Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7359
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7359, 339 aa
1>>>pF1KB7359 339 - 339 aa - 339 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1906+/-0.000975; mu= 11.8150+/- 0.057
mean_var=97.1401+/-21.090, 0's: 0 Z-trim(105.6): 71 B-trim: 402 in 1/50
Lambda= 0.130129
statistics sampled from 8406 (8492) to 8406 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 2.390
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS47053.1 USP46 gene_id:64854|Hs108|chr4 ( 366) 336 73.7 2.6e-13
CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 ( 916) 334 73.6 7.2e-13
CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 ( 963) 334 73.6 7.5e-13
CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17 (1406) 319 70.9 7.1e-12
CCDS32697.1 USP32 gene_id:84669|Hs108|chr17 (1604) 319 70.9 7.9e-12
CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX ( 963) 299 67.0 7.1e-11
>>CCDS53944.1 USP50 gene_id:373509|Hs108|chr15 (334 aa)
initn: 1750 init1: 1750 opt: 2303 Z-score: 2348.6 bits: 442.9 E(32554): 1.7e-124
Smith-Waterman score: 2303; 98.2% identity (98.5% similar) in 339 aa overlap (1-339:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTSQPSLPADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADGNQPHFQGVTGLWNLGNTCCVNAISQ
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 CLCSILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGDSDCVSPEIFWSA
:::::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CLCSILPLVEYFLTGKYITALQ-----NDCSEVATAFAYLMTDMWLGDSDCVSPEIFWSA
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LGNLYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSYEKGSTQRCCRKWITTETS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGNLYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSYEKGSTQRCCRKWITTETS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSKYECSLRDCLQCFFQQDALTWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSKYECSLRDCLQCFFQQDALTWN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIHYPLTNLDLTPY
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CCDS53 NEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIHYPLTNLDLTPY
240 250 260 270 280 290
310 320 330
pF1KB7 ICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
300 310 320 330
>>CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012 aa)
initn: 739 init1: 493 opt: 733 Z-score: 748.7 bits: 148.5 E(32554): 2.2e-35
Smith-Waterman score: 734; 37.8% identity (65.7% similar) in 312 aa overlap (38-338:661-972)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 PADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADGNQPHFQG----VTGLWNLGNTCCVNAISQCLC
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CCDS61 TPTVNRENKPTCYPKAEISRLSASQIRNLNPVFGGSGPALTGLRNLGNTCYMNSILQCLC
640 650 660 670 680 690
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGDSDCVSPEIFWSALGN
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CCDS61 NAPHLADYFNRNCYQDDINRSNLLGHKGEVAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGK
700 710 720 730 740 750
130 140 150 160 170
pF1KB7 LYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSYEKG-------STQRCCRKWIT
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CCDS61 INDQFAGYSQQDSQELLLFLMDGLHEDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQ
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 TETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSKYECSLRDCLQCFFQQDA
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CCDS61 LNESIIVALFQGQFKSTVQCLTCHKKSRTFEAFMYLSLPLASTSKCTLQDCLRLFSKEEK
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240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LTWNNEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIHYPLTNLD
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CCDS61 LTDNNRFYCSHCRARRDSLKKIEIWKLPPVLLVHLKRFSYDGRWKQKLQTSVDFPLENLD
880 890 900 910 920 930
300 310 320 330
pF1KB7 LTPYICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
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CCDS61 LSQYVIGPKNNLKKYNLFSVSNHYGGLDGGHYTAYCKNAARQRWFKFDDHEVSDISVSSV
940 950 960 970 980 990
CCDS61 KSSAAYILFYTSLGPRVTDVAT
1000 1010
>>CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1118 aa)
initn: 739 init1: 493 opt: 733 Z-score: 748.1 bits: 148.5 E(32554): 2.4e-35
Smith-Waterman score: 734; 37.8% identity (65.7% similar) in 312 aa overlap (38-338:767-1078)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 PADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADGNQPHFQG----VTGLWNLGNTCCVNAISQCLC
: : : .::: :::::: .:.: ::::
CCDS10 TPTVNRENKPTCYPKAEISRLSASQIRNLNPVFGGSGPALTGLRNLGNTCYMNSILQCLC
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70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGDSDCVSPEIFWSALGN
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CCDS10 NAPHLADYFNRNCYQDDINRSNLLGHKGEVAEEFGIIMKALWTGQYRYISPKDFKITIGK
800 810 820 830 840 850
130 140 150 160 170
pF1KB7 LYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSYEKG-------STQRCCRKWIT
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CCDS10 INDQFAGYSQQDSQELLLFLMDGLHEDLNKADNRKRYKEENNDHLDDFKAAEHAWQKHKQ
860 870 880 890 900 910
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 TETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSKYECSLRDCLQCFFQQDA
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CCDS10 LNESIIVALFQGQFKSTVQCLTCHKKSRTFEAFMYLSLPLASTSKCTLQDCLRLFSKEEK
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240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LTWNNEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIHYPLTNLD
:: ::...:: :...... . : : : ... :::::. .: :.::.:.. .:: :::
CCDS10 LTDNNRFYCSHCRARRDSLKKIEIWKLPPVLLVHLKRFSYDGRWKQKLQTSVDFPLENLD
980 990 1000 1010 1020 1030
300 310 320 330
pF1KB7 LTPYICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
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CCDS10 LSQYVIGPKNNLKKYNLFSVSNHYGGLDGGHYTAYCKNAARQRWFKFDDHEVSDISVSSV
1040 1050 1060 1070 1080 1090
CCDS10 KSSAAYILFYTSLGPRVTDVAT
1100 1110
>>CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 (362 aa)
initn: 555 init1: 178 opt: 428 Z-score: 445.7 bits: 91.0 E(32554): 1.7e-18
Smith-Waterman score: 557; 34.9% identity (58.3% similar) in 321 aa overlap (27-334:7-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTSQPSLPADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADGNQPHFQGVTGLWNLGNTCCVNAISQ
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CCDS58 MLVPGSTRPYSKKRQNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB7 CLCSILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGD-SDCVSPEIFWS
:: . : .: : :. :.. . . .. :: :. .: .. .: ::: : .
CCDS58 CLSNTRELRDYCLQRLYMRDLHH--GSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKT
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160
pF1KB7 ALGNLYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSY----------EKGSTQR
. : :. :::::::: .:. ::. ... : .: ::: ..
CCDS58 QIQRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTL-RPKSNPENLDHLPDDEKG--RQ
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 CCRKWITTETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSK-Y-ECSLRDC
::.. : : : .:: ::. :..: : :. . : .:::: .. : : .: ::
CCDS58 MWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYPEVTLMDC
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LQCFFQQDALTWNNEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTD
.. : ..:.: ... : :. ... . ::.. :::...:::::. . :: :
CCDS58 MRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTF
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KB7 IHYPLTNLDLTPYICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
...:: .::: . : .. ::: :: :: : ::::::.:..
CCDS58 VNFPLRDLDLREFA-SENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSS
280 290 300 310 320 330
CCDS58 VTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
340 350 360
>>CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 (396 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SLPADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADGNQPHFQGVTGLWNLGNTCCVNAISQCLCSI
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20 30 40 50 60 70
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pF1KB7 LPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGD-SDCVSPEIFWSALGNL
: .: : :. :.. . . .. :: :. .: .. .: ::: : . .
CCDS84 RELRDYCLQRLYMRDLHH--GSNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQIQRY
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170
pF1KB7 YPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSY----------EKGSTQRCCRKW
: :. :::::::: .:. ::. ... : .: ::: . ::.
CCDS84 APRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTL-RPKSNPENLDHLPDDEKGRQMW--RKY
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pF1KB7 ITTETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSK-Y-ECSLRDCLQCFF
. : : : .:: ::. :..: : :. . : .:::: .. : : .: ::.. :
CCDS84 LEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYPEVTLMDCMRLFT
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 QQDALTWNNEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIHYPL
..:.: ... : :. ... . ::.. :::...:::::. . :: : ...::
CCDS84 KEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPL
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330
pF1KB7 TNLDLTPYICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
.::: . : .. ::: :: :: : ::::::.:..
CCDS84 RDLDLREFA-SENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMS
320 330 340 350 360 370
CCDS84 SSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
380 390
>>CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 (605 aa)
initn: 555 init1: 178 opt: 421 Z-score: 435.4 bits: 89.8 E(32554): 6.2e-18
Smith-Waterman score: 554; 35.6% identity (58.7% similar) in 315 aa overlap (34-334:256-564)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 QPSLPADDFDIYHVLAECTDYYDTLPVKEADG-NQPHFQGVTGLWNLGNTCCVNAISQCL
:: :. ::..:: :::::: .:.: :::
CCDS84 PTYRPIGRYTLWETGKGQAPGPSRSSSPGRDGMNSKSAQGLAGLRNLGNTCFMNSILQCL
230 240 250 260 270 280
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pF1KB7 CSILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDCSEVATAFAYLMTDMWLGD-SDCVSPEIFWSAL
. : .: : :. :.. . . .. :: :. .: .. .: ::: : . .
CCDS84 SNTRELRDYCLQRLYMRDLHHG--SNAHTALVEEFAKLIQTIWTSSPNDVVSPSEFKTQI
290 300 310 320 330 340
130 140 150 160 170
pF1KB7 GNLYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEALKKYHYSRRRSY----------EKGSTQRCC
: :. :::::::: .:. ::. ... : .: ::: ..
CCDS84 QRYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNEVNRVTL-RPKSNPENLDHLPDDEKG--RQMW
350 360 370 380 390 400
180 190 200 210 220
pF1KB7 RKWITTETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCEKCTYKNEVFTVFSLPIPSK-Y-ECSLRDCLQ
::.. : : : .:: ::. :..: : :. . : .:::: .. : : .: ::..
CCDS84 RKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYPEVTLMDCMR
410 420 430 440 450 460
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 CFFQQDALTWNNEIHCSFCETKQETAVRASISKAPKIIIFHLKRFDIQGTTKRKLRTDIH
: ..:.: ... : :. ... . ::.. :::...:::::. . :: : ..
CCDS84 LFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTTFVN
470 480 490 500 510 520
290 300 310 320 330
pF1KB7 YPLTNLDLTPYICSIFRKYPKYNLCAVVNHFGDLDGGHYTAFCKNSVTQA
.:: .::: . : .. ::: :: :: : ::::::.:..
CCDS84 FPLRDLDLREFA-SENTNHAVYNLYAVSNHSGTTMGGHYTAYCRSPGTGEWHTFNDSSVT
530 540 550 560 570
CCDS84 PMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM
580 590 600
>>CCDS8963.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12 (952 aa)
initn: 609 init1: 272 opt: 352 Z-score: 362.6 bits: 77.0 E(32554): 7.1e-14
Smith-Waterman score: 352; 33.8% identity (57.3% similar) in 234 aa overlap (5-224:224-447)
10 20 30
pF1KB7 MTSQPSLPADDFDIYHVLAECTDY--YD-TLPVK
:: : . : : : : :: . : .
CCDS89 PDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNY-CLPSYTAYKNYDYSEPGR
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 EADGNQPHFQGVTGLWNLGNTCCVNAISQCLCSILPLVEYFLTGKYITALQKFLLPSDC-
...:: :. :: :::::: .:. ::: . ::.::::. :: :. : :
CCDS89 --NNEQP---GLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELN-FDNPLGMR
260 270 280 290 300
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 SEVATAFAYLMTDMWLGDSDCVSPEIFWSALGNLYPAFTKKMQQDAQEFLICVLNELHEA
.:.: ..: :. .:: : . :.:. : . .: . : :. .::: ::.: .:. :::
CCDS89 GEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHED
310 320 330 340 350 360
160 170 180 190 200
pF1KB7 LKKYHYSRRRSYEK-----GSTQRCCRK--W---ITTETSIITQLFEEQLNYSIVCLKCE
:.. :.. : . : .. . : . . :::...:. .. ..:: .:
CCDS89 LNRI---RKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECA
370 380 390 400 410 420
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 KCTYKNEVFTVFSLPIPSKYECSLRDCLQCFFQQDALTWNNEIHCSFCETKQETAVRASI
: . . : ..::.: : : .:
CCDS89 KISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSAL
430 440 450 460 470 480
>>CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12 (981 aa)
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. : :. .::: ::.: .:. ::: :.. :.. : . : .. . :
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. . :::...:. .. ..:: .: : . . : ..::.: : : .:
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CCDS58 PLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIM
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CCDS30 YSQQDAQEFLKLLMERLHLEINRRGRRAPPILANGPVPSPPRRGGALLEEPELSDDDRAN
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CCDS30 VSLRDCFNLFTKEEELESENAPVCDRCRQKTRSTKKLTVQRFPRILVLHLNRFSASRGSI
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CCDS30 KKSSVGVDFPLQRLSLGDFA-SDKAGSPVYQLYALCNHSGSVHYGHYTALCRCQTGWHVY
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: : :. : :. : .. :: : .: : . :. . :. : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]