Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7714, 473 aa
1>>>pF1KB7714 473 - 473 aa - 473 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7603+/-0.000854; mu= 16.1104+/- 0.052
mean_var=84.5985+/-16.758, 0's: 0 Z-trim(108.1): 123 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.139442
statistics sampled from 9899 (10025) to 9899 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16
Scan time: 3.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 473) 3217 657.1 1.1e-188
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 434) 2955 604.4 7.8e-173
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 397) 1506 312.8 4.1e-85
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 477) 972 205.5 1e-52
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 427) 965 204.0 2.5e-52
CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 319) 603 131.1 1.7e-30
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 603 131.1 1.8e-30
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 352) 595 129.5 5.5e-30
CCDS41427.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 324) 583 127.1 2.7e-29
CCDS53408.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 306) 505 111.4 1.4e-24
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 339) 497 109.8 4.6e-24
CCDS53410.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 311) 485 107.4 2.3e-23
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 485 107.4 2.4e-23
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 387) 399 90.1 4.4e-18
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 399 90.1 4.5e-18
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 399 90.2 4.9e-18
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 399 90.2 5e-18
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 397 89.8 6.7e-18
CCDS53411.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 315) 371 84.4 1.8e-16
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 357) 371 84.5 2e-16
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 ( 461) 357 81.7 1.8e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 350 80.3 4.8e-15
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 350 80.3 4.8e-15
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 476) 339 78.1 2.2e-14
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 486) 339 78.1 2.3e-14
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 336 77.5 3.2e-14
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 335 77.3 3.7e-14
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 335 77.4 4.5e-14
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 333 76.9 5e-14
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 332 76.7 5.6e-14
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 332 76.7 5.7e-14
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 331 76.5 6e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 333 77.0 6.2e-14
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 333 77.0 6.4e-14
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 333 77.0 6.5e-14
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 331 76.5 6.5e-14
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 331 76.5 6.9e-14
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 330 76.3 7.6e-14
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 328 75.8 8.6e-14
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 330 76.4 9.4e-14
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 330 76.4 9.5e-14
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 330 76.4 1e-13
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 329 76.2 1e-13
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 395) 327 75.7 1e-13
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 327 75.7 1e-13
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 417) 327 75.7 1.1e-13
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 442) 327 75.7 1.1e-13
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 449) 327 75.7 1.1e-13
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 452) 327 75.7 1.1e-13
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 464) 327 75.7 1.2e-13
>>CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (473 aa)
initn: 3217 init1: 3217 opt: 3217 Z-score: 3500.7 bits: 657.1 E(32554): 1.1e-188
Smith-Waterman score: 3217; 100.0% identity (100.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MTVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 GACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 GACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 GLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 GLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 VRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB7 PQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
430 440 450 460 470
>>CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (434 aa)
initn: 2955 init1: 2955 opt: 2955 Z-score: 3216.4 bits: 604.4 E(32554): 7.8e-173
Smith-Waterman score: 2955; 99.8% identity (100.0% similar) in 434 aa overlap (40-473:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 KEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KB7 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
400 410 420 430
>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (397 aa)
initn: 1506 init1: 1506 opt: 1506 Z-score: 1641.6 bits: 312.8 E(32554): 4.1e-85
Smith-Waterman score: 2621; 91.2% identity (91.5% similar) in 434 aa overlap (40-473:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 KEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
:::::::::::::::::::::::
CCDS54 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFR-------------------------------------
160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460 470
pF1KB7 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
360 370 380 390
>>CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (477 aa)
initn: 969 init1: 297 opt: 972 Z-score: 1059.8 bits: 205.5 E(32554): 1e-52
Smith-Waterman score: 1057; 40.4% identity (68.7% similar) in 453 aa overlap (32-469:34-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 TVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTES
: :.: .. . : : .: . :
CCDS55 RNKKRSDWLSMVLRTAGVEEAFGSEVSVRPHRRAPLGSTYLPPAPSGMEA----MAASTS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 VPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKG
.: :. . :..: :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::.:::.: . ::: .:
CCDS55 LPD-PG-DFDRNV--PRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPF-NG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQG
:.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: ..: :.. . : .
CCDS55 DCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPK-
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 LTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----ELPESLQAPSREEAAK
:.:::. .: :.::. ::.: :.: : .:: : ...: :.: ..:: ..
CCDS55 LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSF--SGD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 WSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGI
:. .: : .. : .. . : : . :. . .:.:::.::. .: .. .
CCDS55 SSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 ISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYC--LED-T
:.:::.: :::: :::: :::..:.:. .:: : :. . .: :: .: . : :
CCDS55 IGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 AGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAI
.: . :.::..::. ::::.:::::.::..:: . ::::::: . ... .:....
CCDS55 KAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB7 TLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFA----TPLMQE
::..::.: .: :. ..:. :.. :..:::.: .:... : ...: :::. :
CCDS55 TLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLSFQPECSMKLTPLVLE
420 430 440 450 460 470
470
pF1KB7 LFGITGS
.::
CCDS55 VFGNEIS
>>CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (427 aa)
initn: 969 init1: 297 opt: 965 Z-score: 1052.9 bits: 204.0 E(32554): 2.5e-52
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (77-469:21-423)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS87 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
10 20 30 40 50
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CCDS53 MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
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pF1KB7 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
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CCDS53 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
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pF1KB7 LKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQ
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CCDS53 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]