Result of FASTA (omim) for
pF1KB7836
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7836, 612 aa
1>>>pF1KB7836 612 - 612 aa - 612 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4654+/-0.000725; mu= 23.6906+/- 0.046
mean_var=370.5448+/-75.955, 0's: 0 Z-trim(112.0): 2002 B-trim: 100 in 1/53
Lambda= 0.066628
statistics sampled from 18462 (20764) to 18462 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.563), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 9.180
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005640 (OMIM: 602444) zinc finger protein 354A ( 605) 3548 356.8 1.3e-97
XP_016865280 (OMIM: 602444) PREDICTED: zinc finger ( 605) 3548 356.8 1.3e-97
NP_001311268 (OMIM: 602444) zinc finger protein 35 ( 563) 3281 331.0 6.5e-90
XP_011532947 (OMIM: 602444) PREDICTED: zinc finger ( 563) 3281 331.0 6.5e-90
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1990 207.1 1.6e-52
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1990 207.1 1.6e-52
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1983 206.4 2.5e-52
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1891 197.5 1.1e-49
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1853 193.9 1.4e-48
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1812 189.9 2.2e-47
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1776 187.0 2.9e-46
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1776 187.0 2.9e-46
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1776 187.0 3e-46
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1776 187.0 3e-46
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1776 187.0 3e-46
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 1776 187.0 3e-46
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 1776 187.1 3e-46
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1769 185.8 3.8e-46
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1769 185.9 3.9e-46
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1769 185.9 3.9e-46
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1769 185.9 3.9e-46
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1769 185.9 3.9e-46
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1762 185.1 6.1e-46
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1752 184.2 1.2e-45
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1752 184.2 1.2e-45
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1752 184.3 1.3e-45
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1752 184.3 1.3e-45
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1752 184.3 1.3e-45
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1749 184.1 1.6e-45
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1749 184.1 1.6e-45
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1741 183.1 2.5e-45
NP_009069 (OMIM: 603973) zinc finger protein 90 [H ( 601) 1740 183.0 2.6e-45
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1737 182.7 3.3e-45
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1737 182.7 3.3e-45
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1729 182.1 5.9e-45
>>NP_005640 (OMIM: 602444) zinc finger protein 354A isof (605 aa)
initn: 3104 init1: 3104 opt: 3548 Z-score: 1873.7 bits: 356.8 E(85289): 1.3e-97
Smith-Waterman score: 3548; 86.1% identity (93.4% similar) in 605 aa overlap (1-604:1-604)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAGQREARPQVSLTFEDVAVLFTWDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLSFTKP
:::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::: ::::
NP_005 MAAGQREARPQVSLTFEDVAVLFTRDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLPFTKP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KVISLLQQGEDPWEVEKDSSGVSSLGCKSTPKMTKSTQTQDS-FQEQIRKRLKRDEPWNF
::::::::::::::::::.::::::: ::. : ::::::::: :: : :: .:. ::..
NP_005 KVISLLQQGEDPWEVEKDGSGVSSLGSKSSHKTTKSTQTQDSSFQGLILKRSNRNVPWDL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ISERSCIYEEKLKKQQDKNENLQIISVAHTKILTVDRSHKNVEFGQNFYLKSVFIKQQRF
:. ::: .:.:.:::. ..::.:..: :: :..:::::.:..::: :::.:.:: .
NP_005 KLEKPYIYEGRLEKKQDKKGSFQIVSATHKKIPTIERSHKNTELSQNFSPKSVLIRQQIL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 AKEKTPSKCEIQRNSFKQNSNLLNQSKIKTAEKRYKCSTCEKAFIHNSSLRKHQKNHTGE
.:::: ::::: ::.::::.:::: :: ::.:::::: :::.::..::::::.:::.::
NP_005 PREKTPPKCEIQGNSLKQNSQLLNQPKI-TADKRYKCSLCEKTFINTSSLRKHEKNHSGE
190 200 210 220 230
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pF1KB7 KLFKCKECLKAFSQSSALIQHQRTHTGEKPYICKECGKAFSHSASLCKHLRTHTVEKCYR
:::::::: ::::::::::::: :::::::::::::::::. :.:: :::::::::: ::
NP_005 KLFKCKECSKAFSQSSALIQHQITHTGEKPYICKECGKAFTLSTSLYKHLRTHTVEKSYR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 CKECGKSFSRRSGLFIHQKIHAQENPHKYNPGRKASSYSTSLSGSQKIHLRKKSYLCNEC
::::::::::::::::::::::.::: :::::::::: :::::: :.:: ::::::::::
NP_005 CKECGKSFSRRSGLFIHQKIHAEENPCKYNPGRKASSCSTSLSGCQRIHSRKKSYLCNEC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GNTFKSSSSLRYHQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GNTFKSSSSLRYHQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 TSISRLNRHRIIHTGEKLYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSS
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TSISRLNRHRIIHTGEKFYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 ALIQHQRMHTGERPYKCNECDKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCLECGMSFGQSAALIQ
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::: :::.:::::.::::
NP_005 ALIQHQRMHTGERPYKCNECGKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCEECGISFGQSSALIQ
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540 550 560 570 580 590
pF1KB7 HQRIHTGEKPFKCNTCGKTFRQSSSLIAHQRIHTGEKPYECNACGKLFSQRSSLTNHYKI
:.::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::..::::::::::
NP_005 HRRIHTGEKPFKCNTCGKTFRQSSSRIAHQRIHTGEKPYECNTCGKLFNHRSSLTNHYKI
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KB7 HIEEDSLKADLHV
:::::
NP_005 HIEEDP
600
>>XP_016865280 (OMIM: 602444) PREDICTED: zinc finger pro (605 aa)
initn: 3104 init1: 3104 opt: 3548 Z-score: 1873.7 bits: 356.8 E(85289): 1.3e-97
Smith-Waterman score: 3548; 86.1% identity (93.4% similar) in 605 aa overlap (1-604:1-604)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAAGQREARPQVSLTFEDVAVLFTWDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLSFTKP
:::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::: ::::
XP_016 MAAGQREARPQVSLTFEDVAVLFTRDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLPFTKP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KVISLLQQGEDPWEVEKDSSGVSSLGCKSTPKMTKSTQTQDS-FQEQIRKRLKRDEPWNF
::::::::::::::::::.::::::: ::. : ::::::::: :: : :: .:. ::..
XP_016 KVISLLQQGEDPWEVEKDGSGVSSLGSKSSHKTTKSTQTQDSSFQGLILKRSNRNVPWDL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ISERSCIYEEKLKKQQDKNENLQIISVAHTKILTVDRSHKNVEFGQNFYLKSVFIKQQRF
:. ::: .:.:.:::. ..::.:..: :: :..:::::.:..::: :::.:.:: .
XP_016 KLEKPYIYEGRLEKKQDKKGSFQIVSATHKKIPTIERSHKNTELSQNFSPKSVLIRQQIL
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 AKEKTPSKCEIQRNSFKQNSNLLNQSKIKTAEKRYKCSTCEKAFIHNSSLRKHQKNHTGE
.:::: ::::: ::.::::.:::: :: ::.:::::: :::.::..::::::.:::.::
XP_016 PREKTPPKCEIQGNSLKQNSQLLNQPKI-TADKRYKCSLCEKTFINTSSLRKHEKNHSGE
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pF1KB7 KLFKCKECLKAFSQSSALIQHQRTHTGEKPYICKECGKAFSHSASLCKHLRTHTVEKCYR
:::::::: ::::::::::::: :::::::::::::::::. :.:: :::::::::: ::
XP_016 KLFKCKECSKAFSQSSALIQHQITHTGEKPYICKECGKAFTLSTSLYKHLRTHTVEKSYR
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pF1KB7 CKECGKSFSRRSGLFIHQKIHAQENPHKYNPGRKASSYSTSLSGSQKIHLRKKSYLCNEC
::::::::::::::::::::::.::: :::::::::: :::::: :.:: ::::::::::
XP_016 CKECGKSFSRRSGLFIHQKIHAEENPCKYNPGRKASSCSTSLSGCQRIHSRKKSYLCNEC
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pF1KB7 GNTFKSSSSLRYHQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNTFKSSSSLRYHQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGF
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pF1KB7 TSISRLNRHRIIHTGEKLYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSS
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TSISRLNRHRIIHTGEKFYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSS
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pF1KB7 ALIQHQRMHTGERPYKCNECDKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCLECGMSFGQSAALIQ
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::: :::.:::::.::::
XP_016 ALIQHQRMHTGERPYKCNECGKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCEECGISFGQSSALIQ
480 490 500 510 520 530
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pF1KB7 HQRIHTGEKPFKCNTCGKTFRQSSSLIAHQRIHTGEKPYECNACGKLFSQRSSLTNHYKI
:.::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::..::::::::::
XP_016 HRRIHTGEKPFKCNTCGKTFRQSSSRIAHQRIHTGEKPYECNTCGKLFNHRSSLTNHYKI
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KB7 HIEEDSLKADLHV
:::::
XP_016 HIEEDP
600
>>NP_001311268 (OMIM: 602444) zinc finger protein 354A i (563 aa)
initn: 2837 init1: 2837 opt: 3281 Z-score: 1735.2 bits: 331.0 E(85289): 6.5e-90
Smith-Waterman score: 3281; 85.3% identity (93.1% similar) in 563 aa overlap (43-604:1-562)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 SLTFEDVAVLFTWDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLSFTKPKVISLLQQGEDP
::::::::::::: ::::::::::::::::
NP_001 MLENYRNLVSLGLPFTKPKVISLLQQGEDP
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 WEVEKDSSGVSSLGCKSTPKMTKSTQTQDS-FQEQIRKRLKRDEPWNFISERSCIYEEKL
::::::.::::::: ::. : ::::::::: :: : :: .:. ::.. :. ::: .:
NP_001 WEVEKDGSGVSSLGSKSSHKTTKSTQTQDSSFQGLILKRSNRNVPWDLKLEKPYIYEGRL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 KKQQDKNENLQIISVAHTKILTVDRSHKNVEFGQNFYLKSVFIKQQRFAKEKTPSKCEIQ
.:.:::. ..::.:..: :: :..:::::.:..::: :::.:.:: . .:::: :::::
NP_001 EKKQDKKGSFQIVSATHKKIPTIERSHKNTELSQNFSPKSVLIRQQILPREKTPPKCEIQ
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 RNSFKQNSNLLNQSKIKTAEKRYKCSTCEKAFIHNSSLRKHQKNHTGEKLFKCKECLKAF
::.::::.:::: :: ::.:::::: :::.::..::::::.:::.:::::::::: :::
NP_001 GNSLKQNSQLLNQPKI-TADKRYKCSLCEKTFINTSSLRKHEKNHSGEKLFKCKECSKAF
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pF1KB7 SQSSALIQHQRTHTGEKPYICKECGKAFSHSASLCKHLRTHTVEKCYRCKECGKSFSRRS
:::::::::: :::::::::::::::::. :.:: :::::::::: ::::::::::::::
NP_001 SQSSALIQHQITHTGEKPYICKECGKAFTLSTSLYKHLRTHTVEKSYRCKECGKSFSRRS
210 220 230 240 250 260
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pF1KB7 GLFIHQKIHAQENPHKYNPGRKASSYSTSLSGSQKIHLRKKSYLCNECGNTFKSSSSLRY
::::::::::.::: :::::::::: :::::: :.:: ::::::::::::::::::::::
NP_001 GLFIHQKIHAEENPCKYNPGRKASSCSTSLSGCQRIHSRKKSYLCNECGNTFKSSSSLRY
270 280 290 300 310 320
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pF1KB7 HQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGFTSISRLNRHRII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HQRIHTGEKPFKCSECGRAFSQSASLIQHERIHTGEKPYRCNECGKGFTSISRLNRHRII
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KB7 HTGEKLYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSSALIQHQRMHTGE
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTGEKFYNCNECGKALSSHSTLIIHERIHTGEKPCKCKVCGKAFRQSSALIQHQRMHTGE
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540 550
pF1KB7 RPYKCNECDKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCLECGMSFGQSAALIQHQRIHTGEKPFK
:::::::: :::::::::::::::::::::::: :::.:::::.:::::.::::::::::
NP_001 RPYKCNECGKTFRCNSSLSNHQRIHTGEKPYRCEECGISFGQSSALIQHRRIHTGEKPFK
450 460 470 480 490 500
560 570 580 590 600 610
pF1KB7 CNTCGKTFRQSSSLIAHQRIHTGEKPYECNACGKLFSQRSSLTNHYKIHIEEDSLKADLH
::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::..:::::::::::::::
NP_001 CNTCGKTFRQSSSRIAHQRIHTGEKPYECNTCGKLFNHRSSLTNHYKIHIEEDP
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 V
>>XP_011532947 (OMIM: 602444) PREDICTED: zinc finger pro (563 aa)
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pF1KB7 MAAGQREARPQVSLTFEDVAVLFTWDEWRKLAPSQRNLYRDVMLENYRNLVSLGLSFTKP
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pF1KB7 YRCLECGMSFGQSAALIQHQRIHTGEKPFKCNTCGKTFRQSSSLIAHQRIHTGEKPYECN
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pF1KB7 KVISLLQQGEDPWEVEKDSSGVS--SLGCKSTPKMTKSTQT-QDSFQEQIRKRLKRDEPW
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NP_003 DLITCLEQGKEAWSMKRHEIMVAKPTVMCSHFAQDLWPEQNIKDSFQKVTLKRYGKCRHE
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pF1KB7 NFISERSCIYEEKLKKQQDKNENL-QIISVAHTKILTVDRSHKNVEFGQNFYLKSVFIKQ
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NP_003 NLPLRKGCESMDECKMHKGGCNGLNQCLTATQSKIFQCD---KYVKVAHKFSNSNR--HE
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NP_003 IRHTKKK-PFKCTKCGKSFGMISCLTEHSRIHTRVNFYKCEECGKAFNWSSTLTKHKRIH
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NP_003 KAFKHSSTLTKHKIIHTGEKPYKCKECEKAFNQSSKLTEHKKIHTGEKPYECEKCGKAFN
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:: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]