Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7058
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7058, 613 aa
1>>>pF1KB7058 613 - 613 aa - 613 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6915+/-0.000943; mu= 12.4545+/- 0.057
mean_var=256.6424+/-55.967, 0's: 0 Z-trim(113.9): 124 B-trim: 1561 in 2/52
Lambda= 0.080059
statistics sampled from 14334 (14476) to 14334 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.445), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5792.1 GPR37 gene_id:2861|Hs108|chr7 ( 613) 4191 497.4 2.2e-140
CCDS1420.1 GPR37L1 gene_id:9283|Hs108|chr1 ( 481) 1420 177.3 4.2e-44
CCDS3769.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 ( 427) 491 69.9 7.8e-12
>>CCDS5792.1 GPR37 gene_id:2861|Hs108|chr7 (613 aa)
initn: 4191 init1: 4191 opt: 4191 Z-score: 2633.8 bits: 497.4 E(32554): 2.2e-140
Smith-Waterman score: 4191; 100.0% identity (100.0% similar) in 613 aa overlap (1-613:1-613)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MRAPGALLARMSRLLLLLLLKVSASSALGVAPASRNETCLGESCAPTVIQRRGRDAWGPG
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CCDS57 MRAPGALLARMSRLLLLLLLKVSASSALGVAPASRNETCLGESCAPTVIQRRGRDAWGPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NSARDVLRARAPREEQGAAFLAGPSWDLPAAPGRDPAAGRGAEASAAGPPGPPTRPPGPW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 NSARDVLRARAPREEQGAAFLAGPSWDLPAAPGRDPAAGRGAEASAAGPPGPPTRPPGPW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RWKGARGQEPSETLGRGNPTALQLFLQISEEEEKGPRGAGISGRSQEQSVKTVPGASDLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RWKGARGQEPSETLGRGNPTALQLFLQISEEEEKGPRGAGISGRSQEQSVKTVPGASDLF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YWPRRAGKLQGSHHKPLSKTANGLAGHEGWTIALPGRALAQNGSLGEGIHEPGGPRRGNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 YWPRRAGKLQGSHHKPLSKTANGLAGHEGWTIALPGRALAQNGSLGEGIHEPGGPRRGNS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TNRRVRLKNPFYPLTQESYGAYAVMCLSVVIFGTGIIGNLAVMCIVCHNYYMRSISNSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 TNRRVRLKNPFYPLTQESYGAYAVMCLSVVIFGTGIIGNLAVMCIVCHNYYMRSISNSLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ANLAFWDFLIIFFCLPLVIFHELTKKWLLEDFSCKIVPYIEVASLGVTTFTLCALCIDRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ANLAFWDFLIIFFCLPLVIFHELTKKWLLEDFSCKIVPYIEVASLGVTTFTLCALCIDRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 RAATNVQMYYEMIENCSSTTAKLAVIWVGALLLALPEVVLRQLSKEDLGFSGRAPAERCI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RAATNVQMYYEMIENCSSTTAKLAVIWVGALLLALPEVVLRQLSKEDLGFSGRAPAERCI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 IKISPDLPDTIYVLALTYDSARLWWYFGCYFCLPTLFTITCSLVTARKIRKAEKACTRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IKISPDLPDTIYVLALTYDSARLWWYFGCYFCLPTLFTITCSLVTARKIRKAEKACTRGN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 KRQIQLESQMNCTVVALTILYGFCIIPENICNIVTAYMATGVSQQTMDLLNIISQFLLFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KRQIQLESQMNCTVVALTILYGFCIIPENICNIVTAYMATGVSQQTMDLLNIISQFLLFF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 KSCVTPVLLFCLCKPFSRAFMECCCCCCEECIQKSSTVTSDDNDNEYTTELELSPFSTIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KSCVTPVLLFCLCKPFSRAFMECCCCCCEECIQKSSTVTSDDNDNEYTTELELSPFSTIR
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB7 REMSTFASVGTHC
:::::::::::::
CCDS57 REMSTFASVGTHC
610
>>CCDS1420.1 GPR37L1 gene_id:9283|Hs108|chr1 (481 aa)
initn: 1557 init1: 686 opt: 1420 Z-score: 905.3 bits: 177.3 E(32554): 4.2e-44
Smith-Waterman score: 1420; 51.1% identity (78.0% similar) in 405 aa overlap (215-613:81-481)
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RAGKLQGSHHKPLSKTANGLAGHEGWTIALPGRALAQNGSLGEGIHEPGGPRRGNSTN--
: : . : . : . : ::: :.
CCDS14 EEAKGVQQYVPEEWAEYPRPIHPAGLQPTKPLVATSPNPGKDGGTPDSGQELRGNLTGAP
60 70 80 90 100 110
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 -RRVRLKNPFYPLTQESYGAYAVMCLSVVIFGTGIIGNLAVMCIVCHNYYMRSISNSLLA
.:....::.::.:. ::.:::.: :..:.:..::.:::.::::: :.::..: ::.::
CCDS14 GQRLQIQNPLYPVTESSYSAYAIMLLALVVFAVGIVGNLSVMCIVWHSYYLKSAWNSILA
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 NLAFWDFLIIFFCLPLVIFHELTKKWLLEDFSCKIVPYIEVASLGVTTFTLCALCIDRFR
.::.::::..:::::.:::.:.::. :: : ::. ::..::.:::::::.:::: ::::.
CCDS14 SLALWDFLVLFFCLPIVIFNEITKQRLLGDVSCRAVPFMEVSSLGVTTFSLCALGIDRFH
180 190 200 210 220 230
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 AATNVQMYYEMIENCSSTTAKLAVIWVGALLLALPEVVLRQLSKEDLGFSGRAPAERCII
.::.. . :: :.: :::::::::.. ::.::..: ::..: : . ::.
CCDS14 VATSTLPKVRPIERCQSILAKLAVIWVGSMTLAVPELLLWQLAQEPAPTMGTL--DSCIM
240 250 260 270 280
430 440 450 460 470
pF1KB7 KISPDLPDTIYVLALTYDSARLWWYFGCYFCLPTLFTITCSLVTARKIR--KAEKACTRG
: : .::...: :..::..::.::::::::::: :::.::.::: : .: ..:. :.
CCDS14 KPSASLPESLYSLVMTYQNARMWWYFGCYFCLPILFTVTCQLVTWR-VRGPPGRKSECRA
290 300 310 320 330 340
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 NKRQIQLESQMNCTVVALTILYGFCIIPENICNIVTAYMATGVSQQTMDLLNIISQFLLF
.:.. : :::.: :::.::..:.:: .:::.::::.::..: ...::.:::..:.:: :
CCDS14 SKHE-QCESQLNSTVVGLTVVYAFCTLPENVCNIVVAYLSTELTRQTLDLLGLINQFSTF
350 360 370 380 390 400
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 FKSCVTPVLLFCLCKPFSRAFMECCCCCC-EECIQKSSTVTSDDNDNEYTTELELSPFST
::. .:::::.:.:.:...::..:::::: ::: : . ... .::. ::. : .
CCDS14 FKGAITPVLLLCICRPLGQAFLDCCCCCCCEECGGASEASAANGSDNKLKTEVSSSIYFH
410 420 430 440 450 460
600 610
pF1KB7 IRREMSTFASVGTHC
:: . .:: :
CCDS14 KPRESPPLLPLGTPC
470 480
>>CCDS3769.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 (427 aa)
initn: 471 init1: 137 opt: 491 Z-score: 326.0 bits: 69.9 E(32554): 7.8e-12
Smith-Waterman score: 491; 26.5% identity (62.7% similar) in 332 aa overlap (262-580:81-397)
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PGGPRRGNSTNRRVRLKNPFYPLTQESYGAYAVMCLSVVIFGTGIIGNLAVMCIVCHNYY
: .: .:: .:..:: ... :. .:
CCDS37 THQPTNLVLPSNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKC
60 70 80 90 100 110
300 310 320 330 340
pF1KB7 MRSISNSLLANLAFWDFLIIFFCLPLVIFHELTKKWLLE--DFS---CKIVPYIEVASLG
::. :.:.:.::. :.. . . ::. .:. :. .: .. ::. ::. :... .:.:
CCDS37 MRNGPNALIASLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLCKLFPFLQKSSVG
120 130 140 150 160 170
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 VTTFTLCALCIDRFRAATNVQMYYEMIENCSSTTAKLAVIWVGALLLALPEVVLRQLSKE
.:...:::: .::.::... . . : :. ... ::. ...::.::.. .
CCDS37 ITVLNLCALSVDRYRAVASWS-RVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAIPEAIGFVM---
180 190 200 210 220
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 DLGFSGRAPAER-CIIKISPDLPDTIYVLALTYDSARLWWYFGCYFCLPTLFT-ITCSLV
. : :. .. :... . . . :.... :: :: :::.: . : : .:.
CCDS37 -VPFEYRGEQHKTCMLNATSKFMEF-------YQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLM
230 240 250 260 270
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 TARKIRKAEKACTRGNKRQIQLESQMNCTVVALTILYGFCIIPENICNIVTAYMATGVSQ
: . . . . . . ..... . .. :: :......: .: .. :. . . ...
CCDS37 TCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDK
280 290 300 310 320 330
530 540 550 560 570
pF1KB7 QTMDLLNI------ISQFLLFFKSCVTPVLLFCLCKPFSRAFMECCCCCCEECIQKSSTV
. .::.. :. : ..::..:. :. . : :. :. : ::: : :..: .
CCDS37 NRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCC---CYQSKSLM
340 350 360 370 380 390
580 590 600 610
pF1KB7 TSDDNDNEYTTELELSPFSTIRREMSTFASVGTHC
::
CCDS37 TSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
400 410 420
613 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 04:19:53 2016 done: Fri Nov 4 04:19:54 2016
Total Scan time: 3.540 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]