Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7296
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7296, 1333 aa
1>>>pF1KB7296 1333 - 1333 aa - 1333 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.5289+/-0.00145; mu= -25.5155+/- 0.087
mean_var=556.1482+/-115.720, 0's: 0 Z-trim(112.9): 63 B-trim: 231 in 1/53
Lambda= 0.054385
statistics sampled from 13516 (13574) to 13516 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.417), width: 16
Scan time: 6.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2 (1333) 8954 718.6 2.7e-206
CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14 (1332) 6229 504.8 6.2e-142
>>CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2 (1333 aa)
initn: 8954 init1: 8954 opt: 8954 Z-score: 3817.1 bits: 718.6 E(32554): 2.7e-206
Smith-Waterman score: 8954; 100.0% identity (100.0% similar) in 1333 aa overlap (1-1333:1-1333)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQAQQLPYEFFSEENAPKWRGLLVPALKKVQGQVHPTLESNDDALQYVEELILQLLNMLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MQAQQLPYEFFSEENAPKWRGLLVPALKKVQGQVHPTLESNDDALQYVEELILQLLNMLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QAQPRSASDVEERVQKSFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLSLPVEKIHPLLKEVLGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QAQPRSASDVEERVQKSFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLSLPVEKIHPLLKEVLGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KIDHQVSVYIVAVLEYISADILKLVGNYVRNIRHYEITKQDIKVAMCADKVLMDMFHQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KIDHQVSVYIVAVLEYISADILKLVGNYVRNIRHYEITKQDIKVAMCADKVLMDMFHQDV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDINILSLTDEEPSTSGEQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EDINILSLTDEEPSTSGEQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSAN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESACRFYSQQMKGKQLAIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESACRFYSQQMKGKQLAIK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 PGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LISLQYRSTLERMLDVTMLQEEKEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEENMQPKAGIPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LISLQYRSTLERMLDVTMLQEEKEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEENMQPKAGIPI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 IKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 IAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 VRGKAMKKWVESITKIIQRKKIARDNGPGHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 VRGKAMKKWVESITKIIQRKKIARDNGPGHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 PIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 ETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 LEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSK
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB7 PKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPRPGTMRHPTPLQQEPRKISYSRIPESETESTASAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPRPGTMRHPTPLQQEPRKISYSRIPESETESTASAP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB7 NSPRTPLTPPPASGASSTTDVCSVFDSDHSSPFHSSNDTVFIQVTLPHGPRSASVSSISL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NSPRTPLTPPPASGASSTTDVCSVFDSDHSSPFHSSNDTVFIQVTLPHGPRSASVSSISL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB7 TKGTDEVPVPPPVPPRRRPESAPAESSPSKIMSKHLDSPPAIPPRQPTSKAYSPRYSISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TKGTDEVPVPPPVPPRRRPESAPAESSPSKIMSKHLDSPPAIPPRQPTSKAYSPRYSISD
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB7 RTSISDPPESPPLLPPREPVRTPDVFSSSPLHLQPPPLGKKSDHGNAFFPNSPSPFTPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 RTSISDPPESPPLLPPREPVRTPDVFSSSPLHLQPPPLGKKSDHGNAFFPNSPSPFTPPP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB7 PQTPSPHGTRRHLPSPPLTQEVDLHSIAGPPVPPRQSTSQHIPKLPPKTYKREHTHPSMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PQTPSPHGTRRHLPSPPLTQEVDLHSIAGPPVPPRQSTSQHIPKLPPKTYKREHTHPSMH
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330
pF1KB7 RDGPPLLENAHSS
:::::::::::::
CCDS18 RDGPPLLENAHSS
1330
>>CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14 (1332 aa)
initn: 4614 init1: 4562 opt: 6229 Z-score: 2661.6 bits: 504.8 E(32554): 6.2e-142
Smith-Waterman score: 6229; 69.5% identity (85.6% similar) in 1351 aa overlap (1-1332:1-1330)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQAQQLPYEFFSEENAPKWRGLLVPALKKVQGQVHPTLESNDDALQYVEELILQLLNMLC
:: :::::::::.:::::::: ::.::: :::::: .:...: :.::::.:::: ::
CCDS96 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QAQPRSASDVEERVQKSFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLSLPVEKIHPLLKEVLGY
.::::...::::::::.:::::::::::::::::::::::::: :::.:::: :::::::
CCDS96 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KIDHQVSVYIVAVLEYISADILKLVGNYVRNIRHYEITKQDIKVAMCADKVLMDMFHQDV
:.:..::.::::::::::::::::.:::: :::::::..:::::.::::::::::: ::
CCDS96 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQD-
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EDINILSLTDEEPSTSGEQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSAN
::...:: ..:::.::: .:::::.. .:: :::.::::.::::::: :.:. :::. .
CCDS96 -DIGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 DVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYAR
:.:.::: : :::::.::::: ::::::::::.:::::.:::::::::: ::::::. ..
CCDS96 DIEKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQL
::: : ::..: . ...:..::..:::..::::::.::::::.:.::::: :::::::::
CCDS96 DILSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESACRFYSQQMKGKQLAIK
. ::.:::.:::.::::::.:.:..:..: .. .:: .. .: :::.:...:.::::
CCDS96 KACSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIK
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRL
:::::::::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::: :: :::: ::
CCDS96 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRL
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 PGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAA
:: :.::::::::: :::.:: ::.:: :.:::::.. :::::.::.:::::::::::::
CCDS96 PGYSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAA
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 LISLQYRSTLERMLDVTMLQEEKEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEENMQPKAGIPI
::::.:::::.:::: ..:.::.:. .:::: .::::. ::::::.::.:.: ..::::
CCDS96 LISLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPI
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 IKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADR
::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::.
CCDS96 IKGGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADK
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 IAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGT
.:::.:.::.::.::::::::.::::::.::: :::::::::::::: ::.:.: ::..
CCDS96 LAIEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISS
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 VRGKAMKKWVESITKIIQRKKIARDNGPGHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLH
:::::::::::::.:::.::: :. :: .:::::.: :: .:::::.::..:::::.:::
CCDS96 VRGKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLH
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 PIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 PIEIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIV
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 ETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKI
:.::.::::::.:::::::::::.:::::::::.:::.:: ::::::::: . :..::
CCDS96 EAENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKI
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 LEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSK
:.:: :::.::.::::.::.:::::::::::::::::::::::: . ::..::.::::::
CCDS96 LDEAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSK
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
::::::::::::::::::::::.: :..::::::::::.. :::::::::::::::::::
CCDS96 RRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRN
960 970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB7 PKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPR----PGTMR-HPTPLQQEPRKISYSRIPESETES
: ::::.: .. :::::.::.. : ::.: :::::..:: :::.::: :.: ::
CCDS96 CKQPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELES
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB7 TASAPNSPRTPLTPPPASGASSTTDVCSVFDSDHSSPFHSSNDTVFIQVTLPHGPRSASV
:.:::.:: :: ::: .:...:. .: : .: : ...: : :::. .:
CCDS96 TVSAPTSPNTPSTPP----VSASSDLSVFLDVDLNSSCGS--NSIFAPVLLPHS-KSFFS
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KB7 SSISLTKGTDEVPVPPPVPPRRRPESAPAESSPSKIMSKHLDSPPAIPPRQPTSKAYSPR
: :: : ..: .:::.:::.. . ..: :: : :.::::::::: .::
CCDS96 SCGSLHKLSEEPLIPPPLPPRKKFDH---DASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPR
1140 1150 1160 1170 1180
1200 1210 1220 1230 1240
pF1KB7 YSIS----DRTSISDPPESP----PLLPPREPVRTPDVFSSSPLHLQPPPLG---KKSD-
. : : :: : : :: :.: :. : . :..::::::: . ::
CCDS96 VPVPTGAFDGPLHSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDW
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB7 -HGNAFFPNSPSPFTPPPPQTPSPHGTRR-HLPSPPLTQEVDLHSIAGPPVPPRQSTSQH
. . ::::: ::.::::. :: .. : ... .: .:::::::..: :
CCDS96 LRDISTCPNSPS----TPPSTPSPRVPRRCYVLS---SSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPH
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1310 1320 1330
pF1KB7 IPKLPPKTYKREHTHPSMHRDGPPLLENAHSS
.::::::::::: .:: ..: ::::::..
CCDS96 LPKLPPKTYKRELSHPPLYR--LPLLENAETPQ
1310 1320 1330
1333 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 06:39:25 2016 done: Fri Nov 4 06:39:26 2016
Total Scan time: 6.180 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]