Result of FASTA (ccds) for pF1KB8121
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8121, 320 aa
  1>>>pF1KB8121 320 - 320 aa - 320 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2469+/-0.00137; mu= 9.2140+/- 0.083
 mean_var=297.5439+/-62.602, 0's: 0 Z-trim(109.8): 142  B-trim: 710 in 1/49
 Lambda= 0.074353
 statistics sampled from 11028 (11164) to 11028 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.343), width:  16
 Scan time:  2.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12       ( 320) 2211 250.7 1.1e-66
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13   ( 320) 2134 242.5 3.4e-64
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12       ( 372) 1823 209.2 4.1e-54
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2      ( 356) 1512 175.8 4.4e-44
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2       ( 378) 1512 175.8 4.6e-44
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7       ( 341) 1276 150.5 1.8e-36
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7      ( 353) 1276 150.5 1.8e-36
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5        ( 305) 1021 123.0 2.9e-28
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4          ( 336)  658 84.2 1.6e-16
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5        ( 332)  655 83.8   2e-16
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4          ( 355)  651 83.4 2.8e-16
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4         ( 420)  648 83.2 3.8e-16
CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5        ( 285)  590 76.8 2.3e-14
CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17        ( 324)  567 74.4 1.4e-13
CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17        ( 328)  562 73.8   2e-13
CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4          ( 306)  557 73.3 2.8e-13
CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4        ( 363)  550 72.6 5.2e-13
CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12           ( 362)  541 71.7   1e-12
CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17        ( 251)  531 70.3 1.7e-12


>>CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12            (320 aa)
 initn: 2211 init1: 2211 opt: 2211  Z-score: 1310.5  bits: 250.7 E(32554): 1.1e-66
Smith-Waterman score: 2211; 100.0% identity (100.0% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
              250       260       270       280       290       300

              310       320
pF1KB8 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
       ::::::::::::::::::::
CCDS41 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
              310       320

>>CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13        (320 aa)
 initn: 2134 init1: 2134 opt: 2134  Z-score: 1265.9  bits: 242.5 E(32554): 3.4e-64
Smith-Waterman score: 2134; 96.9% identity (97.8% similar) in 320 aa overlap (1-320:1-320)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
       :::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MSKSASPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       :::::::::::::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TYATVEEVDAAMNTTPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS31 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVKGHNCEVRKA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
       : :::::::::::::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS31 LPKQEMASASSSQRGRRGSGNFGGGRGDGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSCGGGGYGGS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS31 GDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320
pF1KB8 NQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
       :::::: :::::::::::::
CCDS31 NQGGYGVSSSSSSYGSGRRF
              310       320

>>CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12            (372 aa)
 initn: 2277 init1: 1752 opt: 1823  Z-score: 1085.0  bits: 209.2 E(32554): 4.1e-54
Smith-Waterman score: 1962; 85.2% identity (85.2% similar) in 352 aa overlap (1-300:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFGGNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGS
              190       200       210       220       230       240

              250                                                  
pF1KB8 GDGYNGFGNDG-------------------------------------------------
       :::::::::::                                                 
CCDS44 GDGYNGFGNDGGYGGGGPGYSGGSRGYGSGGQGYGNQGSGYGGSGSYDSYNNGGGGGFGG
              250       260       270       280       290       300

                260       270       280       290       300        
pF1KB8 ---SNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGS
          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::        
CCDS44 GSGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGS
              310       320       330       340       350       360

      310       320
pF1KB8 SSSSSYGSGRRF
                   
CCDS44 SSSSSYGSGRRF
              370  

>>CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2           (356 aa)
 initn: 1463 init1: 1288 opt: 1512  Z-score: 904.9  bits: 175.8 E(32554): 4.4e-44
Smith-Waterman score: 1536; 69.9% identity (83.8% similar) in 345 aa overlap (3-317:2-341)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
         ....:::::::::::::::::::::.::: :::.:::::::::::::.::::::::::
CCDS82  MEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGTLTDCVVMRDPQTKRSRGFGFV
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       ::. :::::::: :::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::..
CCDS82 TYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEYN
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       ::::::.:::::.::.: :: ::::::::::::::::.:::::.:::::.:::::::.::
CCDS82 LRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTVDKIVVQKYHTINGHNCEVKKA
     120       130       140       150       160       170         

              190        200       210        220       230        
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSG-SGNFGGGRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGG--GG
       :::::: ::.: ::::.: :::: : :::.:::.  ::::::::.::::.::. ::  :.
CCDS82 LSKQEMQSAGS-QRGRGGGSGNFMG-RGGNFGGGGGNFGRGGNFGGRGGYGGGGGGSRGS
     180       190        200        210       220       230       

        240       250       260              270              280  
pF1KB8 YGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYN-------NQSSNFGP-------MKGGNFG
       :::.  ::::::.::.:.::: .:.. :.:.       ::....:         .:::::
CCDS82 YGGGDGGYNGFGGDGGNYGGGPGYSSRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGGGYDGYNEGGNFG
       240       250       260       270       280       290       

            290                   300       310       320          
pF1KB8 GRSSGPYGGGGQY--FAK----------PRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF          
       :   : :::::.:  :..          : . :..:: ::.: ::.:             
CCDS82 G---GNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGRSSGSPYGGGYGSGGGSGGYGSR
          300       310       320       330       340       350    

CCDS82 RF
         

>>CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2            (378 aa)
 initn: 1463 init1: 1288 opt: 1512  Z-score: 904.6  bits: 175.8 E(32554): 4.6e-44
Smith-Waterman score: 1536; 69.9% identity (83.8% similar) in 345 aa overlap (3-317:24-363)

                                    10        20        30         
pF1KB8                      MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGT
                              ....:::::::::::::::::::::.::: :::.:::
CCDS22 MEVKPPPGRPQPDSGRRRRRRGEEGHDPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDDSLREHFEKWGT
               10        20        30        40        50        60

      40        50        60        70        80        90         
pF1KB8 LTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPG
       ::::::::::.::::::::::::. :::::::: :::::::::::::::::::::: .::
CCDS22 LTDCVVMRDPQTKRSRGFGFVTYSCVEEVDAAMCARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSVKPG
               70        80        90       100       110       120

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB8 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSV
       :::::::::::::::::::..::::::.:::::.::.: :: ::::::::::::::::.:
CCDS22 AHLTVKKIFVGGIKEDTEEYNLRDYFEKYGKIETIEVMEDRQSGKKRGFAFVTFDDHDTV
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190        200       210        
pF1KB8 DKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSG-SGNFGGGRGGGFGGND-NFG
       ::::.:::::.:::::::.:::::::: ::.: ::::.: :::: : :::.:::.  :::
CCDS22 DKIVVQKYHTINGHNCEVKKALSKQEMQSAGS-QRGRGGGSGNFMG-RGGNFGGGGGNFG
              190       200       210        220        230        

       220       230         240       250       260               
pF1KB8 RGGNFSGRGGFGGSRGG--GGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYN-------N
       :::::.::::.::. ::  :.:::.  ::::::.::.:.::: .:.. :.:.       :
CCDS22 RGGNFGGRGGYGGGGGGSRGSYGGGDGGYNGFGGDGGNYGGGPGYSSRGGYGGGGPGYGN
      240       250       260       270       280       290        

      270              280       290                   300         
pF1KB8 QSSNFGP-------MKGGNFGGRSSGPYGGGGQY--FAK----------PRNQGGYGGSS
       :....:         .::::::   : :::::.:  :..          : . :..:: :
CCDS22 QGGGYGGGGGYDGYNEGGNFGG---GNYGGGGNYNDFGNYSGQQQSNYGPMKGGSFGGRS
      300       310       320          330       340       350     

     310       320            
pF1KB8 SSSSYGSGRRF            
       :.: ::.:               
CCDS22 SGSPYGGGYGSGGGSGGYGSRRF
         360       370        

>>CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7            (341 aa)
 initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276  Z-score: 768.2  bits: 150.5 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (8-309:3-339)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
              .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .:::::::::
CCDS53      MEREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKRSRGFGFV
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       :.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.:::::::::::::
CCDS53 TFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIKEDTEEHH
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       ::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::: :::::
CCDS53 LRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGHNAEVRKA
         120       130       140       150       160       170     

              190       200         210                220         
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGG--FG---------GNDNFGRGGNF----SGR
       ::.:::  ..::. ::.:. .:: .::::  ::         :.:..: : .:    .: 
CCDS53 LSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGFGDGYNGY
         180       190       200       210       220       230     

               230        240       250                  260       
pF1KB8 GG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSYNDFGNYN
       ::      :::: : ::: :: : :  :.::.:...:::           :.::::::::
CCDS53 GGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNYNDFGNYN
         240       250       260       270       280       290     

       270       280         290       300       310       320
pF1KB8 NQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
       .: ::.::::.:::::  .  ::::::.   .   ..::::: :           
CCDS53 QQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY         
         300       310       320       330       340          

>>CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7           (353 aa)
 initn: 1247 init1: 1146 opt: 1276  Z-score: 768.1  bits: 150.5 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1412; 64.4% identity (79.8% similar) in 337 aa overlap (8-309:15-351)

                      10        20        30        40        50   
pF1KB8        MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKR
                     .: ::.:::::::::::::.::::...:::: :::::::::: .::
CCDS43 MEKTLETVPLERKKREKEQFRKLFIGGLSFETTEESLRNYYEQWGKLTDCVVMRDPASKR
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB8 SRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIK
       ::::::::.... :::::: ::::..:::::::::::.::.: .::::.::::.::::::
CCDS43 SRGFGFVTFSSMAEVDAAMAARPHSIDGRVVEPKRAVAREESGKPGAHVTVKKLFVGGIK
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB8 EDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGH
       :::::::::::::.::::..:::.::: :::::::.:::::::: :::::.:::::.:::
CCDS43 EDTEEHHLRDYFEEYGKIDTIEIITDRQSGKKRGFGFVTFDDHDPVDKIVLQKYHTINGH
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200         210                220  
pF1KB8 NCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGG--FG---------GNDNFGRGGNF
       : :::::::.:::  ..::. ::.:. .:: .::::  ::         :.:..: : .:
CCDS43 NAEVRKALSRQEMQEVQSSRSGRGGNFGFGDSRGGGGNFGPGPGSNFRGGSDGYGSGRGF
              190       200       210       220       230       240

                      230        240       250                  260
pF1KB8 ----SGRGG------FGGSRG-GGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGG-----------GSY
           .: ::      :::: : ::: :: : :  :.::.:...:::           :.:
CCDS43 GDGYNGYGGGPGGGNFGGSPGYGGGRGGYGGGGPGYGNQGGGYGGGYDNYGGGNYGSGNY
              250       260       270       280       290       300

              270       280         290       300       310        
pF1KB8 NDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSS--GPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGR
       :::::::.: ::.::::.:::::  .  ::::::.   .   ..::::: :         
CCDS43 NDFGNYNQQPSNYGPMKSGNFGGSRNMGGPYGGGNYGPGGSGGSGGYGGRSRY       
              310       320       330       340       350          

      320
pF1KB8 RF

>>CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5             (305 aa)
 initn: 828 init1: 828 opt: 1021  Z-score: 620.9  bits: 123.0 E(32554): 2.9e-28
Smith-Waterman score: 1021; 52.0% identity (77.5% similar) in 306 aa overlap (9-309:2-304)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLRSHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFV
               :  :: :::::::. .:.. .::.::: .::::::::. .:.::::: ::::
CCDS41        MENSQLCKLFIGGLNVQTSESGLRGHFEAFGTLTDCVVVVNPQTKRSRCFGFV
                      10        20        30        40        50   

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 TYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVSREDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHH
       ::..:::.:::: : :: ::: .:: ::::::::: :::::  :::.::::.: :. :  
CCDS41 TYSNVEEADAAMAASPHAVDGNTVELKRAVSREDSARPGAHAKVKKLFVGGLKGDVAEGD
            60        70        80        90       100       110   

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFVTFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKA
       : ..: :.: .:  ::..:. :::::::.:: :..::..:: .. :.: ..::  ::.::
CCDS41 LIEHFSQFGTVEKAEIIADKQSGKKRGFGFVYFQNHDAADKAAVVKFHPIQGHRVEVKKA
           120       130       140       150       160       170   

              190       200        210        220       230        
pF1KB8 LSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGG-GRGGGFGGND-NFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYG
       . :... :....  .::. :. :: :::::   :  . : ::.... ::.::. :::::.
CCDS41 VPKEDIYSGGGGGGSRSSRGGRGGRGRGGGRDQNGLSKGGGGGYNSYGGYGGG-GGGGYN
           180       190       200       210       220        230  

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB8 GSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGG---GGQY
       . : : .: .  ::..:.:  .. ::.:....:..::::.:. :: ... .::   .: :
CCDS41 AYGGGGGGSSYGGSDYGNG--FGGFGSYSQHQSSYGPMKSGGGGGGGGSSWGGRSNSGPY
            240       250         260       270       280       290

         300       310       320
pF1KB8 FAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
        .   . :::::::           
CCDS41 RGGYGGGGGYGGSSF          
              300               

>>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4               (336 aa)
 initn: 633 init1: 275 opt: 658  Z-score: 410.0  bits: 84.2 E(32554): 1.6e-16
Smith-Waterman score: 680; 39.0% identity (71.0% similar) in 290 aa overlap (2-289:66-336)

                                            10        20        30 
pF1KB8                              MSKSESPKEPEQLRKLFIGGLSFETTDESLR
                                     .: .. :. :.  :.::::::..:: ..:.
CCDS35 GAAAAAGSGAGTGGGTASGGTEGGSAESEGAKIDASKNEEDEGKMFIGGLSWDTTKKDLK
          40        50        60        70        80        90     

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB8 SHFEQWGTLTDCVVMRDPNTKRSRGFGFVTYATVEEVDAAMNARPHKVDGRVVEPKRAVS
       ..: ..: ..::..  :: : :::::::: .   : :: .:. . ::..:.:..:::: .
CCDS35 DYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKA
         100       110       120       130       140       150     

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB8 REDSQRPGAHLTVKKIFVGGIKEDTEEHHLRDYFEQYGKIEVIEIMTDRGSGKKRGFAFV
        . ...:     ::::::::.. :: :...:.::  .:..: ::.  :  ..:.::: :.
CCDS35 MK-TKEP-----VKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFI
          160            170       180       190       200         

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB8 TFDDHDSVDKIVIQKYHTVNGHNCEVRKALSKQEMASASSSQRGRSGSGNFGGGRGGGFG
       :: ... : ::. .:::.:.  .::.. :.::... .  ..: :  : :  : .:: : :
CCDS35 TFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQ--QQQWGSRG-GFAGRARGRGGG
     210       220       230       240         250        260      

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB8 GNDNFGRGGNFSGRGGFGGSRGGGGYGGSGDGYNGFGNDGSNFGGGGSYNDFGNYNNQSS
        ..:...:  .:.      ..: :.:: ...::.:.:  : .. : ..:  .:.:.::.:
CCDS35 PSQNWNQG--YSNYW----NQGYGNYGYNSQGYGGYG--GYDYTGYNNYYGYGDYSNQQS
        270             280       290         300       310        

               280       290       300       310       320
pF1KB8 NFGPM--KGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGYGGSSSSSSYGSGRRF
       ..: .  .::.    :  ::                               
CCDS35 GYGKVSRRGGH--QNSYKPY                               
      320         330                                     

>>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5             (332 aa)
 initn: 762 init1: 311 opt: 655  Z-score: 408.3  bits: 83.8 E(32554): 2e-16
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320 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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