Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7644
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7644, 390 aa
1>>>pF1KB7644 390 - 390 aa - 390 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3649+/-0.000988; mu= 13.9381+/- 0.061
mean_var=180.3860+/-41.948, 0's: 0 Z-trim(110.7): 167 B-trim: 975 in 2/48
Lambda= 0.095493
statistics sampled from 11571 (11797) to 11571 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.731), E-opt: 0.2 (0.362), width: 16
Scan time: 3.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1338.1 LHX4 gene_id:89884|Hs108|chr1 ( 390) 2696 383.8 1.5e-106
CCDS6994.1 LHX3 gene_id:8022|Hs108|chr9 ( 397) 1718 249.1 5.4e-66
CCDS6995.1 LHX3 gene_id:8022|Hs108|chr9 ( 402) 1718 249.1 5.4e-66
CCDS9171.1 LHX5 gene_id:64211|Hs108|chr12 ( 402) 608 96.1 5.8e-20
CCDS11316.1 LHX1 gene_id:3975|Hs108|chr17 ( 406) 555 88.8 9.3e-18
CCDS55343.1 LMX1B gene_id:4010|Hs108|chr9 ( 406) 480 78.5 1.2e-14
CCDS6866.2 LMX1B gene_id:4010|Hs108|chr9 ( 395) 470 77.1 3.1e-14
CCDS1247.1 LMX1A gene_id:4009|Hs108|chr1 ( 382) 466 76.5 4.4e-14
CCDS55342.1 LMX1B gene_id:4010|Hs108|chr9 ( 402) 454 74.9 1.4e-13
CCDS30962.1 LHX9 gene_id:56956|Hs108|chr1 ( 388) 451 74.5 1.9e-13
CCDS1393.1 LHX9 gene_id:56956|Hs108|chr1 ( 397) 451 74.5 1.9e-13
CCDS58118.1 LMO1 gene_id:4004|Hs108|chr11 ( 155) 440 72.5 3e-13
CCDS44534.1 LMO1 gene_id:4004|Hs108|chr11 ( 156) 440 72.5 3.1e-13
CCDS58008.1 LHX8 gene_id:431707|Hs108|chr1 ( 346) 442 73.2 4.1e-13
CCDS30756.1 LHX8 gene_id:431707|Hs108|chr1 ( 356) 442 73.2 4.2e-13
CCDS58212.1 LMO3 gene_id:55885|Hs108|chr12 ( 163) 431 71.2 7.4e-13
CCDS10290.1 ISL2 gene_id:64843|Hs108|chr15 ( 359) 435 72.2 8.2e-13
CCDS713.1 LMO4 gene_id:8543|Hs108|chr1 ( 165) 427 70.7 1.1e-12
CCDS58211.1 LMO3 gene_id:55885|Hs108|chr12 ( 156) 426 70.5 1.2e-12
CCDS43314.1 ISL1 gene_id:3670|Hs108|chr5 ( 349) 431 71.7 1.2e-12
CCDS8678.1 LMO3 gene_id:55885|Hs108|chr12 ( 145) 424 70.2 1.3e-12
CCDS56583.1 LHX6 gene_id:26468|Hs108|chr9 ( 363) 428 71.3 1.6e-12
CCDS56584.1 LHX6 gene_id:26468|Hs108|chr9 ( 366) 428 71.3 1.6e-12
CCDS6837.2 LHX6 gene_id:26468|Hs108|chr9 ( 377) 428 71.3 1.6e-12
CCDS6838.2 LHX6 gene_id:26468|Hs108|chr9 ( 392) 428 71.3 1.7e-12
>>CCDS1338.1 LHX4 gene_id:89884|Hs108|chr1 (390 aa)
initn: 2696 init1: 2696 opt: 2696 Z-score: 2026.6 bits: 383.8 E(32554): 1.5e-106
Smith-Waterman score: 2696; 100.0% identity (100.0% similar) in 390 aa overlap (1-390:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSCLKCADC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSCLKCADC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACIIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACIIC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDYETAKQNDDSEAGAKRPRTTITAKQLETLKNAYKNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDYETAKQNDDSEAGAKRPRTTITAKQLETLKNAYKNSP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 KPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRHRWGQFYKSVKRSRGSSKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRHRWGQFYKSVKRSRGSSKQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 EKESSAEDCGVSDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVTGGQLMNGSFSMDGTGQSYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EKESSAEDCGVSDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVTGGQLMNGSFSMDGTGQSYQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DLRDGSPYGIPQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSNLGIIAHAGQGVSQTLRAMAGGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLRDGSPYGIPQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSNLGIIAHAGQGVSQTLRAMAGGPT
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB7 SDISTGSSVGYPDFPTSPGSWLDEMDHPPF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SDISTGSSVGYPDFPTSPGSWLDEMDHPPF
370 380 390
>>CCDS6994.1 LHX3 gene_id:8022|Hs108|chr9 (397 aa)
initn: 1166 init1: 790 opt: 1718 Z-score: 1298.3 bits: 249.1 E(32554): 5.4e-66
Smith-Waterman score: 1718; 66.3% identity (85.4% similar) in 377 aa overlap (25-390:26-397)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSCLKCAD
..:: ::::.:::::.::::.:::::::.::::.:
CCDS69 MLLETGLERDRARPGAAAVCTLGGTREIPLCAGCDQHILDRFILKALDRHWHSKCLKCSD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CQMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACII
:. ::.:::::. :::::.::::::::::.::: :::::::::.:::::::::::::..
CCDS69 CHTPLAERCFSRGESVYCKDDFFKRFGTKCAACQLGIPPTQVVRRAQDFVYHLHCFACVV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 CNRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDYETAKQNDDSEAGAKRPRTTITAKQLETLKNAYKNS
:.::::::::::::::.::::: ::::::: . .:: :::::::::::::::::.::..:
CCDS69 CKRQLATGDEFYLMEDSRLVCKADYETAKQRE-AEATAKRPRTTITAKQLETLKSAYNTS
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PKPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRHRWGQFYKSVKRSRGSSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.....:::::.::
CCDS69 PKPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRQRWGQYFRNMKRSRGGSK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 QEKESSAEDCGVSDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVT------GGQLMNGSFSMD
..:.: : ::.:.:: .. :.:.: .: .::..:. : .: : :.::..
CCDS69 SDKDSVQEGQD-SDAEVSFPDEPSLAEMGPANGLYGSLGEPTQALGRPSGAL--GNFSLE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB7 GTG----QSYQDLRDGSPYGIPQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSNLGIIAHAGQGVS
: ..:..:: :::::.: ::.. .:::. :::..: : :..::.. .. :
CCDS69 HGGLAGPEQYRELRPGSPYGVPPSPAAPQSLPGPQPLLSSLVYP-DTSLGLVPSGAPGGP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB7 QTLRAMAG-GPTSDISTGSSVGYPDFPTSPGSWLDEMDHPPF
.:..:: ::.::.::::: ::::::.::.:::::.:: :
CCDS69 PPMRVLAGNGPSSDLSTGSSGGYPDFPASPASWLDEVDHAQF
360 370 380 390
>>CCDS6995.1 LHX3 gene_id:8022|Hs108|chr9 (402 aa)
initn: 1166 init1: 790 opt: 1718 Z-score: 1298.3 bits: 249.1 E(32554): 5.4e-66
Smith-Waterman score: 1718; 66.3% identity (85.4% similar) in 377 aa overlap (25-390:31-402)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSC
..:: ::::.:::::.::::.:::::::.:
CCDS69 MEARGELGPARESAGGDLLLALLARRADLRREIPLCAGCDQHILDRFILKALDRHWHSKC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LKCADCQMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHC
:::.::. ::.:::::. :::::.::::::::::.::: :::::::::.::::::::::
CCDS69 LKCSDCHTPLAERCFSRGESVYCKDDFFKRFGTKCAACQLGIPPTQVVRRAQDFVYHLHC
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FACIICNRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDYETAKQNDDSEAGAKRPRTTITAKQLETLKN
:::..:.::::::::::::::.::::: ::::::: . .:: :::::::::::::::::.
CCDS69 FACVVCKRQLATGDEFYLMEDSRLVCKADYETAKQRE-AEATAKRPRTTITAKQLETLKS
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 AYKNSPKPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRHRWGQFYKSVKRS
::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.....:::
CCDS69 AYNTSPKPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRQRWGQYFRNMKRS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB7 RGSSKQEKESSAEDCGVSDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVT------GGQLMNG
::.::..:.: : ::.:.:: .. :.:.: .: .::..:. : .: : :
CCDS69 RGGSKSDKDSVQEGQD-SDAEVSFPDEPSLAEMGPANGLYGSLGEPTQALGRPSGAL--G
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 SFSMDGTG----QSYQDLRDGSPYGIPQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSNLGIIAHA
.::.. : ..:..:: :::::.: ::.. .:::. :::..: : :..::.. .
CCDS69 NFSLEHGGLAGPEQYRELRPGSPYGVPPSPAAPQSLPGPQPLLSSLVYP-DTSLGLVPSG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB7 GQGVSQTLRAMAG-GPTSDISTGSSVGYPDFPTSPGSWLDEMDHPPF
. : .:..:: ::.::.::::: ::::::.::.:::::.:: :
CCDS69 APGGPPPMRVLAGNGPSSDLSTGSSGGYPDFPASPASWLDEVDHAQF
360 370 380 390 400
>>CCDS9171.1 LHX5 gene_id:64211|Hs108|chr12 (402 aa)
initn: 891 init1: 565 opt: 608 Z-score: 471.8 bits: 96.1 E(32554): 5.8e-20
Smith-Waterman score: 831; 37.9% identity (60.5% similar) in 420 aa overlap (29-388:4-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSCLKCADC
.::::.. :::.:.:.:::: :: .:..: .:
CCDS91 MMVHCAGCERPILDRFLLNVLDRAWHIKCVQCCEC
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACIIC
. .:...:::: :..:::.:::.::::::..: ::: :...::::.. :.::.::.:..:
CCDS91 KTNLSEKCFSREGKLYCKNDFFRRFGTKCAGCAQGISPSDLVRKARSKVFHLNCFTCMVC
40 50 60 70 80 90
130 140
pF1KB7 NRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDY------------------------------------
:.::.::.:.:.......:::.::
CCDS91 NKQLSTGEELYVIDENKFVCKDDYLSSSSLKEGSLNSVSSCTDRSLSPDLQDALQDDPKE
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190
pF1KB7 ---------ETAK-QNDDSEAGAKR--PRTTITAKQLETLKNAYKNSPKPARHVREQLSS
:::. .:.....:.:: ::::: :::::::: :. .:::.::.::::..
CCDS91 TDNSTSSDKETANNENEEQNSGTKRRGPRTTIKAKQLETLKAAFAATPKPTRHIREQLAQ
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 ETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKK-DAGRHRWGQFYKSVKRSRGSSKQEKESSAEDCGV
::::.:::.::::::::.::.:.:. .: : :..: .: : . . .
CCDS91 ETGLNMRVIQVWFQNRRSKERRMKQLSALGARRHAFFRSPRRMRPLGGR----------L
220 230 240 250 260
260 270 280 290 300
pF1KB7 SDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVTGGQLMNGS---FSMDGTGQSYQDLRDGSPY
..::. :: : : :: : :: : : .. :. :.: .
CCDS91 DESEM----------LGSTPYTY--YGDYQGDYYAPGSNYDFFAHGPPSQAQSPADSS-F
270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GIPQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSN--LGIIAHAGQ-----GVSQTLRAMAGGPTS
..:.: . : . : : : ...:. .:.: :. ::. : :
CCDS91 LAASGPGS-TPLGALEPPLAG-PHAADNPRFTDMISHPDTPSPEPGLPGTLHPM---PGE
320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB7 DISTGSSVGYPDFPTSPGS-WLDEMDHPPF
.: : : : :: : : . ..::
CCDS91 VFSGGPS---PPFPMSGTSGYSGPLSHPNPELNEAAVW
370 380 390 400
>>CCDS11316.1 LHX1 gene_id:3975|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 924 init1: 553 opt: 555 Z-score: 432.3 bits: 88.8 E(32554): 9.3e-18
Smith-Waterman score: 825; 37.2% identity (60.4% similar) in 414 aa overlap (29-390:3-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPMQQIPQCAGCNQHILDKFILKVLDRHWHSSCLKCADC
.::::.. :::.:.:.:::: :: .:..: .:
CCDS11 MVHCAGCKRPILDRFLLNVLDRAWHVKCVQCCEC
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQGIPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACIIC
. .:...:::: :..:::.:::. :::::..: ::: :...::.:.. :.::.::.:..:
CCDS11 KCNLTEKCFSREGKLYCKNDFFRCFGTKCAGCAQGISPSDLVRRARSKVFHLNCFTCMMC
40 50 60 70 80 90
130 140
pF1KB7 NRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDY------------------------------------
:.::.::.:.:.......::::::
CCDS11 NKQLSTGEELYIIDENKFVCKEDYLSNSSVAKENSLHSATTGSDPSLSPDSQDPSQDDAK
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190
pF1KB7 --ETAK---------QNDDSEAGAKR--PRTTITAKQLETLKNAYKNSPKPARHVREQLS
:.:. .:::.. :::: ::::: :::::::: :. .:::.::.::::.
CCDS11 DSESANVSDKEAGSNENDDQNLGAKRRGPRTTIKAKQLETLKAAFAATPKPTRHIREQLA
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 SETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKK-DAGRHRWGQFYKSVKRSRGSSKQEKESSAEDCG
.::::.:::.::::::::.::.:.:. .: : :..: .: : . . .
CCDS11 QETGLNMRVIQVWFQNRRSKERRMKQLSALGARRHAFFRSPRRMRPLVDRLEPGEL----
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 VSDSELSFREDQILSELGHTNRIYGNVGDVTGGQLMNGSFSMDGTGQSYQDLRDGSPYGI
. .. .:: : . .. :: :: : .: .: .: . .: .
CCDS11 IPNGPFSFYGD-------YQSEYYG-----PGG---NYDFFPQGPPSSQAQ----TPVDL
280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 PQSPSSISSLPSHAPLLNGLDYTVDSNLGIIAHAGQGVSQTLRAMAGGPTSDISTGSSVG
: :: : :: .:: .::.. . . : .. .: . . . : .: :
CCDS11 PFVPS---SGPSGTPL-GGLEHPLPG------HHPSSEAQRFTDILAHPPGD----SPSP
320 330 340 350
380 390
pF1KB7 YPDFPTSPGSWLDEM--DHPPF
:..: : :. :::
CCDS11 EPSLPGPLHSMSAEVFGPSPPFSSLSVNGGASYGNHLSHPPEMNEAAVW
360 370 380 390 400
>>CCDS55343.1 LMX1B gene_id:4010|Hs108|chr9 (406 aa)
initn: 643 init1: 399 opt: 480 Z-score: 376.5 bits: 78.5 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 616; 39.6% identity (62.3% similar) in 265 aa overlap (10-233:32-292)
10 20 30
pF1KB7 MMQSATVPAEGAVKGLPEMLGVPM-QQIPQ---CAGCNQ
: :.. : ::: . .. :. : ::..
CCDS55 DIATGPESLERCFPRGQTDCAKMLDGIKMEEHALRPGPATLGVLLGSDCPHPAVCEGCQR
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 HILDKFILKVLDRHWHSSCLKCADCQMQLADRCFSRAGSVYCKEDFFKRFGTKCTACQQG
: :.:...: . :: ::.:: ::. :. :. : ..:::.:. . :..::..:..
CCDS55 PISDRFLMRVNESSWHEECLQCAACQQALTTSCYFRDRKLYCKQDYQQLFAAKCSGCMEK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KB7 IPPTQVVRKAQDFVYHLHCFACIICNRQLATGDEFYLMEDGRLVCKEDYETAKQ------
: ::. : .: . :::: :: : .:.::: :::: : : :.:.:: ::: :.
CCDS55 IAPTEFVMRALECVYHLGCFCCCVCERQLRKGDEFVLKE-GQLLCKGDYEKEKDLLSSVS
130 140 150 160 170 180
150 160 170
pF1KB7 NDDSEA----------------GA---------------KRPRTTITAKQLETLKNAYKN
:.:.. :. ::::: .:..: ...: ...
CCDS55 PDESDSVKSEDEDGDMKPAKGQGSQSKGSGDDGKDPRRPKRPRTILTTQQRRAFKASFEV
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 SPKPARHVREQLSSETGLDMRVVQVWFQNRRAKEKRLKKDAGRHRWGQFYKSVKRSRGSS
: :: :.::: :..::::..:::::::::.::: :.: : ::. : .. .:
CCDS55 SSKPCRKVRETLAAETGLSVRVVQVWFQNQRAKMKKL---ARRHQQQQEQQNSQRLGQGE
250 260 270 280 290
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]