FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7019, 751 aa
1>>>pF1KB7019 751 - 751 aa - 751 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3420+/-0.00106; mu= 14.3686+/- 0.063
mean_var=82.5350+/-15.793, 0's: 0 Z-trim(103.8): 58 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.141174
statistics sampled from 7540 (7596) to 7540 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7 ( 751) 5112 1051.7 0
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CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 686) 2734 567.4 2.7e-161
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7 ( 771) 2396 498.6 1.6e-140
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 785) 2358 490.8 3.4e-138
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7 ( 777) 2348 488.8 1.4e-137
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CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 749) 2208 460.3 5.1e-129
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 754) 2192 457.0 4.9e-128
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 715) 2191 456.8 5.4e-128
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 748) 2191 456.8 5.6e-128
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3 ( 782) 2059 429.9 7.3e-120
CCDS77745.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 406) 1169 248.6 1.5e-65
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15 ( 837) 1152 245.2 3.1e-64
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 738) 1132 241.1 4.7e-63
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 862) 1132 241.1 5.4e-63
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 843) 1011 216.5 1.4e-55
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 702) 965 207.1 7.8e-53
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 ( 833) 913 196.5 1.4e-49
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 770) 836 180.8 6.9e-45
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 597) 735 160.2 8.6e-39
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 998) 735 160.3 1.4e-38
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1011) 735 160.3 1.4e-38
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1017) 735 160.3 1.4e-38
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1073) 735 160.3 1.4e-38
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 476) 726 158.4 2.5e-38
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1030) 703 153.8 1.3e-36
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1047) 703 153.8 1.3e-36
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 737) 668 146.6 1.3e-34
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CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 962) 659 144.8 6e-34
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19 ( 888) 600 132.8 2.3e-30
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 922) 510 114.5 7.9e-25
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 486 109.6 2.6e-23
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 486 109.6 2.8e-23
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 486 109.6 3e-23
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 615) 462 104.6 4.8e-22
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 629) 445 101.2 5.4e-21
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 501) 417 95.4 2.3e-19
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 652) 417 95.5 2.9e-19
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 666) 417 95.5 3e-19
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 761) 369 85.7 2.9e-16
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 295 70.7 1.4e-11
>>CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7 (751 aa)
initn: 5112 init1: 5112 opt: 5112 Z-score: 5626.2 bits: 1051.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5112; 100.0% identity (100.0% similar) in 751 aa overlap (1-751:1-751)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRILLMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRILLMD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 EDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDSKCESGKGRCSFNPNVNTVSVMIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDSKCESGKGRCSFNPNVNTVSVMIN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 YFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPET
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 HFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 HQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 VRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 KNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 RFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQAS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 IKWLLQKDKDRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IKWLLQKDKDRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 VLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALPFHPKDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALPFHPKDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGD
670 680 690 700 710 720
730 740 750
pF1KB7 ESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
730 740 750
>>CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 (754 aa)
initn: 2174 init1: 2174 opt: 2862 Z-score: 3149.6 bits: 593.5 E(32554): 4.1e-169
Smith-Waterman score: 2862; 54.7% identity (82.2% similar) in 730 aa overlap (28-751:31-754)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRIL
:: :.: ::. : :...:.. . :::::
CCDS82 MLVAGLLLWASLLTGAWPSFPTQDHLPATPRVRLSFKELKATGTAHFFNFLLNTTDYRIL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 LMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVR
: :::.::.::::::..:::....:..: : . : :: ..::: ..::: . ::::::
CCDS82 LKDEDHDRMYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASPQRIEECVLSGKDVNGECGNFVR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 VIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDS-KCESGKGRCSFNPNVNTVS
.:: .:::::::::.::..:.:::.:::::..: .:... . :::::.: ..:...:.:
CCDS82 LIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYLEPERLESGKGKCPYDPKLDTAS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 VMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPN
..:::::..:.:::::::::::::.: :..:.::::.::.::..: :. :..:::... :
CCDS82 ALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYNSRWLNDPSFIHAELIPDSAERN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 DAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDED
: :.::::.:. .. .: ... :.::: :: :: :::::.::::::::::: ::
CCDS82 DDKLYFFFRERSAEAPQSPA-VYARIGRICLNDDGGHCCLVNKWSTFLKARLVCSVPGED
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 GPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHK
: :::::::.:::. .:.. :. ..:..::.:.:::.::::::: ..::. :::::::::
CCDS82 GIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSVFRGSAVCVYSMADIRMVFNGPFAHK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 EGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHK
::::.: . ..:..:::::::::::.:::.:..::..::.:..:.:.:::::...::...
CCDS82 EGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFTPSMKSTKDYPDEVINFMRSHPLMYQAVYPLQR
360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 RPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEE
:::.:: :. :. : ::::.:.::::::.::::::::::::::.::: ... ::.:::
CCDS82 RPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADGRYEVLFLGTDRGTVQKVIVLPKDDQELEELMLEE
420 430 440 450 460 470
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pF1KB7 LEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDG
.::::. ::. :: ::::.:::::.: ::...:::::. ::.:::::::::::::::::
CCDS82 VEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHLSLHRCQAYGAACADCCLARDPYCAWDG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 HSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKS
..:::. ..::::::::::::::. :::::: .: .::.: ::::: ....:::: :.:
CCDS82 QACSRYTASSKRRSRRQDVRHGNPIRQCRGFNSNANKNAVESVQYGVAGSAAFLECQPRS
540 550 560 570 580 590
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pF1KB7 PQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIA
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CCDS82 PQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRTEQGLLLRALQLSDRGLYSCTATENNFKHVVT
600 610 620 630 640 650
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pF1KB7 KINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVR--ALPFHP--KDIMGAFSHSEMQMINQYCKD
.....:: . : .. . : . .. : : : ... ... :. .:.:::.
CCDS82 RVQLHVLGRDAVHAAL--FPPLSMSAPPPPGAGPPTPPYQELAQLLAQPEVGLIHQYCQG
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750
pF1KB7 TRQQHQQGDESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
.: : . . ...: ::::.. :..
CCDS82 -YWRHV--PPSPREAPGAPRSPEPQDQKKPRNRRHHPPDT
720 730 740 750
>>CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 (686 aa)
initn: 2046 init1: 2046 opt: 2734 Z-score: 3009.3 bits: 567.4 E(32554): 2.7e-161
Smith-Waterman score: 2734; 54.9% identity (82.5% similar) in 692 aa overlap (66-751:1-686)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 LRETKTSEYFSLSHHPLDYRILLMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPAST
.::::::..:::....:..: : . : ::
CCDS82 MYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 IKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMI
..::: ..::: . ::::::.:: .:::::::::.::..:.:::.:::::..: .:..
CCDS82 QRIEECVLSGKDVNGECGNFVRLIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 DS-KCESGKGRCSFNPNVNTVSVMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHN
. . :::::.: ..:...:.:..:::::..:.:::::::::::::.: :..:.::::.:
CCDS82 EPERLESGKGKCPYDPKLDTASALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYN
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 SKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLR
:.::..: :. :..:::... :: :.::::.:. .. .: ... :.::: :: ::
CCDS82 SRWLNDPSFIHAELIPDSAERNDDKLYFFFRERSAEAPQSPA-VYARIGRICLNDDGGHC
160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 SLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKG
:::::.::::::::::: ::: :::::::.:::. .:.. :. ..:..::.:.:::.:
CCDS82 CLVNKWSTFLKARLVCSVPGEDGIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSVFRG
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFP
:::::: ..::. :::::::::::::.: . ..:..:::::::::::.:::.:..::..:
CCDS82 SAVCVYSMADIRMVFNGPFAHKEGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFTPSMKSTKDYP
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 DDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRG
:.:..:.:.:::::...::...:::.:: :. :. : ::::.:.::::::.:::::::::
CCDS82 DEVINFMRSHPLMYQAVYPLQRRPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADGRYEVLFLGTDRG
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KB7 TVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRC
:::::.::: ... ::.:::.::::. ::. :: ::::.:::::.: ::...:::::
CCDS82 TVQKVIVLPKDDQELEELMLEEVEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHLSLHRC
390 400 410 420 430 440
520 530 540 550 560 570
pF1KB7 HIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRN
. ::.:::::::::::::::::..:::. ..::::::::::::::. :::::: .: .:
CCDS82 QAYGAACADCCLARDPYCAWDGQACSRYTASSKRRSRRQDVRHGNPIRQCRGFNSNANKN
450 460 470 480 490 500
580 590 600 610 620 630
pF1KB7 AAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSV
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CCDS55 DEFCEQVWKRDRKQRRQRPGHTPGNSNKWKHLQENKKGRNRRTHEFERAPRSV
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CCDS34 YCKAQEHTFIHTIVKLTLNVIENEQMENTQRAEHEEGKVKDLLAESRLRYKDYIQILSSP
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CCDS34 HTMLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGYKEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGE-CAN
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CCDS34 YVRVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYHLEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSS
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CCDS34 FISTLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLAHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNE
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CCDS34 AHKEGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGRYGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKP
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CCDS34 AHKKPILVKTDGKYNLKQIAVDRVEAEDGQYDVLFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEV
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CCDS74 GVACTRFQPSAKRRFRRQDVRNGDPSTLCSGDSSRPALLEHKV--FGVEGSSAFLECEPR
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CCDS55 KEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGE-CANYVRVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGY
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CCDS55 AHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDRDDNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRL
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CCDS55 CVNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGMNGIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLF
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CCDS55 VLFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEVILEELQIFKDPVPIISMEISSKRQQLYIGSAS
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CCDS55 WKYANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
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751 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 22:53:36 2016 done: Thu Nov 3 22:53:37 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]