Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7974
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7974, 413 aa
1>>>pF1KB7974 413 - 413 aa - 413 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8813+/-0.000888; mu= -6.5030+/- 0.054
mean_var=307.7562+/-63.679, 0's: 0 Z-trim(116.9): 16 B-trim: 532 in 1/53
Lambda= 0.073109
statistics sampled from 17569 (17583) to 17569 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.812), E-opt: 0.2 (0.54), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 ( 413) 2709 298.6 7.2e-81
CCDS47885.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 346) 1109 129.8 3.9e-30
CCDS47886.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 ( 345) 1105 129.4 5.3e-30
CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 ( 437) 563 72.3 1e-12
CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 465) 514 67.1 3.9e-11
CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 ( 334) 502 65.8 7.2e-11
>>CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs108|chr16 (413 aa)
initn: 2709 init1: 2709 opt: 2709 Z-score: 1565.4 bits: 298.6 E(32554): 7.2e-81
Smith-Waterman score: 2709; 100.0% identity (100.0% similar) in 413 aa overlap (1-413:1-413)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQEAKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQEAKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREIADKLIELKAEIEELQQREQELDQHKVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREIADKLIELKAEIEELQQREQELDQHKVW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCFAGDTLLAIRAPSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCFAGDTLLAIRAPSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVAVPVPPPEDLLQSPSAVSTPPPLPKPALAQSQEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVAVPVPPPEDLLQSPSAVSTPPPLPKPALAQSQEAS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEITVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEITVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSGPNPSTSFEPIKADPTGVLELPKELSEIFDPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSGPNPSTSFEPIKADPTGVLELPKELSEIFDPTR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB7 ECMSSELLEELMSSEVFAPLLRLSPPPGDHDYIYNLDESEGVCDLFDVPVLNL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ECMSSELLEELMSSEVFAPLLRLSPPPGDHDYIYNLDESEGVCDLFDVPVLNL
370 380 390 400 410
>>CCDS47885.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 (346 aa)
initn: 1065 init1: 864 opt: 1109 Z-score: 654.4 bits: 129.8 E(32554): 3.9e-30
Smith-Waterman score: 1149; 52.2% identity (64.5% similar) in 414 aa overlap (6-412:33-345)
10 20
pF1KB7 MAEAGPQAPPPP------GTPSRHEKSLGLLTTKF
:: :::: : ::::::::::::::
CCDS47 AAEPASSGQQAPAGQGQGQRPPPQPPQAQAPQPPPPPQLGGAGGGSSRHEKSLGLLTTKF
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 VSLLQEAKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCN
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::: :::
CCDS47 VSLLQEAKDGVLDLKAAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIDLIEKKSKNSIQWKGVGAGCN
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 TREIADKLIELKAEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCF
:.:. :.: ::::::.:. .:.::::.:.:.::::.:: .: :. ..:::::::: ::
CCDS47 TKEVIDRLRYLKAEIEDLELKERELDQQKLWLQQSIKNVMDDSINNRFSYVTHEDICNCF
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 AGDTLLAIRAPSGTSLEVPIPE-GLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVAVP
:::::::.:::::.::::::: : ::::::::.::: ::::.:::.:::. :: ::. :
CCDS47 NGDTLLAIQAPSGTQLEVPIPEMGQNGQKKYQINLKSHSGPIHVLLINKESSSSKPVVFP
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VPPPEDLLQSPSAVSTPPPLPKPALAQSQEASRPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEI
::::.:: : :.: .:::.
CCDS47 VPPPDDLTQ------------------------PSSQSLTPV------------------
250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 TVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSG
: .:.: ..:: .. .. ::... : ::..:
CCDS47 -------TPQKSSMATQNLPEQHVSERSQALQQTSATDISSAGS----------------
270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 PNPSTSFEPIKADPTGVLELPKELSEIFDPTRECMSSELLEELMSSEVFAPLLRLSPPPG
.:.....:::::.:: ::::::: :.
CCDS47 ----------------------------------ISGDIIDELMSSDVF-PLLRLSPTPA
300 310 320
390 400 410
pF1KB7 DHDYIYNLDESEGVCDLFDVPVLNL
: :: .:::..::::::::: .::
CCDS47 D-DYNFNLDDNEGVCDLFDVQILNY
330 340
>>CCDS47886.1 E2F5 gene_id:1875|Hs108|chr8 (345 aa)
initn: 1065 init1: 864 opt: 1105 Z-score: 652.1 bits: 129.4 E(32554): 5.3e-30
Smith-Waterman score: 1146; 52.2% identity (64.3% similar) in 414 aa overlap (6-412:33-344)
10 20
pF1KB7 MAEAGPQAPPPP------GTPSRHEKSLGLLTTKF
:: :::: : ::::::::::::::
CCDS47 AAEPASSGQQAPAGQGQGQRPPPQPPQAQAPQPPPPPQLGGAGGGSSRHEKSLGLLTTKF
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 VSLLQEAKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCN
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::: :::
CCDS47 VSLLQEAKDGVLDLKAAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIDLIEKKSKNSIQWKGVGAGCN
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 TREIADKLIELKAEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCF
:.:. :.: ::::::.:. .:.::::.:.:.::::.:: .: :. ..:::::::: ::
CCDS47 TKEVIDRLRYLKAEIEDLELKERELDQQKLWLQQSIKNVMDDSINNRFSYVTHEDICNCF
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 AGDTLLAIRAPSGTSLEVPIPE-GLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVAVP
:::::::.:::::.::::::: : ::::::::.::: ::::.:::.:::. :: ::. :
CCDS47 NGDTLLAIQAPSGTQLEVPIPEMGQNGQKKYQINLKSHSGPIHVLLINKESSSSKPVVFP
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 VPPPEDLLQSPSAVSTPPPLPKPALAQSQEASRPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEI
::::.:: : :.: .:::.
CCDS47 VPPPDDLTQ------------------------PSSQSLTPV------------------
250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 TVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSG
: .:.: ..:: .. .. ::... : ::.:
CCDS47 -------TPQKSSMATQNLPEQHVSERSQALQQTSATDISSGS-----------------
270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 PNPSTSFEPIKADPTGVLELPKELSEIFDPTRECMSSELLEELMSSEVFAPLLRLSPPPG
.:.....:::::.:: ::::::: :.
CCDS47 ----------------------------------ISGDIIDELMSSDVF-PLLRLSPTPA
300 310 320
390 400 410
pF1KB7 DHDYIYNLDESEGVCDLFDVPVLNL
: :: .:::..::::::::: .::
CCDS47 D-DYNFNLDDNEGVCDLFDVQILNY
330 340
>>CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs108|chr1 (437 aa)
initn: 460 init1: 184 opt: 563 Z-score: 341.7 bits: 72.3 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 563; 43.8% identity (64.9% similar) in 251 aa overlap (6-253:118-360)
10 20 30
pF1KB7 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQE
:..: :: .:.. :::::: ::. ::.:
CCDS23 KLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKCIRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSE
90 100 110 120 130 140
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 AKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREIAD
..::::::. ::..: : ::::::::::::::: ::.::.::.::: : : . .
CCDS23 SEDGVLDLNWAAEVLDV-QKRRIYDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTR-PG
150 160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KLIELKAEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDI--CRCFAGDT
: .: :..::.. :: ::: . :....::: :. :::::..:: : .:
CCDS23 KQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQSCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQT
210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LLAIRAPSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWS-SPPVAVPVPPP
..:..:: : :::: . . ::.:::..::::: : .:. . : :.:
CCDS23 VIAVKAPPQTRLEVPD----RTEDNLQIYLKSTQGPIEVYLCPEEVQEPDSPSEEPLPST
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 EDLLQSPSAVSTPPPLPKPALAQSQEASRPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEITVSG
: ::.. . : :.. . .: : .: :: .:
CCDS23 STLCPSPDS-AQPSSSTDPSIMEPTASSVP-APAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPH
330 340 350 360 370
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 GPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSGPNPS
CCDS23 PLLQQTEDQFLSPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLLIN
380 390 400 410 420 430
>>CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 578 init1: 172 opt: 514 Z-score: 313.4 bits: 67.1 E(32554): 3.9e-11
Smith-Waterman score: 522; 41.6% identity (65.6% similar) in 262 aa overlap (6-244:167-417)
10 20 30
pF1KB7 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQE
:..: :. .:.. :::::: ::..::..
CCDS45 ELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQ
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 AKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREIAD
. ::::::. ::..: : ::::::::::::::: ::.:::::..:: ::. : .
CCDS45 SPDGVLDLNKAAEVLKV-QKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWM----GCSLSEDGG
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KLIE---LKAEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCFAG-
: . :. :. ::.:.:..::. ... .::: .:. :::::..:: : ..:
CCDS45 MLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDI-RKISGL
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200
pF1KB7 --DTLLAIRAPSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVA---
.:.....:: : :::: .. .. :::: :..::::: : .:. . :.
CCDS45 KDQTVIVVKAPPETRLEVP-----DSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKTNN
320 330 340 350 360
210 220 230 240 250
pF1KB7 ------VPVPPPEDLLQSPS-----AVSTP--PPLPKPA-LAQSQEASRPNSPQLTPTAV
.: : .:: .. : .:: :: .:: : :. : . :..
CCDS45 QDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNL
370 380 390 400 410 420
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 PGSAEVQGMAGPAAEITVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSSSS
CCDS45 LPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
430 440 450 460
>>CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs108|chr6 (334 aa)
initn: 567 init1: 166 opt: 502 Z-score: 308.6 bits: 65.8 E(32554): 7.2e-11
Smith-Waterman score: 511; 41.3% identity (65.2% similar) in 264 aa overlap (4-244:34-286)
10 20 30
pF1KB7 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLL
:. ..: : .:.. :::::: ::..::
CCDS58 QQQAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKKKTRYDTSLGLLTKKFIQLL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 QEAKDGVLDLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREI
... ::::::. ::..: : ::::::::::::::: ::.:::::..:: : :. :
CCDS58 SQSPDGVLDLNKAAEVLKV-QKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMG----CSLSED
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ADKLIE---LKAEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCFA
. : . :. :. ::.:.:..::. ... .::: .:. :::::..:: : ..
CCDS58 GGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQDI-RKIS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 G---DTLLAIRAPSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSSPPVA-
: .:.....:: : :::: .. .. :::: :..::::: : .:. . :.
CCDS58 GLKDQTVIVVKAPPETRLEVP-----DSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETHSPMKT
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB7 --------VPVPPPEDLLQSPS-----AVSTP--PPLPKPA-LAQSQEASRPNSPQLTPT
.: : .:: .. : .:: :: .:: : :. : . :..
CCDS58 NNQDHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVSMGNLSPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFV
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 AVPGSAEVQGMAGPAAEITVSGGPGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSS
CCDS58 NLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
300 310 320 330
413 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 04:47:01 2016 done: Mon Nov 7 04:47:01 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]