Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7021
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7021, 548 aa
1>>>pF1KB7021 548 - 548 aa - 548 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7143+/-0.00079; mu= 17.2727+/- 0.048
mean_var=90.3394+/-17.794, 0's: 0 Z-trim(109.9): 145 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.134938
statistics sampled from 11065 (11224) to 11065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 3.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 ( 548) 3756 741.4 6.5e-214
CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 557) 2068 412.8 5.5e-115
CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 ( 545) 2002 399.9 4e-111
CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 509) 1641 329.6 5.4e-90
CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 ( 537) 1565 314.8 1.6e-85
CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 291) 998 204.3 1.7e-52
CCDS33964.1 ADGRA3 gene_id:166647|Hs108|chr4 (1321) 328 74.3 9.9e-13
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 303 69.5 3.2e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 303 69.5 3.2e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 301 69.1 4.2e-11
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 296 67.9 4.3e-11
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 298 68.4 4.9e-11
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 296 68.1 8.3e-11
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 296 68.1 8.3e-11
>>CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 (548 aa)
initn: 3756 init1: 3756 opt: 3756 Z-score: 3953.9 bits: 741.4 E(32554): 6.5e-214
Smith-Waterman score: 3756; 100.0% identity (100.0% similar) in 548 aa overlap (1-548:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKAVPR
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CCDS60 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKAVPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 NLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 NNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRWH
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CCDS60 GGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRWH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQFVAQGEVTQV
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CCDS60 QNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQFVAQGEVTQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQPFLVGGRRY
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CCDS60 PDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQPFLVGGRRY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 LALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPSFKGQTLVYR
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CCDS60 LALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPSFKGQTLVYR
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 HIVVDLSA
::::::::
CCDS60 HIVVDLSA
>>CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (557 aa)
initn: 1503 init1: 1468 opt: 2068 Z-score: 2177.9 bits: 412.8 E(32554): 5.5e-115
Smith-Waterman score: 2068; 52.0% identity (81.5% similar) in 535 aa overlap (22-548:23-557)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLM--LQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKA
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CCDS74 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYL
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CCDS74 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCK
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CCDS74 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAE
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CCDS74 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVA
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CCDS74 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 QLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLY
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CCDS74 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 RWHQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVD------GEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQF
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CCDS74 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 VAQGEVTQVPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQ
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CCDS74 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 PFLVGGRRYLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPS
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CCDS74 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
490 500 510 520 530 540
540
pF1KB7 FKGQTLVYRHIVVDLSA
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CCDS74 FKGNTQIYKHVIVDLSA
550
>>CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 (545 aa)
initn: 1976 init1: 1976 opt: 2002 Z-score: 2108.6 bits: 399.9 E(32554): 4e-111
Smith-Waterman score: 2002; 51.5% identity (80.4% similar) in 542 aa overlap (7-547:5-544)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAGLRARGGPGP-GLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKAVP
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CCDS34 MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVR--RLARCPATCSCTKESIICVGSSWVP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFI
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CCDS34 RIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVK
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CCDS34 EGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 WLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPF
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CCDS34 WLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQL
..:.:.:.:::.. : .:.::..: ..:.:: : . : : :: ...:.:..::::::
CCDS34 NSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 FGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRW
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CCDS34 FGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLSTVYKW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 HQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQFVAQGEVTQ
...::::.:.:: : :::: :::: .:: .::.:: ::.:.: ::....:.:: .:.. .
CCDS34 NSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKSHLILSSRSQVPIILQWNKSSKKFVPHGDIPN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 VPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQPFLVGGRR
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CCDS34 MEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMTLQPFSFKDNH
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 YLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPSFKGQTLVY
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CCDS34 YLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFFFASSFKGKTKIF
480 490 500 510 520 530
540
pF1KB7 RHIVVDLSA
.::.::::
CCDS34 EHIIVDLSL
540
>>CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (509 aa)
initn: 1079 init1: 1044 opt: 1641 Z-score: 1729.2 bits: 329.6 E(32554): 5.4e-90
Smith-Waterman score: 1757; 46.2% identity (73.6% similar) in 535 aa overlap (22-548:23-509)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLM--LQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKA
.::. : .. . : : :: :.::.:.:.: ....
CCDS81 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 VPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYL
.::..: .::::..: ..:.::..:.: : ::.:
CCDS81 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLL------------------------
70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 FIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCK
:::::::::::.:::. :: :...::::::.:::::
CCDS81 ------------------------SLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAE
.:::::::.:::.:: ::: .::.....:...: ..:::: :.:. : : . ..: .
CCDS81 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVA
: : .: :...::: .. : .:.::.::. .:.:: : . :.: :::.:...::::.::
CCDS81 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 QLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLY
::::::.::. : ...: ..:::. ..:::::.:.:.:...:::.:::::::: :..:
CCDS81 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 RWHQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVD------GEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQF
.:. :::::::.:: :.::::.:... :.::.::::: ::::::... . :
CCDS81 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 VAQGEVTQVPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQ
. : .. .. :. ::::: . : :.::.:.:::::...: :. :...: .:::::...:
CCDS81 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB7 PFLVGGRRYLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPS
:. ... .: ::::.::::.:.:: . :::.:::: :::::.: .. . ..:.: :
CCDS81 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
440 450 460 470 480 490
540
pF1KB7 FKGQTLVYRHIVVDLSA
:::.: .:.:..:::::
CCDS81 FKGNTQIYKHVIVDLSA
500
>>CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 (537 aa)
initn: 1531 init1: 1148 opt: 1565 Z-score: 1648.9 bits: 314.8 E(32554): 1.6e-85
Smith-Waterman score: 1565; 42.8% identity (72.8% similar) in 544 aa overlap (8-548:2-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKAVPR
:: : :: :.. : : : :::: :: :::..:.:.: : .:
CCDS12 MGGAGILLLLLAGAGV-----VVAWRPPKGK-CPLRCSCSKDSALCEGSPDLPV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 NLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIE
.. ..::.:: .. .... :.: ..: :..::..::.:..: :.::.:::::::::::
CCDS12 SFSPTLLSLSLVRTGVTQLKAGSFLRIPSLHLLLFTSNSFSVIEDDAFAGLSHLQYLFIE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKW
.:.: ..:: ..:::.::::::::::.:.:::: .:: :: :. .::::: ..:::.: :
CCDS12 DNEIGSISKNALRGLRSLTHLSLANNHLETLPRFLFRGLDTLTHVDLRGNPFQCDCRVLW
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFL
:..:. .:..:. ::.: ... ... : . : : . .. .::.. :.:.:::
CCDS12 LLQWMPTVNASVGTGACAGPASLSHMQLHHLDPKTFKCRAIELSWFQTVGESALSVEPFS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLF
:... ...:::: .. : ::.::: ...: ...:: :.: :::.:. .:.:..:.:.
CCDS12 YQGEPHIVLAQPFAGRCLILSWDYSLQRFRPEEELPAASVVSCKPLVLGPSLFVLAARLW
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRWH
::: .. :.. : . :.:. .::: : . ..:. :.:::.::::.:.:
CCDS12 GGSQLWARPSPGLRLAPTQTLAPRRLLRPNDAELLWLEGQPCFVVADASKAGSTTLLCRD
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQFVAQGEVTQV
::: ::.:: :::::: : .. .:.:.:...:.:: ::...: : .: . .. ..
CCDS12 GPGFYPHQSLHAWHRDTDAEALELDGRPHLLLASASQRPVLFHW--TGGRFERRTDIPEA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 PDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQPFLVGGRRY
:. :..::.:: : .:::.:::::: ..::.:. : .: :::::. ..::.:.. .
CCDS12 EDVYATRHFQAGGDVFLCLTRYIGDSMVMRWDGSMFRLLQQLPSRGAHVFQPLLIARDQL
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530
pF1KB7 LALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQEL---AVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPSFKGQTL
:::::.:.:. . . . . .::: :. ::::: .. . ..:.: ::: :
CCDS12 AILGSDFAFSQVLRLEPDKGLLEPLQELGPPALVAPRAFAHITMAGRRFLFAACFKGPTQ
470 480 490 500 510 520
540
pF1KB7 VYRHIVVDLSA
.:.: .::::
CCDS12 IYQHHEIDLSA
530
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10 20 30 40 50
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.::. : .. . : : :: :.::.:.:.: ....
CCDS76 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 VPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYL
.::..: .::::..: ..:.::..:.: : ::.::..::.: .:.:.:: :: ::.::
CCDS76 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
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pF1KB7 FIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCK
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CCDS76 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAE
.:::::::.:::.:: ::: .::.....:...: ..:::: :.:. : : . ..: .
CCDS76 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVA
: : .: :...::: .. : .:.::.::. .:.:: : . .:
CCDS76 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITVLREIHRFTNMS
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pF1KB7 QLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLY
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CCDS33 LLERLDLRNNLISSIDPGAFWGLSSLKRLDLTNNRIGCLNADIFRGLTNLVRLNLSGNLF
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150 160 170 180 190 200
pF1KB7 QTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKV
..: . : : : .:... . : :::.. :. .:. . : :: :. : .: . :
CCDS33 SSLSQGTFDYLASLRSLEFQTEYLLCDCNILWMHRWVKEKNITVRDTRCVYPKSLQAQPV
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
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. . . :
CCDS33 TGVKQELLTCDPPLELPSFYMTPSHRQVVFEGDSLPFQCMASYIDQDMQVLWYQDGRIVE
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pF1KB7 LLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNL
: :.: .::.: : . : :: :: :... : : : ::. :..:. ::: .:.:
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::. . .: ::. .. : : : . :::..:::...: . .. :.:: :. ....
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210 220 230 240 250 260
pF1KB7 QDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQ
... ..: : .. :.. .::. .. :. : : : ...
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>--
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 SEVISLTLVNAAFSEI--QDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIEN
..: : : . .. . . .:. :: :.. :..:..... . .:...:::. :..
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: . . .: ::.:: :.: .:.....:. : : :. : : : :.:::...::
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pF1KB7 VEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFLY
::. . :.:: . .. . : ..:.:
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250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLFG
CCDS43 GTCTQDPVELYRCACPYSYKGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFSCSCPLGF
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10 20 30 40 50
pF1KB7 GLRARGGPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPP--------CPPSCSCTRDTAFCVD
: . :: :: :.:. . . :
CCDS64 VGQFTLCMAPVHLRGFNVADVQKKEYVCPAPHSEPPSCNANSISCPSPCTCSNNIVDCRG
240 250 260 270 280 290
60 70 80
pF1KB7 SK--AVPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSH------------------------LP
. .: ::: .. . : . ... : :::.. :
CCDS64 KGLMEIPANLPEGIVEIRLEQNSIKAIPAGAFTQYKKLKRIDISKNQISDIAPDAFQGLK
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pF1KB7 LLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNL
: :.: .::.: : . : :: :: :... : : : ::. :..:. ::: .:.:
CCDS64 SLTSLVLYGNKITEIVKGLFDGLVSLQLLLLNANKINCLRVNTFQDLQNLNLLSLYDNKL
360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 QTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKV
::. . .: ::. .. : : : . :::..:::...: . .. :.:: :. ....
CCDS64 QTISKGLFAPLQSIQTLHLAQNPFVCDCHLKWLADYLQDNPIETSGARCSSPRRLANKRI
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pF1KB7 QDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQ
... ..: : .. :.. .::. .. :. : : : ...
CCDS64 SQIKSKKFRCSGSE--DYRSR-----------FSSECFMDLVCPEKCRCEGTIVDCSNQK
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pF1KB7 LRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRK
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CCDS64 LV---RIPS----HLPEYVTDLRLNDNEVSVLEATGIFKKLPNLRKIN-LSNNKIKEVRE
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pF1KB7 PNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRWHQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKP
CCDS64 GAFDGAASVQELMLTGNQLETVHGRVFRGLSGLKTLMLRSNLIGCVSNDTFAGLSSVRLL
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pF1KB7 ARGGPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDS--KAVPRNLP
.: :: .:.: . .. : .. .:.::..:
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pF1KB7 SEVISLTLVNAAFSEI--QDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFIEN
..: : : . .. . . .:. :: :.. :..:..... . .:...:::. :..
CCDS64 KDVTELYLEGNHLTAVPRELSALRHLTLID---LSNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSY
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pF1KB7 NDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVKWL
: . . .: ::.:: :.: .:.....:. : : :. : : : :.:::...::
CCDS64 NRLRCIPVHAFNGLRSLRVLTLHGNDISSVPEGSFNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWL
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190 200 210 220 230 240
pF1KB7 VEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPFLY
::. . :.:: . .. . : ..:.:
CCDS64 SEWVKAGYKEPGIARCSSPEPMADRLLLTTPTHRFQCKVLWFCCPGPVDINIVAKCNACL
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pF1KB7 SSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQLFG
CCDS64 SSPCKNNGTCTQDPVELYRCACPYSYKGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFS
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>>CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529 aa)
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pF1KB7 GPGPGLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDS--KAVPRNLPSEV
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CCDS34 RGHNVAEVQKREFVCSGHQSFMAPSCSVLHCPAACTCSNNIVDCRGKGLTEIPTNLPETI
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CCDS34 TEIRLEQNTIKVIPPGAFSPYKKLRRIDLSNNQISELAPDAFQGLRSLNSLVLYGNKITE
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CCDS34 LPKSLFEGLFSLQLLLLNANKINCLRVDAFQDLHNLNLLSLYDNKLQTIAKGTFSPLRAI
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CCDS34 QTMHLAQNPFICDCHLKWLADYL-HTNPIETSGARCTSPRRLANKRIGQIKSKKFRCSAK
430 440 450 460 470 480
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pF1KB7 DFVLYQTLAFPAVSAEPFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDY-DRIPAPSA
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CCDS34 E----QYF-IPGTEDYRSKLSGDCFADLACPEKCRCEGTTVDCSNQKLNKIPEHIPQYTA
490 500 510 520 530
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CCDS34 ELRLNNNEFTVLEATGIFKKLPQLRKINFSNNKITDIEEGAFEGASGVNEILLTSNRLEN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]