Result of FASTA (omim) for
pF1KB7323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7323, 1954 aa
1>>>pF1KB7323 1954 - 1954 aa - 1954 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3983+/-0.000439; mu= 12.8009+/- 0.028
mean_var=260.9777+/-52.759, 0's: 0 Z-trim(120.0): 460 B-trim: 382 in 3/53
Lambda= 0.079391
statistics sampled from 34070 (34616) to 34070 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.406), width: 16
Scan time: 15.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056372 (OMIM: 610771) chromodomain-helicase-DNA (1954) 13323 1541.2 0
XP_006719021 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1940) 7858 915.3 0
XP_016874223 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1892) 6158 720.5 3.9e-206
XP_016874222 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1893) 6158 720.5 3.9e-206
XP_016874221 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1895) 6158 720.5 3.9e-206
XP_016874220 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1899) 6127 717.0 4.6e-205
XP_016874219 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1900) 6127 717.0 4.6e-205
XP_006719025 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1902) 6127 717.0 4.6e-205
XP_016874217 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1911) 5597 656.3 8.7e-187
XP_016874216 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1912) 5597 656.3 8.7e-187
NP_001264 (OMIM: 603277,617159) chromodomain-helic (1912) 5597 656.3 8.7e-187
XP_016874215 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1913) 5597 656.3 8.7e-187
XP_016874214 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1914) 5597 656.3 8.7e-187
XP_006719023 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1914) 5597 656.3 8.7e-187
XP_006719022 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1915) 5597 656.3 8.7e-187
XP_005253725 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1905) 5586 655.0 2.1e-186
NP_001284482 (OMIM: 603277,617159) chromodomain-he (1905) 5586 655.0 2.1e-186
XP_016874218 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1906) 5586 655.0 2.1e-186
XP_006719024 (OMIM: 603277,617159) PREDICTED: chro (1908) 5586 655.0 2.1e-186
XP_016879559 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2050) 5453 639.8 8.4e-182
XP_016879551 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2105) 5453 639.9 8.5e-182
XP_016879550 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2109) 5347 627.7 3.9e-178
XP_016879553 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2055) 5272 619.1 1.5e-175
XP_006721487 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2111) 5272 619.1 1.5e-175
XP_016879558 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (1888) 5266 618.4 2.2e-175
NP_005843 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase-DNA (1966) 5266 618.4 2.3e-175
NP_001005273 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2000) 5266 618.4 2.3e-175
XP_006721491 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2025) 5266 618.4 2.3e-175
XP_016879557 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 5266 618.4 2.3e-175
XP_016879555 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2036) 5266 618.4 2.3e-175
XP_016879556 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2045) 5266 618.4 2.3e-175
XP_016879552 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2056) 5266 618.4 2.4e-175
NP_001005271 (OMIM: 602120) chromodomain-helicase- (2059) 5266 618.4 2.4e-175
XP_005256486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2060) 5266 618.4 2.4e-175
XP_005256485 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2080) 5266 618.4 2.4e-175
XP_006721486 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2114) 5266 618.4 2.4e-175
XP_005256484 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2115) 5266 618.4 2.4e-175
XP_005256488 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (1185) 4521 532.8 7.9e-150
XP_016879554 (OMIM: 602120) PREDICTED: chromodomai (2047) 4114 486.5 1.2e-135
XP_011515862 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (1621) 1582 196.4 2.1e-48
XP_016869102 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (2996) 1582 196.6 3.2e-48
NP_060250 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) chro (2997) 1582 196.6 3.2e-48
XP_011515857 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (3026) 1582 196.7 3.2e-48
XP_011515856 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (3027) 1582 196.7 3.2e-48
XP_011515855 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (3027) 1582 196.7 3.2e-48
XP_016869101 (OMIM: 189960,214800,608892,612370) P (3027) 1582 196.7 3.2e-48
XP_016879217 (OMIM: 616936) PREDICTED: chromodomai (2237) 1576 195.8 4.2e-48
XP_016879216 (OMIM: 616936) PREDICTED: chromodomai (2375) 1576 195.8 4.4e-48
XP_005256233 (OMIM: 616936) PREDICTED: chromodomai (2391) 1576 195.9 4.4e-48
XP_016879215 (OMIM: 616936) PREDICTED: chromodomai (2424) 1576 195.9 4.4e-48
>>NP_056372 (OMIM: 610771) chromodomain-helicase-DNA-bin (1954 aa)
initn: 13323 init1: 13323 opt: 13323 Z-score: 8256.8 bits: 1541.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13323; 100.0% identity (100.0% similar) in 1954 aa overlap (1-1954:1-1954)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MRGPVGTEEELPRLFAEEMENEDEMSEEEDGGLEAFDDFFPVEPVSLPKKKKPKKLKENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MRGPVGTEEELPRLFAEEMENEDEMSEEEDGGLEAFDDFFPVEPVSLPKKKKPKKLKENK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 CKGKRKKKEGSNDELSENEEDLEEKSESEGSDYSPNKKKKKKLKDKKEKKAKRKKKDEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CKGKRKKKEGSNDELSENEEDLEEKSESEGSDYSPNKKKKKKLKDKKEKKAKRKKKDEDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DDNDDGCLKEPKSSGQLMAEWGLDDVDYLFSEEDYHTLTNYKAFSQFLRPLIAKKNPKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DDNDDGCLKEPKSSGQLMAEWGLDDVDYLFSEEDYHTLTNYKAFSQFLRPLIAKKNPKIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 MSKMMTVLGAKWREFSANNPFKGSSAAAAAAAVAAAVETVTISPPLAVSPPQVPQPVPIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MSKMMTVLGAKWREFSANNPFKGSSAAAAAAAVAAAVETVTISPPLAVSPPQVPQPVPIR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KAKTKEGKGPGVRKKIKGSKDGKKKGKGKKTAGLKFRFGGISNKRKKGSSSEEDEREESD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KAKTKEGKGPGVRKKIKGSKDGKKKGKGKKTAGLKFRFGGISNKRKKGSSSEEDEREESD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FDSASIHSASVRSECSAALGKKSKRRRKKKRIDDGDGYETDHQDYCEVCQQGGEIILCDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 FDSASIHSASVRSECSAALGKKSKRRRKKKRIDDGDGYETDHQDYCEVCQQGGEIILCDT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 CPRAYHLVCLDPELEKAPEGKWSCPHCEKEGIQWEPKDDDDEEEEGGCEEEEDDHMEFCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CPRAYHLVCLDPELEKAPEGKWSCPHCEKEGIQWEPKDDDDEEEEGGCEEEEDDHMEFCR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 VCKDGGELLCCDACPSSYHLHCLNPPLPEIPNGEWLCPRCTCPPLKGKVQRILHWRWTEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VCKDGGELLCCDACPSSYHLHCLNPPLPEIPNGEWLCPRCTCPPLKGKVQRILHWRWTEP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 PAPFMVGLPGPDVEPSLPPPKPLEGIPEREFFVKWAGLSYWHCSWVKELQLELYHTVMYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PAPFMVGLPGPDVEPSLPPPKPLEGIPEREFFVKWAGLSYWHCSWVKELQLELYHTVMYR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 NYQRKNDMDEPPPFDYGSGDEDGKSEKRKNKDPLYAKMEERFYRYGIKPEWMMIHRILNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NYQRKNDMDEPPPFDYGSGDEDGKSEKRKNKDPLYAKMEERFYRYGIKPEWMMIHRILNH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 SFDKKGDVHYLIKWKDLPYDQCTWEIDDIDIPYYDNLKQAYWGHRELMLGEDTRLPKRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SFDKKGDVHYLIKWKDLPYDQCTWEIDDIDIPYYDNLKQAYWGHRELMLGEDTRLPKRLL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 KKGKKLRDDKQEKPPDTPIVDPTVKFDKQPWYIDSTGGTLHPYQLEGLNWLRFSWAQGTD
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NP_056 KKGKKLRDDKQEKPPDTPIVDPTVKFDKQPWYIDSTGGTLHPYQLEGLNWLRFSWAQGTD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TILADEMGLGKTVQTIVFLYSLYKEGHSKGPYLVSAPLSTIINWEREFEMWAPDFYVVTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TILADEMGLGKTVQTIVFLYSLYKEGHSKGPYLVSAPLSTIINWEREFEMWAPDFYVVTY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 TGDKESRSVIRENEFSFEDNAIRSGKKVFRMKKEVQIKFHVLLTSYELITIDQAILGSIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TGDKESRSVIRENEFSFEDNAIRSGKKVFRMKKEVQIKFHVLLTSYELITIDQAILGSIE
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850 860 870 880 890 900
pF1KB7 WACLVVDEAHRLKNNQSKFFRVLNSYKIDYKLLLTGTPLQNNLEELFHLLNFLTPERFNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 WACLVVDEAHRLKNNQSKFFRVLNSYKIDYKLLLTGTPLQNNLEELFHLLNFLTPERFNN
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pF1KB7 LEGFLEEFADISKEDQIKKLHDLLGPHMLRRLKADVFKNMPAKTELIVRVELSQMQKKYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LEGFLEEFADISKEDQIKKLHDLLGPHMLRRLKADVFKNMPAKTELIVRVELSQMQKKYY
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pF1KB7 KFILTRNFEALNSKGGGNQVSLLNIMMDLKKCCNHPYLFPVAAVEAPVLPNGSYDGSSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KFILTRNFEALNSKGGGNQVSLLNIMMDLKKCCNHPYLFPVAAVEAPVLPNGSYDGSSLV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 KSSGKLMLLQKMLKKLRDEGHRVLIFSQMTKMLDLLEDFLEYEGYKYERIDGGITGGLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KSSGKLMLLQKMLKKLRDEGHRVLIFSQMTKMLDLLEDFLEYEGYKYERIDGGITGGLRQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EAIDRFNAPGAQQFCFLLSTRAGGLGINLATADTVIIYDSDWNPHNDIQAFSRAHRIGQN
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pF1KB7 KKVMIYRFVTRASVEERITQVAKRKMMLTHLVVRPGLGSKSGSMTKQELDDILKFGTEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KKVMIYRFVTRASVEERITQVAKRKMMLTHLVVRPGLGSKSGSMTKQELDDILKFGTEEL
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NP_056 FKDDVEGMMSQGQRPVTPIPDVQSSKGGNLAASAKKKHGSTPPGDNKDVEDSSVIHYDDA
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NP_056 AISKLLDRNQDATDDTELQNMNEYLSSFKVAQYVVREEDGVEEVEREIIKQEENVDPDYW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EKLLRHHYEQQQEDLARNLGKGKRIRKQVNYNDASQEDQEWQDELSDNQSEYSIGSEDED
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pF1KB7 EDFEERPEGQSGRRQSRRQLKSDRDKPLPPLLARVGGNIEVLGFNARQRKAFLNAIMRWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EDFEERPEGQSGRRQSRRQLKSDRDKPLPPLLARVGGNIEVLGFNARQRKAFLNAIMRWG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
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pF1KB7 MPPQDAFNSHWLVRDLRGKSEKEFRAYVSLFMRHLCEPGADGAETFADGVPREGLSRQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MPPQDAFNSHWLVRDLRGKSEKEFRAYVSLFMRHLCEPGADGAETFADGVPREGLSRQHV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB7 LTRIGVMSLVRKKVQEFEHVNGKYSTPDLIPEGPEGKKSGEVISSDPNTPVPASPAHLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LTRIGVMSLVRKKVQEFEHVNGKYSTPDLIPEGPEGKKSGEVISSDPNTPVPASPAHLLP
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KB7 APLGLPDKMEAQLGYMDEKDPGAQKPRQPLEVQALPAALDRVESEDKHESPASKERAREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 APLGLPDKMEAQLGYMDEKDPGAQKPRQPLEVQALPAALDRVESEDKHESPASKERAREE
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KB7 RPEETEKAPPSPEQLPREEVLPEKEKILDKLELSLIHSRGDSSELRPDDTKAEEKEPIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RPEETEKAPPSPEQLPREEVLPEKEKILDKLELSLIHSRGDSSELRPDDTKAEEKEPIET
1630 1640 1650 1660 1670 1680
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pF1KB7 QQNGDKEEDDEGKKEDKKGKFKFMFNIADGGFTELHTLWQNEERAAVSSGKIYDIWHRRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QQNGDKEEDDEGKKEDKKGKFKFMFNIADGGFTELHTLWQNEERAAVSSGKIYDIWHRRH
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pF1KB7 DYWLLAGIVTHGYARWQDIQNDPRYMILNEPFKSEVHKGNYLEMKNKFLARRFKLLEQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DYWLLAGIVTHGYARWQDIQNDPRYMILNEPFKSEVHKGNYLEMKNKFLARRFKLLEQAL
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pF1KB7 VIEEQLRRAAYLNMTQDPNHPAMALNARLAEVECLAESHQHLSKESLAGNKPANAVLHKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VIEEQLRRAAYLNMTQDPNHPAMALNARLAEVECLAESHQHLSKESLAGNKPANAVLHKV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LNQLEELLSDMKADVTRLPSMLSRIPPVAARLQMSERSILSRLTNRAGDPTIQQGAFGSS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]