FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7349, 1016 aa
1>>>pF1KB7349 1016 - 1016 aa - 1016 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9645+/-0.000459; mu= -0.3129+/- 0.028
mean_var=276.3613+/-57.740, 0's: 0 Z-trim(118.4): 66 B-trim: 462 in 2/52
Lambda= 0.077150
statistics sampled from 31275 (31356) to 31275 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 14.750
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005258156 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1905) 1629 196.1 1.5e-48
XP_005258155 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1970) 1629 196.1 1.5e-48
NP_056025 (OMIM: 615766) microtubule cross-linking (1586) 1395 170.0 9e-41
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XP_016881163 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1715) 618 83.6 1e-14
XP_016881162 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1715) 618 83.6 1e-14
XP_016881160 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1766) 618 83.6 1.1e-14
XP_011523942 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (2047) 618 83.6 1.2e-14
>>XP_005258156 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule cro (1905 aa)
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Smith-Waterman score: 1947; 41.3% identity (68.4% similar) in 959 aa overlap (1-882:361-1279)
10 20 30
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pF1KB7 DTKLIHAILVRLSVLQQELNAFTRKADAVL-GCS-VKEQQESFSSLPPLGSQGLSKEIL-
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pF1KB7 LAKDLGSDFQPPDFRDLPEWEPRIREAFRTGDLDSKPDPSRSFRPYRAEDNDSYASEIKE
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pF1KB7 LQLVLAEAHDSLRGLQEQLSQERQLRKEEADNFNQKMVQLKEDQQRALLRREFELQSLSL
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pF1KB7 --VNSMKELYLLMEEEEINAQHSDNKAC--------------TGD------SWTQNTPNE
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pF1KB7 YI----KTLADMKVTLKELCWLLRDERRGLTELQQQFAKAKATWETERAELKGHTSQMEL
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pF1KB7 RLQGEKQQVEQQVKELQNRLSQLQKAADPWVLKHSELEKQDNSWKETRSEKIHDKEAVSE
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Smith-Waterman score: 1947; 41.3% identity (68.4% similar) in 959 aa overlap (1-882:361-1279)
10 20 30
pF1KB7 MLEMRDVYMEEDVYQLQELRQQLDQASKTC
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pF1KB7 HFAKEESALMCKKLTKLAKENDSMKEELLKYRSLYGDLDSALSAEELADAPHSRETELKV
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.:.....: :: . .. :.. . . .. .:. :...
NP_056 DHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDHSLRLQTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFR
780 790 800 810 820 830
760 770 780 790 800 810
pF1KB7 WLLRDERRGLTELQQQFAKAKATWETERAELKGHTSQMELKTGKGAGER-AGPDWKAALQ
::...:. .::::.:. ::.:..: : :: . :.: :: . :: .. . :.::.
NP_056 AELREDERARLRLQQQYASDKAAWDVEWAVLKCRLEQLEEKTENKLGELGSSAESKGALK
840 850 860 870 880 890
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pF1KB7 REREEQQHLLAESYSAVMELTRQLQISERNWSQEKLQLVERLQGEKQQVEQQVKELQNRL
.::: .:.:::.:.: ::.: :.. ::.::..::..:..::. ..:. :.: ::. :.
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880 890 900 910 920 930
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:::: .:
NP_056 EQLQKENSPRRGGSFLCDQKDGNVRPFPHQGSLRMPRPVAMWPCADADSIPFEDRPLSKL
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10 20 30 40 50 60
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: :::: :.:::::::::::..::.:.:.::::::::::::..::..:.::::::::::.
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 LEQDVKVSKDISMRLHKELEVVEKKRARLEEENEELRQRLIETELAKQVLQTELERPREH
::::.::.::.:.:::.::..::.:::. :.::: :::..::.:..::.::.:::: .:
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70 80 90 100 110 120
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:::.:.:: . : .:::. :.:::::.:::.:::::. :: ::..::..:.: ...:: :
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:.:::::.:: : . : . : .::.:::..:::::::::.:.:.:::::::::::.:::
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.::. . : : . .. . :. :: .::::::::::::::::::: .:.::.:
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. : .::.::. : . . :.: . . : :::: .:.:::.:::::: :::.::
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300 310 320 330 340 350
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pF1KB7 RVLLSNLQRCDLASCQSTR-PM-LETDAE--AG----DSAQC-VPAP-------------
..::::.::::::. . : : ..::: :: :. . .: :
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360 370 380 390 400 410
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.: . :.: . : .::: .: : :...: . .... :..:...:
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:::: .. .: ...:: . . .:. .: ........::.:: .... .
XP_016 HDAGLRGGAPLPGPGLQGEE--EQGEGDQQEPQLLGTINAKMKAFKKELQAFLEQVNRIG
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pF1KB7 -GCS-VKEQQESFSSLPPLGSQGLSKEIL-LAKDLGSDFQPPDFRDLPEWEPRIREAFRT
: : . . :: : : . : . .. : :.:.:: :.: ... ::. . :
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560 570 580 590 600
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:: . . :. : .: :.:. . . :.: :: : :.. :: ::
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: .:..::...:..:. ...:.. :: .:.:..::.:: :... ::.:::.. ::
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670 680 690 700 710
pF1KB7 QQFKHNFLLLFMKLRWFLKRWRQGKVLPSEGDDFLE------VNSMKELYLLMEEEEINA
...:.:..:...::::.::.::::: . ::..: : .. . :: . .. .
XP_016 RSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQMEEEGEEFTEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGP
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720 730 740 750
pF1KB7 QHSDNKAC--------------TGD------SWTQNTPNEYI----KTLADMKVTLKELC
.:.....: :: . .. :.. . . .. .:. :...
XP_016 DHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDHSLRLQTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFR
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760 770 780 790
pF1KB7 WLLRDERRGLTELQQQFAKAKATWETERAELK--------------------GHTS----
::...:. .::::.:. ::.:..: : :: : :
XP_016 AELREDERARLRLQQQYASDKAAWDVEWAVLKCRLEQNCCGYPRINIEEETLGFTRLPAG
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pF1KB7 --------------QMELKTGKGAGER-AGPDWKAALQREREEQQHLLAESYSAVMELTR
..: :: . :: .. . :.::..::: .:.:::.:.: ::.:
XP_016 STVKTLKSLGLQRLELEEKTENKLGELGSSAESKGALKKEREVHQKLLADSHSLVMDLRW
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pF1KB7 QLQISERNWSQEKLQLVERLQGEKQQVEQQVKELQNRLSQLQKAADPWVLKHSELEKQDN
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pF1KB7 SWKETRSEKIHDKEAVSEVELGGNGLKRTKSVSSMSEFESLLDCSPYLAGGDARGKKLPN
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pF1KB7 MLEMRDVYMEEDVYQLQELRQQLDQASKTC
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XP_011 RILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRSLEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAE
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pF1KB7 EENEELRQRLIETELAKQVLQTELERPREHSLKKRGTRSLGKADKKTLVQEDSADLKCQL
.::: :::..::.:..::.::.:::: .: :::.:.:: . : .:::. :.:::::.:::
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.:::::. :: ::..::..:.: ...:: ::.:::::.:: : . : . : .::.:::.
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pF1KB7 HLKLVEEEANLLSRRIVELEVENRGLRAEMDDMKDHGGGCG-GPEARLAFSALGGGECGE
.:::::::::.:.:.:::::::::::.:::.::. . : : . .. . :. :
XP_011 RLKLVEEEANILGRKIVELEVENRGLKAEMEDMRGQQEREGPGRDHAPSIPTSPFGDSLE
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pF1KB7 SLAELRRHLQFVEEEAELLRRSSAELEDQNKLLLNELAKFRSEHELDVA-LSEDSCSVLS
: .::::::::::::::::::: .:.::.:. : .::.::. : . . :.: . .
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pF1KB7 --EPSQEELAAAKLQIGELSGKVKKLQYENRVLLSNLQRCDLASCQSTR-PM-LETDAE-
: :::: .:.:::.:::::: :::.::..::::.::::::. . : : ..:::
XP_011 GGAPLQEELKSARLQISELSGKVLKLQHENHALLSNIQRCDLAAHLGLRAPSPRDSDAES
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pF1KB7 -AG----DSAQC-VPAP---------------------LGETHESHAVRLC-----RARE
:: :. . .: : .: . :.: . : .:::
XP_011 DAGKKESDGEESRLPQPKREGPVGGESDSEEMFEKTSGFGSGKPSEASEPCPTELLKARE
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pF1KB7 -AEVLPGLREQAALVSKAIDVLVADANGFT--AGLRLCLDNECADFRLHEAPDNSEGPR-
.: : :...: . .... :..:...: :::: .. .: ...:: .
XP_011 DSEYLVTLKHEAQRLERTVERLITDTDSFLHDAGLRGGAPLPGPGLQGEE--EQGEGDQQ
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pF1KB7 DTKLIHAILVRLSVLQQELNAFTRKADAVL-GCS-VKEQQESFSSLPPLGSQGLSKEIL-
. .:. .: ........::.:: .... . : : . . :: : : . : . .. :
XP_011 EPQLLGTINAKMKAFKKELQAFLEQVNRIGDGLSPLPHLTESSSFLSTVTSVSRDSPIGN
870 880 890 900 910 920
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pF1KB7 LAKDLGSDFQPPDFRDLPEWEPRIREAFRTGDLDSKPDPSRSFRP-YRAEDNDSYASEIK
:.:.:: :.: ... ::. . : :: . . :. : .: :.:. . .
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pF1KB7 -----ELQL----VLAEAHDSLRGLQEQLSQERQLRKEEADNFNQKMVQLKEDQQRALLR
:.: :: : :.. :: :: : .:..::...:..:. ...:.. ::
XP_011 GQTCFSLELRGPPVLPEQSVSIEELQGQLVQAARLHQEETETFTNKIHKMEEEHLYALRW
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pF1KB7 REFELQSLSLQRRLEQKFWSQEKNMLVQESQQFKHNFLLLFMKLRWFLKRWRQGKVLPSE
.:.:..::.:: :... ::.:::.. :: ...:.:..:...::::.::.::::: . :
XP_011 KELEMHSLALQNTLHERTWSDEKNLMQQELRSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQMEEE
1050 1060 1070 1080 1090 1100
700 710 720
pF1KB7 GDDFLE------VNSMKELYLLMEEEEINAQHSDNKAC--------------TGD-----
:..: : .. . :: . .. . .:.....: ::
XP_011 GEEFTEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGPDHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDHSLRL
1110 1120 1130 1140 1150 1160
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pF1KB7 -SWTQNTPNEYI----KTLADMKVTLKELCWLLRDERRGLTELQQQFAKAKATWETERAE
. .. :.. . . .. .:. :... ::...:. .::::.:. ::.:..: :
XP_011 QTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFRAELREDERARLRLQQQYASDKAAWDVEWAV
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pF1KB7 LKGHTSQMELKTGKGAGER-AGPDWKAALQREREEQQHLLAESYSAVMELTRQLQISERN
:: . :.: :: . :: .. . :.::..::: .:.:::.:.: ::.: :.. ::.:
XP_011 LKCRLEQLEEKTENKLGELGSSAESKGALKKEREVHQKLLADSHSLVMDLRWQIHHSEKN
1230 1240 1250 1260 1270 1280
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pF1KB7 WSQEKLQLVERLQGEKQQVEQQVKELQNRLSQLQKAADPWVLKHSELEKQDNSWKETRSE
:..::..:..::. ..:. :.: ::. :. :::: .:
XP_011 WNREKVELLDRLDRDRQEWERQKKEFLWRIEQLQKENSPRRGGSFLCDQKDGNVRPFPHQ
1290 1300 1310 1320 1330 1340
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pF1KB7 KIHDKEAVSEVELGGNGLKRTKSVSSMSEFESLLDCSPYLAGGDARGKKLPNNPAFGFVS
XP_011 GSLRMPRPVAMWPCADADSIPFEDRPLSKLKESDRCSASENLYLDALSLDDEPEEPPAHR
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>>XP_016881161 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule cro (1715 aa)
initn: 2006 init1: 606 opt: 618 Z-score: 385.1 bits: 83.6 E(85289): 1e-14
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10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLEMRDVYMEEDVYQLQELRQQLDQASKTCRILQYRLRKAERRSLRAAQTGQVDGELIRG
: :::: :.:::::::::::..::.:.:.::::::::::::..::..:.::::::::::.
XP_016 MEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNCRILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LEQDVKVSKDISMRLHKELEVVEKKRARLEEENEELRQRLIETELAKQVLQTELERPREH
::::.::.::.:.:::.::..::.:::. :.::: :::..::.:..::.::.:::: .:
XP_016 LEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKES
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 SLKKRGTRSLGKADKKTLVQE--------------------------DSADLKCQLHFAK
:::.:.:: . : .:::. :. :::::.:::.:::
XP_016 SLKRRSTREMYK-EKKTFNQQNGGMERPGNCRPATKTQRKLAPRRKDDSADLRCQLQFAK
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 EESALMCKKLTKLAKENDSMKEELLKYRSLYGDLDSALSAEELADAPHSRETELKVHLKL
::. :: ::..::..:.: ...:: ::.:::::.:: : . : . : .::.:::..:::
XP_016 EEAFLMRKKMAKLGREKDELEQELQKYKSLYGDVDSPLPTGEAGGPPSTREAELKLRLKL
180 190 200 210 220 230
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pF1KB7 VEEEANLLSRRIVELEVENRGLRAEMDDMKDHGGGCG-GPEARLAFSALGGGECGESLAE
::::::.:.:.:::::::::::.:::.::. . : : . .. . :. :: .:
XP_016 VEEEANILGRKIVELEVENRGLKAEMEDMRGQQEREGPGRDHAPSIPTSPFGDSLESSTE
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 LRRHLQFVEEEAELLRRSSAELEDQNKLLLNELAKFRSEHELDVA-LSEDSCSVLS--EP
:::::::::::::::::: .:.::.:. : .::.::. : . . :.: . . :
XP_016 LRRHLQFVEEEAELLRRSISEIEDHNRQLTHELSKFKFEPPREPGWLGEGASPGAGGGAP
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pF1KB7 SQEELAAAKLQIGELSGKVKKLQYENRVLLSNLQRCDLASCQSTR-PM-LETDAE--AG-
:::: .:.:::.:::::: :::.::..::::.::::::. . : : ..::: ::
XP_016 LQEELKSARLQISELSGKVLKLQHENHALLSNIQRCDLAAHLGLRAPSPRDSDAESDAGK
360 370 380 390 400 410
390 400 410
pF1KB7 ---DSAQC-VPAP---------------------LGETHESHAVRLC-----RARE-AEV
:. . .: : .: . :.: . : .::: .:
XP_016 KESDGEESRLPQPKREGPVGGESDSEEMFEKTSGFGSGKPSEASEPCPTELLKAREDSEY
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 LPGLREQAALVSKAIDVLVADANGFT--AGLRLCLDNECADFRLHEAPDNSEGPR-DTKL
: :...: . .... :..:...: :::: .. .: ...:: . . .:
XP_016 LVTLKHEAQRLERTVERLITDTDSFLHDAGLRGGAPLPGPGLQGEE--EQGEGDQQEPQL
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520
pF1KB7 IHAILVRLSVLQQELNAFTRKADAVL-GCS-VKEQQESFSSLPPLGSQGLSKEIL-LAKD
. .: ........::.:: .... . : : . . :: : : . : . .. : :.:.
XP_016 LGTINAKMKAFKKELQAFLEQVNRIGDGLSPLPHLTESSSFLSTVTSVSRDSPIGNLGKE
540 550 560 570 580 590
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pF1KB7 LGSDFQPPDFRDLPEWEPRIREAFRTGDLDSKPDPSRSFRP-YRAEDNDSYASEIK----
:: :.: ... ::. . : :: . . :. : .: :.:. . .
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pF1KB7 -ELQL----VLAEAHDSLRGLQEQLSQERQLRKEEADNFNQKMVQLKEDQQRALLRREFE
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XP_016 FSLELRGPPVLPEQSVSIEELQGQLVQAARLHQEETETFTNKIHKMEEEHLYALRWKELE
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pF1KB7 LQSLSLQRRLEQKFWSQEKNMLVQESQQFKHNFLLLFMKLRWFLKRWRQGKVLPSEGDDF
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XP_016 MHSLALQNTLHERTWSDEKNLMQQELRSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQMEEEGEEF
720 730 740 750 760 770
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pF1KB7 LE------VNSMKELYLLMEEEEINAQHSDNKAC--------------TGD------SWT
: .. . :: . .. . .:.....: :: .
XP_016 TEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGPDHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDHSLRLQTAD
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