Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7743
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7743, 437 aa
1>>>pF1KB7743 437 - 437 aa - 437 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6182+/-0.000734; mu= 4.7230+/- 0.045
mean_var=193.3463+/-38.820, 0's: 0 Z-trim(116.1): 12 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.092237
statistics sampled from 16912 (16924) to 16912 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.796), E-opt: 0.2 (0.506), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs109|chr20 ( 437) 2892 396.6 2.6e-110
CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs109|chr1 ( 437) 908 132.6 7.8e-31
CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs109|chr6 ( 334) 812 119.7 4.4e-27
CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs109|chr6 ( 465) 797 117.8 2.3e-26
CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs109|chr2 ( 249) 492 77.1 2.3e-14
CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs109|chr2 ( 281) 492 77.1 2.5e-14
CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs109|chr16 ( 413) 459 72.8 7.2e-13
CCDS62858.1 E2F6 gene_id:1876|Hs109|chr2 ( 206) 452 71.7 7.9e-13
>>CCDS13224.1 E2F1 gene_id:1869|Hs109|chr20 (437 aa)
initn: 2892 init1: 2892 opt: 2892 Z-score: 2094.1 bits: 396.6 E(33420): 2.6e-110
Smith-Waterman score: 2892; 100.0% identity (100.0% similar) in 437 aa overlap (1-437:1-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCD
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CCDS13 MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPGKGVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPGKGVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AKKSKNHIQWLGSHTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AKKSKNHIQWLGSHTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 QRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPE
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310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 RMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEG
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 IRDLFDCDFGDLTPLDF
:::::::::::::::::
CCDS13 IRDLFDCDFGDLTPLDF
430
>>CCDS236.1 E2F2 gene_id:1870|Hs109|chr1 (437 aa)
initn: 819 init1: 379 opt: 908 Z-score: 667.2 bits: 132.6 E(33420): 7.8e-31
Smith-Waterman score: 936; 43.7% identity (62.7% similar) in 458 aa overlap (2-432:7-434)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MALAGAPAGGP-CAPALEA--LLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPA
:::.: . : .::. : .: :.: :. .:. . : :.:
CCDS23 MLQGPRALASAAGQTPKVVPAMSPTELWPSG----LSSPQLCPATATYYTPLYPQ-TAPP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 APAAGPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGR-
: : : : : :::..:. :: :: :.::.:::: . .. .:.
CCDS23 AAAPGTC-----LDATPHGPEGQVVRCLPA-GRLPAKRKLDLEGIGRPVVPEFPTPKGKC
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB7 ----GRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRI
: : ::::::.::.:::.: ::.:. :::.: :::.::::::::: ::::::
CCDS23 IRVDGLPSPKTPKSPGEKTRYDTSLGLLTKKFIYLLSESEDGVLDLNWAAEVLDVQKRRI
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGS--HTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMN
::::::::::::: ::.::.:::.: :. . : :.:..:...:: ::.:..
CCDS23 YDITNVLEGIQLIRKKAKNNIQWVGRGMFEDPTRPGKQQQLGQELKELMNTEQALDQLIQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 ICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSE-NFQI
:. ... :.:: ..:::::: ::.:.... :: :...::::.:.:.. : .: :.::
CCDS23 SCSLSFKHLTEDKANKRLAYVTYQDIRAVGNFKEQTVIAVKAPPQTRLEVPDRTEDNLQI
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 SLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTT
::: ::::.:.:::::. :: : :. ...:. : :. ::: .:
CCDS23 YLKSTQGPIEVYLCPEEV-----------QEPDSPSEEPLPSTSTLCPSPDSAQPSS-ST
290 300 310 320 330
350 360 370 380 390
pF1KB7 DPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVDED-----RLSPLVAADSLLE------HVRED--F
::: .:: : . . ::. .. : :: :.::::: . :: .
CCDS23 DPSI------MEPTASSVPA-PAPTPQQAPPPPSLVPLEATDSLLELPHPLLQQTEDQFL
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KB7 SGLLP--EEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDC-DFGDLTPLDF
: : .::.:: . :: .::: :::: :::: :.:::
CCDS23 SPTLACSSPLISFSPSLDQDDYLWGLEAGEGISDLFDSYDLGDLLIN
400 410 420 430
>>CCDS58999.1 E2F3 gene_id:1871|Hs109|chr6 (334 aa)
initn: 873 init1: 406 opt: 812 Z-score: 599.9 bits: 119.7 E(33420): 4.4e-27
Smith-Waterman score: 869; 45.6% identity (68.2% similar) in 355 aa overlap (89-437:8-331)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDL-ETDHQYLAESSGPARGRGRHPGK
::::.: :. ::::... .:.:: .
CCDS58 MPLQQQAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALR
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGI
. :: .:.::.:::.: ::.:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::
CCDS58 SPDSPKKKTRYDTSLGLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGI
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 QLIAKKSKNHIQWLGSHTTVGVGGRL---EGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLL
.:: :::::..::.: . :: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::
CCDS58 HLIKKKSKNNVQWMGCSLSED-GGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPID
.::...::::::: ::.:.:. .: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.
CCDS58 TEDSENQRLAYVTYQDIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIE
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 VFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLE
:.:::::: :: :: .: : . : :. .: .. :. .:
CCDS58 VYLCPEETETH-SPMKTNNQ-----------DHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVS--
220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 QEPLLSRMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFG
::.: :::.. .::....... . : :..: :: :: ..
CCDS58 -------MGNL---------SPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLS
270 280 290 300
420 430
pF1KB7 LEEGEGIRDLFDCDFGDLTPL--DF
: : ::: :::: . :: ::
CCDS58 LGEEEGISDLFDAYDLEKLPLVEDFMCS
310 320 330
>>CCDS4545.1 E2F3 gene_id:1871|Hs109|chr6 (465 aa)
initn: 875 init1: 369 opt: 797 Z-score: 587.0 bits: 117.8 E(33420): 2.3e-26
Smith-Waterman score: 948; 42.8% identity (64.3% similar) in 460 aa overlap (2-437:37-462)
10 20
pF1KB7 MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLL--D
:: ..: : : : : :: ...: .
CCDS45 PALEQYLVTAGGGEGAAVVAAAAAASMDKRALLASP-GFAAAAAAAAAPGA-YIQILTTN
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 SSQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAP--RPTPSAPRPALGR--
.: :. :.... .: :.::.: .:: ..::..: : :::::
CCDS45 TSTTSCSSSLQSGAVAAGPLLPSAPGAEQTAGSLL-YTTPHGPSSRAGLLQQPPALGRGG
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB7 ------PPVKRRLDL-ETDHQYLAESSGPARGRGR----HPG--KGVKSPGEKSRYETSL
::.::::.: :. ::::... .:.:: : : :::.::.::.:::
CCDS45 SGGGGGPPAKRRLELGESGHQYLSDGLKTPKGKGRAALRSPDSPKTPKSPSEKTRYDTSL
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 NLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLG
.: ::.:..:::.: :::.::: ::::::::::::::::::::::.:: :::::..::.:
CCDS45 GLLTKKFIQLLSQSPDGVLDLNKAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIHLIKKKSKNNVQWMG
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240
pF1KB7 SHTTVGVGGRL---EGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQ
. :: : .::.... .:.. :..::.:.. :: .:.::.::...::::::: :
CCDS45 CSLSED-GGMLAQCQGLSKEVTELSQEEKKLDELIQSCTLDLKLLTEDSENQRLAYVTYQ
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPG
:.:.:. .: :.:.::::::.:.. :: :..:: : : ::::.:.:::::: ::
CCDS45 DIRKISGLKDQTVIVVKAPPETRLEVPDSIESLQIHLASTQGPIEVYLCPEETETH-SPM
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 KTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPV
:: .: : . : :. .: .. :. .: ::.:
CCDS45 KTNNQ-----------DHNGNIPKPASKDLASTNSGHSDCSVS---------MGNL----
370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 DEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDCDF
:::.. .::....... . : :..: :: :: ..: : ::: ::::
CCDS45 -----SPLASPANLLQQTEDQIPSNLEGPFVNLLPPLLQEDYLLSLGEEEGISDLFDAYD
400 410 420 430 440 450
430
pF1KB7 GDLTPL--DF
. :: ::
CCDS45 LEKLPLVEDFMCS
460
>>CCDS62859.1 E2F6 gene_id:1876|Hs109|chr2 (249 aa)
initn: 468 init1: 254 opt: 492 Z-score: 371.5 bits: 77.1 E(33420): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 506; 37.1% identity (64.8% similar) in 267 aa overlap (87-351:5-245)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 GPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPG
: : :..:: . ::.. :.
CCDS62 MNPSPSKIRINLEDNVQYVSM---------RKAL
10 20
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 KGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEG
: :: : :...:: :..:..:. . :..::: .: : :.:::.:::::::.:
CCDS62 K-VKRP----RFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGILDLNKVATKLGVRKRRVYDITNVLDG
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 IQLIAKKSKNHIQWLGSH-TTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLS
:.:. :::::::.:.:: .. :. . . : ..: .:. :. ::.:.. :. :: :.
CCDS62 IDLVEKKSKNHIRWIGSDLSNFGAVPQQKKLQEELSDLSAMEDALDELIKDCAQQLFELT
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 EDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSEN-FQISLKSKQGPID
.: ...:::::: ::..:: ::.:...::: ::.:.. :. . . ..: .::::
CCDS62 DDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPAETRLDVPAPREDSITVHIRSTNGPID
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 VFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLE
:.:: : : ::....... ... : : .: . . :. ::
CCDS62 VYLCEVE------------QGQTSNKRSEGVGTSSSESTHPEGPEEEENPQQSEELLEVS
210 220 230 240
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 QEPLLSRMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFG
CCDS62 N
>>CCDS1680.2 E2F6 gene_id:1876|Hs109|chr2 (281 aa)
initn: 468 init1: 254 opt: 492 Z-score: 370.8 bits: 77.1 E(33420): 2.5e-14
Smith-Waterman score: 526; 36.5% identity (63.1% similar) in 293 aa overlap (61-351:11-277)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 SQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKR
:.::: : .. : : . : : :
CCDS16 MSQQRPARKLPSLLLDPTEETVRRRCRDPINVEGLLPSKI
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 RLDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGV
:..:: . ::.. :. : :: : :...:: :..:..:. . :.
CCDS16 RINLEDNVQYVSM---------RKALK-VKRP----RFDVSLVYLTRKFMDLVRSAPGGI
50 60 70 80
160 170 180 190 200
pF1KB7 VDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGSH-TTVGVGGRLEGLTQD
.::: .: : :.:::.:::::::.::.:. :::::::.:.:: .. :. . . : ..
CCDS16 LDLNKVATKLGVRKRRVYDITNVLDGIDLVEKKSKNHIRWIGSDLSNFGAVPQQKKLQEE
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 LRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPP
: .:. :. ::.:.. :. :: :..: ...:::::: ::..:: ::.:...:::
CCDS16 LSDLSAMEDALDELIKDCAQQLFELTDDKENERLAYVTYQDIHSIQAFHEQIVIAVKAPA
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 ETQLQAVDSSEN-FQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSA
::.:.. :. . . ..: .:::::.:: : : ::....... ..
CCDS16 ETRLDVPAPREDSITVHIRSTNGPIDVYLCEVE------------QGQTSNKRSEGVGTS
210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 TIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVR
. : : .: . . :. ::
CCDS16 SSESTHPEGPEEEENPQQSEELLEVSN
260 270 280
>>CCDS32464.1 E2F4 gene_id:1874|Hs109|chr16 (413 aa)
initn: 397 init1: 162 opt: 459 Z-score: 344.7 bits: 72.8 E(33420): 7.2e-13
Smith-Waterman score: 459; 37.1% identity (65.1% similar) in 275 aa overlap (122-382:12-278)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 LDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVV
:: ::.: ::.: : .:. ::... :::.
CCDS32 MAEAGPQAPPPPGTPSRHEKSLGLLTTKFVSLLQEAKDGVL
10 20 30 40
160 170 180 190 200
pF1KB7 DLNWAAEVLKV-QKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLG---SHTTVGVGGRLEGLT
::. ::..: : ::::::::::::::: :: ::::: ::: : . .: .. .: :
CCDS32 DLKLAADTLAVRQKRRIYDITNVLEGIGLIEKKSKNSIQWKGVGPGCNTREIADKLIELK
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 QDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDL-RSIADPAEQMVMVIK
....::. ::.::. ..: ..::.... ::::: .:. : .: . ...:.
CCDS32 AEIEELQQREQELDQHKVWVQQSIRNVTEDVQNSCLAYVTHEDICRCFAG---DTLLAIR
110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 APPETQLQA-----VDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEE
:: :.:.. .......:: ::: .:::.:.: .:. .. : .: : :.
CCDS32 APSGTSLEVPIPEGLNGQKKYQIHLKSVSGPIEVLLVNKEAWSS-PPVAVP---VPPPED
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370
pF1KB7 NRATDSATIVSPPPSSPP----SSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVDEDRLSPL
. :: . .::: : :. .. :.. :. : ... .. .:. : .:
CCDS32 LLQSPSA-VSTPPPLPKPALAQSQEASRPNSPQLTPTAVPGSAEVQGMAGPAAEITVSGG
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 VAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDCDFGDLTPLDF
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CCDS32 PGTDSKDSGELSSLPLGPTTLDTRPLQSSALLDSSSSSSSSSSSSSNSNSSSSSGPNPST
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