Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7057
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7057, 605 aa
1>>>pF1KB7057 605 - 605 aa - 605 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8115+/-0.000922; mu= 17.2537+/- 0.055
mean_var=108.5694+/-22.261, 0's: 0 Z-trim(109.1): 213 B-trim: 6 in 1/49
Lambda= 0.123089
statistics sampled from 10418 (10656) to 10418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 3.450
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10446.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 605) 4056 731.5 7.4e-211
CCDS53982.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 ( 643) 4026 726.2 3.1e-209
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 635 124.0 5.4e-28
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 635 124.0 5.4e-28
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11 ( 951) 592 116.6 1.5e-25
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 524 104.3 4.4e-22
CCDS46715.1 CHADL gene_id:150356|Hs108|chr22 ( 762) 523 104.2 6.4e-22
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 522 104.1 8.2e-22
CCDS75573.1 TRIL gene_id:9865|Hs108|chr7 ( 811) 513 102.5 2.3e-21
CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1 ( 593) 467 94.2 5.2e-19
CCDS47218.1 LRRC70 gene_id:100130733|Hs108|chr5 ( 622) 465 93.8 6.9e-19
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 466 94.2 8.9e-19
CCDS61195.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 835) 463 93.6 1.1e-18
CCDS45905.1 LINGO3 gene_id:645191|Hs108|chr19 ( 592) 457 92.4 1.8e-18
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 460 93.2 1.9e-18
CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 ( 713) 452 91.6 3.8e-18
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059) 453 91.9 4.4e-18
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 453 91.9 4.6e-18
CCDS6524.1 LINGO2 gene_id:158038|Hs108|chr9 ( 606) 415 84.9 3.2e-16
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 415 85.0 3.3e-16
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 415 85.0 3.4e-16
CCDS13777.1 RTN4R gene_id:65078|Hs108|chr22 ( 473) 405 83.1 9.2e-16
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 614) 406 83.4 9.8e-16
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 620) 406 83.4 9.8e-16
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 518) 403 82.8 1.3e-15
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 519) 403 82.8 1.3e-15
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 403 82.8 1.4e-15
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 591) 403 82.8 1.4e-15
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 399 82.2 2.6e-15
CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065) 399 82.3 3.4e-15
CCDS47272.1 LRRTM2 gene_id:26045|Hs108|chr5 ( 516) 393 81.0 4.3e-15
CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3 ( 560) 392 80.8 5.1e-15
CCDS3319.1 NRROS gene_id:375387|Hs108|chr3 ( 692) 383 79.3 1.8e-14
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 381 79.0 2.5e-14
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 385 80.0 2.5e-14
CCDS58930.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 724) 377 78.3 3.9e-14
CCDS75204.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 784) 377 78.3 4.1e-14
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 374 77.6 4.5e-14
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11 ( 640) 375 77.9 4.6e-14
CCDS7957.1 RTN4RL2 gene_id:349667|Hs108|chr11 ( 420) 372 77.2 4.9e-14
CCDS7270.1 LRRTM3 gene_id:347731|Hs108|chr10 ( 581) 372 77.3 6.2e-14
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 361 75.5 3.3e-13
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 352 74.0 1e-12
CCDS11568.1 CHAD gene_id:1101|Hs108|chr17 ( 359) 344 72.1 1.4e-12
CCDS61194.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 883) 349 73.4 1.4e-12
CCDS9342.1 RXFP2 gene_id:122042|Hs108|chr13 ( 754) 348 73.1 1.4e-12
CCDS10514.1 VASN gene_id:114990|Hs108|chr16 ( 673) 346 72.7 1.7e-12
CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19 ( 347) 341 71.6 1.9e-12
CCDS1966.1 LRRTM1 gene_id:347730|Hs108|chr2 ( 522) 343 72.1 2e-12
CCDS53862.1 RXFP2 gene_id:122042|Hs108|chr13 ( 730) 344 72.4 2.3e-12
>>CCDS10446.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 (605 aa)
initn: 4056 init1: 4056 opt: 4056 Z-score: 3899.1 bits: 731.5 E(32554): 7.4e-211
Smith-Waterman score: 4056; 100.0% identity (100.0% similar) in 605 aa overlap (1-605:1-605)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MALRKGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPACPAACVCSYDDDADELSVFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MALRKGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGEAEGPACPAACVCSYDDDADELSVFC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 SLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSHNRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSHNRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 AIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAERSFEGLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAERSFEGLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEGSCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEGSCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 GLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQGLGKLEYLLLSRNRLAELPADALGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQGLGKLEYLLLSRNRLAELPADALGP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 LQRAFWLDVSHNRLEALPNSLLAPLGRLRYLSLRNNSLRTFTPQPPGLERLWLEGNPWDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LQRAFWLDVSHNRLEALPNSLLAPLGRLRYLSLRNNSLRTFTPQPPGLERLWLEGNPWDC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 GCPLKALRDFALQNPSAVPRFVQAICEGDDCQPPAYTYNNITCASPPEVVGLDLRDLSEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GCPLKALRDFALQNPSAVPRFVQAICEGDDCQPPAYTYNNITCASPPEVVGLDLRDLSEA
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 HFAPC
:::::
CCDS10 HFAPC
>>CCDS53982.1 IGFALS gene_id:3483|Hs108|chr16 (643 aa)
initn: 4026 init1: 4026 opt: 4026 Z-score: 3869.9 bits: 726.2 E(32554): 3.1e-209
Smith-Waterman score: 4026; 100.0% identity (100.0% similar) in 600 aa overlap (6-605:44-643)
10 20 30
pF1KB7 MALRKGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TPERRFRLCWYQAHSGRALLGPPPQASPPAGGLALALLLLSWVALGPRSLEGADPGTPGE
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 AEGPACPAACVCSYDDDADELSVFCSSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AEGPACPAACVCSYDDDADELSVFCSSRNLTRLPDGVPGGTQALWLDGNNLSSVPPAAFQ
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 NLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLGLSN
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 NRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPALFS
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 GLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLDLSH
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 NRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAERSFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAERSFE
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 GLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLHLEG
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 SCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDNGLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDNGLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHRLFQ
440 450 460 470 480 490
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 GLGKLEYLLLSRNRLAELPADALGPLQRAFWLDVSHNRLEALPNSLLAPLGRLRYLSLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GLGKLEYLLLSRNRLAELPADALGPLQRAFWLDVSHNRLEALPNSLLAPLGRLRYLSLRN
500 510 520 530 540 550
520 530 540 550 560 570
pF1KB7 NSLRTFTPQPPGLERLWLEGNPWDCGCPLKALRDFALQNPSAVPRFVQAICEGDDCQPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 NSLRTFTPQPPGLERLWLEGNPWDCGCPLKALRDFALQNPSAVPRFVQAICEGDDCQPPA
560 570 580 590 600 610
580 590 600
pF1KB7 YTYNNITCASPPEVVGLDLRDLSEAHFAPC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YTYNNITCASPPEVVGLDLRDLSEAHFAPC
620 630 640
>>CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 (581 aa)
initn: 1103 init1: 623 opt: 635 Z-score: 616.1 bits: 124.0 E(32554): 5.4e-28
Smith-Waterman score: 635; 36.7% identity (64.4% similar) in 362 aa overlap (123-481:54-415)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLG
: :.. ... : . : . :: .:
CCDS33 GCPSECTCSRASQVECTGARIVAVPTPLPWNAMSLQILNTHITELNESPFLNISALIALR
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPA
. .:.:::. : :..:::: :.:. :.: ::: . :.:: ::. :.:..:.: .:::
CCDS33 IEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANNKLQVLPIGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPA
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLD
:: ..:.::.: : :. : ..: .: : :: : .: .. ..: .: : :. :
CCDS33 HFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTKLNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLR
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 LSHNRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAER
: .::.. . :: ::..:. : :..: :. : : :.. : :..: :..:.: ::
CCDS33 LYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLSPGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPS
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SFEGLGQLEVLTLDHNQLQEVKAGAFLGLTNVAVMNLSGNCLRNLPEQVFRGLGKLHSLH
: : ::. ::: :.:.:.. : : . :. . : : . .::..:: .: .:. :
CCDS33 VFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGIFGPMPNLRELWLYDNHISSLPDNVFSNLRQLQVLI
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 LEGSCLGRIRPHTFTGLSGLRRLFLKDNGLVGIEEQSLWGLAELLELDLTSNQLTHLPHR
: . .. : : .:.::. ::.: :. :.: .. . . ::.: ...: .:.: .::
CCDS33 LSRNQISFISPGAFNGLTELRELSLHTNALQDLDGNVFRMLANLQNISLQNNRLRQLPGN
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500
pF1KB7 LFQGLGKLEYLLLSRNRLAELPA---DALGPLQRAFWLDVSHNRLEALPNSLLAPLGRLR
.: ... : . :. :.: .:: : :: :
CCDS33 IFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIFDHLGKLCELRLYDNPWRCDSDILPLRNWLLLNQP
390 400 410 420 430 440
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 YLSLRNNSLRTFTPQPPGLERLWLEGNPWDCGCPLKALRDFALQNPSAVPRFVQAICEGD
CCDS33 RLGTDTVPVCFSPANVRGQSLIIINVNVAVPSVHVPEVPSYPETPWYPDTPSYPDTTSVS
450 460 470 480 490 500
>>CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 (587 aa)
initn: 1103 init1: 623 opt: 635 Z-score: 616.0 bits: 124.0 E(32554): 5.4e-28
Smith-Waterman score: 635; 36.7% identity (64.4% similar) in 362 aa overlap (123-481:60-421)
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AFQNLSSLGFLNLQGGQLGSLEPQALLGLENLCHLHLERNQLRSLALGTFAHTPALASLG
: :.. ... : . : . :: .:
CCDS46 GCPSECTCSRASQVECTGARIVAVPTPLPWNAMSLQILNTHITELNESPFLNISALIALR
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LSNNRLSRLEDGLFEGLGSLWDLNLGWNSLAVLPDAAFRGLGSLRELVLAGNRLAYLQPA
. .:.:::. : :..:::: :.:. :.: ::: . :.:: ::. :.:..:.: .:::
CCDS46 IEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANNKLQVLPIGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPA
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LFSGLAELRELDLSRNALRAIKANVFVQLPRLQKLYLDRNLIAAVAPGAFLGLKALRWLD
:: ..:.::.: : :. : ..: .: : :: : .: .. ..: .: : :. :
CCDS46 HFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTKLNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLR
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 LSHNRVAGLLEDTFPGLLGLRVLRLSHNAIASLRPRTFKDLHFLEELQLGHNRIRQLAER
: .::.. . :: ::..:. : :..: :. : : :.. : :..: :..:.: ::
CCDS46 LYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLSPGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPS
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
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: . .. : : .:.::. ::.: :. :.: .. . . ::.: ...: .:.: .::
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.: ... : . :. :.: .:: : :: :
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: :. : :. : .. : :. .: .:. : . : .. . . .: : ::...: :
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.. . .:..: :. : . : . ..:. .. : .:: ::: .... . .
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. ...:: : .:.:: : : :. . :. . . .:. :: :: .:: : :.
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: . :. ... :. . .::.. :.:: .: . ..::..:. :.. .: : : : .
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CCDS75 GNALGALPDAVFAPLGNLLYLHLESNRIRFLGKNAFAQLGKLRFLNLSANELQPSLRHAA
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CCDS75 TFAPLRSLSSLILSANNLQHLGPRIFQHLPRLGLLSLRGNQLTHLAPEAFWGLEALRELR
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CCDS75 IFAASPALYRLDLDGNGWTCDCRLRGLK----RWMGDWHSQGRLLTVFVQCRHPPALRGK
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CCDS30 SLLTLRLQGNRLR--IMG-----P-----------------GVFSGLSALTLLDLRLNQI
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