Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7737
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7737, 436 aa
1>>>pF1KB7737 436 - 436 aa - 436 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3141+/-0.000838; mu= 6.6099+/- 0.051
mean_var=223.0540+/-45.472, 0's: 0 Z-trim(115.5): 32 B-trim: 166 in 1/53
Lambda= 0.085875
statistics sampled from 16018 (16050) to 16018 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.796), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16
Scan time: 3.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10670.1 TBX6 gene_id:6911|Hs108|chr16 ( 436) 3084 394.4 1.2e-109
CCDS11627.2 TBX2 gene_id:6909|Hs108|chr17 ( 712) 867 119.9 8e-27
CCDS11629.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 ( 545) 819 113.9 4.1e-25
CCDS82180.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 ( 546) 819 113.9 4.1e-25
CCDS55960.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (2856) 829 115.8 5.6e-25
CCDS55959.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (3065) 829 115.8 5.9e-25
CCDS13767.1 TBX1 gene_id:6899|Hs108|chr22 ( 495) 810 112.7 8.2e-25
CCDS43568.1 TBX20 gene_id:57057|Hs108|chr7 ( 447) 808 112.4 9.1e-25
CCDS9175.1 TBX3 gene_id:6926|Hs108|chr12 ( 723) 811 113.0 9.9e-25
CCDS9173.1 TBX5 gene_id:6910|Hs108|chr12 ( 518) 808 112.5 1e-24
CCDS81360.1 TBX15 gene_id:6913|Hs108|chr1 ( 602) 803 111.9 1.7e-24
CCDS34495.1 TBX18 gene_id:9096|Hs108|chr6 ( 607) 800 111.6 2.3e-24
CCDS9174.1 TBX5 gene_id:6910|Hs108|chr12 ( 468) 789 110.1 4.8e-24
CCDS30816.1 TBX15 gene_id:6913|Hs108|chr1 ( 496) 781 109.1 1e-23
CCDS13766.1 TBX1 gene_id:6899|Hs108|chr22 ( 398) 747 104.8 1.6e-22
CCDS31621.1 TBX10 gene_id:347853|Hs108|chr11 ( 385) 744 104.4 2e-22
CCDS13765.1 TBX1 gene_id:6899|Hs108|chr22 ( 372) 742 104.2 2.3e-22
CCDS33310.1 TBR1 gene_id:10716|Hs108|chr2 ( 682) 677 96.4 9.5e-20
CCDS1272.1 TBX19 gene_id:9095|Hs108|chr1 ( 448) 671 95.5 1.2e-19
CCDS11514.1 TBX21 gene_id:30009|Hs108|chr17 ( 535) 663 94.5 2.6e-19
CCDS59045.1 T gene_id:6862|Hs108|chr6 ( 377) 651 92.9 5.8e-19
CCDS5290.1 T gene_id:6862|Hs108|chr6 ( 435) 646 92.3 9.8e-19
CCDS63585.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 705) 599 86.7 7.9e-17
CCDS2646.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 686) 595 86.2 1.1e-16
CCDS14445.1 TBX22 gene_id:50945|Hs108|chrX ( 520) 537 78.9 1.3e-14
CCDS9176.1 TBX3 gene_id:6926|Hs108|chr12 ( 743) 510 75.7 1.7e-13
CCDS63584.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 410) 481 71.9 1.3e-12
>>CCDS10670.1 TBX6 gene_id:6911|Hs108|chr16 (436 aa)
initn: 3084 init1: 3084 opt: 3084 Z-score: 2082.2 bits: 394.4 E(32554): 1.2e-109
Smith-Waterman score: 3084; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MYHPRELYPSLGAGYRLGPAQPGADSSFPPALAEGYRYPELDTPKLDCFLSGMEAAPRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MYHPRELYPSLGAGYRLGPAQPGADSSFPPALAEGYRYPELDTPKLDCFLSGMEAAPRTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 AAHPPLPLLPPAMGTEPAPSAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKAGRRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AAHPPLPLLPPAMGTEPAPSAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKAGRRM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHPDSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHPDSPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLVRAAQLCSQHWGGMASFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLVRAAQLCSQHWGGMASFR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 FPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKRERDARVKRKLRGPEPAATEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKRERDARVKRKLRGPEPAATEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 YGSGDTPGGPCDSTLGGDIRESDPEQAPAPGEATAAPAPLCGGPSAEAYLLHPAAFHGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YGSGDTPGGPCDSTLGGDIRESDPEQAPAPGEATAAPAPLCGGPSAEAYLLHPAAFHGAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 SHLPTRSPSFPEAPDSGRSAPYSAAFLELPHGSGGSGYPAAPPAVPFAPHFLQGGPFPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SHLPTRSPSFPEAPDSGRSAPYSAAFLELPHGSGGSGYPAAPPAVPFAPHFLQGGPFPLP
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 YTAPGGYLDVGSKPMY
::::::::::::::::
CCDS10 YTAPGGYLDVGSKPMY
430
>>CCDS11627.2 TBX2 gene_id:6909|Hs108|chr17 (712 aa)
initn: 875 init1: 788 opt: 867 Z-score: 595.0 bits: 119.9 E(32554): 8e-27
Smith-Waterman score: 867; 39.5% identity (60.8% similar) in 413 aa overlap (2-397:13-415)
10 20 30 40
pF1KB7 MYHPRELYPSLGAGYRLGPAQPGADSSFPPALAEGYRYPE--LDTPKLD
::: .. : . .. .:. :: :::: : : : :
CCDS11 MREPALAASAMAYHP--FHAPRPADFPMSAFLAAAQPSFFPALA----LPPGALAKPLPD
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 CFLSGMEAAPRTLAAHPPLPLLPPAMGTEPAPSAPEALHSL-P------GVSLSLENREL
:.: :: . :: : :.: .: . ..:.:: : ...:: .::
CCDS11 PGLAGAAAAAAAAAAAAEAGLHVSALGPHPPAAHLRSLKSLEPEDEVEDDPKVTLEAKEL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 WKEFSSVGTEMIITKAGRRMFPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEP
: .: ..::::.:::.:::::: .: :.::: .:.:..:.:.. .: ::.... ::
CCDS11 WDQFHKLGTEMVITKSGRRMFPPFKVRVSGLDKKAKYILLMDIVAADDCRYKFHNSRWMV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SGKAEPRLPDRVYIHPDSPATGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRI
.:::.:..: :.:::::::::: .:: .::.::..::::. : :: ::.::::::::.
CCDS11 AGKADPEMPKRMYIHPDSPATGEQWMAKPVAFHKLKLTNNISDKHGFTILNSMHKYQPRF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 HLVRAAQLCSQHWGGMASFRFPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKR
:.::: .. . .. . .. :::: ::.:::::: .:::::: ::::::::..: . ..
CCDS11 HIVRANDILKLPYSTFRTYVFPETDFIAVTAYQNDKITQLKIDNNPFAKGFRDTGNGRRE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB7 ERDARVKRKLRGPEPAATEAYGSGDTPGGPCDSTLGGDIRE--SDPEQAPAPGEATAAPA
.: . .:: : .... .. :: :: ..: ::.: . : :
CCDS11 KRKQLTLPSLRLYEEHCKPERDGAESDASSCDPP---PAREPPTSPGAAPSPLRLHRARA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 PL--CGGPSAEAYLLHPAAFHGAP---SHLP-TRSPSFPEAPDSGRSAPYSAAFLELPHG
:.. : ::: : : . ::. :. .: : . :
CCDS11 EEKSCAADSDPEPERLSEERAGAPLGRSPAPDSASPTRLTEPERARER-RSPERGKEPAE
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KB7 SGGSGYPAAPPAVPFAPHFLQGGPFPLPYTAPGGYLDVGSKPMY
:::.:
CCDS11 SGGDGPFGLRSLEKERAEARRKDEGRKEAAEGKEQGLAPLVVQTDSASPLGAGHLPGLAF
420 430 440 450 460 470
>>CCDS11629.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 (545 aa)
initn: 822 init1: 639 opt: 819 Z-score: 564.4 bits: 113.9 E(32554): 4.1e-25
Smith-Waterman score: 831; 38.8% identity (61.2% similar) in 405 aa overlap (34-412:12-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 PRELYPSLGAGYRLGPAQPGADSSFPPALAEGYRYPELDTPKLDCFLSGMEAAPRTLAAH
:..: : : : .. ::. :
CCDS11 MLQDKGLSESEEAFRAP---GPALGE--ASAANAPEPALAA
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB7 PPLPLLPPAMGTEPAP-----SAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKAGR
: : :.:. :.: .: : ... .....:...::::.: .:::::::::::
CCDS11 PGLS--GAALGSPPGPGADVVAAAAAEQTIENIKVGLHEKELWKKFHEAGTEMIITKAGR
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RMFPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHPDS
::::. .:.:::..:...:..:.:..:.: ::.. .: .::::: .: :.:.::::
CCDS11 RMFPSYKVKVTGMNPKTKYILLIDIVPADDHRYKFCDNKWMVAGKAEPAMPGRLYVHPDS
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PATGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLVRAAQLCSQHWGG---
:::::::::: :::...::::. ::: ::.::.::::::::.:.:.: . .. .:.
CCDS11 PATGAHWMRQLVSFQKLKLTNNHLDPFGHIILNSMHKYQPRLHIVKADE--NNAFGSKNT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 -MASFRFPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKRERDARVKRKLRGPE
. . ::::.:::::.::: .:::::: :::::::: : . . : :: :
CCDS11 AFCTHVFPETSFISVTSYQNHKITQLKIENNPFAKGFR--GSD---DSDLRVARLQSKEY
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PAATEAYGSGDTPGGPCDSTLGGDIRESDPEQAPAPGEATAAPAPLCGGPSAEAYLLHPA
:. ... : .:. . .: . :: : .: . :
CCDS11 PVISKSIMRQ---------------RLISPQLSATPDVG-----PLLGTHQALQHYQHEN
270 280 290 300
360 370 380 390
pF1KB7 AFHGA---PSHLPTRSPSFPEAPDSG--------RSA------PYSAAFLELPHGSGGSG
. :. :. :: . :: ::. :.. : . ..:: : . : .
CCDS11 GAHSQLAEPQDLPLST--FPTQRDSSLFYHCLKRRDGTRHLDLPCKRSYLEAPSSVGEDH
310 320 330 340 350 360
400 410 420 430
pF1KB7 YPAAPPAVPFAPHFLQGGPFPLPYTAPGGYLDVGSKPMY
: .:: :. ..:
CCDS11 YFRSPP--PYDQQMLSPSYCSEVTPREACMYSGSGPEIAGVSGVDDLPPPPLSCNMWTSV
370 380 390 400 410 420
>>CCDS82180.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 (546 aa)
initn: 822 init1: 639 opt: 819 Z-score: 564.4 bits: 113.9 E(32554): 4.1e-25
Smith-Waterman score: 833; 38.9% identity (60.8% similar) in 406 aa overlap (34-412:12-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 PRELYPSLGAGYRLGPAQPGADSSFPPALAEGYRYPELDTPKLDCFLSGMEAAPRTLAAH
:..: : : : .. ::. :
CCDS82 MLQDKGLSESEEAFRAP---GPALGE--ASAANAPEPALAA
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB7 PPLPLLPPAMGTEPAP-----SAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKAGR
: : :.:. :.: .: : ... .....:...::::.: .:::::::::::
CCDS82 PGLS--GAALGSPPGPGADVVAAAAAEQTIENIKVGLHEKELWKKFHEAGTEMIITKAGR
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 RMFPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHPDS
::::. .:.:::..:...:..:.:..:.: ::.. .: .::::: .: :.:.::::
CCDS82 RMFPSYKVKVTGMNPKTKYILLIDIVPADDHRYKFCDNKWMVAGKAEPAMPGRLYVHPDS
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PATGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLVRAAQLCSQHWGG---
:::::::::: :::...::::. ::: ::.::.::::::::.:.:.: . .. .:.
CCDS82 PATGAHWMRQLVSFQKLKLTNNHLDPFGHIILNSMHKYQPRLHIVKADE--NNAFGSKNT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 -MASFRFPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKRERDARVKRKLRGPE
. . ::::.:::::.::: .:::::: :::::::: : . . : :: :
CCDS82 AFCTHVFPETSFISVTSYQNHKITQLKIENNPFAKGFR--GSD---DSDLRVARLQSKEY
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PAATEAYGSGDTPGGPCDSTLGGDIRESDPEQAPAPGEATAAPAPLCGGPSAEAYLLHPA
:. ... : .:. . .: . :: : .: . :
CCDS82 PVISKSIMRQ---------------RLISPQLSATPDVG-----PLLGTHQALQHYQHEN
270 280 290 300
360 370 380 390
pF1KB7 AFHGA---PSHLPTRSPSFPEAPDSG-------RSA--------PYSAAFLELPHGSGGS
. :. :. :: . :: ::. : : : . ..:: : . : .
CCDS82 GAHSQLAEPQDLPLST--FPTQRDSSLFYHCLKRRADGTRHLDLPCKRSYLEAPSSVGED
310 320 330 340 350 360
400 410 420 430
pF1KB7 GYPAAPPAVPFAPHFLQGGPFPLPYTAPGGYLDVGSKPMY
: .:: :. ..:
CCDS82 HYFRSPP--PYDQQMLSPSYCSEVTPREACMYSGSGPEIAGVSGVDDLPPPPLSCNMWTS
370 380 390 400 410 420
>>CCDS55960.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (2856 aa)
initn: 767 init1: 579 opt: 829 Z-score: 561.9 bits: 115.8 E(32554): 5.6e-25
Smith-Waterman score: 831; 48.8% identity (74.4% similar) in 250 aa overlap (87-332:71-306)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PRTLAAHPPLPLLPPAMGTEPAPSAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKA
.. :....:.: .:.:: .::::.::
CCDS55 LVTNQDACALASSVSSPVKSKGKICLPADCTVGGITVTLDNNSMWNEFYHRSTEMILTKQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GRRMFPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHP
:::::: :: .:::: . .:....:. :::. ::.:.:: :::::::::.. ::.:::
CCDS55 GRRMFPYCRYWITGLDSNLKYILVMDISPVDNHRYKWNGRWWEPSGKAEPHVLGRVFIHP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DSPATGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLV---RAAQLCSQHW
.::.:: .::.:::::...::::.::: .::.::::::.: ::.::: .:... . .
CCDS55 ESPSTGHYWMHQPVSFYKLKLTNNTLDQEGHIILHSMHRYLPRLHLVPAEKAVEVIQLNG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GGMASFRFPETTFISVTAYQNPQITQLKIAANPFAKGFRENGRNCKRERDARVKRKLRGP
:. .: ::.: :..:::::: ::::::: ::::::::..: : : .::.. :
CCDS55 PGVHTFTFPQTEFFAVTAYQNIQITQLKIDYNPFAKGFRDDGLNNKPQRDGKQK------
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 EPAATEAYGSGDTPGGPCDSTLGGDIRESDPEQAPA-PGEATAAPAPLCGGPSAEAYLLH
.:.: :. .:. : .: .. . . ::.
CCDS55 --------NSSDQEGNNISSSSGHRVRLTEGQGSEIQPGDLDPLSRGHETSGKGLEKTSL
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 PAAFHGAPSHLPTRSPSFPEAPDSGRSAPYSAAFLELPHGSGGSGYPAAPPAVPFAPHFL
CCDS55 NIKRDFLGFMDTDSALSEVPQLKQEISECLIASSFEDDSRVASPLDQNGSFNVVIKEEPL
330 340 350 360 370 380
>>CCDS55959.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (3065 aa)
initn: 767 init1: 579 opt: 829 Z-score: 561.5 bits: 115.8 E(32554): 5.9e-25
Smith-Waterman score: 831; 48.8% identity (74.4% similar) in 250 aa overlap (87-332:71-306)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PRTLAAHPPLPLLPPAMGTEPAPSAPEALHSLPGVSLSLENRELWKEFSSVGTEMIITKA
.. :....:.: .:.:: .::::.::
CCDS55 LVTNQDACALASSVSSPVKSKGKICLPADCTVGGITVTLDNNSMWNEFYHRSTEMILTKQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GRRMFPACRVSVTGLDPEARYLFLLDVIPVDGARYRWQGRRWEPSGKAEPRLPDRVYIHP
:::::: :: .:::: . .:....:. :::. ::.:.:: :::::::::.. ::.:::
CCDS55 GRRMFPYCRYWITGLDSNLKYILVMDISPVDNHRYKWNGRWWEPSGKAEPHVLGRVFIHP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DSPATGAHWMRQPVSFHRVKLTNSTLDPHGHLILHSMHKYQPRIHLV---RAAQLCSQHW
.::.:: .::.:::::...::::.::: .::.::::::.: ::.::: .:... . .
CCDS55 ESPSTGHYWMHQPVSFYKLKLTNNTLDQEGHIILHSMHRYLPRLHLVPAEKAVEVIQLNG
170 180 190 200 210 220
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CCDS91 PSEGESDAEAESKEEHGPEA----CDAAKISTTTSEEPCRDKGSPAVKAHLFAAERPRDS
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CCDS91 GRLDKASPDSRHSPATISSSTRGLGAEERRSPVREGTAPAKVEEARALPGKEAFAPLTVQ
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CCDS91 MADADEGFGLAHTPLEPDAKDLPCDSKPESALGAPSKSPSSPQAAFTQQGMEGIKVFLHE
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CCDS91 RELWLKFHEVGTEMIITKAGRRMFPSYKVKVTGLNPKTKYILLMDIVPADDHRYKFADNK
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CCDS91 SGPSQDLLPPPNPYPL---PQEHSQIYHCTKRKEEECSTTDH-PYKKPYMETSP-SEEDS
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