Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7630
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7630, 375 aa
1>>>pF1KB7630 375 - 375 aa - 375 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9703+/-0.000728; mu= 14.5606+/- 0.044
mean_var=87.8116+/-17.477, 0's: 0 Z-trim(111.1): 15 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.136867
statistics sampled from 12093 (12103) to 12093 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.372), width: 16
Scan time: 2.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7528.1 LDB1 gene_id:8861|Hs108|chr10 ( 375) 2591 521.1 6.2e-148
CCDS44472.1 LDB1 gene_id:8861|Hs108|chr10 ( 411) 2591 521.1 6.7e-148
CCDS3420.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 ( 373) 1984 401.3 7.4e-112
CCDS77903.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 ( 371) 1955 395.5 3.9e-110
CCDS47031.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 ( 331) 1539 313.4 1.9e-85
CCDS77902.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 ( 313) 1526 310.8 1.1e-84
>>CCDS7528.1 LDB1 gene_id:8861|Hs108|chr10 (375 aa)
initn: 2591 init1: 2591 opt: 2591 Z-score: 2769.4 bits: 521.1 E(32554): 6.2e-148
Smith-Waterman score: 2591; 100.0% identity (100.0% similar) in 375 aa overlap (1-375:1-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
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CCDS75 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTMSSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTMSSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVPD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 VMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPPS
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB7 SQESKSENPTSQASQ
:::::::::::::::
CCDS75 SQESKSENPTSQASQ
370
>>CCDS44472.1 LDB1 gene_id:8861|Hs108|chr10 (411 aa)
initn: 2591 init1: 2591 opt: 2591 Z-score: 2768.8 bits: 521.1 E(32554): 6.7e-148
Smith-Waterman score: 2591; 100.0% identity (100.0% similar) in 375 aa overlap (1-375:37-411)
10 20 30
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 CPGCSSKSFKLYSPKEPPNGNAFPPFHPGTMLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTEFFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTEFFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 YFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVSLDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVSLDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEF
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 MFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMHAQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMHAQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLC
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQKWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQKWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGST
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 MSSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVPDVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVPDVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQF
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370
pF1KB7 DAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPPSSQESKSENPTSQASQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPPSSQESKSENPTSQASQ
370 380 390 400 410
>>CCDS3420.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 (373 aa)
initn: 1489 init1: 1468 opt: 1984 Z-score: 2121.7 bits: 401.3 E(32554): 7.4e-112
Smith-Waterman score: 1984; 77.1% identity (91.3% similar) in 367 aa overlap (10-375:8-373)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
:.: . : ::::: : .:::.:.:::::. ::. ::::::::.::
CCDS34 MSSTPHDPFYSSPF-GPFYRRHTPYMVQPEYRIYEMNKRLQSRTEDSDNLWWDAFATE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
:::::: ::..::::::::::::::::::::: ..::::.:.:::.::: ::..:.. ..
CCDS34 FFEDDATLTLSFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFSTVFEGGVTDLYYILKHSKESYHNSSIT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
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CCDS34 VDCDQCTMVTQHGKPMFTKVCTEGRLILEFTFDDLMRIKTWHFTIRQYRELVPRSILAMH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
:::::.:::::::::: ::.: ::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS34 AQDPQVLDQLSKNITRMGLTNFTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYNLSPRDCLKTCLFQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB7 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTM-SSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVP
::::::::::::::: .:::::: : .:: ::.:.:.:...::::. :....::::::
CCDS34 KWQRMVAPPAEPTRQPTTKRRKRKNSTSSTSNSSAGNNANSTGSKKKTTAANLSLSSQVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPP
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::..:::::::: :::::::::
CCDS34 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQYDAANGMDDEEDFNNSPALGNNSPWNSKPP
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB7 SSQESKSENPTSQASQ
..::.::::: ::::
CCDS34 ATQETKSENPPPQASQ
360 370
>>CCDS77903.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 (371 aa)
initn: 1489 init1: 1468 opt: 1955 Z-score: 2090.8 bits: 395.5 E(32554): 3.9e-110
Smith-Waterman score: 1955; 76.6% identity (90.7% similar) in 367 aa overlap (10-375:8-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
:.: . : ::::: : .:::.:.:::::. ::. ::::::::.::
CCDS77 MSSTPHDPFYSSPF-GPFYRRHTPYMVQPEYRIYEMNKRLQSRTEDSDNLWWDAFATE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
:::::: ::..::::::::::::::::::::: ..::::.:.:::.::: ::..:.. ..
CCDS77 FFEDDATLTLSFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFSTVFEGGVTDLYYILKHSKESYHNSSIT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
.:::: .:::::::::::.::.:::: ::: :::.::::::::.:::.:::.::::::::
CCDS77 VDCDQCTMVTQHGKPMFTKVCTEGRLILEFTFDDLMRIKTWHFTIRQYRELVPRSILAMH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
:::::.:::::::::: ::.: ::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS77 AQDPQVLDQLSKNITRMGLTNFTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYNLSPRDCLKTCLFQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB7 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTM-SSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVP
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CCDS77 KWQRMVAPPAEPTRQPTTKRRKRKNSTSSTSNSSAGNNANSTGSKKKTTAANLSLSSQ--
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPP
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::..:::::::: :::::::::
CCDS77 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQYDAANGMDDEEDFNNSPALGNNSPWNSKPP
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB7 SSQESKSENPTSQASQ
..::.::::: ::::
CCDS77 ATQETKSENPPPQASQ
360 370
>>CCDS47031.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 (331 aa)
initn: 1468 init1: 1468 opt: 1539 Z-score: 1647.5 bits: 313.4 E(32554): 1.9e-85
Smith-Waterman score: 1539; 71.8% identity (88.3% similar) in 308 aa overlap (10-316:8-314)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
:.: . : ::::: : .:::.:.:::::. ::. ::::::::.::
CCDS47 MSSTPHDPFYSSPF-GPFYRRHTPYMVQPEYRIYEMNKRLQSRTEDSDNLWWDAFATE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
:::::: ::..::::::::::::::::::::: ..::::.:.:::.::: ::..:.. ..
CCDS47 FFEDDATLTLSFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFSTVFEGGVTDLYYILKHSKESYHNSSIT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
.:::: .:::::::::::.::.:::: ::: :::.::::::::.:::.:::.::::::::
CCDS47 VDCDQCTMVTQHGKPMFTKVCTEGRLILEFTFDDLMRIKTWHFTIRQYRELVPRSILAMH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
:::::.:::::::::: ::.: ::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS47 AQDPQVLDQLSKNITRMGLTNFTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYNLSPRDCLKTCLFQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB7 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTM-SSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVP
::::::::::::::: .:::::: : .:: ::.:.:.:...::::. :....::::::
CCDS47 KWQRMVAPPAEPTRQPTTKRRKRKNSTSSTSNSSAGNNANSTGSKKKTTAANLSLSSQVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPP
. .. . .: :. ::
CCDS47 GLGAIPNCSLNPGRDGDLCHSTAVTPSGQFKEKH
300 310 320 330
>>CCDS77902.1 LDB2 gene_id:9079|Hs108|chr4 (313 aa)
initn: 1468 init1: 1468 opt: 1526 Z-score: 1634.0 bits: 310.8 E(32554): 1.1e-84
Smith-Waterman score: 1526; 72.9% identity (89.0% similar) in 299 aa overlap (10-307:8-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLDRDVGPTPMYPPTYLEPGIGRHTPYGNQTDYRIFELNKRLQNWTEECDNLWWDAFTTE
:.: . : ::::: : .:::.:.:::::. ::. ::::::::.::
CCDS77 MSSTPHDPFYSSPF-GPFYRRHTPYMVQPEYRIYEMNKRLQSRTEDSDNLWWDAFATE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FFEDDAMLTITFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFRSIFEGGATELYYVLKHPKEAFHSNFVS
:::::: ::..::::::::::::::::::::: ..::::.:.:::.::: ::..:.. ..
CCDS77 FFEDDATLTLSFCLEDGPKRYTIGRTLIPRYFSTVFEGGVTDLYYILKHSKESYHNSSIT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LDCDQGSMVTQHGKPMFTQVCVEGRLYLEFMFDDMMRIKTWHFSIRQHRELIPRSILAMH
.:::: .:::::::::::.::.:::: ::: :::.::::::::.:::.:::.::::::::
CCDS77 VDCDQCTMVTQHGKPMFTKVCTEGRLILEFTFDDLMRIKTWHFTIRQYRELVPRSILAMH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AQDPQMLDQLSKNITRCGLSNSTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYSLSPRDCLKTCLFQ
:::::.:::::::::: ::.: ::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS77 AQDPQVLDQLSKNITRMGLTNFTLNYLRLCVILEPMQELMSRHKTYNLSPRDCLKTCLFQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB7 KWQRMVAPPAEPTRQQPSKRRKRKMSGGSTM-SSGGGNTNNSNSKKKSPASTFALSSQVP
::::::::::::::: .:::::: : .:: ::.:.:.:...::::. :....::::::
CCDS77 KWQRMVAPPAEPTRQPTTKRRKRKNSTSSTSNSSAGNNANSTGSKKKTTAANLSLSSQVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 DVMVVGEPTLMGGEFGDEDERLITRLENTQFDAANGIDDEDSFNNSPALGANSPWNSKPP
. .. :
CCDS77 IASIARSPVSGCALRT
300 310
375 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 12:31:40 2016 done: Fri Nov 4 12:31:40 2016
Total Scan time: 2.640 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]