Result of FASTA (omim) for
pF1KB7996
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7996, 470 aa
1>>>pF1KB7996 470 - 470 aa - 470 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1220+/-0.000487; mu= -9.6215+/- 0.030
mean_var=390.7341+/-82.225, 0's: 0 Z-trim(119.5): 150 B-trim: 411 in 1/54
Lambda= 0.064883
statistics sampled from 33497 (33672) to 33497 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.395), width: 16
Scan time: 11.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 2958 291.3 3.8e-78
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 2946 290.2 8.3e-78
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 1664 170.2 1.1e-41
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 1613 165.4 3e-40
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 1613 165.4 3e-40
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1438 149.0 2.4e-35
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1365 142.2 3e-33
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1350 140.8 7.3e-33
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1341 139.9 1.3e-32
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1237 130.2 1.2e-29
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1124 119.7 2e-26
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1065 114.4 1.4e-24
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 864 95.3 3.9e-19
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 864 95.3 3.9e-19
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 864 95.3 4.1e-19
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 863 95.5 6.7e-19
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 863 95.5 7.2e-19
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 767 86.3 2.5e-16
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 760 85.6 3.7e-16
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 746 84.2 7.9e-16
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 745 84.2 8.7e-16
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 734 83.2 2e-15
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 732 83.0 2.3e-15
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 729 82.7 2.8e-15
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 728 82.6 2.8e-15
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 727 82.5 3.1e-15
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 728 82.7 3.1e-15
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 728 82.7 3.1e-15
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 725 82.4 3.9e-15
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 712 81.1 8e-15
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 707 80.7 1.3e-14
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 702 80.1 1.5e-14
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 702 80.1 1.5e-14
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 702 80.2 1.6e-14
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 700 80.0 1.7e-14
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 702 80.3 1.8e-14
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 698 79.8 2e-14
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 690 79.0 3.3e-14
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 689 79.0 3.6e-14
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 688 78.9 4.1e-14
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 681 78.1 5.3e-14
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 682 78.3 5.5e-14
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 673 77.5 1.2e-13
NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 669 77.1 1.3e-13
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 661 76.3 1.9e-13
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 661 76.3 2e-13
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 655 75.8 3.2e-13
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 644 74.7 6.5e-13
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 644 74.7 6.5e-13
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 639 74.2 7.8e-13
>>NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo sapie (470 aa)
initn: 2958 init1: 2958 opt: 2958 Z-score: 1523.9 bits: 291.3 E(85289): 3.8e-78
Smith-Waterman score: 2958; 100.0% identity (100.0% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RSPRAGAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RSPRAGAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 NHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAAR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 TTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
430 440 450 460 470
>>XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peripher (471 aa)
initn: 2884 init1: 2837 opt: 2946 Z-score: 1517.8 bits: 290.2 E(85289): 8.3e-78
Smith-Waterman score: 2946; 99.8% identity (99.8% similar) in 471 aa overlap (1-470:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSF
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70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RSPRAGAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSPRAGAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALK
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pF1KB7 QRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 NHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAAR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 TTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGE-VVTESQKEQRSELDKSSAHSY
::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_005 TTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEQVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
430 440 450 460 470
>>NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,604765,61 (470 aa)
initn: 1683 init1: 821 opt: 1664 Z-score: 869.3 bits: 170.2 E(85289): 1.1e-41
Smith-Waterman score: 1687; 59.9% identity (82.7% similar) in 469 aa overlap (15-462:12-470)
10 20 30 40
pF1KB7 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSL---SP---------GAFSYSSSSRFSS-----S
.::::::: :.. :: : : .::: .: :
NP_001 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB7 RLLGSASPSSSVR---LGSFRSPRA-GAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQ
: :.:. .:.: ::. :.: . ::: : ::::.:.:.:::::.::.:::
NP_001 RTSGGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGEL-------LDFSLADAVNQEFLTTRTNEKV
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100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLG
:::::::::::.:::::::::::::: .:... .:.::.:. .: ..:::::::..:.:
NP_001 ELQELNDRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIE
.: ::.::::.: .:: :: .:.:: . .:.::.::. :: ::: :::.:..:::.::
NP_001 NQRARVDVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIE
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 SLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKN
:: .:: ::::.::::.:.::.... :::: ::.. . ::.:::::::::::::.:::::
NP_001 SLNEEIAFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQ-VEMDMS-KPDLTAALRDIRAQYETIAAKN
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 LQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQ
..::::::::: .::..:::.:..::::::::: : :.:::: :::.:.:.:::..:.::
NP_001 ISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQ
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKL
.::::..:: ::.::: . ::::::.:.::.::::::::::.:::::::::.::::::::
NP_001 MRELEDRFASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 LEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQR
::::::::..:......::.. : :: . .. :..:::.:::::::.::::.:. ..:.
NP_001 LEGEESRINLPIQTYSALNFRETSPE-QRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQH
410 420 430 440 450 460
460 470
pF1KB7 SELDKSSAHSY
:
NP_001 EVL
470
>>XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vimentin (466 aa)
initn: 1600 init1: 924 opt: 1613 Z-score: 843.5 bits: 165.4 E(85289): 3e-40
Smith-Waterman score: 1650; 58.1% identity (82.5% similar) in 458 aa overlap (13-458:7-462)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSA-SPSSSVRL--
::.:::: :: : . : . : : . . . :::: ::.: :
XP_006 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB7 ---GSFRSPRAGAGAL------LRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRF
:. . :..: : .:: .. .:::.:.:.: :: ::.::: :::::::::
XP_006 SSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRF
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 ANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVE
::.:.::::::::: : .:: : .:: .: .: ..:.:::::... : .. ::.::
XP_006 ANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 RDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFL
::.::::. :...:.:: .::.::..: ::.:::.:.:.::.::::.:::..:: ::
XP_006 RDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 KKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYK
:::::::...::.... :.:: ..:... ::.:::::::.: ::::.:::::::::::::
XP_006 KKLHEEEIQELQAQIQEQHVQ-IDVDVS-KPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 SKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFA
::.::::.:::::..:::::::: .: :::.::::::::.:.::::.: ::.::.::.::
XP_006 SKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 LEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
.::..:: .::..:....::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAH
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XP_006 LPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
420 430 440 450 460
470
pF1KB7 SY
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10 20 30 40 50
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NP_003 SSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRF
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pF1KB7 ANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVE
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NP_003 VEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
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pF1KB7 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAH
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NP_003 LPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
420 430 440 450 460
470
pF1KB7 SY
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NP_002 TLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVH-VELDVA-KPDLTAALKE
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pF1KB7 IRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVD
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pF1KB7 ALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRN
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NP_002 GEVIKESKQEHKDVM
420 430
>>XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glial fi (472 aa)
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pF1KB7 YSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSFRSPRAGAG---ALLRLPSE---RLDFSMAEALN
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pF1KB7 LRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDA
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pF1KB7 TLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRD
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XP_016 TLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVH-VELDVA-KPDLTAALKE
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pF1KB7 IRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVD
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XP_016 IRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLE
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pF1KB7 GLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKM
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XP_016 SLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKL
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pF1KB7 ALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIK--TTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIET
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XP_016 ALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGKSTKDGENHKVTRYLKSLTIRVIPI
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pF1KB7 RNGEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
. ..:. . ... :: .:
XP_016 QAHQIVNGTPPARETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
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>>NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (431 aa)
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40 50 60 70 80
pF1KB7 YSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSFRSPRAGAG---ALLRLPSE---RLDFSMAEALN
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pF1KB7 QEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQE
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NP_001 AGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAE
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NP_001 LRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEA
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pF1KB7 TLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRD
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NP_001 TLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVH-VELDVA-KPDLTAALKE
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pF1KB7 IRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVD
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NP_001 IRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLE
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NP_001 SLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKL
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pF1KB7 RNGEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
. ..:
NP_001 QAHQIVNGTPPARG
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>>NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (438 aa)
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pF1KB7 YSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSFRSPRAGAG---ALLRLPSE---RLDFSMAEALN
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NP_001 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALN
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NP_001 AGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAE
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NP_001 LRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEA
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NP_001 TLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVH-VELDVA-KPDLTAALKE
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pF1KB7 IRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVD
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NP_001 IRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLE
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pF1KB7 GLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKM
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NP_001 SLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKL
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 ALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRN
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NP_001 ALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGQYSRASWEGHWSPAPSSRACRLLQTG
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pF1KB7 GEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
NP_001 TEDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
420 430
>>NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sapien (499 aa)
initn: 1226 init1: 659 opt: 1237 Z-score: 652.9 bits: 130.2 E(85289): 1.2e-29
Smith-Waterman score: 1237; 50.5% identity (76.3% similar) in 430 aa overlap (13-430:11-430)
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pF1KB7 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSP------GAFSYSSSSRFSSSRLLGSASPSSS
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NP_116 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGDGSRLSARLSGAGGAGGFRSQS-LSRSNVASSAACSSA
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pF1KB7 VRLG---SFRSPRAGAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRFANF
:: ..: : :. : ::.:.: : ..:. :.:::..:: :::::: :
NP_116 SSLGLGLAYRRPPASDG---------LDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAVF
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pF1KB7 IEKVRFLEQQNAALRGELS--QARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVER
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NP_116 IEKVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALLER
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pF1KB7 DGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFLK
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NP_116 DGLAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFVR
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pF1KB7 KLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATV-KPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYK
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NP_116 QVHDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWYK
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pF1KB7 SKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFA
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NP_116 SKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERHS
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pF1KB7 LEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
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NP_116 AEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFS
350 360 370 380 390 400
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pF1KB7 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAH
. :...:: . . ::.
NP_116 TSGLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKKTSQIGE
410 420 430 440 450 460
470 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 14:55:00 2016 done: Sat Nov 5 14:55:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]