Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7234
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7234, 388 aa
1>>>pF1KB7234 388 - 388 aa - 388 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8524+/-0.00115; mu= 14.8926+/- 0.068
mean_var=157.3033+/-31.492, 0's: 0 Z-trim(107.0): 169 B-trim: 3 in 1/51
Lambda= 0.102260
statistics sampled from 9118 (9321) to 9118 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 2.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12627.1 CADM4 gene_id:199731|Hs108|chr19 ( 388) 2575 392.4 3.7e-109
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CCDS73399.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 471) 844 137.1 3.1e-32
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CCDS33792.1 CADM2 gene_id:253559|Hs108|chr3 ( 437) 717 118.3 1.3e-26
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CCDS12481.1 KIRREL2 gene_id:84063|Hs108|chr19 ( 708) 377 68.5 2.2e-11
CCDS1172.2 KIRREL gene_id:55243|Hs108|chr1 ( 757) 368 67.2 5.8e-11
>>CCDS12627.1 CADM4 gene_id:199731|Hs108|chr19 (388 aa)
initn: 2575 init1: 2575 opt: 2575 Z-score: 2073.2 bits: 392.4 E(32554): 3.7e-109
Smith-Waterman score: 2575; 100.0% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGPGAGQEVQTENVTVAEGGVAEITCRLHQYDGSIVVIQNPA
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CCDS12 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGPGAGQEVQTENVTVAEGGVAEITCRLHQYDGSIVVIQNPA
10 20 30 40 50 60
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CCDS12 RQTLFFNGTRALKDERFQLEEFSPRRVRIRLSDARLEDEGGYFCQLYTEDTHHQIATLTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS12 LVAPENPVVEVREQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWYRDRKELKGVSSSQENGKVWSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLDVQYSPTARIHASQAVVREGDT
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CCDS12 ASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLDVQYSPTARIHASQAVVREGDT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETLTLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHA
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CCDS12 LVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETLTLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 RALYVLVVYDPGAVVEAQTSVPYAIVGGILALLVFLIICVLVGMVWCSVRQKGSYLTHEA
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CCDS12 RALYVLVVYDPGAVVEAQTSVPYAIVGGILALLVFLIICVLVGMVWCSVRQKGSYLTHEA
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB7 SGLDEQGEAREAFLNGSDGHKRKEEFFI
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CCDS12 SGLDEQGEAREAFLNGSDGHKRKEEFFI
370 380
>>CCDS53711.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (414 aa)
initn: 984 init1: 362 opt: 1003 Z-score: 819.5 bits: 160.5 E(32554): 2.5e-39
Smith-Waterman score: 1003; 40.8% identity (73.5% similar) in 392 aa overlap (6-388:25-414)
10 20 30 40
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGP-GAGQEVQTENVTVAEGGVA
:.. :::. ::: : : ::.. :..::: :: ::
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10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 EITCRLHQYDGSIVVIQNPARQTLFFNGTRALKDERFQLEEFSPRRVRIRLSDARLEDEG
:.:.... : :.. . :: :::..: : ::: :::: .:: .... :... . :::
CCDS53 TISCQVNKSDDSVIQLLNPNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KB7 GYFCQLYTEDTHHQIATLTVLVAPENPVVEV-REQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWY
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CCDS53 RYFCQLYTDPPQESYTTITVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEEIEVNCTAMASKPATTIRWF
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RDRKELKGVSSSQENGKVWSVASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLD
. :::: : .: . ...:.: . ..: ..::: .::.... :. .:. ::: :.
CCDS53 KGNTELKGKSEVEEWSDMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAV-TGNL-QTQRYLE
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VQYSPTARIHAS---QAVVREGDTLVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETL
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CCDS53 VQYKPQVHIQMTYPLQGLTREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 TLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHARALYVLVVYDPGAVVEAQT-SVPYAIVGGILALLVF
. .: ..::::: ::::: :.:.. :.: ::: : :.. .: .:..::..:..::
CCDS53 FINNLNKTDNGTYRCEASNIVGKAHSDYMLYVYDSRAGEEGSIRAVDHAVIGGVVAVVVF
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB7 LIICVLVGMVWCSVRQKGSYLTHEASGLDEQGEAREAFLN---GSDGHKRKEEFFI
..:.:. . .:.::.:.::::.: :. ..: :..: :... ..:.:.::
CCDS53 AMLCLLIILGRYFARHKGTYFTHEAKGADDAADADTAIINAEGGQNNSEEKKEYFI
360 370 380 390 400 410
>>CCDS54613.1 CADM2 gene_id:253559|Hs108|chr3 (404 aa)
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Smith-Waterman score: 876; 39.5% identity (70.8% similar) in 390 aa overlap (12-388:17-404)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAG---PGA-GQEVQTENVTVAEGGVAEITCRLHQYDG
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CCDS54 MIWKRSAVLRFYSVCGLLLQAAASKNKVKGSQGQFPLTQNVTVVEGGTAILTCRVDQNDN
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 SIVVIQNPARQTLFFNGTRALKDERFQLEEFSPRRVRIRLSDARLEDEGGYFCQLYTEDT
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CCDS54 TSLQWSNPAQQTLYFDDKKALRDNRIELVRASWHELSISVSDVSLSDEGQYTCSLFTMPV
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pF1KB7 HHQIATLTVLVAPENPVVE-VREQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWYRDRKELKGVSS
. . : :::: .::.: . ..:: ..:.: . :.::: .::... ::.: :.
CCDS54 KTSKAYLTVLGVPEKPQISGFSSPVMEGDLMQLTCKTSGSKPAADIRWFKNDKEIKDVKY
130 140 150 160 170 180
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pF1KB7 SQE---NGKVWSVASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLDVQYSPTAR
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CCDS54 LKEEDANRKTFTVSSTLDFRVDRSDDGVAVICRVDHESLNATPQVAMQ-VLEIHYTPSVK
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 IHASQAVVREGDTLVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPE--RAEAVGETLTLPGLVSAD
: : .::. :.::: :.: :. . :.. . ::. : . :. :.. : ..:
CCDS54 IIPSTPFPQEGQPLILTCESKGKPLPEPVLWTKDGGELPDPDRMVVSGRELNILFLNKTD
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 NGTYTCEASNKHGHARALYVLVVYDPGAVVEAQTSVPYAIVGGILALLVFLIICVLVGMV
:::: :::.: :.. : :::.:.::.:.. .:.. .:..:::.:..::. .: . .
CCDS54 NGTYRCEATNTIGQSSAEYVLIVHDPNALA-GQNGPDHALIGGIVAVVVFVTLCSIFLLG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380
pF1KB7 WCSVRQKGSYLTHEASGLDEQGEAREAFLN--GSD-GHKRKEEFFI
.:.::.:::.::.: .. .: :..: ::. . ..:.:.::
CCDS54 RYLARHKGTYLTNEAKGAEDAPDADTAIINAEGSQVNAEEKKEYFI
360 370 380 390 400
>>CCDS8373.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (442 aa)
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Smith-Waterman score: 957; 38.2% identity (68.6% similar) in 414 aa overlap (6-385:25-436)
10 20 30 40
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGP-GAGQEVQTENVTVAEGGVA
:.. :::. ::: : : ::.. :..::: :: ::
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pF1KB7 EITCRLHQYDGSIVVIQNPARQTLFFNGTRALKDERFQLEEFSPRRVRIRLSDARLEDEG
:.:.... : :.. . :: :::..: : ::: :::: .:: .... :... . :::
CCDS83 TISCQVNKSDDSVIQLLNPNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEG
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pF1KB7 GYFCQLYTEDTHHQIATLTVLVAPENPVVEV-REQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWY
:::::::. ... .:.:::: :.: .... .. :::: :.:..: . :.::.:.::.
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160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RDRKELKGVSSSQENGKVWSVASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLD
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CCDS83 KGNTELKGKSEVEEWSDMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAV-TGNL-QTQRYLE
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220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VQYSPTARIHAS---QAVVREGDTLVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETL
:::.: ..:. . :...::::.: ::: . :.:.: .. : : .. .:..: : .:
CCDS83 VQYKPQVHIQMTYPLQGLTREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNL
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pF1KB7 TLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHARALYVLVVYDPGAVVEAQTS----------------
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330 340 350 360
pF1KB7 -------------VPYAIVGGILALLVFLIICVLVGMVWCSVRQKGSYLTHEASGLDEQG
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360 370 380 390 400 410
370 380
pF1KB7 EAREAFLNGSDGHKRKEEFFI
.: :..:. :.. .::
CCDS83 DADTAIINAEGGQNNSEEKKEYFI
420 430 440
>>CCDS73398.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (453 aa)
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Smith-Waterman score: 917; 37.3% identity (66.7% similar) in 415 aa overlap (6-375:25-437)
10 20 30 40
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGP-GAGQEVQTENVTVAEGGVA
:.. :::. ::: : : ::.. :..::: :: ::
CCDS73 MASVVLPSGSQCAAAAAAAAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVA
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:.:.... : :.. . :: :::..: : ::: :::: .:: .... :... . :::
CCDS73 TISCQVNKSDDSVIQLLNPNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEG
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pF1KB7 GYFCQLYTEDTHHQIATLTVLVAPENPVVEV-REQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWY
:::::::. ... .:.:::: :.: .... .. :::: :.:..: . :.::.:.::.
CCDS73 RYFCQLYTDPPQESYTTITVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEEIEVNCTAMASKPATTIRWF
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. :::: : .: . ...:.: . ..: ..::: .::.... :. .:. ::: :.
CCDS73 KGNTELKGKSEVEEWSDMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAV-TGNL-QTQRYLE
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pF1KB7 VQYSPTARIHAS---QAVVREGDTLVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETL
:::.: ..:. . :...::::.: ::: . :.:.: .. : : .. .:..: : .:
CCDS73 VQYKPQVHIQMTYPLQGLTREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNL
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280 290 300 310 320
pF1KB7 TLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHARALYVLVVYDPGAVVEAQTS----------------
. .: ..::::: ::::: :.:.. :.: :::: ... :.
CCDS73 FINNLNKTDNGTYRCEASNIVGKAHSDYMLYVYDPPTTIPPPTTTTTTTTTTTTTILTII
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330 340 350
pF1KB7 ------------------------VPYAIVGGILALLVFLIICVLVGMVWCSVRQKGSYL
: .:..::..:..:: ..:.:. . .:.::.:.
CCDS73 TDTTATTEPAVHDSRAGEEGSIRAVDHAVIGGVVAVVVFAMLCLLIILGRYFARHKGTYF
360 370 380 390 400 410
360 370 380
pF1KB7 THEASGLDEQGEAREAFLNGSDGHKRKEEFFI
::::.: :. ..: :..:
CCDS73 THEAKGADDAADADTAIINAEGGQNNSEEKKEYFI
420 430 440 450
>>CCDS73399.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 999 init1: 362 opt: 844 Z-score: 692.1 bits: 137.1 E(32554): 3.1e-32
Smith-Waterman score: 848; 35.9% identity (63.6% similar) in 418 aa overlap (6-360:25-440)
10 20 30 40
pF1KB7 MGRARRFQWPLLLLWAAAAGP-GAGQEVQTENVTVAEGGVA
:.. :::. ::: : : ::.. :..::: :: ::
CCDS73 MASVVLPSGSQCAAAAAAAAPPGLRLRLLLLLFSAAALIPTGDGQNLFTKDVTVIEGEVA
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pF1KB7 EITCRLHQYDGSIVVIQNPARQTLFFNGTRALKDERFQLEEFSPRRVRIRLSDARLEDEG
:.:.... : :.. . :: :::..: : ::: :::: .:: .... :... . :::
CCDS73 TISCQVNKSDDSVIQLLNPNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEG
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pF1KB7 GYFCQLYTEDTHHQIATLTVLVAPENPVVEV-REQAVEGGEVELSCLVPRSRPAATLRWY
:::::::. ... .:.:::: :.: .... .. :::: :.:..: . :.::.:.::.
CCDS73 RYFCQLYTDPPQESYTTITVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEEIEVNCTAMASKPATTIRWF
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RDRKELKGVSSSQENGKVWSVASTVRFRVDRKDDGGIIICEAQNQALPSGHSKQTQYVLD
. :::: : .: . ...:.: . ..: ..::: .::.... :. .:. ::: :.
CCDS73 KGNTELKGKSEVEEWSDMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAV-TGNL-QTQRYLE
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VQYSPTARIHAS---QAVVREGDTLVLTCAVTGNPRPNQIRWNRGNESLPERAEAVGETL
:::.: ..:. . :...::::.: ::: . :.:.: .. : : .. .:..: : .:
CCDS73 VQYKPQVHIQMTYPLQGLTREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB7 TLPGLVSADNGTYTCEASNKHGHARALYVLVVYDPGAVVEAQTS----------------
. .: ..::::: ::::: :.:.. :.: :::: ... :.
CCDS73 FINNLNKTDNGTYRCEASNIVGKAHSDYMLYVYDPPTTIPPPTTTTTTTTTTTTTILTII
300 310 320 330 340 350
330
pF1KB7 ------------------------------------------VPYAIVGGILALLVFLII
: .:..::..:..:: ..
CCDS73 TDTTATTEPAVHGLTQLPNSAEELDSEDLSDSRAGEEGSIRAVDHAVIGGVVAVVVFAML
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380
pF1KB7 CVLVGMVWCSVRQKGSYLTHEASGLDEQGEAREAFLNGSDGHKRKEEFFI
:.:. . .:.::.:.::::
CCDS73 CLLIILGRYFARHKGTYFTHEAKGADDAADADTAIINAEGGQNNSEEKKEYFI
420 430 440 450 460 470
>>CCDS73397.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (443 aa)
initn: 991 init1: 362 opt: 836 Z-score: 686.0 bits: 135.9 E(32554): 6.9e-32
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10 20 30 40
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