Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7953
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7953, 256 aa
1>>>pF1KB7953 256 - 256 aa - 256 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4540+/-0.00097; mu= 14.4644+/- 0.058
mean_var=88.1223+/-17.340, 0's: 0 Z-trim(106.7): 88 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.136625
statistics sampled from 9022 (9113) to 9022 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 1.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 256) 1713 347.5 5.2e-96
CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 230) 1303 266.7 1e-71
CCDS43216.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 250) 1074 221.5 4.2e-58
CCDS43217.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 225) 1070 220.7 6.8e-58
CCDS43215.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 216) 1068 220.3 8.6e-58
CCDS3428.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 229) 1066 219.9 1.2e-57
CCDS7525.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 225) 1046 216.0 1.8e-56
CCDS7524.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 220) 1043 215.4 2.7e-56
CCDS47035.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 188) 1036 213.9 6.2e-56
CCDS41562.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 252) 1035 213.9 8.8e-56
CCDS7522.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 270) 1034 213.7 1.1e-55
CCDS7521.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 285) 1034 213.7 1.1e-55
CCDS7523.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 227) 1019 210.7 7.2e-55
CCDS34285.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 225) 1004 207.7 5.6e-54
CCDS4374.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 216) 1002 207.3 7.1e-54
CCDS34286.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 227) 1002 207.3 7.4e-54
CCDS64313.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 188) 978 202.5 1.7e-52
CCDS64312.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 241) 677 143.3 1.5e-34
CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 190) 578 123.7 9.3e-29
CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 172) 541 116.3 1.4e-26
CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1 ( 193) 538 115.8 2.2e-26
CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2 ( 193) 538 115.8 2.2e-26
CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8 ( 193) 530 114.2 6.6e-26
CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2 ( 191) 525 113.2 1.3e-25
CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1 ( 191) 522 112.6 2e-25
CCDS7526.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 184) 459 100.2 1e-21
CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17 ( 200) 432 94.9 4.5e-20
CCDS4865.1 GUCA1B gene_id:2979|Hs108|chr6 ( 200) 354 79.5 1.9e-15
CCDS4864.1 GUCA1A gene_id:2978|Hs108|chr6 ( 201) 332 75.2 3.8e-14
CCDS2954.1 GUCA1C gene_id:9626|Hs108|chr3 ( 209) 296 68.1 5.4e-12
>>CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 (256 aa)
initn: 1713 init1: 1713 opt: 1713 Z-score: 1837.1 bits: 347.5 E(32554): 5.2e-96
Smith-Waterman score: 1713; 100.0% identity (100.0% similar) in 256 aa overlap (1-256:1-256)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQPAKEVTKASDGSLLGDLGHTPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 MQPAKEVTKASDGSLLGDLGHTPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 DSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 DSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 FFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 YITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQ
190 200 210 220 230 240
250
pF1KB7 KDENIMSSMQLFENVI
::::::::::::::::
CCDS20 KDENIMSSMQLFENVI
250
>>CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 (230 aa)
initn: 1303 init1: 1303 opt: 1303 Z-score: 1401.0 bits: 266.7 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 1303; 100.0% identity (100.0% similar) in 196 aa overlap (61-256:35-230)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 KWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GMELCAMAVVVLLFIAVLKQFGILEPISMEDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTK
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFED
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 FVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDA
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250
pF1KB7 PAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
190 200 210 220 230
>>CCDS43216.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 (250 aa)
initn: 1060 init1: 1060 opt: 1074 Z-score: 1156.5 bits: 221.5 E(32554): 4.2e-58
Smith-Waterman score: 1080; 66.9% identity (85.7% similar) in 245 aa overlap (12-256:15-250)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MQPAKEVTKASDGSLLGDLGHTPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAP
..: : . .. : :..:: :: . :. : .: ...:
CCDS43 MNVRRVESISAQLEEASSTGGFLYAQNSTKRSIK---ERLMK--LLPCSAAK----TSSP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 QGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLI
..: ..:::..::::.::.:. :.::.:::::::: ::::::::::.:.:.:.::: :
CCDS43 AIQNSVEDELEMATVRHRPEALELLEAQSKFTKKELQILYRGFKNECPSGVVNEETFKEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 YAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDIN
:.:::::::.::::::::::::.: :::. ::::. ::::::::::.:::.:::::::::
CCDS43 YSQFFPQGDSTTYAHFLFNAFDTDHNGAVSFEDFIKGLSILLRGTVQEKLNWAFNLYDIN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLE
::::::::::: :::.::::::. :::.:.:::: .::: ::.:::.:.::::::.::.:
CCDS43 KDGYITKEEMLDIMKAIYDMMGKCTYPVLKEDAPRQHVETFFQKMDKNKDGVVTIDEFIE
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KB7 ACQKDENIMSSMQLFENVI
.:::::::: :::::::::
CCDS43 SCQKDENIMRSMQLFENVI
240 250
>>CCDS43217.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 (225 aa)
initn: 1068 init1: 1068 opt: 1070 Z-score: 1152.9 bits: 220.7 E(32554): 6.8e-58
Smith-Waterman score: 1070; 71.0% identity (88.8% similar) in 224 aa overlap (34-256:5-225)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 AKEVTKASDGSLLGDLGHTPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSS-TAPQGSDS
: : .:. : .....: :. .::
CCDS43 MSGCRKRCKREILK---FAQYLLRLLTGSLHTDS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFF
..:::..::::.::.:. :.::.:::::::: ::::::::::.:.:.:.::: ::.:::
CCDS43 VEDELEMATVRHRPEALELLEAQSKFTKKELQILYRGFKNECPSGVVNEETFKEIYSQFF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYI
::::.::::::::::::.: :::. ::::. ::::::::::.:::.::::::::::::::
CCDS43 PQGDSTTYAHFLFNAFDTDHNGAVSFEDFIKGLSILLRGTVQEKLNWAFNLYDINKDGYI
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKD
:::::: :::.::::::. :::.:.:::: .::: ::.:::.:.::::::.::.:.::::
CCDS43 TKEEMLDIMKAIYDMMGKCTYPVLKEDAPRQHVETFFQKMDKNKDGVVTIDEFIESCQKD
160 170 180 190 200 210
250
pF1KB7 ENIMSSMQLFENVI
:::: :::::::::
CCDS43 ENIMRSMQLFENVI
220
>>CCDS43215.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 (216 aa)
initn: 1068 init1: 1068 opt: 1068 Z-score: 1151.0 bits: 220.3 E(32554): 8.6e-58
Smith-Waterman score: 1068; 76.6% identity (93.0% similar) in 201 aa overlap (56-256:16-216)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 KKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQ
: . .:: ..:::..::::.::.:. :.::
CCDS43 MNVRRVESISAQLEEASSTGDSVEDELEMATVRHRPEALELLEAQ
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 TKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGA
.:::::::: ::::::::::.:.:.:.::: ::.:::::::.::::::::::::.: :::
CCDS43 SKFTKKELQILYRGFKNECPSGVVNEETFKEIYSQFFPQGDSTTYAHFLFNAFDTDHNGA
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPI
. ::::. ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::: :::.::::::. :::.
CCDS43 VSFEDFIKGLSILLRGTVQEKLNWAFNLYDINKDGYITKEEMLDIMKAIYDMMGKCTYPV
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250
pF1KB7 LREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
:.:::: .::: ::.:::.:.::::::.::.:.:::::::: :::::::::
CCDS43 LKEDAPRQHVETFFQKMDKNKDGVVTIDEFIESCQKDENIMRSMQLFENVI
170 180 190 200 210
>>CCDS3428.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 (229 aa)
initn: 1066 init1: 1066 opt: 1066 Z-score: 1148.5 bits: 219.9 E(32554): 1.2e-57
Smith-Waterman score: 1066; 78.1% identity (93.9% similar) in 196 aa overlap (61-256:34-229)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 KWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTK
:: ..:::..::::.::.:. :.::.::::
CCDS34 EGLEMIAVLIVIVLFVKLLEQFGLIEAGLEDSVEDELEMATVRHRPEALELLEAQSKFTK
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFED
:::: ::::::::::.:.:.:.::: ::.:::::::.::::::::::::.: :::. :::
CCDS34 KELQILYRGFKNECPSGVVNEETFKEIYSQFFPQGDSTTYAHFLFNAFDTDHNGAVSFED
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 FVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDA
:. ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::: :::.::::::. :::.:.:::
CCDS34 FIKGLSILLRGTVQEKLNWAFNLYDINKDGYITKEEMLDIMKAIYDMMGKCTYPVLKEDA
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250
pF1KB7 PAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
: .::: ::.:::.:.::::::.::.:.:::::::: :::::::::
CCDS34 PRQHVETFFQKMDKNKDGVVTIDEFIESCQKDENIMRSMQLFENVI
190 200 210 220
>>CCDS7525.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 (225 aa)
initn: 1035 init1: 1035 opt: 1046 Z-score: 1127.3 bits: 216.0 E(32554): 1.8e-56
Smith-Waterman score: 1046; 69.2% identity (86.6% similar) in 224 aa overlap (35-256:5-225)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 KEVTKASDGSLLGDLGHTPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCC--LVKWILSSTAPQGSDS
:: :. : . : . . .: .: ::
CCDS75 MNRCPRRCRSPLGQAARSLYQLVTGSLSP---DS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFF
:.:.::::: :.::::.::: :::::.:::: ::::::::::.:.:.:..:: ::.:::
CCDS75 VDDEFELSTVCHRPEGLEQLQEQTKFTRKELQVLYRGFKNECPSGIVNEENFKQIYSQFF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYI
::::..::: :::::::.. .:.. :::::.:::..::::: ..:.:::::::.:::: :
CCDS75 PQGDSSTYATFLFNAFDTNHDGSVSFEDFVAGLSVILRGTVDDRLNWAFNLYDLNKDGCI
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKD
:::::: ::::::::::..::: :::.:: :::: ::.:::::.:::::::::.:.::::
CCDS75 TKEEMLDIMKSIYDMMGKYTYPALREEAPREHVESFFQKMDRNKDGVVTIEEFIESCQKD
160 170 180 190 200 210
250
pF1KB7 ENIMSSMQLFENVI
:::: :::::.:::
CCDS75 ENIMRSMQLFDNVI
220
>>CCDS7524.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 (220 aa)
initn: 1043 init1: 1043 opt: 1043 Z-score: 1124.3 bits: 215.4 E(32554): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1043; 73.2% identity (91.2% similar) in 205 aa overlap (52-256:16-220)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 TPLSKKEGIKWQRPRLSRQALMRCCLVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQ
:... : .:: :.:.::::: :.::::.:
CCDS75 MRGQGRKESLSDSRDLDGSYDQLTDSVDDEFELSTVCHRPEGLEQ
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 LQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDAD
:: :::::.:::: ::::::::::.:.:.:..:: ::.:::::::..::: :::::::..
CCDS75 LQEQTKFTRKELQVLYRGFKNECPSGIVNEENFKQIYSQFFPQGDSSTYATFLFNAFDTN
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 GNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEKLKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRH
.:.. :::::.:::..::::: ..:.:::::::.:::: ::::::: ::::::::::..
CCDS75 HDGSVSFEDFVAGLSVILRGTVDDRLNWAFNLYDLNKDGCITKEEMLDIMKSIYDMMGKY
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250
pF1KB7 TYPILREDAPAEHVERFFEKMDRNQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI
::: :::.:: :::: ::.:::::.:::::::::.:.:::::::: :::::.:::
CCDS75 TYPALREEAPREHVESFFQKMDRNKDGVVTIEEFIESCQKDENIMRSMQLFDNVI
170 180 190 200 210 220
>>CCDS47035.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 (188 aa)
initn: 1036 init1: 1036 opt: 1036 Z-score: 1117.7 bits: 213.9 E(32554): 6.2e-56
Smith-Waterman score: 1036; 78.7% identity (94.1% similar) in 188 aa overlap (69-256:1-188)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 RQALMRCCLVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYR
..::::.::.:. :.::.:::::::: :::
CCDS47 MATVRHRPEALELLEAQSKFTKKELQILYR
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GFKNECPTGLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSIL
:::::::.:.:.:.::: ::.:::::::.::::::::::::.: :::. ::::. :::::
CCDS47 GFKNECPSGVVNEETFKEIYSQFFPQGDSTTYAHFLFNAFDTDHNGAVSFEDFIKGLSIL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
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