Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7091
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7091, 184 aa
1>>>pF1KB7091 184 - 184 aa - 184 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3762+/-0.000836; mu= 11.9915+/- 0.050
mean_var=57.7330+/-11.685, 0's: 0 Z-trim(106.2): 16 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.168796
statistics sampled from 8838 (8845) to 8838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 1.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS985.1 TNFAIP8L2 gene_id:79626|Hs108|chr1 ( 184) 1181 295.6 1.1e-80
CCDS81881.1 TNFAIP8L3 gene_id:388121|Hs108|chr15 ( 204) 682 174.1 4.7e-44
CCDS32241.1 TNFAIP8L3 gene_id:388121|Hs108|chr15 ( 292) 682 174.2 6.6e-44
CCDS12132.1 TNFAIP8L1 gene_id:126282|Hs108|chr19 ( 186) 678 173.1 8.6e-44
CCDS47257.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 ( 188) 675 172.4 1.4e-43
CCDS47258.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 ( 198) 675 172.4 1.5e-43
CCDS68933.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 ( 210) 675 172.4 1.6e-43
>>CCDS985.1 TNFAIP8L2 gene_id:79626|Hs108|chr1 (184 aa)
initn: 1181 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1561.8 bits: 295.6 E(32554): 1.1e-80
Smith-Waterman score: 1181; 100.0% identity (100.0% similar) in 184 aa overlap (1-184:1-184)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDELYRVSKEYTHSRPQAQRVI
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CCDS98 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDELYRVSKEYTHSRPQAQRVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 KDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGPDFTQHLGKICDGLRKLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGPDFTQHLGKICDGLRKLLD
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 EGKL
::::
CCDS98 EGKL
>>CCDS81881.1 TNFAIP8L3 gene_id:388121|Hs108|chr15 (204 aa)
initn: 688 init1: 632 opt: 682 Z-score: 904.3 bits: 174.1 E(32554): 4.7e-44
Smith-Waterman score: 682; 55.6% identity (87.2% similar) in 180 aa overlap (4-181:22-201)
10 20 30 40
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDEL
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CCDS81 MDSDSGEQSEGEPVTAAGPDVFSSKSLALQAQKKILSKIASKTVANMLIDDTSSEIFDEL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 YRVSKEYTHSRPQAQRVIKDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTAL
:.:.::.::.. .:....:::::::::...:.::..:. ::... .::.:: : ::: .
CCDS81 YKVTKEHTHNKKEAHKIMKDLIKVAIKIGILYRNNQFSQEELVIVEKFRKKLNQTAMTIV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 SFGEVDFTFEAAVLAGLLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYG-
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CCDS81 SFYEVEYTFDRNVLSNLLHECKDLVHELVQRHLTPRTHGRINHVFNHFADVEFLSTLYSL
130 140 150 160 170 180
170 180
pF1KB7 -PDFTQHLGKICDGLRKLLDEGKL
: .: .::.:. :::::
CCDS81 DGDCRPNLKRICEGINKLLDEKVL
190 200
>>CCDS32241.1 TNFAIP8L3 gene_id:388121|Hs108|chr15 (292 aa)
initn: 688 init1: 632 opt: 682 Z-score: 901.8 bits: 174.2 E(32554): 6.6e-44
Smith-Waterman score: 682; 55.6% identity (87.2% similar) in 180 aa overlap (4-181:110-289)
10 20 30
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDE
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CCDS32 VDAQPAARSMDSDSGEQSEGEPVTAAGPDVFSSKSLALQAQKKILSKIASKTVANMLIDD
80 90 100 110 120 130
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TSSEVLDELYRVSKEYTHSRPQAQRVIKDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQK
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CCDS32 TSSEIFDELYKVTKEHTHNKKEAHKIMKDLIKVAIKIGILYRNNQFSQEELVIVEKFRKK
140 150 160 170 180 190
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 LRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDP
: : ::: .:: ::..::. ::..:: ::.:.. :::..::::..:::: :::.::.:
CCDS32 LNQTAMTIVSFYEVEYTFDRNVLSNLLHECKDLVHELVQRHLTPRTHGRINHVFNHFADV
200 210 220 230 240 250
160 170 180
pF1KB7 GLLTALYG--PDFTQHLGKICDGLRKLLDEGKL
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CCDS32 EFLSTLYSLDGDCRPNLKRICEGINKLLDEKVL
260 270 280 290
>>CCDS12132.1 TNFAIP8L1 gene_id:126282|Hs108|chr19 (186 aa)
initn: 676 init1: 607 opt: 678 Z-score: 899.7 bits: 173.1 E(32554): 8.6e-44
Smith-Waterman score: 678; 57.0% identity (83.3% similar) in 186 aa overlap (1-184:1-186)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDELYRVSKEYTHSRPQAQRVI
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CCDS12 MDTFSTKSLALQAQKKLLSKMASKAVVAVLVDDTSSEVLDELYRATREFTRSRKEAQKML
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLL
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CCDS12 KNLVKVALKLGLLLRGDQLGGEELALLRRFRHRARCLAMTAVSFHQVDFTFDRRVLAAGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 TECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGP--DFTQHLGKICDGLRKL
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CCDS12 LECRDLLHQAVGPHLTAKSHGRINHVFGHLADCDFLAALYGPAEPYRSHLRRICEGLGRM
130 140 150 160 170 180
180
pF1KB7 LDEGKL
::::.:
CCDS12 LDEGSL
>>CCDS47257.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 (188 aa)
initn: 687 init1: 593 opt: 675 Z-score: 895.7 bits: 172.4 E(32554): 1.4e-43
Smith-Waterman score: 675; 55.0% identity (87.8% similar) in 180 aa overlap (4-181:6-185)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDELYRVSKEYTHSRPQAQR
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CCDS47 MATDVFNSKNLAVQAQKKILGKMVSKSIATTLIDDTSSEVLDELYRVTREYTQNKKEAEK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VIKDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAG
.::.:::..::.:.:.::..:. .:::: .:..:..: :::..:: .::.::. ::.
CCDS47 IIKNLIKTVIKLAILYRNNQFNQDELALMEKFKKKVHQLAMTVVSFHQVDYTFDRNVLSR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGP--DFTQHLGKICDGLR
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CCDS47 LLNECREMLHQIIQRHLTAKSHGRVNNVFDHFSDCEFLAALYNPFGNFKPHLQKLCDGIN
130 140 150 160 170 180
180
pF1KB7 KLLDEGKL
:.:::
CCDS47 KMLDEENI
>>CCDS47258.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 (198 aa)
initn: 687 init1: 593 opt: 675 Z-score: 895.3 bits: 172.4 E(32554): 1.5e-43
Smith-Waterman score: 675; 55.0% identity (87.8% similar) in 180 aa overlap (4-181:16-195)
10 20 30 40
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSSEVLDELYRVSKE
:.::.::.::.::.:.::...:.: .::.::::::::::::..:
CCDS47 MHSEAEESKEVATDVFNSKNLAVQAQKKILGKMVSKSIATTLIDDTSSEVLDELYRVTRE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 YTHSRPQAQRVIKDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVD
::... .:...::.:::..::.:.:.::..:. .:::: .:..:..: :::..:: .::
CCDS47 YTQNKKEAEKIIKNLIKTVIKLAILYRNNQFNQDELALMEKFKKKVHQLAMTVVSFHQVD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 FTFEAAVLAGLLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGP--DFTQ
.::. ::. ::.:::..: .....::: :::::. .::::::: .:.:::.: .:
CCDS47 YTFDRNVLSRLLNECREMLHQIIQRHLTAKSHGRVNNVFDHFSDCEFLAALYNPFGNFKP
130 140 150 160 170 180
170 180
pF1KB7 HLGKICDGLRKLLDEGKL
:: :.:::. :.:::
CCDS47 HLQKLCDGINKMLDEENI
190
>>CCDS68933.1 TNFAIP8 gene_id:25816|Hs108|chr5 (210 aa)
initn: 687 init1: 593 opt: 675 Z-score: 894.9 bits: 172.4 E(32554): 1.6e-43
Smith-Waterman score: 675; 55.0% identity (87.8% similar) in 180 aa overlap (4-181:28-207)
10 20 30
pF1KB7 MESFSSKSLALQAEKKLLSKMAGRSVAHLFIDETSS
:.::.::.::.::.:.::...:.: .::.:::
CCDS68 MTLPRYCEVVLLIAHGEKMLKLVATDVFNSKNLAVQAQKKILGKMVSKSIATTLIDDTSS
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 EVLDELYRVSKEYTHSRPQAQRVIKDLIKVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQ
:::::::::..:::... .:...::.:::..::.:.:.::..:. .:::: .:..:..:
CCDS68 EVLDELYRVTREYTQNKKEAEKIIKNLIKTVIKLAILYRNNQFNQDELALMEKFKKKVHQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 GAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLL
:::..:: .::.::. ::. ::.:::..: .....::: :::::. .::::::: .:
CCDS68 LAMTVVSFHQVDYTFDRNVLSRLLNECREMLHQIIQRHLTAKSHGRVNNVFDHFSDCEFL
130 140 150 160 170 180
160 170 180
pF1KB7 TALYGP--DFTQHLGKICDGLRKLLDEGKL
.:::.: .: :: :.:::. :.:::
CCDS68 AALYNPFGNFKPHLQKLCDGINKMLDEENI
190 200 210
184 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 04:38:24 2016 done: Fri Nov 4 04:38:24 2016
Total Scan time: 1.730 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]