Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7038
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7038, 457 aa
1>>>pF1KB7038 457 - 457 aa - 457 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0697+/-0.0009; mu= 4.0211+/- 0.054
mean_var=275.4344+/-56.780, 0's: 0 Z-trim(115.2): 71 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.077280
statistics sampled from 15718 (15787) to 15718 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.485), width: 16
Scan time: 3.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 457) 3167 366.0 4.5e-101
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 463) 3167 366.0 4.6e-101
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 ( 472) 1249 152.2 1.1e-36
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 770 98.6 1.1e-20
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 ( 501) 616 81.6 2e-15
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 ( 432) 611 81.0 2.7e-15
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 ( 325) 608 80.5 2.7e-15
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 ( 553) 589 78.7 1.7e-14
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 550 74.1 2.4e-13
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10 ( 318) 548 73.8 2.8e-13
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 ( 478) 548 74.0 3.7e-13
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 ( 373) 527 71.6 1.6e-12
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 ( 465) 528 71.8 1.7e-12
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 512 69.9 5.4e-12
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16 ( 345) 504 69.0 8.8e-12
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2 ( 420) 499 68.5 1.5e-11
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 ( 495) 498 68.5 1.8e-11
CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 ( 378) 487 67.1 3.5e-11
CCDS43826.1 FOXD4L6 gene_id:653404|Hs108|chr9 ( 417) 484 66.8 4.7e-11
CCDS43833.1 FOXD4L3 gene_id:286380|Hs108|chr9 ( 417) 484 66.8 4.7e-11
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 484 66.9 4.9e-11
CCDS47977.1 FOXD4L5 gene_id:653427|Hs108|chr9 ( 416) 483 66.7 5.1e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 473 65.5 9.4e-11
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 ( 444) 475 65.9 9.9e-11
>>CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (457 aa)
initn: 3167 init1: 3167 opt: 3167 Z-score: 1928.0 bits: 366.0 E(32554): 4.5e-101
Smith-Waterman score: 3167; 100.0% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSGSGNMSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSGSGNMSA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 MGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPNKML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPNKML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 TLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHPDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHPDSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASETPAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASETPAG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHHPGLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHHPGLPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPMPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPMPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB7 SLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
430 440 450
>>CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 (463 aa)
initn: 3167 init1: 3167 opt: 3167 Z-score: 1927.9 bits: 366.0 E(32554): 4.6e-101
Smith-Waterman score: 3167; 100.0% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (1-457:7-463)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MHSASSMLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 SGNMSAGSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SGNMSAGSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GQAAGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GQAAGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 SPNKMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SPNKMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 SETPAGTESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SETPAGTESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 HPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HPGLPPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGY
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450
pF1KB7 GSPMPGSLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GSPMPGSLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
430 440 450 460
>>CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 (472 aa)
initn: 1245 init1: 802 opt: 1249 Z-score: 772.2 bits: 152.2 E(32554): 1.1e-36
Smith-Waterman score: 1597; 55.9% identity (73.9% similar) in 499 aa overlap (1-457:1-472)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEP-EGYSSV--SNMNAGLG-MNGMNTYMSMSAAAMGSGSG
:::.::::::: :::.::::. :.:::: ::::.::: ::.:::::.:.. . ::
CCDS96 MLGTVKMEGHETSDWNSYYADTQEAYSSVPVSNMNSGLGSMNSMNTYMTMNTM---TTSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB7 NMSAGSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGM-GGSAGA------AGVAGMGPHLSPS
::. .:.::: :.. :.. ::.::: :.::: :::::: :::..:: ::::
CCDS96 NMTPASFNMS-YANPGLG---AGLSPG--AVAGMPGGSAGAMNSMTAAGVTAMGTALSPS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 -LSPLGGQAAGAMGGLAPYAN-MNS-MSPM-YGQAGLSRAR-----DPKTYRRSYTHAKP
.. .:.: :..:.::.::: :: :::: :. ..:.:.: : ::..::: ::::
CCDS96 GMGAMGAQQAASMNGLGPYAAAMNPCMSPMAYAPSNLGRSRAGGGGDAKTFKRSYPHAKP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 PYSYISLITMAIQQSPNKMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKV
::::::::::::::.:.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.::
CCDS96 PYSYISLITMAIQQAPSKMLTLSEIYQWIMDLFPYYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 PRSPDKPGKGSFWTLHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::: . ..:..::: ..: :.
CCDS96 ARSPDKPGKGSYWTLHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQPG-AGGGGGSGSGGSGAKGG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB7 QASQAQLGEAAGPASETP------------AGTESPHSSASP-CQEHK----RGGLGELK
:. . . :..:....: :. .: .::: .:. :: .:::
CCDS96 PESRKDPSGASNPSADSPLHRGVHGKTGQLEGAPAPGPAASPQTLDHSGATATGGASELK
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB7 GTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHHP--GLPP---EAHLKPEHHYAFNHPFSI
:::.. .:: . .:: : : . : :: :: : . ::: . ::.:::::::
CCDS96 -TPASSTAPP-ISSGPG----ALASV--PASHPAHGLAPHESQLHLKGDPHYSFNHPFSI
360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 NNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPMPGSLAMGPVTNKTGLDASPL
:::::: .:.: :.:.:::::...: ::: .:.:: .: .. : :
CCDS96 NNLMSSSEQQH---------KLDFKAYEQALQYSPYGSTLPASLPLGSASVTTRSPIEPS
410 420 430 440 450
440 450
pF1KB7 AADTSYYQGVYSRPIMNSS
: . .:::::::::..:.:
CCDS96 ALEPAYYQGVYSRPVLNTS
460 470
>>CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 (350 aa)
initn: 997 init1: 720 opt: 770 Z-score: 485.2 bits: 98.6 E(32554): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 934; 42.0% identity (59.5% similar) in 459 aa overlap (1-457:1-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLGAVKMEGHEPSDWSSYYAEPEGYSSVSNMNAGLGMNGMNTYMSMSAAAMGSGSGNMSA
:::.::::.:. ..:: : : :: :. . . : .:.::... . :.. :
CCDS12 MLGSVKMEAHDLAEWSYYPEAGEVYSPVTPVPT---MAPLNSYMTLNPLSSPYPPGGLPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGA
. . :: . ..: : : : .:: . :.:. ::.....
CCDS12 SPL-----------PS-GPLAPPAPA-------------APLGPTF-PGLGVSGGSSSSG
60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB7 MGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARD-PKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPNKM
.:. .: :: .... :: ::: .::::::::::::::::::.:.::
CCDS12 YGAPGP--------------GLVHGKEMPKGYRRPLAHAKPPYSYISLITMAIQQAPGKM
100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHPDS
:::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::.:: ::::::::::.:.:::.:
CCDS12 LTLSEIYQWIMDLFPYYRENQQRWQNSIRHSLSFNDCFVKVARSPDKPGKGSYWALHPSS
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASETPA
::::::::::::::::: :... ::...:: :. .. : ... .. :::
CCDS12 GNMFENGCYLRRQKRFKLEEKV------------KKGGSGA-ATTTRNGTGSAASTTTPA
200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GT-ESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHHPGL
.: :: . : : . : : ..::. :: : :. ::
CCDS12 ATVTSPPQPPPPAPEPEAQG-----GEDVGALDCGSPASST-------------PYFTGL
250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 PPEAHLKPEHHYAFNHPFSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPM
..:: . : :::::::::::: :: : :.:. . :::
CCDS12 ELPGELKLDAPYNFNHPFSINNLMS-EQTP-------APPKLDVG-------FGGYG---
290 300 310 320
420 430 440 450
pF1KB7 PGSLAMGPVTNKTGLDASPLAADTSYYQGVYSRPIMNSS
: : .. :. ::::.::: ..:.:
CCDS12 ----AEG---GEPGV----------YYQGLYSRSLLNAS
330 340 350
>>CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 (501 aa)
initn: 684 init1: 524 opt: 616 Z-score: 390.4 bits: 81.6 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 628; 39.9% identity (62.8% similar) in 293 aa overlap (101-383:14-277)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 AGMSPSLAGMSPGAGAMAGMGGSAGAAGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGAMGGLAPYANM
:. :.:: . .:::..::.: ..
CCDS10 MQARYSVSDPNALGVVPYLSEQNYY---RAAGSYGGMASPMGV
10 20 30 40
140 150 160 170 180
pF1KB7 NSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTH---AKPPYSYISLITMAIQQSPNKMLTLSEIYQ
: : .::..:. : ... . .:::::::.:::::::..:.: .::. :::
CCDS10 YSGHPEQYSAGMGRSYAPYHHHQPAAPKDLVKPPYSYIALITMAIQNAPEKKITLNGIYQ
50 60 70 80 90 100
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 WIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHPDSGNMFENGC
.::: :::::.:.: :::::::.::.:.::.::::. ::::::.::: ::: ::::::
CCDS10 FIMDRFPFYRENKQGWQNSIRHNLSLNECFVKVPRDDKKPGKGSYWTLDPDSYNMFENGS
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASETPAGTESPHSS
.:::..::: :: .. . .:.: : : . . .. .:: .
CCDS10 FLRRRRRFK-----------------KKDVSKEKEERAHLKEP--PPAASKGAPATPHLA
170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQQQQAAAHLLGPPHH----PGLPPEAH
.: . .:. . . : :: :. . . . . : : :. :. :..
CCDS10 DAPKEAEKKVVI------KSEAASPALPVITKVETLSPESALQGSPRSAASTPAGSPDGS
210 220 230 240 250
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LKPEHHYAFNH--P-FSINNLMSSEQQHHHSHHHHQPHKMDLKAYEQVMHYPGYGSPMPG
: :::: : . : ::..:.:.
CCDS10 L-PEHHAAAPNGLPGFSVENIMTLRTSPPGGELSPGAGRAGLVVPPLALPYAAAPPAAYG
260 270 280 290 300 310
>>CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 (432 aa)
initn: 737 init1: 567 opt: 611 Z-score: 388.2 bits: 81.0 E(32554): 2.7e-15
Smith-Waterman score: 647; 43.3% identity (62.2% similar) in 233 aa overlap (148-375:2-214)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 AGAMGGLAPYANMNSMSPMYGQAGLSRARDPKTYRRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPN
:. . ::. ::::::::: .::::.: .
CCDS35 MPRPGKSSYSDQKPPYSYISLTAMAIQHSAE
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQQRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDKPGKGSFWTLHP
::: ::.::..::. ::.::.. ::::::.::.:::::::.:.:: ::.:::::::.:::
CCDS35 KMLPLSDIYKFIMERFPYYREHTQRWQNSLRHNLSFNDCFIKIPRRPDQPGKGSFWALHP
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 DSGNMFENGCYLRRQKRFKCEKQLALKEAAGAAGSGKKAAAGAQASQAQLGEAAGPASET
: :.::::: .:::.:::: . . ::.. :.: ::
CCDS35 DCGDMFENGSFLRRRKRFKVLRADHTHLHAGST----KSAPGAG----------------
100 110 120 130
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 PAGTESPHSSASPCQEHKRGGLGELKGTPAAALSPPEPAPSPGQ-----QQQAAAHLLGP
:.: :: : ..:.. . .. . :: : : : . .:: . :
CCDS35 PGGHLHPHHHHHPHHHHHHHAAAHHHHHHHPPQPPPPPPPPPPHMVHYFHQQPPTAPQPP
140 150 160 170 180 190
360 370 380 390 400 410
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:: :. ::. . . .::
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