FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8121, 320 aa 1>>>pF1KB8121 320 - 320 aa - 320 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2469+/-0.00137; mu= 9.2140+/- 0.083 mean_var=297.5439+/-62.602, 0's: 0 Z-trim(109.8): 142 B-trim: 710 in 1/49 Lambda= 0.074353 statistics sampled from 11028 (11164) to 11028 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16 Scan time: 2.450 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 2211 250.7 1.1e-66 CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 2134 242.5 3.4e-64 CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 1823 209.2 4.1e-54 CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 1512 175.8 4.4e-44 CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 1512 175.8 4.6e-44 CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 1276 150.5 1.8e-36 CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 1276 150.5 1.8e-36 CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 1021 123.0 2.9e-28 CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 658 84.2 1.6e-16 CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 655 83.8 2e-16 CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 651 83.4 2.8e-16 CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 648 83.2 3.8e-16 CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 590 76.8 2.3e-14 CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 567 74.4 1.4e-13 CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 562 73.8 2e-13 CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 557 73.3 2.8e-13 CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 363) 550 72.6 5.2e-13 CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12 ( 362) 541 71.7 1e-12 CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 251) 531 70.3 1.7e-12 >>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 (320 aa) initn: 2211 init1: 2211 opt: 2211 Z-score: 1310.5 bits: 250.7 E(32554): 1.1e-66 Smith-Waterman score: 2211; 100.0% identity (100.0% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KB8 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF :::::::::::::::::::: CCDS41 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF 310 320 >>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 (320 aa) initn: 2134 init1: 2134 opt: 2134 Z-score: 1265.9 bits: 242.5 E(32554): 3.4e-64 Smith-Waterman score: 2134; 96.9% identity (97.8% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV :::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH :::::::::::::. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS31 TYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::: CCDS31 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGHNCEVRKA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS : :::::::::::::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::: CCDS31 LPKQEMASASSSQRGRRGSGNFGGGRGDGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSCGGGGYGGS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. 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64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (8-309:15-351) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:: CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK ::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::: CCDS43 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH :::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.::: CCDS43 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KB8 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGG--FG---------GNDNFGRGGNF : :::::::.::: ..::. ::.:. .:: .:::: :: :.:..: : .: CCDS43 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 pF1KB8 ----SGRGG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY .: :: :::: : ::: :: : : :.::.:...::: :.: CCDS43 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 pF1KB8 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGR :::::::.: ::.::::.::::: . ::::::. . ..::::: : CCDS43 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY 310 320 330 340 350 320 pF1KB8 RF >>CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 (305 aa) initn: 828 init1: 828 opt: 1021 Z-score: 620.9 bits: 123.0 E(32554): 2.9e-28 Smith-Waterman score: 1021; 52.0% identity (77.5% similar) in 306 aa overlap (9-309:2-304) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV : :: :::::::. .:.. .::.::: .::::::::. .:.::::: :::: CCDS41 MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH ::..:::.:::: : :: ::: .:: ::::::::: ::::: :::.::::.: :. : CCDS41 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA : ..: :.: .: ::..:. :::::::.:: :..::..:: .. :.: ..:: ::.:: CCDS41 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGG-GRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYG . :... :.... .::. :. :: ::::: : . : ::.... ::.::. :::::. CCDS41 VPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGG-GGGGYN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 GSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGG---GGQY . : : .: . ::..:.: .. ::.:....:..::::.:. :: ... .:: .: : CCDS41 AYGGGGGGSSYGGSDYGNG--FGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPY 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KB8 FAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF . . ::::::: CCDS41 RGGYGGGGGYGGSSF 300 >>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa) initn: 633 init1: 275 opt: 658 Z-score: 410.0 bits: 84.2 E(32554): 1.6e-16 Smith-Waterman score: 680; 39.0% identity (71.0% similar) in 290 aa overlap (2-289:66-336) 10 20 30 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLR .: .. :. :. :.::::::..:: ..:. CCDS35 GAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGKMFIGGLSWDTTKKDLK 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 pF1KB8 SHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVS ..: ..: ..::.. :: : :::::::: . : :: .:. . ::..:.:..:::: . CCDS35 DYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKA 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 pF1KB8 REDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFV . ...: ::::::::.. :: :...:.:: .:..: ::. : ..:.::: :. CCDS35 MK-TKEP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFI 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 pF1KB8 TFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFG :: ... : ::. .:::.:. .::.. :.::... . ..: : : : : .:: : : CCDS35 TFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQ--QQQWGSRG-GFAGRARGRGGG 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 pF1KB8 GNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSS ..:...: .:. ..: :.:: ...::.:.: : .. : ..: .:.:.::.: CCDS35 PSQNWNQG--YSNYW----NQGYGNYGYNSQGYGGYG--GYDYTGYNNYYGYGDYSNQQS 270 280 290 300 310 280 290 300 310 320 pF1KB8 NFGPM--KGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF ..: . .::. : :: CCDS35 GYGKVSRRGGH--QNSYKPY 320 330 >>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (332 aa) initn: 762 init1: 311 opt: 655 Z-score: 408.3 bits: 83.8 E(32554): 2e-16 Smith-Waterman score: 655; 37.5% identity (72.2% similar) in 277 aa overlap (8-275:64-331) 10 20 30 pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQW :. :. :.:.::::..:. ..:...: .. CCDS34 TGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKF 40 50 60 70 80 90 40 50 60 70 80 90 pF1KB8 GTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQR : ..::.. :::: :::::::. . . :. ... . :..::::..::.:.. . . CCDS34 GEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK--KD 100 110 120 130 140 150 100 110 120 130 140 150 pF1KB8 PGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHD : ::::::::.. .. :...:.:: ..:.::.::. : .:.:::.:.:: ... CCDS34 P-----VKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEE 160 170 180 190 200 160 170 180 190 200 210 pF1KB8 SVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQ--EMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGG-ND : :.. .:.:::.: .::.. : :. .. . .:. :: . :: :.: ::: :: .. CCDS34 PVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQSQ 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 pF1KB8 NFGRG-GNFSGRGGFGGSRG-GGGYGG---SGDGYNGFGNDGSNFGGGGS-YNDFGNYNN ....: ::. ..: .: ..: : :::: : :: :.: : ... :.. :. .. CCDS34 SWNQGYGNYWNQG-YGYQQGYGPGYGGYDYSPYGYYGYG-PGYDYSQGSTNYGKSQRRGG 270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 320 pF1KB8 QSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF ...:. : CCDS34 HQNNYKPY 330 320 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 09:43:04 2016 done: Fri Nov 4 09:43:04 2016 Total Scan time: 2.450 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]