Result of FASTA (ccds) for pF1KB7714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7714, 473 aa
  1>>>pF1KB7714 473 - 473 aa - 473 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7603+/-0.000854; mu= 16.1104+/- 0.052
 mean_var=84.5985+/-16.758, 0's: 0 Z-trim(108.1): 123  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.139442
 statistics sampled from 9899 (10025) to 9899 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.308), width:  16
 Scan time:  3.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3           ( 473) 3217 657.1 1.1e-188
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 434) 2955 604.4 7.8e-173
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 397) 1506 312.8 4.1e-85
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12           ( 477)  972 205.5   1e-52
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12            ( 427)  965 204.0 2.5e-52
CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 319)  603 131.1 1.7e-30
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1           ( 348)  603 131.1 1.8e-30
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 352)  595 129.5 5.5e-30
CCDS41427.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 324)  583 127.1 2.7e-29
CCDS53408.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 306)  505 111.4 1.4e-24
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 339)  497 109.8 4.6e-24
CCDS53410.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 311)  485 107.4 2.3e-23
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 340)  485 107.4 2.4e-23
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 387)  399 90.1 4.4e-18
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  399 90.1 4.5e-18
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  399 90.2 4.9e-18
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  399 90.2   5e-18
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  397 89.8 6.7e-18
CCDS53411.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 315)  371 84.4 1.8e-16
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 357)  371 84.5   2e-16
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461)  357 81.7 1.8e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472)  350 80.3 4.8e-15
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482)  350 80.3 4.8e-15
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476)  339 78.1 2.2e-14
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486)  339 78.1 2.3e-14
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  336 77.5 3.2e-14
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  335 77.3 3.7e-14
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  335 77.4 4.5e-14
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  333 76.9   5e-14
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  332 76.7 5.6e-14
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  332 76.7 5.7e-14
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410)  331 76.5   6e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  333 77.0 6.2e-14
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  333 77.0 6.4e-14
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  333 77.0 6.5e-14
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451)  331 76.5 6.5e-14
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490)  331 76.5 6.9e-14
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  330 76.3 7.6e-14
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  328 75.8 8.6e-14
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12          ( 598)  330 76.4 9.4e-14
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 611)  330 76.4 9.5e-14
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 652)  330 76.4   1e-13
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  329 76.2   1e-13
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  327 75.7   1e-13
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  327 75.7   1e-13
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 417)  327 75.7 1.1e-13
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  327 75.7 1.1e-13
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 449)  327 75.7 1.1e-13
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  327 75.7 1.1e-13
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 464)  327 75.7 1.2e-13


>>CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3                (473 aa)
 initn: 3217 init1: 3217 opt: 3217  Z-score: 3500.7  bits: 657.1 E(32554): 1.1e-188
Smith-Waterman score: 3217; 100.0% identity (100.0% similar) in 473 aa overlap (1-473:1-473)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MTVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 SVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 GACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 GACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 GLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 GLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 VRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 VRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 SYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 SYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470   
pF1KB7 PQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
              430       440       450       460       470   

>>CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (434 aa)
 initn: 2955 init1: 2955 opt: 2955  Z-score: 3216.4  bits: 604.4 E(32554): 7.8e-173
Smith-Waterman score: 2955; 99.8% identity (100.0% similar) in 434 aa overlap (40-473:1-434)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB7 KEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
                                     .:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43                               MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
                                             10        20        30

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB7 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
               40        50        60        70        80        90

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB7 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
              100       110       120       130       140       150

     190       200       210       220       230       240         
pF1KB7 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
              160       170       180       190       200       210

     250       260       270       280       290       300         
pF1KB7 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
              220       230       240       250       260       270

     310       320       330       340       350       360         
pF1KB7 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
              280       290       300       310       320       330

     370       380       390       400       410       420         
pF1KB7 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
              340       350       360       370       380       390

     430       440       450       460       470   
pF1KB7 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
              400       410       420       430    

>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (397 aa)
 initn: 1506 init1: 1506 opt: 1506  Z-score: 1641.6  bits: 312.8 E(32554): 4.1e-85
Smith-Waterman score: 2621; 91.2% identity (91.5% similar) in 434 aa overlap (40-473:1-397)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB7 KEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
                                     .:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54                               MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVN
                                             10        20        30

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB7 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKT
               40        50        60        70        80        90

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB7 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMM
              100       110       120       130       140       150

     190       200       210       220       230       240         
pF1KB7 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLK
       :::::::::::::::::::::::                                     
CCDS54 IRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFR-------------------------------------
              160       170                                        

     250       260       270       280       290       300         
pF1KB7 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIE
           180       190       200       210       220       230   

     310       320       330       340       350       360         
pF1KB7 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYML
           240       250       260       270       280       290   

     370       380       390       400       410       420         
pF1KB7 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLF
           300       310       320       330       340       350   

     430       440       450       460       470   
pF1KB7 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
           360       370       380       390       

>>CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12                (477 aa)
 initn: 969 init1: 297 opt: 972  Z-score: 1059.8  bits: 205.5 E(32554): 1e-52
Smith-Waterman score: 1057; 40.4% identity (68.7% similar) in 453 aa overlap (32-469:34-473)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 TVTRTHHFKEGSLRAPAIPLHSAAAELASNHPRGPEANLEVRPKESWNHADFVHCEDTES
                                     : :.: ..  . :  :  .:       . :
CCDS55 RNKKRSDWLSMVLRTAGVEEAFGSEVSVRPHRRAPLGSTYLPPAPSGMEA----MAASTS
            10        20        30        40        50             

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB7 VPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKG
       .:  :. . :..:  :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::.:::.: . ::: .:
CCDS55 LPD-PG-DFDRNV--PRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPF-NG
      60          70          80        90       100       110     

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB7 ACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQG
        :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: ..: :..  . :  . 
CCDS55 DCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPK-
          120       130       140       150       160       170    

             190       200       210       220           230       
pF1KB7 LTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----ELPESLQAPSREEAAK
       :.:::. .:  :.::. ::.: :.: : .:: :  ...:       :.: ..::   .. 
CCDS55 LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSF--SGD
           180       190       200       210       220         230 

       240           250       260       270       280       290   
pF1KB7 WSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGI
        :.  .: :    ..  : .. . : :  .   :. .     .:.:::.::. .: .. .
CCDS55 SSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKV
             240       250       260       270       280       290 

           300       310       320       330       340          350
pF1KB7 ISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYC--LED-T
       :.:::.:  ::::  :::: :::..:.:. .:: :  :. .  .: ::  .:   . : :
CCDS55 IGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVT
             300       310       320       330       340       350 

              360       370       380       390       400       410
pF1KB7 AGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAI
        .: .  :.::..::.  ::::.:::::.::..:: . ::::::: .  ... .:.... 
CCDS55 KAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSN
             360       370       380       390       400       410 

              420       430       440       450       460          
pF1KB7 TLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFA----TPLMQE
       ::..::.: .: :. ..:. :..  :..:::.: .:...  :  ...:      :::. :
CCDS55 TLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLSFQPECSMKLTPLVLE
             420       430       440       450        460       470

        470   
pF1KB7 LFGITGS
       .::    
CCDS55 VFGNEIS
              

>>CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12                 (427 aa)
 initn: 969 init1: 297 opt: 965  Z-score: 1052.9  bits: 204.0 E(32554): 2.5e-52
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (77-469:21-423)

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB7 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
                                     :.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS87           MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
                         10        20        30        40        50

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB7 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
       .:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS87 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
               60         70        80        90       100         

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB7 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
       .: :..  . :  . :.:::. .:  :.::. ::.: :.: : .:: :  ...:      
CCDS87 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
     110       120        130       140       150       160        

            230       240           250       260       270        
pF1KB7 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
        :.: ..::   ..  :.  .: :    ..  : .. . : :  .   :. .     .:.
CCDS87 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
      170         180       190       200       210       220      

      280       290       300       310       320       330        
pF1KB7 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
       :::.::. .: .. .:.:::.:  ::::  :::: :::..:.:. .:: :  :. .  .:
CCDS87 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
        230       240       250       260       270       280      

      340          350       360       370       380       390     
pF1KB7 ECGRLSYC--LED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
        ::  .:   . : : .: .  :.::..::.  ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS87 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
        290       300       310       320       330       340      

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB7 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
        .  ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :..  :..:::.: .:...  :  .
CCDS87 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
        350       360       370       380       390       400      

         460           470   
pF1KB7 IHPFA----TPLMQELFGITGS
       ..:      :::. :.::    
CCDS87 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
         410       420       

>>CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (319 aa)
 initn: 811 init1: 348 opt: 603  Z-score: 661.2  bits: 131.1 E(32554): 1.7e-30
Smith-Waterman score: 797; 39.3% identity (64.0% similar) in 364 aa overlap (105-467:7-317)

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB7 GGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQ
                                     ::.....    :::  :.::...  ::.: 
CCDS53                         MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
                                       10        20         30     

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB7 ACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELM
       ::::.:::..::.:.::.: ::.  :::   ......: .:      :..::. .:: :.
CCDS53 ACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQTPVQ------LSKEQEELIRTLL
          40        50        60        70              80         

          200       210       220       230       240       250    
pF1KB7 DAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQL
        :. . . : : .: .:: :. :    . :    ::                        
CCDS53 GAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLAP------------------------
      90       100       110        120                            

          260       270       280       290       300       310    
pF1KB7 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
                           .. :. :.::..:.:   .:.:.: .  ::.:::::::::
CCDS53 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
                              130       140       150       160    

          320       330       340       350        360       370   
pF1KB7 LKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQ
       ::::: :.:.. .::.:  .: .. :: : : .:: :  :::  .:: ...::  :.:::
CCDS53 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
          170       180       190       200       210       220    

           380       390       400       410       420       430   
pF1KB7 LHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIM
       :.: ::::. :..::::::::: :.  .:::::..:.::.:::. .. .:  :::. :..
CCDS53 LQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLL
          230       240       250       260       270       280    

           440       450       460       470   
pF1KB7 AMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
       ..:.::::::  .  .. .:: .  .  ::.::.      
CCDS53 GLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEICS    
          290       300       310              

>>CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1                (348 aa)
 initn: 965 init1: 348 opt: 603  Z-score: 660.6  bits: 131.1 E(32554): 1.8e-30
Smith-Waterman score: 972; 42.2% identity (66.1% similar) in 389 aa overlap (80-467:11-346)

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB7 HADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMK
                                     : ::::.:::::::..:::::::::::...
CCDS12                     MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVS
                                   10        20        30        40

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB7 RNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKS
       ..    :::  :.::...  ::.: ::::.:::..::.:.::.: ::.  :::   ....
CCDS12 KSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRA
                50        60        70        80        90         

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB7 ERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQA
       ..: .:      :..::. .:: :. :. . . : : .: .:: :. :    . :    :
CCDS12 QQTPVQ------LSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLA
     100             110       120       130       140        150  

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB7 PSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYM
       :                                            .. :. :.::..:.:
CCDS12 P--------------------------------------------VLPLVTHFADINTFM
                                                        160        

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB7 FKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLED
          .:.:.: .  ::.:::::::::::::: :.:.. .::.:  .: .. :: : : .::
CCDS12 VLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIED
      170       180       190       200       210       220        

     350        360       370       380       390       400        
pF1KB7 TAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQF
        :  :::  .:: ...::  :.::::.: ::::. :..::::::::: :.  .:::::..
CCDS12 GARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQLQEEM
      230       240       250       260       270       280        

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB7 AITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELF
       :.::.:::. .. .:  :::. :....:.::::::  .  .. .:: .  .  ::.::. 
CCDS12 ALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEIC
      290       300       310       320       330       340        

      470   
pF1KB7 GITGS
            
CCDS12 S    
            

>>CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (352 aa)
 initn: 974 init1: 348 opt: 595  Z-score: 651.8  bits: 129.5 E(32554): 5.5e-30
Smith-Waterman score: 964; 41.7% identity (65.4% similar) in 393 aa overlap (80-467:11-350)

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB7 HADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMK
                                     : ::::.:::::::..:::::::::::...
CCDS41                     MASREDELRNCVVCGDQATGYHFNALTCEGCKGFFRRTVS
                                   10        20        30        40

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB7 RNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKS
       ..    :::  :.::...  ::.: ::::.:::..::.:.::.: ::.  :::   ....
CCDS41 KSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCPACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRA
                50        60        70        80        90         

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB7 ERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQA
       ..: .:      :..::. .:: :. :. . . : : .: .:: :. :    . :    :
CCDS41 QQTPVQ------LSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLA
     100             110       120       130       140        150  

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB7 PSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYM
       :                                            .. :. :.::..:.:
CCDS41 P--------------------------------------------VLPLVTHFADINTFM
                                                        160        

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB7 FKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLED
          .:.:.: .  ::.:::::::::::::: :.:.. .::.:  .: .. :: : : .::
CCDS41 VLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIED
      170       180       190       200       210       220        

     350            360       370       380       390       400    
pF1KB7 TAG-----GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQL
        :      :::  .:: ...::  :.::::.: ::::. :..::::::::: :.  .:::
CCDS41 GARVSPTVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQL
      230       240       250       260       270       280        

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB7 QEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLM
       ::..:.::.:::. .. .:  :::. :....:.::::::  .  .. .:: .  .  ::.
CCDS41 QEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRFLYAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLL
      290       300       310       320       330       340        

          470   
pF1KB7 QELFGITGS
       ::.      
CCDS41 QEICS    
       350      

>>CCDS41427.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (324 aa)
 initn: 785 init1: 233 opt: 583  Z-score: 639.3  bits: 127.1 E(32554): 2.7e-29
Smith-Waterman score: 777; 38.8% identity (63.1% similar) in 369 aa overlap (105-467:7-322)

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB7 GGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQ
                                     ::.....    :::  :.::...  ::.: 
CCDS41                         MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
                                       10        20         30     

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB7 ACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELM
       ::::.:::..::.:.::.: ::.  :::   ......: .:      :..::. .:: :.
CCDS41 ACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQTPVQ------LSKEQEELIRTLL
          40        50        60        70              80         

          200       210       220       230       240       250    
pF1KB7 DAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQL
        :. . . : : .: .:: :. :    . :    ::                        
CCDS41 GAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLAP------------------------
      90       100       110        120                            

          260       270       280       290       300       310    
pF1KB7 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
                           .. :. :.::..:.:   .:.:.: .  ::.:::::::::
CCDS41 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
                              130       140       150       160    

          320       330       340       350        360       370   
pF1KB7 LKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQ
       ::::: :.:.. .::.:  .: .. :: : : .:: :  :::  .:: ...::  :.:::
CCDS41 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
          170       180       190       200       210       220    

           380       390            400       410       420        
pF1KB7 LHEEEYVLMQAISLFSP-----DRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFL
       :.: ::::. :..::::     ::::: :.  .:::::..:.::.:::. .. .:  :::
CCDS41 LQEPEYVLLAAMALFSPAPYLTDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRFL
          230       240       250       260       270       280    

      430       440       450       460       470   
pF1KB7 FLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
       . :....:.::::::  .  .. .:: .  .  ::.::.      
CCDS41 YAKLLGLLAELRSINEAYGYQIQHIQGLSAMM-PLLQEICS    
          290       300       310        320        

>>CCDS53408.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1               (306 aa)
 initn: 709 init1: 258 opt: 505  Z-score: 554.9  bits: 111.4 E(32554): 1.4e-24
Smith-Waterman score: 699; 39.3% identity (62.8% similar) in 323 aa overlap (105-426:7-277)

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB7 GGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQ
                                     ::.....    :::  :.::...  ::.: 
CCDS53                         MLPKRSRRTVSKSIGPTCPF-AGSCEVSKTQRRHCP
                                       10        20         30     

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB7 ACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELM
       ::::.:::..::.:.::.: ::.  :::   ......: .:      :..::. .:: :.
CCDS53 ACRLQKCLDAGMRKDMILSAEALALRRAKQAQRRAQQTPVQ------LSKEQEELIRTLL
          40        50        60        70              80         

          200       210       220       230       240       250    
pF1KB7 DAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGCELPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLCSLKVSLQL
        :. . . : : .: .:: :. :    . :    ::                        
CCDS53 GAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLFIHHQ-PLPTLAP------------------------
      90       100       110        120                            

          260       270       280       290       300       310    
pF1KB7 RGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISL
                           .. :. :.::..:.:   .:.:.: .  ::.:::::::::
CCDS53 --------------------VLPLVTHFADINTFMVLQVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISL
                              130       140       150       160    

          320       330       340       350        360       370   
pF1KB7 LKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAG-GFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQ
       ::::: :.:.. .::.:  .: .. :: : : .:: :  :::  .:: ...::  :.:::
CCDS53 LKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCGPLRYTIEDGARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQ
          170       180       190       200       210       220    

           380       390       400       410       420       430   
pF1KB7 LHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIM
       :.: ::::. :..::::::::: :.  .:::::..:.::.:::. .. .:  :       
CCDS53 LQEPEYVLLAAMALFSPDRPGVTQRDEIDQLQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWI
          230       240       250       260       270       280    

           440       450       460       470   
pF1KB7 AMLTELRSINAQHTQRLLRIQDIHPFATPLMQELFGITGS
                                               
CCDS53 HWSGKMLGPKIGPGSKGAQWLQ                  
          290       300                        




473 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 18:29:33 2016 done: Sat Nov  5 18:29:34 2016
 Total Scan time:  3.250 Total Display time:  0.090

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com