Result of FASTA (omim) for
pF1KB7857
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7857, 553 aa
1>>>pF1KB7857 553 - 553 aa - 553 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7809+/-0.000509; mu= 20.5385+/- 0.032
mean_var=280.3357+/-56.045, 0's: 0 Z-trim(118.2): 2003 B-trim: 143 in 1/53
Lambda= 0.076601
statistics sampled from 28621 (30944) to 28621 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.699), E-opt: 0.2 (0.363), width: 16
Scan time: 7.910
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 73 ( 536) 1258 153.2 1.9e-36
XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1258 153.2 1.9e-36
XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 550) 1258 153.2 1.9e-36
XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1258 153.2 1.9e-36
XP_005259754 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger ( 551) 1258 153.2 1.9e-36
NP_056209 (OMIM: 194538) zinc finger protein 10 [H ( 573) 1240 151.3 7.8e-36
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1233 150.6 1.4e-35
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1213 148.4 6.4e-35
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1213 148.4 6.4e-35
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1213 148.4 6.4e-35
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1213 148.4 6.6e-35
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1213 148.4 6.6e-35
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1213 148.4 6.6e-35
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1213 148.4 6.6e-35
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1213 148.4 6.6e-35
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1213 148.4 6.6e-35
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1213 148.4 6.7e-35
XP_016869852 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 591) 1206 147.5 1.1e-34
NP_003439 (OMIM: 603404) zinc finger protein 169 i ( 604) 1206 147.6 1.1e-34
XP_016869851 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 604) 1206 147.6 1.1e-34
XP_016869853 (OMIM: 603404) PREDICTED: zinc finger ( 590) 1203 147.2 1.3e-34
NP_919301 (OMIM: 603404) zinc finger protein 169 i ( 603) 1203 147.2 1.4e-34
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1191 145.8 3.3e-34
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1191 146.0 3.6e-34
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1191 146.0 3.6e-34
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1191 146.0 3.6e-34
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1191 146.0 3.6e-34
XP_011517960 (OMIM: 616085) PREDICTED: zinc finger ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311179 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001171572 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311175 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001007095 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311174 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_003412 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37A i ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311180 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
XP_011517959 (OMIM: 616085) PREDICTED: zinc finger ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311176 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311178 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
XP_011517958 (OMIM: 616085) PREDICTED: zinc finger ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001311177 (OMIM: 616085) zinc finger protein 37 ( 561) 1185 145.2 5.2e-34
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1181 144.4 5.9e-34
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1181 144.6 6.6e-34
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1181 144.6 6.6e-34
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1181 144.6 6.6e-34
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1181 144.6 6.6e-34
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1181 144.6 6.7e-34
NP_066971 (OMIM: 604756) zinc finger protein 273 [ ( 569) 1161 142.5 3.3e-33
XP_016867177 (OMIM: 604756) PREDICTED: zinc finger ( 569) 1161 142.5 3.3e-33
XP_006723247 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 566) 1156 142.0 4.8e-33
XP_016882229 (OMIM: 606741) PREDICTED: zinc finger ( 585) 1156 142.0 4.9e-33
>>NP_001152765 (OMIM: 603984) zinc finger protein 737 [H (536 aa)
initn: 2120 init1: 1077 opt: 1258 Z-score: 775.3 bits: 153.2 E(85289): 1.9e-36
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10 20 30 40 50
pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGE
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60 70 80 90 100 110
pF1KB7 EPWVPSGTDTTLSRTTYRRRNPGSWSLTEDRDVSGEWP-RAFPDTPPGMTTSVFPVAG--
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NP_001 KP-------LTMKKHEMVA-NPSVTCSHFARDL---WPEQSIKDSFQKVTLRRYENYGHD
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pF1KB7 ------ACHSVKSLQ-RQRGASPSRERKPTGVSVIYW-ERLL--LGSGSGQASVSLRLTS
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pF1KB7 PLRPPEGVRLREKTLTEHALLGRQPRTPERQKPCAQEVPGRTFGSAQDLEAAGGRGHHRM
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pF1KB7 GAVWQEPHRLLGGQEPSTWDELG--EALHAGEKSFECRACSKVFVKSSDLLKHLRTHTGE
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NP_001 HTGEKRYKCEDCGKAFSRFSYLTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKRSSNLTTHKIIHTGE
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pF1KB7 RPYECAQCGKAFSQTSHLTQHQRIHSGETPYACPVCGKAFRHSSSLVRHQRIHTAEKSFR
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NP_001 KPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTGEKPYK
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NP_001 CEECGRAFKYFSSLTTHKIIHSGEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPYKCEEC
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pF1KB7 AKGAVLLSHRRIHTGEKPFVCTQCGRAFRERPALFHHQRIHTGEKTVRRSRASLHPQARS
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NP_001 NSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGKGFKCPS
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530 540 550
pF1KB7 VAGASSEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
NP_001 TLTTHKVIHTGEKL
530
>>XP_011525901 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger pro (550 aa)
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Smith-Waterman score: 1258; 38.7% identity (64.6% similar) in 525 aa overlap (1-510:4-510)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGE
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XP_011 KP-------LTMKKHEMVA-NPSVTCSHFARDL---WPEQSIKDSFQKVTLRRYENYGHD
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pF1KB7 ------ACHSVKSLQ-RQRGASPSRERKPTGVSVIYW-ERLL--LGSGSGQASVSLRLTS
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pF1KB7 PLRPPEGVRLREKTLTEHALLGRQPRTPERQKPCAQEVPGRTFGSAQDLEAAGGRGHHRM
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XP_011 K-KPFKCIECG-KAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLTT-----HKRI
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pF1KB7 GAVWQEPHRLLGGQEPSTWDELG--EALHAGEKSFECRACSKVFVKSSDLLKHLRTHTGE
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pF1KB7 RPYECAQCGKAFSQTSHLTQHQRIHSGETPYACPVCGKAFRHSSSLVRHQRIHTAEKSFR
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XP_011 CEECGRAFKYFSSLTTHKIIHSGEKPYKCEECGKAFNWSSHLTTHKRIHTGEKPYKCEEC
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pF1KB7 GAAFSQGSSLFKHQRVHTGEKPFACPQCGRAFSHSSNLTQHQLLHTGERPFRCVDCGKAF
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pF1KB7 AKGAVLLSHRRIHTGEKPFVCTQCGRAFRERPALFHHQRIHTGEKTVRRSRASLHPQARS
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XP_011 NSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGKGFKCPS
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pF1KB7 VAGASSEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
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530 540 550
>>XP_006722660 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger pro (550 aa)
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Smith-Waterman score: 1258; 38.7% identity (64.6% similar) in 525 aa overlap (1-510:4-510)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGE
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XP_006 NSSSHLTAHKRIHTGEKPYKCERCGKAFKRSFILTRHKRIHTGEKPYKCEECGKGFKCPS
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pF1KB7 VAGASSEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
XP_006 TLTTHKFFVYCREVAVLLENCYSHLYPH
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>>XP_011525900 (OMIM: 603984) PREDICTED: zinc finger pro (551 aa)
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Smith-Waterman score: 1258; 38.7% identity (64.6% similar) in 525 aa overlap (1-510:4-510)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGE
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XP_011 MGPLQFRDVAIEFSLEEWHCLDTAQRNLYRNVMLENYRNLVFLGIVVSKPDLITCLEQGK
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pF1KB7 EPWVPSGTDTTLSRTTYRRRNPGSWSLTEDRDVSGEWP-RAFPDTPPGMTTSVFPVAG--
.: :... . ::. ::. :: ... :. .: . :
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70 80 90 100
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pF1KB7 ------ACHSVKSLQ-RQRGASPSRERKPTGVSVIYW-ERLL--LGSGSGQASVSLRLTS
.:.:: . ..:: . . : : :. .. . . . :.. ..: :.
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pF1KB7 PLRPPEGVRLREKTLTEHALLGRQPRTPERQKPCAQEVPGRTFGSAQDLEAAGGRGHHRM
.: . .. :.... . : . . .:: : :..:. .. : . :.:.
XP_011 K-KPFKCIECG-KAFNQSSTLTTHKKIHTGEKPFKCEECGKAFNWSSHLTT-----HKRI
170 180 190 200 210 220
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. .. . :. : .. : . .:.::: ..:. :.:.: .::.: : ::::
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.::.: .:::::...: :: :. ::::: :: : :::::.: : :. :.::::.:: ..
XP_011 KPYKCEECGKAFKRSSILTAHKIIHSGEKPYKCEECGKAFKHPSVLTTHKRIHTGEKPYK
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: ::. .::: :. .:::..:: : .::.::. : :: :. .::::.:..: .:::::
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... : .:.::::::::. : .::.::.. : .:.::::::: .
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530 540 550
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530 540 550
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pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGE
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pF1KB7 ------ACHSVKSLQ-RQRGASPSRERKPTGVSVIYW-ERLL--LGSGSGQASVSLRLTS
.:.:: . ..:: . . : : :. .. . . . :.. ..: :.
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.: . .. :.... . : . . .:: : :..:. .. : . :.:.
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. .. . :. : .. : . .:.::: ..:. :.:.: .::.: : ::::
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.::.: .:::::...: :: :. ::::: :: : :::::.: : :. :.::::.:: ..
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pF1KB7 CSECGKAFSHGSNLSQHRKIHAGGRPYACAQCGRRFCRNSHLIQHERTHTGEKPFVCALC
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: ::. .::: :. .:::..:: : .::.::. : :: :. .::::.:..: .:::::
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pF1KB7 VAGASSEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
XP_005 TLTTHKRSGCPTRKLLLSSVSTLNNSEWK
530 540 550
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10 20 30 40
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. . : . : : . :. :.: . .: :.: .. : :.:: :
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... : .. : . . :. .....: :: .::. :.: : :.
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:: ::..: . :..:::.: :.: : .:.. :.: .:: : .::. : ...::: :.:::
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:..: ::::.:.....:. :.::::::::. : :::.:: .. :..:::::.::.: .
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NP_056 NQCGIIFSQNSPFIVHQIAHTGEQFLTCNQCGTALVNTSNLIGYQTNHIRENAY
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..:.:::. :: .:: :::::: ::: :::.:. .. ::...:.: .. ::.:.
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. : ... .: .. .: : : . .. :. .: . .. .. .. .
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:.. .: . . :. ..:: :..:: . : . .: : :.. :
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pF1KB7 PHRLLGGQEPSTWDEL---GEALHAGEKSFECRACSKVFVKSSDLLKHLRTHTGERPYEC
:. . :. . .:.::: ..:. :.:.: .::.:.:: . ::::.::.:
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.:::.:.. : :: :. ::.:: :: : ::::: .::.:. :..:::.:: ..: :::
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pF1KB7 KAFSHGSNLSQHRKIHAGGRPYACAQCGRRFCRNSHLIQHERTHTGEKPFVCALCGAAFS
:::...:::. :. ::.: .:: : .::. : ...:: :: ::::::. : :: ::.
NP_001 KAFKQSSNLTTHKIIHTGEKPYKCKKCGKAFNQSAHLTTHEVIHTGEKPYKCEKCGKAFN
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pF1KB7 QGSSLFKHQRVHTGEKPFACPQCGRAFSHSSNLTQHQLLHTGERPFRCVDCGKAFAKGAV
. : : :. .::::::. : .::.::.:::.::.:...::::.:..: .: ::: ...
NP_001 HFSHLTTHKIIHTGEKPYKCKECGKAFKHSSTLTKHKIIHTGEKPYKCKECEKAFNQSSK
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pF1KB7 LLSHRRIHTGEKPFVCTQCGRAFRERPALFHHQRIHTGEKTVRRSRASLHPQARSVAGAS
: :..:::::::. : .::.:: . : .:.. :: :: .
NP_001 LTEHKKIHTGEKPYECEKCGKAFNQSSNLTRHKKSHTEEKPYKCEECGKGFKWPSTLTIH
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pF1KB7 SEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
NP_001 KIIHTGEKPYKCEECGKAFNQSSKLTKHKKIHTGEKPYTCEECGKAFNQSSNLTKHKRIH
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>--
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: ::::.:. :.:. :. ::.: .:: :
NP_001 YECEKCGKAFNQSSNLTRHKKSHTEEKPYKCEECGKGFKWPSTLTIHKIIHTGEKPYKCE
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pF1KB7 QCGRRFCRNSHLIQHERTHTGEKPFVCALCGAAFSQGSSLFKHQRVHTGEKPFACPQCGR
.::. : ..:.: .:.. ::::::..: :: ::.:.:.: ::.:.::::::. : .: .
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::. :: ::.:...::::.
NP_001 AFKWSSVLTKHKIIHTGEKLQI
610 620
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
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Smith-Waterman score: 1250; 40.3% identity (63.9% similar) in 501 aa overlap (30-507:1-478)
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pF1KB7 MAFEDVAVYFSQEEWGLLDTAQRALYRRVMLDNFALVASLGLSTSRPRVVIQLERGEEPW
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NP_001 MLDTFRLLVSVGHWLPKPNVISLLEQEAELW
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pF1KB7 -----VPSGTDTTLSRTTYRRRNPGSWSLTEDRDVS----------GEWPRAFPDTPPGM
.:.:. : . . . ...:. . : : : ::
NP_001 AVESRLPQGVYPDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLWYCRGEDTEGHW
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: :.:..:: . .: . :. . :.: .: :. ..:: :
NP_001 EWS-------CESLESLAVPVAFTPVKT--PV---LEQWQR----NGFGE-NISLNPDLP
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pF1KB7 LRPPEGVRLREKTLTEHALLGRQPRTPERQKPCAQEVP------GRTFGSAQDLEAAGGR
.: : .: .. ..: :: :..: : :..:. .. :
NP_001 HQPMTPERQSPHTWGTRGKR-EKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIE----
140 150 160 170 180
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pF1KB7 GHHRM--GAVWQEPHRLLGGQEPSTWDELGEALHAGEKSFECRACSKVFVKSSDLLKHLR
::: : : :. : : . :. . .:.::: ..: :...: . . :..: :
NP_001 -HHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB7 THTGERPYECAQCGKAFSQTSHLTQHQRIHSGETPYACPVCGKAFRHSSSLVRHQRIHTA
:::::.::::..:::.:: : ..::.: :.:: :: : ::::::.: :..: ::::.
NP_001 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTG
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pF1KB7 EKSFRCSECGKAFSHGSNLSQHRKIHAGGRPYACAQCGRRFCRNSHLIQHERTHTGEKPF
:: ..:.::::::::.:.:..:..::.: .:: : .::. : . . ::::.::::::::.
NP_001 EKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPY
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pF1KB7 VCALCGAAFSQGSSLFKHQRVHTGEKPFACPQCGRAFSHSSNLTQHQLLHTGERPFRCVD
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NP_001 ECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQ
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pF1KB7 CGKAFAKGAVLLSHRRIHTGEKPFVCTQCGRAFRERPALFHHQRIHTGEKTVRRSRASLH
::::: ... : .:.::::::::. :..::.:: . .: .:::::::::
NP_001 CGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRA
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pF1KB7 PQARSVAGASSEGAPAKETEPTPASGPAAVSQPAEV
NP_001 FSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHS
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>--
initn: 893 init1: 666 opt: 666 Z-score: 421.2 bits: 87.9 E(85289): 1e-16
Smith-Waterman score: 666; 61.6% identity (81.9% similar) in 138 aa overlap (284-421:479-616)
260 270 280 290 300 310
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530 540 550 560 570 580
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 CGRRFCRNSHLIQHERTHTGEKPFVCALCGAAFSQGSSLFKHQRVHTGEKPFACPQCGRA
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590 600 610 620
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]