Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7289
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7289, 988 aa
1>>>pF1KB7289 988 - 988 aa - 988 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4819+/-0.000961; mu= 7.7188+/- 0.058
mean_var=169.0567+/-33.393, 0's: 0 Z-trim(111.8): 25 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.098641
statistics sampled from 12653 (12676) to 12653 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.389), width: 16
Scan time: 4.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5881.1 CLCN1 gene_id:1180|Hs108|chr7 ( 988) 6636 957.0 0
CCDS3263.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 ( 898) 2942 431.3 4.2e-120
CCDS54690.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 ( 854) 2773 407.3 7e-113
CCDS54692.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 ( 869) 2704 397.4 6.4e-110
CCDS54691.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 ( 881) 1727 258.4 4.6e-68
CCDS57973.1 CLCNKA gene_id:1187|Hs108|chr1 ( 644) 1316 199.8 1.4e-50
CCDS167.1 CLCNKA gene_id:1187|Hs108|chr1 ( 687) 1316 199.9 1.5e-50
CCDS41269.1 CLCNKA gene_id:1187|Hs108|chr1 ( 686) 1315 199.7 1.7e-50
CCDS168.1 CLCNKB gene_id:1188|Hs108|chr1 ( 687) 1291 196.3 1.8e-49
CCDS57974.1 CLCNKB gene_id:1188|Hs108|chr1 ( 517) 1164 178.2 3.9e-44
CCDS14328.1 CLCN5 gene_id:1184|Hs108|chrX ( 746) 705 112.9 2.4e-24
CCDS48115.1 CLCN5 gene_id:1184|Hs108|chrX ( 816) 705 113.0 2.6e-24
CCDS59159.1 CLCN4 gene_id:1183|Hs108|chrX ( 666) 702 112.5 3e-24
CCDS14137.1 CLCN4 gene_id:1183|Hs108|chrX ( 760) 702 112.5 3.3e-24
CCDS75208.1 CLCN3 gene_id:1182|Hs108|chr4 ( 791) 675 108.7 4.9e-23
CCDS34101.1 CLCN3 gene_id:1182|Hs108|chr4 ( 818) 675 108.7 5.1e-23
CCDS34100.1 CLCN3 gene_id:1182|Hs108|chr4 ( 866) 675 108.7 5.3e-23
CCDS45378.1 CLCN7 gene_id:1186|Hs108|chr16 ( 781) 389 68.0 8.7e-11
>>CCDS5881.1 CLCN1 gene_id:1180|Hs108|chr7 (988 aa)
initn: 6636 init1: 6636 opt: 6636 Z-score: 5110.2 bits: 957.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6636; 100.0% identity (100.0% similar) in 988 aa overlap (1-988:1-988)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEQSRSQQRGGEQSWWGSDPQYQYMPFEHCTSYGLPSENGGLQHRLRKDAGPRHNVHPTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MEQSRSQQRGGEQSWWGSDPQYQYMPFEHCTSYGLPSENGGLQHRLRKDAGPRHNVHPTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 IYGHHKEQFSDREQDIGMPKKTGSSSTVDSKDEDHYSKCQDCIHRLGQVVRRKLGEDGIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IYGHHKEQFSDREQDIGMPKKTGSSSTVDSKDEDHYSKCQDCIHRLGQVVRRKLGEDGIF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LVLLGLLMALVSWSMDYVSAKSLQAYKWSYAQMQPSLPLQFLVWVTFPLVLILFSALFCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LVLLGLLMALVSWSMDYVSAKSLQAYKWSYAQMQPSLPLQFLVWVTFPLVLILFSALFCH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LISPQAVGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTMKAFVAKVVALTAGLGSGIPVGKEGPFVHIAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LISPQAVGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTMKAFVAKVVALTAGLGSGIPVGKEGPFVHIAS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ICAAVLSKFMSVFCGVYEQPYYYSDILTVGCAVGVGCCFGTPLGGVLFSIEVTSTYFAVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ICAAVLSKFMSVFCGVYEQPYYYSDILTVGCAVGVGCCFGTPLGGVLFSIEVTSTYFAVR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 NYWRGFFAATFSAFVFRVLAVWNKDAVTITALFRTNFRMDFPFDLKELPAFAAIGICCGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NYWRGFFAATFSAFVFRVLAVWNKDAVTITALFRTNFRMDFPFDLKELPAFAAIGICCGL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LGAVFVYLHRQVMLGVRKHKALSQFLAKHRLLYPGIVTFVIASFTFPPGMGQFMAGELMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LGAVFVYLHRQVMLGVRKHKALSQFLAKHRLLYPGIVTFVIASFTFPPGMGQFMAGELMP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 REAISTLFDNNTWVKHAGDPESLGQSAVWIHPRVNVVIIIFLFFVMKFWMSIVATTMPIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 REAISTLFDNNTWVKHAGDPESLGQSAVWIHPRVNVVIIIFLFFVMKFWMSIVATTMPIP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 CGGFMPVFVLGAAFGRLVGEIMAMLFPDGILFDDIIYKILPGGYAVIGAAALTGAVSHTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CGGFMPVFVLGAAFGRLVGEIMAMLFPDGILFDDIIYKILPGGYAVIGAAALTGAVSHTV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 STAVICFELTGQIAHILPMMVAVILANMVAQSLQPSLYDSIIQVKKLPYLPDLGWNQLSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 STAVICFELTGQIAHILPMMVAVILANMVAQSLQPSLYDSIIQVKKLPYLPDLGWNQLSK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 YTIFVEDIMVRDVKFVSASYTYGELRTLLQTTTVKTLPLVDSKDSMILLGSVERSELQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YTIFVEDIMVRDVKFVSASYTYGELRTLLQTTTVKTLPLVDSKDSMILLGSVERSELQAL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 LQRHLCPERRLRAAQEMARKLSELPYDGKARLAGEGLPGAPPGRPESFAFVDEDEDEDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LQRHLCPERRLRAAQEMARKLSELPYDGKARLAGEGLPGAPPGRPESFAFVDEDEDEDLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 GKSELPPSLALHPSTTAPLSPEEPNGPLPGHKQQPEAPEPAGQRPSIFQSLLHCLLGRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GKSELPPSLALHPSTTAPLSPEEPNGPLPGHKQQPEAPEPAGQRPSIFQSLLHCLLGRAR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 PTKKKTTQDSTDLVDNMSPEEIEAWEQEQLSQPVCFDSCCIDQSPFQLVEQTTLHKTHTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PTKKKTTQDSTDLVDNMSPEEIEAWEQEQLSQPVCFDSCCIDQSPFQLVEQTTLHKTHTL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 FSLLGLHLAYVTSMGKLRGVLALEELQKAIEGHTKSGVQLRPPLASFRNTTSTRKSTGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FSLLGLHLAYVTSMGKLRGVLALEELQKAIEGHTKSGVQLRPPLASFRNTTSTRKSTGAP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 PSSAENWNLPEDRPGATGTGDVIAASPETPVPSPSPEPPLSLAPGKVEGELEELELVESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PSSAENWNLPEDRPGATGTGDVIAASPETPVPSPSPEPPLSLAPGKVEGELEELELVESP
910 920 930 940 950 960
970 980
pF1KB7 GLEEELADILQGPSLRSTDEEDEDELIL
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GLEEELADILQGPSLRSTDEEDEDELIL
970 980
>>CCDS3263.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 (898 aa)
initn: 2883 init1: 1513 opt: 2942 Z-score: 2269.8 bits: 431.3 E(32554): 4.2e-120
Smith-Waterman score: 2942; 55.9% identity (77.8% similar) in 835 aa overlap (97-920:70-888)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 EQFSDREQDIGMPKKTGSSSTVDSKDEDHYSKCQDCIHRLGQVVRRKLGEDGIFLVLLGL
..:. : : . . ..::: ::::::::
CCDS32 RIRLGGPEPWKGPPSSRAAPELLEYGRSRCARCRVCSVRCHKFLVSRVGEDWIFLVLLGL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LMALVSWSMDYVSAKSLQAYKWSYAQMQPSLPLQFLVWVTFPLVLILFSALFCHLISPQA
::::::: :::. : ::: .: .. :. ::.:.:::.:.::: ::: : ....:::
CCDS32 LMALVSWVMDYAIAACLQAQQWMSRGLNTSILLQYLAWVTYPVVLITFSAGFTQILAPQA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTMKAFVAKVVALTAGLGSGIPVGKEGPFVHIASICAAVL
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CCDS32 VGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTLKTFIAKVIGLTCALGSGMPLGKEGPFVHIASMCAALL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SKFMSVFCGVYEQPYYYSDILTVGCAVGVGCCFGTPLGGVLFSIEVTSTYFAVRNYWRGF
:::.:.: :.::. ...:...:::::::::..:.::::::::::::.::::::::::
CCDS32 SKFLSLFGGIYENESRNTEMLAAACAVGVGCCFAAPIGGVLFSIEVTSTFFAVRNYWRGF
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FAATFSAFVFRVLAVWNKDAVTITALFRTNFRMDFPFDLKELPAFAAIGICCGLLGAVFV
::::::::.::::::::.: ::::::.: ::.::::::.::::::.::: :. ::.::
CCDS32 FAATFSAFIFRVLAVWNRDEETITALFKTRFRLDFPFDLQELPAFAVIGIASGFGGALFV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 YLHRQVMLGVRKHKALSQFLAKHRLLYPGIVTFVIASFTFPPGMGQFMAGELMPREAIST
::.:... .::.:....:: ..:::.:..::..:...:::::.::::::.: .:.. :
CCDS32 YLNRKIVQVMRKQKTINRFLMRKRLLFPALVTLLISTLTFPPGFGQFMAGQLSQKETLVT
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 LFDNNTWVKHAG----DPESLGQSAVWIHPRVNVVIIIFLFFVMKFWMSIVATTMPIPCG
:::: :::... .: : .:. : ::.:: . . .:..:::::: .:::.:.:::
CCDS32 LFDNRTWVRQGLVEELEPPSTSQA--WNPPRANVFLTLVIFILMKFWMSALATTIPVPCG
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 GFMPVFVLGAAFGRLVGEIMAMLFPDGILFDDIIYKILPGGYAVIGAAALTGAVSHTVST
.::::::.:::::::::: :: ::::: :. :.:.::::::.:::::.:::.:::::
CCDS32 AFMPVFVIGAAFGRLVGESMAAWFPDGIHTDSSTYRIVPGGYAVVGAAALAGAVTHTVST
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 AVICFELTGQIAHILPMMVAVILANMVAQSLQPSLYDSIIQVKKLPYLPDLGWNQLSKYT
::: ::::::::::::.:.:::::: ::::::::::::::..:::::::.:::.. ..:
CCDS32 AVIVFELTGQIAHILPVMIAVILANAVAQSLQPSLYDSIIRIKKLPYLPELGWGRHQQYR
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 IFVEDIMVRDVKFVSASYTYGELRTLLQTTTVKTLPLVDSKDSMILLGSVERSELQALLQ
. ::::::::: :. : :. .:: :. : . : ::.: .:::::::.:::.. :::
CCDS32 VRVEDIMVRDVPHVALSCTFRDLRLALHRTKGRMLALVESPESMILLGSIERSQVVALLG
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 RHLCPERRLRAAQEMARKLSELPYDGKARLAGEGLPGAPPGRPESFAFVDEDEDEDLS--
.: : :: . :: : . : . . :: :: : : . :: .
CCDS32 AQLSPARRRQHMQER-RATQTSPLSDQ-----EG----PPTPEASVCFQVNTEDSAFPAA
640 650 660 670 680
730 740 750 760 770
pF1KB7 -GKSELP--PSLALHPSTTAPLSPEEPNGPLPGHKQQPEAPEPAGQRP-SIFQSLLHCLL
:... : :.: ::.: :. : :.: . .. .. : . ..: :
CCDS32 RGETHKPLKPALKRGPSVTRNLG-ESPTGSAESAGIALRSLFCGSPPPEAASEKLESCEK
690 700 710 720 730 740
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 GRARPTKKKTTQDSTDLVDNMSPEEIEAWEQEQLSQPVCFDSCCIDQSPFQLVEQTTLHK
. . .. . ..:. :: .:::::: ::..::..:: :..: :: .::::::.:.:::
CCDS32 RKLKRVRISLASDA-DLEGEMSPEEILEWEEQQLDEPVNFSDCKIDPAPFQLVERTSLHK
750 760 770 780 790 800
840 850 860 870 880 890
pF1KB7 THTLFSLLGLHLAYVTSMGKLRGVLALEELQKAIEGH-TKSGVQLRPPLASFRNTTSTRK
:::.:::::. :::::.:.: :...:.::.::::: : .::..::::::::..... .
CCDS32 THTIFSLLGVDHAYVTSIGRLIGIVTLKELRKAIEGSVTAQGVKVRPPLASFRDSATSSS
810 820 830 840 850 860
900 910 920 930 940 950
pF1KB7 STGAPPSSAENWNLPEDRPGATGTGDVIAASPETPVPSPSPEPPLSLAPGKVEGELEELE
.: . : :. :..: : :
CCDS32 DTETTEVHAL-WG-PHSRHGLPREGSPSDSDDKCQ
870 880 890
>>CCDS54690.1 CLCN2 gene_id:1181|Hs108|chr3 (854 aa)
initn: 2721 init1: 1351 opt: 2773 Z-score: 2140.1 bits: 407.3 E(32554): 7e-113
Smith-Waterman score: 2773; 55.8% identity (78.2% similar) in 788 aa overlap (144-920:73-844)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LGEDGIFLVLLGLLMALVSWSMDYVSAKSLQAYKWSYAQMQPSLPLQFLVWVTFPLVLIL
.: .: .. :. ::.:.:::.:.:::
CCDS54 LGGPEPWKGPPSSRAAPELLEYGRSRCARCRAQQWMSRGLNTSILLQYLAWVTYPVVLIT
50 60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 FSALFCHLISPQAVGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTMKAFVAKVVALTAGLGSGIPVGKEG
::: : ....:::::::::::::::::::::::::.:.:.:::..:: .::::.:.::::
CCDS54 FSAGFTQILAPQAVGSGIPEMKTILRGVVLKEYLTLKTFIAKVIGLTCALGSGMPLGKEG
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PFVHIASICAAVLSKFMSVFCGVYEQPYYYSDILTVGCAVGVGCCFGTPLGGVLFSIEVT
:::::::.:::.::::.:.: :.::. ...:...:::::::::..:.::::::::::
CCDS54 PFVHIASMCAALLSKFLSLFGGIYENESRNTEMLAAACAVGVGCCFAAPIGGVLFSIEVT
170 180 190 200 210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 STYFAVRNYWRGFFAATFSAFVFRVLAVWNKDAVTITALFRTNFRMDFPFDLKELPAFAA
::.::::::::::::::::::.::::::::.: ::::::.: ::.::::::.::::::.
CCDS54 STFFAVRNYWRGFFAATFSAFIFRVLAVWNRDEETITALFKTRFRLDFPFDLQELPAFAV
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 IGICCGLLGAVFVYLHRQVMLGVRKHKALSQFLAKHRLLYPGIVTFVIASFTFPPGMGQF
::: :. ::.::::.:... .::.:....:: ..:::.:..::..:...:::::.:::
CCDS54 IGIASGFGGALFVYLNRKIVQVMRKQKTINRFLMRKRLLFPALVTLLISTLTFPPGFGQF
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450 460
pF1KB7 MAGELMPREAISTLFDNNTWVKHAG----DPESLGQSAVWIHPRVNVVIIIFLFFVMKFW
:::.: .:.. ::::: :::... .: : .:. : ::.:: . . .:..::::
CCDS54 MAGQLSQKETLVTLFDNRTWVRQGLVEELEPPSTSQA--WNPPRANVFLTLVIFILMKFW
350 360 370 380 390 400
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 MSIVATTMPIPCGGFMPVFVLGAAFGRLVGEIMAMLFPDGILFDDIIYKILPGGYAVIGA
:: .:::.:.:::.::::::.:::::::::: :: ::::: :. :.:.::::::.::
CCDS54 MSALATTIPVPCGAFMPVFVIGAAFGRLVGESMAAWFPDGIHTDSSTYRIVPGGYAVVGA
410 420 430 440 450 460
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 AALTGAVSHTVSTAVICFELTGQIAHILPMMVAVILANMVAQSLQPSLYDSIIQVKKLPY
:::.:::.:::::::: ::::::::::::.:.:::::: ::::::::::::::..:::::
CCDS54 AALAGAVTHTVSTAVIVFELTGQIAHILPVMIAVILANAVAQSLQPSLYDSIIRIKKLPY
470 480 490 500 510 520
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 LPDLGWNQLSKYTIFVEDIMVRDVKFVSASYTYGELRTLLQTTTVKTLPLVDSKDSMILL
::.:::.. ..: . ::::::::: :. : :. .:: :. : . : ::.: .:::::
CCDS54 LPELGWGRHQQYRVRVEDIMVRDVPHVALSCTFRDLRLALHRTKGRMLALVESPESMILL
530 540 550 560 570 580
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 GSVERSELQALLQRHLCPERRLRAAQEMARKLSELPYDGKARLAGEGLPGAPPGRPESFA
::.:::.. ::: .: : :: . :: : . : . . :: :: :
CCDS54 GSIERSQVVALLGAQLSPARRRQHMQER-RATQTSPLSDQ-----EG----PPTPEASVC
590 600 610 620 630
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 FVDEDEDEDLS---GKSELP--PSLALHPSTTAPLSPEEPNGPLPGHKQQPEAPEPAGQR
: . :: . :... : :.: ::.: :. : :.: . .. ..
CCDS54 FQVNTEDSAFPAARGETHKPLKPALKRGPSVTRNLG-ESPTGSAESAGIALRSLFCGSPP
640 650 660 670 680
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 P-SIFQSLLHCLLGRARPTKKKTTQDSTDLVDNMSPEEIEAWEQEQLSQPVCFDSCCIDQ
: . ..: : . . .. . ..:. :: .:::::: ::..::..:: :..: ::
CCDS54 PEAASEKLESCEKRKLKRVRISLASDA-DLEGEMSPEEILEWEEQQLDEPVNFSDCKIDP
690 700 710 720 730 740
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 SPFQLVEQTTLHKTHTLFSLLGLHLAYVTSMGKLRGVLALEELQKAIEGH-TKSGVQLRP
.::::::.:.::::::.:::::. :::::.:.: :...:.::.::::: : .::..::
CCDS54 APFQLVERTSLHKTHTIFSLLGVDHAYVTSIGRLIGIVTLKELRKAIEGSVTAQGVKVRP
750 760 770 780 790 800
890 900 910 920 930 940
pF1KB7 PLASFRNTTSTRKSTGAPPSSAENWNLPEDRPGATGTGDVIAASPETPVPSPSPEPPLSL
::::::..... ..: . : :. :..: : :
CCDS54 PLASFRDSATSSSDTETTEVHAL-WG-PHSRHGLPREGSPSDSDDKCQ
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CCDS16 AATCGAFIFRLLAVFNSEQETITSLYKTSFRVDVPFDLPEIFFFVALGGICGVLSCAYLF
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pF1KB7 FDNNTWVKHAGD-----PESLGQSAVW---IHPRVNVVIIIFLFFVMKFWMSIVATTMPI
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CCDS16 ISTALLAFELTGQIVHALPVLMAVLAANAIAQSCQPSFYDGTIIVKKLPYLPRILGRNIG
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CCDS57 WVREEVTWGGGPTVTGGWGWRAHLRSVSPPGVLFSIEVMSSHFSVWDYWRGFFAATCGAF
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