Result of FASTA (omim) for
pF1KB7049
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7049, 492 aa
1>>>pF1KB7049 492 - 492 aa - 492 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3386+/-0.000395; mu= 19.2797+/- 0.025
mean_var=99.6471+/-20.703, 0's: 0 Z-trim(113.5): 35 B-trim: 2246 in 2/49
Lambda= 0.128482
statistics sampled from 22890 (22921) to 22890 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 9.510
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011512588 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1470 283.8 1.8e-75
XP_016865720 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1470 283.8 1.8e-75
XP_011512589 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1470 283.8 1.8e-75
XP_011512587 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 1470 283.8 1.8e-75
NP_001316545 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing (1174) 1470 283.8 1.8e-75
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>>XP_011512588 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain-con (1174 aa)
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Smith-Waterman score: 1470; 53.7% identity (79.1% similar) in 430 aa overlap (55-481:15-441)
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>>XP_016865720 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain-con (1174 aa)
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pF1KB7 VKEAKEKGKKSSRDYRRAAKYDVISVQGTEKLIEATHGERDRIRYYVHKEELFDILHDTH
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 04:14:18 2016 done: Fri Nov 4 04:14:19 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]