Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7047
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7047, 490 aa
1>>>pF1KB7047 490 - 490 aa - 490 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9614+/-0.00107; mu= 9.9612+/- 0.063
mean_var=94.5527+/-18.792, 0's: 0 Z-trim(104.8): 34 B-trim: 55 in 1/50
Lambda= 0.131898
statistics sampled from 8087 (8111) to 8087 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 3.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7402.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 ( 490) 3264 631.7 5.4e-181
CCDS31241.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 ( 490) 3264 631.7 5.4e-181
CCDS41548.1 IFIT2 gene_id:3433|Hs108|chr10 ( 472) 1438 284.2 2.1e-76
CCDS7403.1 IFIT5 gene_id:24138|Hs108|chr10 ( 482) 1098 219.5 6.3e-57
CCDS31242.1 IFIT1B gene_id:439996|Hs108|chr10 ( 474) 759 155.0 1.6e-37
CCDS31243.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 ( 478) 740 151.4 2e-36
CCDS59220.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 ( 447) 667 137.5 2.9e-32
>>CCDS7402.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 (490 aa)
initn: 3264 init1: 3264 opt: 3264 Z-score: 3362.9 bits: 631.7 E(32554): 5.4e-181
Smith-Waterman score: 3264; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
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CCDS74 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQTCKKFSNPYSIEYSELDCEEGWTQLKCGRNERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGLAIAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KQTCKKFSNPYSIEYSELDCEEGWTQLKCGRNERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGLAIAM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YHLDNHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFVEEALEKSPCQ
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CCDS74 YHLDNHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFVEEALEKSPCQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS74 TDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVRQMQNTGESEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SGNKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAEFLETECYQTPFNKEVPDAEKQQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SGNKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAEFLETECYQTPFNKEVPDAEKQQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 HQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQPQNVSENLLPQNAPNYWYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 HQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQPQNVSENLLPQNAPNYWYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 QGLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFLSASELEDGSEEMGQGAVSSSPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QGLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFLSASELEDGSEEMGQGAVSSSPR
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB7 ELLSNSEQLN
::::::::::
CCDS74 ELLSNSEQLN
490
>>CCDS31241.1 IFIT3 gene_id:3437|Hs108|chr10 (490 aa)
initn: 3264 init1: 3264 opt: 3264 Z-score: 3362.9 bits: 631.7 E(32554): 5.4e-181
Smith-Waterman score: 3264; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQTCKKFSNPYSIEYSELDCEEGWTQLKCGRNERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGLAIAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KQTCKKFSNPYSIEYSELDCEEGWTQLKCGRNERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGLAIAM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 YHLDNHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFVEEALEKSPCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YHLDNHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFVEEALEKSPCQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 TDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVRQMQNTGESEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVRQMQNTGESEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 SGNKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAEFLETECYQTPFNKEVPDAEKQQS
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CCDS31 SGNKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAEFLETECYQTPFNKEVPDAEKQQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 HQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQPQNVSENLLPQNAPNYWYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQPQNVSENLLPQNAPNYWYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 QGLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFLSASELEDGSEEMGQGAVSSSPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QGLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFLSASELEDGSEEMGQGAVSSSPR
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB7 ELLSNSEQLN
::::::::::
CCDS31 ELLSNSEQLN
490
>>CCDS41548.1 IFIT2 gene_id:3433|Hs108|chr10 (472 aa)
initn: 1271 init1: 785 opt: 1438 Z-score: 1485.4 bits: 284.2 E(32554): 2.1e-76
Smith-Waterman score: 1624; 57.4% identity (77.3% similar) in 472 aa overlap (1-454:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
::: .:::::. : ::::::::::.. .. :.::.: . :: : :::::: :::::.
CCDS41 MSENNKNSLESSLRQLKCHFTWNLMEGENSLDDFEDKVFYRTEFQNREFKATMCNLLAYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDKV
::: :.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::
CCDS41 KHLKGQNEAALECLRKAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHMGRLSDVQIYVDKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 KQTCKKFSNPYSIEYSELDCEEGWTQLKCG--RNERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGLAI
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CCDS41 KHVCEKFSSPYRIESPELDCEEGWTRLKCGGNQNERAKVCFEKALEKKPKNPEFTSGLAI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 AMYHLDNHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKM----NKEAEGEQFVEEAL
: :.::: : .: . : :.:::.:.:::::.::::.:::.:: ..:.:::..:::::
CCDS41 ASYRLDNWPPSQNAIDPLRQAIRLNPDNQYLKVLLALKLHKMREEGEEEGEGEKLVEEAL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 EKSPCQTDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVRQMQN
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CCDS41 EKAPGVTDVLRSAAKFYRRKDEPDKAIELLKKALEYIPNNAYLHCQIGCCYRAKVFQVMN
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB7 TGESEASGNKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLA-------EFLETECY-QT
:. :.....: : .:. . .:: : . : . . : :: .. ..: : :
CCDS41 LRENGMYGKRKLLE-LIGHAVAHLKKADEANDNLFRVCSILASLHALADQYEDAEYYFQK
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 PFNKEVPDAEKQQSHQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQPQNVS
:.::. . :: : :: :.: :. : :: :..: .::..:..:: .::..::. :...
CCDS41 EFSKELTPVAKQLLHLRYGNFQLYQMKCEDKAIHHFIEGVKINQKSREKEKMKDKLQKIA
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 ENLLPQNAPNYWYLQGLIHKQ--NGDLLQAAKCYEK--ELGRLLRDAPSGIGSIFLSASE
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CCDS41 KMRLSKNGADSEALHVLAFLQELNEKMQQADEDSERGLESGSLIPSASSWNGE
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KB7 LEDGSEEMGQGAVSSSPRELLSNSEQLN
>>CCDS7403.1 IFIT5 gene_id:24138|Hs108|chr10 (482 aa)
initn: 1201 init1: 555 opt: 1098 Z-score: 1135.5 bits: 219.5 E(32554): 6.3e-57
Smith-Waterman score: 1264; 44.3% identity (75.0% similar) in 460 aa overlap (1-440:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAYI
:::. :..:. :: .:.:::::::.::: ..:: . .:.:::.:. . ..::::::.
CCDS74 MSEIRKDTLKAILLELECHFTWNLLKEDIDLFEVEDTIGQQLEFLTTKSRLALYNLLAYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDKV
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CCDS74 KHLKGQNKDALECLEQAEEIIQQEHSDKEEVRSLVTWGNYAWVYYHMDQLEEAQKYTGKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB7 KQTCKKFSNP--YSIEYSELDCEEGWTQLKCGRN--ERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSGL
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CCDS74 GNVCKKLSSPSNYKLECPETDCEKGWALLKFGGKYYQKAKAAFEKALEVEPDNPEFNIGY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 AIAMYHLDNHPE----KQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFVEE
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CCDS74 AITVYRLDDSDREGSVKSFSLGPLRKAVTLNPDNSYIKVFLALKLQDVHAEAEGEKYIEE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 ALEKSPCQTDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVRQM
:.. : ::: ::::::::.. .::.::....:: ::....:.::.: ::.:.. :.
CCDS74 ILDQISSQPYVLRYAAKFYRRKNSWNKALELLKKALEVTPTSSFLHHQMGLCYRAQMIQI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB7 QNTGESEASGNKEM-IEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAE-FLETECYQTP---
... ... .:. .. .. : . :. . . :.:. ::.:::. . : :..
CCDS74 KKATHNRPKGKDKLKVDELISSAIFHFKAAMERDSMFAFAYTDLANMYAEGGQYSNAEDI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FNK-----EVPDAEKQQSHQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKDQP
: : .. : .:.: : .: .:... :::.::..: ::.:... .: . .. .
CCDS74 FRKALRLENITDDHKHQIHYHYGRFQEFHRKSENTAIHHYLEALKVKDRSPLRTKLTSAL
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 QNVSENLLPQNAPNYWYLQ--GLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFLSA
...: . : .:: . :. :...: .:. :::. :::
CCDS74 KKLSTKRLCHNALDVQSLSALGFVYKLEGEKRQAAEYYEKAQKIDPENAEFLTALCELRL
430 440 450 460 470 480
470 480 490
pF1KB7 SELEDGSEEMGQGAVSSSPRELLSNSEQLN
CCDS74 SI
>>CCDS31242.1 IFIT1B gene_id:439996|Hs108|chr10 (474 aa)
initn: 1303 init1: 530 opt: 759 Z-score: 787.0 bits: 155.0 E(32554): 1.6e-37
Smith-Waterman score: 1316; 46.6% identity (74.0% similar) in 470 aa overlap (1-448:1-469)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSEVTKNSL-EKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYNLLAY
::: . ..: : : ::.:::::.:. : :::.:. ..:.::.:.... ..:::::
CCDS31 MSEESDGKLIEDSLIQLRCHFTWKLLIEAPEIPDLENRIWEEIQFLDTKYNVGIHNLLAY
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 IKHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQIYVDK
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CCDS31 VKHLKGQNEEALVSLKKAEDLIQKEHANQADIRSLVTWGNFAWVYYHMGRLAEAQTYLDK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VKQTCKKFSNP--YSIEYSELDCEEGWTQLKCG-RN-ERAKVCFEKALEEKPNNPEFSSG
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CCDS31 VENTCKKFANPSRYRMECPEVDCEEGWALAKCGGKNYERAKTCFEKALEGNPENPEFNTG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LAIAMYHLDNHP-----EKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEAEGEQFV
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CCDS31 YAITVYRLDKFNTASGRNKAFSLHVLKRAVRLNPDDVYIRVLLALKLQDEGQEAEGEKYI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 EEALEKSPCQTDVLRSAAKFYRRKGDLDKAIELFQRVLESTPNNGYLYHQIGCCYKAKVR
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CCDS31 EEALTSISSQAYVFQYAAKFYRRKGSVDKALELLKMALETTPTSAFLHHQMGLCYRAQMI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB7 QMQNTGESEASG-NKEMIEALKQYAMDYSNKALEKGLNPLNAYSDLAE-FLET-------
:.... . . : ..: .. : : :. .:.. . :: :::: . :
CCDS31 QIKEATNWQPRGQDRETVDRLVQLAICKFEKTIMLKRTFEMAYVDLAETYAEIGHHRKAE
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 ECYQTPFNKEV-PDAEKQQSHQRYCNLQKYNGKSEDTAVQHGLEGLSISKKSTDKEEIKD
: .: . .. : ::. : .: .:...:::.: :. : :.::.: : : ..:.. .
CCDS31 EHFQKGLRMKIFEDQLKQEIHYHYGRFQEHHGKSQDKAITHYLKGLKIEKMSHSREKLLN
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB7 QPQNVSENLLPQNAP--NYWYLQGLIHKQNGDLLQAAKCYEKELGRLLRDAPSGIGSIFL
..... . ::. . : ::::: .:.. .: :::. : :: :
CCDS31 ALEKLAKRCIHQNVRVVESVSLLGLIHKLKGEVSDALLCYERAL-RLAADLNPIF
430 440 450 460 470
460 470 480 490
pF1KB7 SASELEDGSEEMGQGAVSSSPRELLSNSEQLN
>>CCDS31243.1 IFIT1 gene_id:3434|Hs108|chr10 (478 aa)
initn: 1028 init1: 527 opt: 740 Z-score: 767.4 bits: 151.4 E(32554): 2e-36
Smith-Waterman score: 1225; 44.6% identity (73.0% similar) in 471 aa overlap (6-453:11-474)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSEVTKNSLEKILPQLKCHFTWNLFKEDSVSRDLEDRVCNQIEFLNTEFKATMYN
:.::: ::.:::::.: .:. :::.:: .:::::.:.... ..:
CCDS31 MSTNGDDHQVKDSLE----QLRCHFTWELSIDDDEMPDLENRVLDQIEFLDTKYSVGIHN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LLAYIKHLDGNNEAALECLRQAEELIQQEHADQAEIRSLVTWGNYAWVYYHLGRLSDAQI
::::.::: :.:: ::. :..::.:.:.:: .::..::::::::.::.:::.:::..::
CCDS31 LLAYVKHLKGQNEEALKSLKEAENLMQEEHDNQANVRSLVTWGNFAWMYYHMGRLAEAQT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 YVDKVKQTCKKFSNP--YSIEYSELDCEEGWTQLKCG-RN-ERAKVCFEKALEEKPNNPE
:.:::.. :::.::: : .: :.::::::. :::: .: ::::.::::.:: :.:::
CCDS31 YLDKVENICKKLSNPFRYRMECPEIDCEEGWALLKCGGKNYERAKACFEKVLEVDPENPE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 FSSGLAIAMYHLD-------NHPEKQFSTDVLKQAIELSPDNQYVKVLLGLKLQKMNKEA
:.: ::. :.:: :: : :: :.::..:.::: :.::::.:::: ..::
CCDS31 SSAGYAISAYRLDGFKLATKNH--KPFSLLPLRQAVRLNPDNGYIKVLLALKLQDEGQEA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
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