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
.:::::::::.:.:.::.:.:.::::::::.:.. .:: ..:::: :::....:
CCDS76 TCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
:..::::: :: : : ..:.. :..... :.::::::: .:. .:. :.:::: .:.
CCDS76 PMVLVGNKCDLA-ARTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKL
110 120 130 140 150 160
190 200
pF1KB8 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
CCDS76 RKLNPPDESGPGCMSCKCVLS
170 180
>>CCDS877.1 NRAS gene_id:4893|Hs108|chr1 (189 aa)
initn: 579 init1: 481 opt: 609 Z-score: 667.5 bits: 130.3 E(32554): 7.3e-31
Smith-Waterman score: 609; 53.9% identity (85.6% similar) in 167 aa overlap (15-181:4-169)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:...::.:::::::::.:.. ..::..:.:: :::::.::.:::
CCDS87 MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
.:::::::::.:.:.::.:.:.::::::::.:.. .::: .:::: :::....:
CCDS87 TCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
:..::::: :: : :....:.. :..... ..::::::: .:. .:. :.:::: .:
CCDS87 PMVLVGNKCDLPT-RTVDTKQAHELAKSYGIPFIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQYRM
110 120 130 140 150 160
190 200
pF1KB8 EDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
.
CCDS87 KKLNSSDDGTQGCMGLPCVVM
170 180
>>CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1 (184 aa)
initn: 561 init1: 496 opt: 595 Z-score: 652.7 bits: 127.6 E(32554): 4.9e-30
Smith-Waterman score: 595; 52.0% identity (79.7% similar) in 177 aa overlap (15-190:4-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:....:::::::::::.::. ::: :.:: :::::.: .: .
CCDS84 MREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVEKYDPTIEDSYRKQVEVDCQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
. ...:::::: :...:.:: :...:.:: :.::: . .: :.::::::::. :.:
CCDS84 QCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFALVYSITAQSTFNDLQDLREQILRVKDTEDV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQW-NVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARK
:..::::: ::::.: :. :...: :.:: : ..:.:::.. ::...:.::.:.: ::
CCDS84 PMILVGNKCDLEDERVVGKEQGQNLARQWCNCAFLESSAKSKINVNEIFYDLVRQIN-RK
110 120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KB8 MEDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
:.: ::
CCDS84 TPVEKKKPKKKSCLLL
170 180
>>CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 (204 aa)
initn: 581 init1: 581 opt: 588 Z-score: 644.5 bits: 126.2 E(32554): 1.4e-29
Smith-Waterman score: 588; 47.4% identity (77.0% similar) in 196 aa overlap (1-193:1-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
::: . .. .....::.:::::::::.::. . :: ::.:: ::: :. :.: .
CCDS78 MAAAGWRDGSGQEKYRLVVVGGGGVGKSALTIQFIQSYFVTDYDPTIEDSYTKQCVIDDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 EVQIDILDTAGQEDYAAIRDNYFRSGEGFLCVFSITEMESFAATADFREQILRVKEDENV
...:::::::::...:.:..:.:.::::: :::.:. :: :..::::::. ..
CCDS78 AARLDILDTAGQEEFGAMREQYMRTGEGFLLVFSVTDRGSFEEIYKFQRQILRVKDRDEF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFLLVGNKSDLEDKRQVSVEEAKNRAEQWNVNYVETSAKTRANVDKVFFDLMREIRARKM
:..:.:::.::. .:::. ::... :.: .:.:.:.::: : :::..: .:.: :: .
CCDS78 PMILIGNKADLDHQRQVTQEEGQQLARQLKVTYMEASAKIRMNVDQAFHELVRVIRKFQE
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 ED---SKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
.. : : . :.: :
CCDS78 QECPPSPEPTRKEKDKKGCHCVIF
190 200
>>CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 (184 aa)
initn: 583 init1: 502 opt: 585 Z-score: 642.0 bits: 125.6 E(32554): 1.9e-29
Smith-Waterman score: 585; 50.3% identity (79.0% similar) in 181 aa overlap (15-194:4-179)
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.:....:::::::::::.::. ::: :.:: :::::.: .:..
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. ...:::::: :...:.:: :...:.:: :.::: . .: :.::::::::. ..:
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:..::::: ::::.: :. :...: :.::: ..:.:::.. ::...:.::.:.: ::
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pF1KB8 MEDSKEKNGKKKRKSLAKRIRERCCIL
:: ..::
CCDS89 TPVP----GKARKKSSCQLL
170 180
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10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDYEPTKADSYRKKVVLDGE
.:...::.:::::::::.:.. ..::..:.:: :::::.::.:::
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.:::::::::.:.:.::.:.:.::::::::.:.. .:: ..:::: :::....:
CCDS76 TCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDV
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:..::::: :: : : ..:.. :..... :.:::::::
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CCDS76 PM
170
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