FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7808, 595 aa
1>>>pF1KB7808 595 - 595 aa - 595 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7540+/-0.000787; mu= 14.8060+/- 0.049
mean_var=350.5758+/-68.865, 0's: 0 Z-trim(112.3): 2022 B-trim: 117 in 1/51
Lambda= 0.068499
statistics sampled from 18809 (21134) to 18809 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 8.670
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006722936 (OMIM: 194543) PREDICTED: zinc finger ( 569) 3224 334.1 7.6e-91
NP_001190179 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 ( 529) 2068 219.8 1.8e-56
NP_066966 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 is ( 532) 2061 219.1 2.9e-56
NP_660338 (OMIM: 612248) zinc finger protein 627 i ( 461) 1851 198.3 4.8e-50
NP_003428 (OMIM: 604078) zinc finger protein 136 [ ( 540) 1847 198.0 6.8e-50
NP_057348 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 is ( 615) 1814 194.8 6.9e-49
XP_011526366 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1807 194.2 1.1e-48
XP_011526364 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 653) 1807 194.2 1.2e-48
NP_001157748 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 ( 663) 1807 194.2 1.2e-48
NP_005806 (OMIM: 606697) zinc finger protein 443 [ ( 671) 1800 193.5 1.9e-48
XP_016881629 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 673) 1796 193.1 2.5e-48
XP_016881628 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 685) 1796 193.1 2.5e-48
XP_011525925 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 718) 1796 193.2 2.6e-48
NP_001277012 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 429) 1688 182.1 3.3e-45
XP_011526082 (OMIM: 612248) PREDICTED: zinc finger ( 429) 1688 182.1 3.3e-45
XP_011526571 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 508) 1682 181.6 5.4e-45
XP_011525924 (OMIM: 606697) PREDICTED: zinc finger ( 639) 1670 180.6 1.4e-44
XP_016882359 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 583) 1657 179.3 3.2e-44
XP_011526368 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 571) 1613 174.9 6.4e-43
XP_016882732 (OMIM: 604078) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1552 168.7 3.8e-41
NP_066358 (OMIM: 194556) zinc finger protein 14 [H ( 642) 1462 160.1 2.1e-38
XP_016882360 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 503) 1443 158.0 6.9e-38
XP_005259991 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger ( 503) 1443 158.0 6.9e-38
NP_001277014 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 351) 1420 155.5 2.8e-37
NP_001277013 (OMIM: 612248) zinc finger protein 62 ( 351) 1420 155.5 2.8e-37
NP_940937 (OMIM: 609571) zinc finger protein 699 [ ( 642) 1422 156.1 3.2e-37
NP_149981 (OMIM: 603983) zinc finger protein 101 i ( 436) 1370 150.7 9.6e-36
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1368 150.8 1.3e-35
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1368 150.8 1.3e-35
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1368 150.8 1.3e-35
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1368 150.8 1.3e-35
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1368 150.8 1.3e-35
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1368 150.8 1.3e-35
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1368 150.8 1.3e-35
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1368 150.8 1.3e-35
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1368 150.8 1.3e-35
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1368 150.8 1.3e-35
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1320 146.0 3.4e-34
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1320 146.0 3.4e-34
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1320 146.1 3.5e-34
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1320 146.1 3.5e-34
NP_066385 (OMIM: 606954) zinc finger protein 253 i ( 499) 1314 145.3 4.7e-34
XP_016882570 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 1299 143.5 1.1e-33
XP_016882571 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 1299 143.5 1.1e-33
NP_067040 (OMIM: 194551) zinc finger protein 77 [H ( 545) 1299 143.9 1.4e-33
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1290 142.9 2.5e-33
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1290 142.9 2.5e-33
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1290 142.9 2.5e-33
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1290 142.9 2.5e-33
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1290 143.1 2.8e-33
>>XP_006722936 (OMIM: 194543) PREDICTED: zinc finger pro (569 aa)
initn: 3224 init1: 3224 opt: 3224 Z-score: 1752.0 bits: 334.1 E(85289): 7.6e-91
Smith-Waterman score: 3224; 90.2% identity (95.9% similar) in 489 aa overlap (2-490:25-513)
10 20 30
pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYREVMLETF
::::: ::::::::::::::::::::::.:::::::
XP_006 MPCCSHRRCREDPGTSESQEMMFQDPVAFDDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYKEVMLETF
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 RNLTSIGKRWKDQNIEYEHQNPRRNFRSLIEEKVNEIKDDSHCGETFTPVPDDRLNFQEK
:::::.:: :::::::::.::::::::::::.:::::::::::::::: :::::::::::
XP_006 RNLTSVGKSWKDQNIEYEYQNPRRNFRSLIEKKVNEIKDDSHCGETFTQVPDDRLNFQEK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KASPEVKSCESFVCGEVGLGNSSFNMSIRGDIGHKAYEYQEYGPKPCKCQQPKKAFRYRP
:::::.:::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_006 KASPEIKSCDSFVCGEVGLGNSSFNMNIRGDIGHKAYEYQEYGPKPCKCQQPKKAFRYHP
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pF1KB7 SFRTQERDHTGEKPNACKVCGKTFISHSSVRRHMVMHSGDGPYKCKFCGKAFHCLRLYLI
:::: .:::::::: ::: ::::::::::..::.::::::::::::::::::::: ::::
XP_006 SFRTPQRDHTGEKPYACKECGKTFISHSSIQRHVVMHSGDGPYKCKFCGKAFHCLSLYLI
190 200 210 220 230 240
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pF1KB7 HERIHTGEKPCECKQCGKSFSYSATHRIHKRTHTGEKPYEYQECGKAFHSPRSYRRHERI
:::::::::: :::::::::::::: :::.:::::::::: :.::::::::: :::::::
XP_006 HERIHTGEKPYECKQCGKSFSYSATLRIHERTHTGEKPYECQQCGKAFHSPRCYRRHERI
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: :::::::::::::::::.::::::::::::. ::: :::::::::::::::.:.::::
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:::::::::: :::.:::::::: :::::::::::::::: :::::::::: ::::::::
XP_006 RPYECKICGKGFCSANSFQRHEKTHSGEKPYKCKQCGKAFIHSSSLRYHERIHTGEKPYE
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pF1KB7 CKQCGKAFRSASHLRVHGRTHTGEKPYECKECGKAFRYVNNLQSHERTQTHIRIHSGERR
::::::::::.:::..:::::::::::::.::::::: ..:::::::::::.:::::::
XP_006 CKQCGKAFRSSSHLQLHGRTHTGEKPYECQECGKAFRSMKNLQSHERTQTHVRIHSGERP
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pF1KB7 YKCKICGKGFYCPKSFQRHEKTHTGEKLYECKQRSVVPSVVPVPFDIMKGLTLERSPINA
::::.::::::::::.:::::::::::::::::
XP_006 YKCKLCGKGFYCPKSLQRHEKTHTGEKLYECKQCGEAFSSSSSFRYHERTHTGEKPYKCK
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pF1KB7 SNVGKPSELCQSFECMVGLTLKRNPMSVSNDGKPSDLPHTFEYVVGHTMERNPMHVRNVG
XP_006 QCGKAFRAASVLRMHGRTHPEDKPYECKQ
550 560
>--
initn: 328 init1: 328 opt: 328 Z-score: 205.3 bits: 47.9 E(85289): 0.00011
Smith-Waterman score: 328; 78.6% identity (91.1% similar) in 56 aa overlap (373-428:514-569)
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pF1KB7 KICGKDFCSVNSFQRHEKIHSGEKPYKCKQCGKAFPHSSSLRYHERTHTGEKPYECKQCG
::.:: :::.:::::::::::::.:::::
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pF1KB7 KAFRSASHLRVHGRTHTGEKPYECKECGKAFRYVNNLQSHERTQTHIRIHSGERRYKCKI
::::.:: ::.::::: .::::::.
XP_006 KAFRAASVLRMHGRTHPEDKPYECKQ
550 560
>>NP_001190179 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 iso (529 aa)
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Smith-Waterman score: 2068; 59.0% identity (78.4% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYREVMLETFRNLTSIGKRWKDQNIEYEHQNPR
:: :::.::::.:::::::::: ::..:::.:: :::.::::.:: :: :::: :..:::
NP_001 MDSVAFEDVAVSFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMQETFKNLTSVGKTWKVQNIEDEYKNPR
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pF1KB7 RNFRSLIEEKVNEIKDDSHCGETFTPVPDDRLNFQEKKASPEVKSCESFVCGEVGLGNSS
::. ::..::. : :.. ::::.:. . :: :: .:. : . ::: :::::: :.::
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pF1KB7 FNMSIRGDIGHKAYEYQEYGPKPCKCQQPKKAFRYRPSFRTQERDHTGEKPNACKVCGKT
.: ::.: :::. :::::: .: . .. :::: : ::..... : ::: : : .:
NP_001 LNTHIRADTGHKSSEYQEYGENPYRNKECKKAFSYLDSFQSHDKACTKEKPYDGKECTET
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pF1KB7 FISHSSVRRHMVMHSGDGPYKCKFCGKAFHCLRLYLIHERIHTGEKPCECKQCGKSFSYS
::::: ..:: ::::::::::::::::::. : : ::::::::: :: .::::::.:. :
NP_001 FISHSCIQRHRVMHSGDGPYKCKFCGKAFYFLNLCLIHERIHTGVKPYKCKQCGKAFTRS
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pF1KB7 ATHRIHKRTHTGEKPYEYQECGKAFHSPRSYRRHERIHMGEKAYQCKECGKAFTCPRYVR
.: .:.::::: . : .:::.:: : :::.: : ::: :.::.:::.: ..
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:. ::. .. :::::::::. . .: : : :.::.::::. ::: : ....:::::
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pF1KB7 IHSGEKPYKCKQCGKAFPHSSSLRYHERTHTGEKPYECKQCGKAFRSASHLRVHGRTHTG
:. .::: ::::::.: .:.:. :::::.::::.:::.:::.:. : ::.: :::::
NP_001 THTEDKPYGCKQCGKGFRCASQLQIHERTHSGEKPHECKECGKVFKYFSSLRIHERTHTG
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:::.:::.::::::: ..:. :::: :.:.. :.::.:::.: : .:.. ::.::
NP_001 EKPHECKQCGKAFRYFSSLHIHERT------HTGDKPYECKVCGKAFTCSSSIRYHERTH
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:::: ::::.
NP_001 TGEKPYECKHCGKAFISNYIRYHERTHTGEKPYQCKQCGKAFIRASSCREHERTHTINR
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>>NP_066966 (OMIM: 194557) zinc finger protein 20 isofor (532 aa)
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Smith-Waterman score: 2061; 58.9% identity (78.3% similar) in 489 aa overlap (2-490:5-483)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYREVMLETFRNLTSIGKRWKDQNIEYEHQ
: :::.::::.:::::::::: ::..:::.:: :::.::::.:: :: :::: :..
NP_066 MMFQDSVAFEDVAVSFTQEEWALLDPSQKNLYRDVMQETFKNLTSVGKTWKVQNIEDEYK
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 NPRRNFRSLIEEKVNEIKDDSHCGETFTPVPDDRLNFQEKKASPEVKSCESFVCGEVGLG
:::::. ::..::. : :.. ::::.:. . :: :: .:. : . ::: :::::: :
NP_066 NPRRNL-SLMREKLCESKESHHCGESFNQIADDMLN---RKTLPGITPCESSVCGEVGTG
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pF1KB7 NSSFNMSIRGDIGHKAYEYQEYGPKPCKCQQPKKAFRYRPSFRTQERDHTGEKPNACKVC
.::.: ::.: :::. :::::: .: . .. :::: : ::..... : ::: : :
NP_066 HSSLNTHIRADTGHKSSEYQEYGENPYRNKECKKAFSYLDSFQSHDKACTKEKPYDGKEC
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pF1KB7 GKTFISHSSVRRHMVMHSGDGPYKCKFCGKAFHCLRLYLIHERIHTGEKPCECKQCGKSF
.:::::: ..:: ::::::::::::::::::. : : ::::::::: :: .::::::.:
NP_066 TETFISHSCIQRHRVMHSGDGPYKCKFCGKAFYFLNLCLIHERIHTGVKPYKCKQCGKAF
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. :.: .:.::::: . : .:::.:: : :::.: : ::: :.::.:::.:
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.. :. ::. .. :::::::::. . .: : : :.::.::::. ::: : ....::
NP_066 SIQYHKMTHTGEKPYECKQCGKAFRCGSHLQKHGRTHTGEKPYECRQCGKAFRCTSDLQR
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::: :. .::: ::::::.: .:.:. :::::.::::.:::.:::.:. : ::.: ::
NP_066 HEKTHTEDKPYGCKQCGKGFRCASQLQIHERTHSGEKPHECKECGKVFKYFSSLRIHERT
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pF1KB7 HTGEKPYECKECGKAFRYVNNLQSHERTQTHIRIHSGERRYKCKICGKGFYCPKSFQRHE
::::::.:::.::::::: ..:. :::: :.:.. :.::.:::.: : .:.. ::
NP_066 HTGEKPHECKQCGKAFRYFSSLHIHERT------HTGDKPYECKVCGKAFTCSSSIRYHE
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.:::::: ::::.
NP_066 RTHTGEKPYECKHCGKAFISNYIRYHERTHTGEKPYQCKQCGKAFIRASSCREHERTHTI
480 490 500 510 520 530
>>NP_660338 (OMIM: 612248) zinc finger protein 627 isofo (461 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 58.6% identity (74.5% similar) in 459 aa overlap (1-459:1-448)
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pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYREVMLETFRNLTSIGKRWKDQNIEYEHQNPR
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70 80 90 100 110
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYREVMLETFRNLTSIGKRWKDQNIEYEHQNP
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XP_011 TFSSPGNLRRHMVVKGGDGPYKCELCGKAFFWPSLLRMHERTHTGEKPYECKQCSKAFPV
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>>XP_011526364 (OMIM: 194542) PREDICTED: zinc finger pro (653 aa)
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pF1KB7 MDPVAFKDVAVNFTQEEWALLDISQRKLYRE
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::::.::. : : : :: :. :::.:::
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>>NP_001157748 (OMIM: 194542) zinc finger protein 44 iso (663 aa)
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: .::: :::::: :::::.:.: ... :.. :::::::: ..:.::: . ::
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290 300 310 320 330 340
pF1KB7 KECGKAFTCPRYVRIHERTHSRKNLYECKQCGKALSSLTSFQTHVRLHSGERPYECKICG
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NP_001 CKCGKAFSDLFSFQSHETTHSEEEPYECKECGKAFSSFKYFCRHERTHSEEKSYECQICG
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pF1KB7 KDFCSVNSFQRHEKIHSGEKPYKCKQCGKAFPHSSSLRYHERTHTGEKPYECKQCGKAFR
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NP_001 KAFSRFSYLKTHERTHTAEKPYECKQCRKAFFWPSFLLRHERTHTGERPYECKHCGKAFS
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pF1KB7 SASHLRVHGRTHTGEKPYECKECGKAFRYVNNLQSHERTQTHIRIHSGERRYKCKICGKG
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pF1KB7 FYCPKSFQRHEKTHTGEKLYECKQRSVVPSVVPVPFDIMKGLTLERSPINASNVGKPSEL
>>NP_005806 (OMIM: 606697) zinc finger protein 443 [Homo (671 aa)
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]