Result of FASTA (omim) for
pF1KB7033
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7033, 424 aa
1>>>pF1KB7033 424 - 424 aa - 424 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9133+/-0.000328; mu= 14.8772+/- 0.020
mean_var=81.5812+/-16.547, 0's: 0 Z-trim(115.9): 10 B-trim: 291 in 1/54
Lambda= 0.141997
statistics sampled from 26659 (26669) to 26659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16
Scan time: 9.210
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060103 (OMIM: 611357) protein FAM46A [Homo sapi ( 442) 1654 348.4 2.1e-95
NP_060179 (OMIM: 613952) protein FAM46C [Homo sapi ( 391) 1586 334.5 2.9e-91
NP_689843 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapi ( 389) 1281 272.0 1.9e-72
NP_001164045 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo s ( 389) 1281 272.0 1.9e-72
>>NP_060103 (OMIM: 611357) protein FAM46A [Homo sapiens] (442 aa)
initn: 1599 init1: 1219 opt: 1654 Z-score: 1833.9 bits: 348.4 E(85289): 2.1e-95
Smith-Waterman score: 1654; 65.3% identity (83.2% similar) in 386 aa overlap (44-424:59-442)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 AAQVGTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRG
: : . :.: ::.:::..::: :::::::
NP_060 GGDFGGGDFGGGDFGGGGSFGGHCLDYCESPTAHCNVLNWEQVQRLDGILSETIPIHGRG
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 NFPTLSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDL
::::: .:: ::.::: : :. . :..:::.::::::::: .::::::::::.: .::
NP_060 NFPTLELQPSLIVKVVRRRLAEKRIGVRDVRLNGSAASHVLHQDSGLGYKDLDLIFCADL
90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 RSEASFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSN
:.:. :: .: ::: ::::::: ::.. ::::::::::::::.::::.::::::::::::
NP_060 RGEGEFQTVKDVVLDCLLDFLPEGVNKEKITPLTLKEAYVQKMVKVCNDSDRWSLISLSN
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 KSGKNVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDF
.::::::::::::.:::::::.::::: ::::::: .:: .::.:.::::. :::.::::
NP_060 NSGKNVELKFVDSLRRQFEFSVDSFQIKLDSLLLFYECSENPMTETFHPTIIGESVYGDF
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 TEALEHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFP
::..:: ...::::.:::::::::::::.:::::::: : ....:::::::::::::
NP_060 QEAFDHLCNKIIATRNPEEIRGGGLLKYCNLLVRGFRP-ASDEIKTLQRYMCSRFFIDFS
270 280 290 300 310 320
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 DLVEQRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALAL
:. ::.: :: ::. :: : . :.: :.::: ::::::::::.:::::::.::. ::.
NP_060 DIGEQQRKLESYLQNHFVGLED-RKYEYLMTLHGVVNESTVCLMGHERRQTLNLITMLAI
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420
pF1KB7 QALAEQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLA---HAYPTWLPCN
..::.:. : .. . . :. . :::.. :::... ..: ::::::
NP_060 RVLADQNVIPNVANVTCYYQPAPYVADANFSNYYIAQVQPVFTCQQQTYSTWLPCN
390 400 410 420 430 440
>>NP_060179 (OMIM: 613952) protein FAM46C [Homo sapiens] (391 aa)
initn: 1494 init1: 1331 opt: 1586 Z-score: 1759.5 bits: 334.5 E(85289): 2.9e-91
Smith-Waterman score: 1586; 64.0% identity (83.0% similar) in 383 aa overlap (48-424:14-391)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
.: :.: ::.:: .:.: .::::::::::
NP_060 MAEESSCTRDCMSFSVLNWDQVSRLHEVLTEVVPIHGRGNFPT
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
: . ..:::.::: ::: :..::.:::.::::.::: ..::: :::::.:.: : .::
NP_060 LEITLKDIVQTVRSRLEEAGIKVHDVRLNGSAAGHVLVKDNGLGCKDLDLIFHVALPTEA
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
:::.. ::: ::.::: ::.. ::.:.::::::::::::::::.:::::::::::.::
NP_060 EFQLVRDVVLCSLLNFLPEGVNKLKISPVTLKEAYVQKLVKVCTDTDRWSLISLSNKNGK
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
:::::::::.:::::::.:::::::::::.: .::..:.:: ::::: :::.:::: ::.
NP_060 NVELKFVDSIRRQFEFSVDSFQIILDSLLFFYDCSNNPISEHFHPTVIGESMYGDFEEAF
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
.::..:.:::..:::::::::::: .:::: ::: . ....:.:::::::::::::..:
NP_060 DHLQNRLIATKNPEEIRGGGLLKYSNLLVRDFRPTDQEEIKTLERYMCSRFFIDFPDILE
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAAR-RYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQAL
:.: :: ::. :: :. : .: :. :.:::::::::::.:::::::.::. :::..:
NP_060 QQRKLETYLQNHF--AEEERSKYDYLMILRRVVNESTVCLMGHERRQTLNLISLLALRVL
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420
pF1KB7 AEQG--PAATAALAWRPPG---TDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN
:::. :.:: . . :. .:: ::::. .. ::::::::
NP_060 AEQNIIPSATNVTCYYQPAPYVSDG---NFSNYYVAHPPVTYSQPYPTWLPCN
350 360 370 380 390
>>NP_689843 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapiens] (389 aa)
initn: 1226 init1: 1092 opt: 1281 Z-score: 1421.8 bits: 272.0 E(85289): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1281; 52.5% identity (79.0% similar) in 366 aa overlap (48-411:6-370)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
...:.: :: :: .:.: :::::.:::::
NP_689 MSEIRFTNLTWDQVITLDQVLDEVIPIHGKGNFPT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
. :.:..:..::.. : ::. :...::.::.::..: ..:..:::::..: :.: ..
NP_689 MEVKPKDIIHVVKDQLIGQGIIVKDARLNGSVASYILASHNGISYKDLDVIFGVELPGNE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
::..: .:: ::::::: :.. :..: .:.::::::::::. : ::::::::..::
NP_689 EFQVVKDAVLDCLLDFLPKDVKKEKLSPDIMKDAYVQKLVKVCNGHDCWSLISLSNNTGK
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
:.:::::.:.:::::::.:::::.:: .: : . ... ... .:.:..::.:::: ::.
NP_689 NLELKFVSSLRRQFEFSVDSFQIVLDPMLDFYSDKNAKLTKESYPVVVAESMYGDFQEAM
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
::.:..: ::.::::::::::::: :::.::.: .... :.:::::::::::: . :
NP_689 THLQHKLICTRKPEEIRGGGLLKYCSLLVHGFKPACMSEIKNLERYMCSRFFIDFPHIEE
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQALA
:.. .: ::. :: : .. .: :.::: ::::::::::..:::: : ::. .::..:.
NP_689 QQKKIESYLHNHFIG-EGMTKYDYLMTLHGVVNESTVCLMSYERRQILHLITMMALKVLG
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420
pF1KB7 EQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN
: . : . . . :. .. : :: : :
NP_689 ELNILPNTQKVTCFYQPAPYFAAEARYPIYVIPEPPPVSFQPYHPLHFRGSNGMS
340 350 360 370 380
>>NP_001164045 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapie (389 aa)
initn: 1226 init1: 1092 opt: 1281 Z-score: 1421.8 bits: 272.0 E(85289): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1281; 52.5% identity (79.0% similar) in 366 aa overlap (48-411:6-370)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
...:.: :: :: .:.: :::::.:::::
NP_001 MSEIRFTNLTWDQVITLDQVLDEVIPIHGKGNFPT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
. :.:..:..::.. : ::. :...::.::.::..: ..:..:::::..: :.: ..
NP_001 MEVKPKDIIHVVKDQLIGQGIIVKDARLNGSVASYILASHNGISYKDLDVIFGVELPGNE
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
::..: .:: ::::::: :.. :..: .:.::::::::::. : ::::::::..::
NP_001 EFQVVKDAVLDCLLDFLPKDVKKEKLSPDIMKDAYVQKLVKVCNGHDCWSLISLSNNTGK
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
:.:::::.:.:::::::.:::::.:: .: : . ... ... .:.:..::.:::: ::.
NP_001 NLELKFVSSLRRQFEFSVDSFQIVLDPMLDFYSDKNAKLTKESYPVVVAESMYGDFQEAM
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
::.:..: ::.::::::::::::: :::.::.: .... :.:::::::::::: . :
NP_001 THLQHKLICTRKPEEIRGGGLLKYCSLLVHGFKPACMSEIKNLERYMCSRFFIDFPHIEE
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQALA
:.. .: ::. :: : .. .: :.::: ::::::::::..:::: : ::. .::..:.
NP_001 QQKKIESYLHNHFIG-EGMTKYDYLMTLHGVVNESTVCLMSYERRQILHLITMMALKVLG
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420
pF1KB7 EQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN
: . : . . . :. .. : :: : :
NP_001 ELNILPNTQKVTCFYQPAPYFAAEARYPIYVIPEPPPVSFQPYHPLHFRGSNGMS
340 350 360 370 380
424 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 04:08:23 2016 done: Fri Nov 4 04:08:24 2016
Total Scan time: 9.210 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]