Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7106
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7106, 226 aa
1>>>pF1KB7106 226 - 226 aa - 226 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0309+/-0.000946; mu= 15.0285+/- 0.056
mean_var=58.7593+/-11.873, 0's: 0 Z-trim(104.2): 26 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.167315
statistics sampled from 7777 (7803) to 7777 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 1.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 1547 381.7 2e-106
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 1264 313.5 8.3e-86
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 1071 266.9 9.4e-72
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 884 221.7 3.5e-58
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 867 217.6 6e-57
CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 828 208.2 4.2e-54
CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 520 133.9 1.1e-31
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 501 129.4 3.5e-30
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 487 126.0 2.9e-29
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 478 123.9 1.9e-28
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 477 123.6 2e-28
CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 473 122.5 2.2e-28
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 471 122.1 4.6e-28
CCDS34697.1 GJC3 gene_id:349149|Hs108|chr7 ( 279) 460 119.4 2.3e-27
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 457 118.8 6.7e-27
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 444 115.6 4.3e-26
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 433 113.0 2.8e-25
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 382 100.7 1.6e-21
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 377 99.5 3.4e-21
CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 358 94.8 6.8e-20
>>CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 (226 aa)
initn: 1547 init1: 1547 opt: 1547 Z-score: 2024.1 bits: 381.7 E(32554): 2e-106
Smith-Waterman score: 1547; 100.0% identity (100.0% similar) in 226 aa overlap (1-226:1-226)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB7 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
190 200 210 220
>>CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 (261 aa)
initn: 1283 init1: 1264 opt: 1264 Z-score: 1654.0 bits: 313.5 E(32554): 8.3e-86
Smith-Waterman score: 1264; 77.2% identity (92.0% similar) in 224 aa overlap (1-224:1-224)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS92 MDWGTLHTFIGGVNKHSTSIGKVWITVIFIFRVMILVVAAQEVWGDEQEDFVCNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
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CCDS92 KNVCYDHFFPVSHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYYRHETTRKFRRGEKRNDFKDIED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
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CCDS92 IKKQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRIIFEAAFMYVFYFLYNGYHLPWVLKCGIDPCPNLVDC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB7 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
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CCDS92 FISRPTEKTVFTIFMISASVICMLLNVAELCYLLLKVCFRRSKRAQTQKNHPNHALKESK
190 200 210 220 230 240
CCDS92 QNEMNELISDSGQNAITGFPS
250 260
>>CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX (283 aa)
initn: 1067 init1: 553 opt: 1071 Z-score: 1401.7 bits: 266.9 E(32554): 9.4e-72
Smith-Waterman score: 1071; 64.3% identity (91.1% similar) in 224 aa overlap (1-224:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS14 MNWTGLYTLLSGVNRHSTAIGRVWLSVIFIFRIMVLVVAAESVWGDEKSSFICNTLQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKDIEE
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CCDS14 NSVCYDQFFPISHVRLWSLQLILVSTPALLVAMHVAHQQHIEK-KMLRLEGHGDPLHLEE
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVDC
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CCDS14 VKRHKVHISGTLWWTYVISVVFRLLFEAVFMYVFYLLYPGYAMVRLVKCDVYPCPNTVDC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KB7 FVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
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CCDS14 FVSRPTEKTVFTVFMLAASGICIILNVAEVVYLIIRACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRL
180 190 200 210 220 230
CCDS14 SPEYKQNEINKLLSEQDGSLKDILRRSPGTGAGLAEKSDRCSAC
240 250 260 270 280
>>CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 904 init1: 538 opt: 884 Z-score: 1158.0 bits: 221.7 E(32554): 3.5e-58
Smith-Waterman score: 884; 54.6% identity (80.8% similar) in 229 aa overlap (1-225:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS38 MDWKTLQALLSGVNKYSTAFGRIWLSVVFVFRVLVYVVAAERVWGDEQKDFDCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIK-GEIKSEFKDIE
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CCDS38 TNVCYDNYFPISNIRLWALQLIFVTCPSLLVILHVAYREERERRHRQKHGDQCAKLYDNA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EIKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKC-NAWPCPNTV
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CCDS38 GKK------HGGLWWTYLFSLIFKLIIEFLFLYLLHTLWHGFNMPRLVQCANVAPCPNIV
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 DCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLI-RYCSGKSK-KPV
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CCDS38 DCYIARPTEKKIFTYFMVGASAVCIVLTICELCYLICHRVLRGLHKDKPRGGCSPSSSAS
180 190 200 210 220 230
CCDS38 RASTCRCHHKLVEAGEVDPDPGNNKLQASAPNLTPI
240 250 260 270
>>CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 (266 aa)
initn: 850 init1: 504 opt: 867 Z-score: 1135.9 bits: 217.6 E(32554): 6e-57
Smith-Waterman score: 867; 53.4% identity (81.7% similar) in 219 aa overlap (1-218:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS38 MNWAFLQGLLSGVNKYSTVLSRIWLSVVFIFRVLVYVVAAEEVWDDEQKDFVCNTKQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIK-GEIKSEFKDIE
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CCDS38 PNVCYDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREERERKHHLKHGPNAPSLYD--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EIKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVD
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CCDS38 --NLSKKR--GGLWWTYLLSLIFKAAVDAGFLYIFHRLYKDYDMPRVVACSVEPCPHTVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 CFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
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CCDS38 CYISRPTEKKVFTYFMVTTAAICILLNLSEVFYLVGKRCMEIFGPRHRRPRCRECLPDTC
180 190 200 210 220 230
CCDS38 PPYVLSQGGHPEDGNSVLMKAGSAPVDAGGYP
240 250 260
>>CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 (273 aa)
initn: 828 init1: 485 opt: 828 Z-score: 1084.9 bits: 208.2 E(32554): 4.2e-54
Smith-Waterman score: 828; 50.2% identity (83.1% similar) in 219 aa overlap (1-218:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPGC
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CCDS38 MNWSIFEGLLSGVNKYSTAFGRIWLSLVFIFRVLVYLVTAERVWSDDHKDFDCNTRQPGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB7 KNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRR-HEKKRKFIKGEIKSEFKDIE
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CCDS38 SNVCFDEFFPVSHVRLWALQLILVTCPSLLVVMHVAYREVQEKRHREAHGENSGRLY---
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EIKTQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNTVD
.. : : :.:::::. :. :.. . ::.:::. .: . . .:::.: :::: ::
CCDS38 -LNPGKKR--GGLWWTYVCSLVFKASVDIAFLYVFHSFYPKYILPPVVKCHADPCPNIVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 CFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
::.:.:.::..::.::.:...::::::..:: ::. . :
CCDS38 CFISKPSEKNIFTLFMVATAAICILLNLVELIYLVSKRCHECLAARKAQAMCTGHHPHGT
180 190 200 210 220 230
CCDS38 TSSCKQDDLLSGDLIFLGSDSHPPLLPDRPRDHVKKTIL
240 250 260 270
>>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa)
initn: 479 init1: 292 opt: 520 Z-score: 682.6 bits: 133.9 E(32554): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 520; 38.1% identity (69.3% similar) in 215 aa overlap (2-214:3-213)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPG
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CCDS58 MGEWAFLGSLLDAVQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFKD-I
:...:::. ::.:: :.: ......:.: .: :.: :. .. .: .. .
CCDS58 CRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVL---FVVYSMHRAGKEAGGAEAAAQCAPGL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 EEIKTQKVRIEGS-LWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLVKCNAWPCPNT
: . ... : :. .:.. : .:. ..: :: . : . :::.:
CCDS58 PEAQCAPCALRARRARRCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLY-GFRVAPHFACAGPPCPHT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 VDCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
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CCDS58 VDCFVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLLWKGRPRAGERDNRCNRAHEEAQK
180 190 200 210 220 230
CCDS58 LLPPPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDLAI
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 774 init1: 477 opt: 501 Z-score: 655.3 bits: 129.4 E(32554): 3.5e-30
Smith-Waterman score: 802; 52.3% identity (73.6% similar) in 239 aa overlap (2-226:3-240)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPG
::. : .:: ::.::: ::..::::::::::.:: .::. ::::::.:::::: :::
CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMH-VAYRRHEKKRKFIKGEIKSEFK--
:.:::::. :::::::::.::.::::::.:. . : : : : :.::: ..: ..
CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVRMEEKRKSREAEELGQQAGT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB7 ----DIEEIK-------TQKVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQR
: .: :.: :.::.: :: :.:...::..:. : .: :: .
CCDS30 NGGPDQGSVKKSSGSKGTKKFRLEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLY-GFRILP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 LVKCNAWPCPNTVDCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKP
: .:. :::::.::::::::::::.: .::..:... ..::: :: .: .. . :.:
CCDS30 LYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSALKRP
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 V
:
CCDS30 VEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKPFNQ
240 250 260 270 280 290
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 715 init1: 471 opt: 487 Z-score: 638.7 bits: 126.0 E(32554): 2.9e-29
Smith-Waterman score: 734; 48.3% identity (73.1% similar) in 242 aa overlap (2-224:3-241)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MDWGTLQTILGGVNKHSTSIGKIWLTVLFIFRIMILVVAAKEVWGDEQADFVCNTLQPG
::: :. .: :..::: .:::::::::::::.:: .:.. ::::::.:: ::: :::
CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 CKNVCYDHYFPISHIRLWALQLIFVSTPALLVAMHVAY--RRHEKKRKFIKGEIKS-EFK
: :::::. ::::::: :.::..:::::.:. :: : ::.:. :. .::... :
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQ-KEGELRALPAK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 D--IEE----IKTQ----------KVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDG
: .:. .. : ..::.:.: ::..:.. . ..::.:.: . .: :
CCDS30 DPQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLY-G
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 FSMQRLVKCNAWPCPNTVDCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSG
..:. . :. ::: ::::::::::::.: .::..:. : ..::. :: .:: : : .
CCDS30 WTMEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCR-CLS
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KSKKPV
.. .
CCDS30 RGMRARQGQDAPPTQGTSSDPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTE
240 250 260 270 280 290
>>CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 (515 aa)
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220
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