Result of FASTA (omim) for
pF1KB7017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7017, 888 aa
1>>>pF1KB7017 888 - 888 aa - 888 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7928+/-0.000431; mu= -3.4055+/- 0.027
mean_var=359.9863+/-75.494, 0's: 0 Z-trim(122.0): 157 B-trim: 715 in 1/53
Lambda= 0.067598
statistics sampled from 39219 (39381) to 39219 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16
Scan time: 16.240
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115484 (OMIM: 608873) semaphorin-6B precursor [ ( 888) 6154 614.9 5.4e-175
XP_011525941 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 894) 6132 612.7 2.4e-174
XP_011525942 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 894) 6132 612.7 2.4e-174
XP_011525943 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 578) 3673 372.8 2.7e-102
XP_005272099 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- ( 975) 2625 270.8 2.3e-71
NP_065847 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 2 p (1030) 2393 248.2 1.6e-64
NP_001287709 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform (1047) 2393 248.2 1.6e-64
XP_006714726 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- (1052) 2393 248.2 1.6e-64
XP_016865164 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- (1052) 2393 248.2 1.6e-64
NP_705869 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 2 p ( 998) 2188 228.1 1.6e-58
XP_016878110 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 2188 228.1 1.6e-58
XP_011520383 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 2188 228.1 1.6e-58
NP_705871 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 4 p (1073) 2078 217.4 2.8e-55
XP_005254744 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1073) 2078 217.4 2.8e-55
XP_011520381 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 2074 217.0 3.6e-55
XP_016878109 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 2074 217.0 3.6e-55
NP_705870 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 3 p (1017) 2074 217.0 3.6e-55
NP_705872 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 5 p ( 597) 2064 215.9 4.7e-55
XP_005254746 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 2064 216.1 7.2e-55
XP_011520379 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 2064 216.1 7.2e-55
XP_011520382 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1011) 2014 211.2 2e-53
NP_001185928 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform (1011) 2014 211.2 2e-53
NP_065909 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 1 p (1011) 2014 211.2 2e-53
XP_011520380 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 2014 211.2 2.1e-53
XP_016878108 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 2014 211.2 2.1e-53
XP_016878107 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 2014 211.2 2.1e-53
XP_011520378 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 2014 211.2 2.1e-53
XP_016878106 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2014 211.2 2.2e-53
XP_005254742 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2014 211.2 2.2e-53
XP_005254743 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2014 211.2 2.2e-53
XP_011520377 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2014 211.2 2.2e-53
XP_016865165 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- ( 904) 1925 202.5 7.7e-51
NP_112175 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform 2 p ( 930) 1909 200.9 2.3e-50
XP_016855567 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 930) 1909 200.9 2.3e-50
XP_016855568 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 930) 1909 200.9 2.3e-50
XP_016855564 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1817 192.0 1.2e-47
XP_005244892 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1817 192.0 1.2e-47
NP_001171532 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform ( 962) 1817 192.0 1.2e-47
XP_016855566 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1817 192.0 1.2e-47
XP_016855565 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1817 192.0 1.2e-47
NP_079242 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 6 p ( 476) 1758 185.9 3.9e-46
XP_016855570 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 922) 1217 133.4 4.8e-30
NP_001171533 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform ( 922) 1217 133.4 4.8e-30
XP_016855569 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 922) 1217 133.4 4.8e-30
XP_016855571 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 697) 1030 115.1 1.2e-24
XP_011512457 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 894 102.0 1.6e-20
XP_011512458 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 894 102.0 1.6e-20
NP_003957 (OMIM: 609297) semaphorin-5A precursor [ (1074) 894 102.0 1.6e-20
XP_006714569 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 894 102.0 1.6e-20
XP_011512460 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 894 102.0 1.6e-20
>>NP_115484 (OMIM: 608873) semaphorin-6B precursor [Homo (888 aa)
initn: 6154 init1: 6154 opt: 6154 Z-score: 3262.7 bits: 614.9 E(85289): 5.4e-175
Smith-Waterman score: 6154; 100.0% identity (100.0% similar) in 888 aa overlap (1-888:1-888)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNCIGSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNCIGSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 DPYCGWAPDGSCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDCTGLLRASLSEDRAGLVSVNLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 DPYCGWAPDGSCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDCTGLLRASLSEDRAGLVSVNLLV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 TSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRLGERRAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRLGERRAQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 GPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTPLPQKRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTPLPQKRL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 PTPHPHPHALGPRAWDHGHPLLPASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRLYAARPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PTPHPHPHALGPRAWDHGHPLLPASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRLYAARPG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 RASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRPLGPHAPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 RASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRPLGPHAPPA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880
pF1KB7 ATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
850 860 870 880
>>XP_011525941 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin-6B i (894 aa)
initn: 3737 init1: 3666 opt: 6132 Z-score: 3251.1 bits: 612.7 E(85289): 2.4e-174
Smith-Waterman score: 6132; 99.3% identity (99.3% similar) in 894 aa overlap (1-888:1-894)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB7 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMK------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKSLVCSR
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB7 NCIGSQDPYCGWAPDGSCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDCTGLLRASLSEDRAGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NCIGSQDPYCGWAPDGSCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDCTGLLRASLSEDRAGLV
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB7 SVNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRL
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB7 GERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTP
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB7 LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPLLPASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPLLPASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB7 YAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRPLG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880
pF1KB7 PHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
850 860 870 880 890
>>XP_011525942 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin-6B i (894 aa)
initn: 3737 init1: 3666 opt: 6132 Z-score: 3251.1 bits: 612.7 E(85289): 2.4e-174
Smith-Waterman score: 6132; 99.3% identity (99.3% similar) in 894 aa overlap (1-888:1-894)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKSLVCSR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPLLPASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRPLG
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XP_011 PHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
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>>XP_011525943 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin-6B i (578 aa)
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XP_011 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
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XP_011 GADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMKG
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XP_011 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
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pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
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XP_011 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
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XP_011 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IWTPVPEDQVPRPRPGCCAAPGMQYNASSALPDDILNFVKTHPLMDEAVPSLGHAPWILR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEFET
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pF1KB7 YRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNCIGS-
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. .:.
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. : : :
XP_011 SAVRTPTAGGPPTAPASSSARAPEPPLSRTCPGPAPQA
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:::: . :: : . :::. :.:.. .: ..:::::: ::: : .
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:.:: .. .: ::.:. ::..: :... . :. ..::::.: .:...:::::
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pF1KB7 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
:.. ::.::.:::: .....:::::.::::: : ::..:::.: ::..::::::::: ::
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pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::.:: :..::::::::::::::::::. ::::::::::::.::::::.::..:..
XP_005 ANVALFADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDY
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pF1KB7 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
.::::::::.:.: . ::: :::.:::::.::: :::::::::::::::::::::::::
XP_005 IYFFFREIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
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pF1KB7 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
:::.::::: :. ..:: ::::.:::: ::::::::::.:. ..:.:: :::.:::::.:
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:::::...::.:::::::. . .: .:. .::: :::.::::::::::::. . ::.
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pF1KB7 LRTLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEF
:::..:..::..:::..:::. :.:::::::: : .::::.: ..:: . :.::::.
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pF1KB7 ETYRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNCIG
.: ..:. : . .:.....:: ::..: .:: ::..::..::.... : :.::.
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pF1KB7 SQDPYCGWAPDG-SCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDC-------TGLLRASLSEDR
:.:::::: .: .: :::..: .::::. ..:.::::: .:..: : . .
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pF1KB7 AGLVSVNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLS
:: :.::. . . :::.::: ::..: . : ..:...: . :: :.:. .. :
XP_005 DQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITV-YCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSS
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pF1KB7 VSRL----GERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGW------AKATLLQGGPH
:..: :. ... : :::.:.:::.:: . :... :
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pF1KB7 DLDSGLLPTPEQTP-LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPL-------LPASASSSLLL
:: :::::.:: : ::: :. : : :.... : .: .: .
XP_005 HLDLTALPTPESTPTLQQKRKPSR-------GSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPT
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pF1KB7 LAPARA-PEQPPA----PGEPTPDGRLYAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGP
: :: : . :. : . :. .: . ... : .:. . .... .
XP_005 DLPLRASPSHIPSVVVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSS
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pF1KB7 LDPASAADGLPRPWSPPPTGSLRRP-LGPHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHAR
.: ... . : :: :. ::: :.:.: .:
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pF1KB7 PGTDLAHLLPYGGADRTAPPVP
XP_005 SYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSG
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>>NP_065847 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 2 precu (1030 aa)
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:.:: .. .: ::.:. ::..: :... . :. ..::::.: .:...:::::
NP_065 --HRLDIQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKG
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pF1KB7 KQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPKH
:.. ::.::.:::: .....:::::.::::: : ::..:::.: ::..::::::::: ::
NP_065 KHKDECHNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKH
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pF1KB7 ANVALFSDGMLFTATVTDFLAIDAVIYRSLGDRPTLRTVKHDSKWFKEPYFVHAVEWGSH
::::::.:: :..::::::::::::::::::. ::::::::::::.::::::.::..:..
NP_065 ANVALFADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDY
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pF1KB7 VYFFFREIAMEFNYLEKVVVSRVARVCKNDVGGSPRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
.::::::::.:.: . ::: :::.:::::.::: :::::::::::::::::::::::::
NP_065 IYFFFREIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHF
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pF1KB7 YFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSPES
:::.::::: :. ..:: ::::.:::: ::::::::::.:. ..:.:: :::.:::::.:
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:::::...::.:::::::. . .: .:. .::: :::.::::::::::::. . ::.
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pF1KB7 LRTLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLEEF
:::..:..::..:::..:::. :.:::::::: : .::::.: ..:: . :.::::.
NP_065 LRTMVRYRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLAR--IGNSGFLNDSLFLEEM
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pF1KB7 ETYRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNCIG
.: ..:. : . .:.....:: ::..: .:: ::..::..::.... : :.::.
NP_065 SVYNSEKCSYDGVED--KRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIA
470 480 490 500 510 520
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pF1KB7 SQDPYCGWAPDG-SCIFLSPGTRAAFEQDVSGASTSGLGDC-----------TGLLRASL
:.:::::: .: .: :::..: .::::. ..:.::::: ..:: ..
NP_065 SRDPYCGWIKEGGACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNGHSSSLLPSTT
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590
pF1KB7 SED---------RAG------------------------------------------LVS
. : :.: ::
NP_065 TSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHDQLVP
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pF1KB7 VNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAHGAGEAVLSVSRL-
:.::. . . :::.::: ::..: . : ..:...: . :: :.:. .. ::..:
NP_065 VTLLAIAVILAFVMGAVFSGITV-YCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVTKLS
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660 670 680 690 700
pF1KB7 ---GERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGW------AKATLLQGGPHDLDSG
:. ... : :::.:.:::.:: . :... : ::
NP_065 GLFGDTQSKDP-------------KPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLT
710 720 730 740 750
710 720 730 740 750
pF1KB7 LLPTPEQTP-LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPL-------LPASASSSLLLLAPAR
:::::.:: : ::: :. : : :.... : .: .: . : :
NP_065 ALPTPESTPTLQQKRKPSR-------GSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLR
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760 770 780 790 800 810
pF1KB7 A-PEQPPA----PGEPTPDGRLYAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVSAPTGPLDPAS
: : . :. : . :. .: . ... : .:. . .... . .:
NP_065 ASPSHIPSVVVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNH
810 820 830 840 850 860
820 830 840 850 860 870
pF1KB7 AADGLPRPWSPPPTGSLRRP-LGPHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDL
... . : :: :. ::: :.:.: .:
NP_065 GVNLVENLDSLPPKVPQREASLGP---PGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTN
870 880 890 900 910 920
880
pF1KB7 AHLLPYGGADRTAPPVP
NP_065 SLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTV
930 940 950 960 970 980
>>NP_001287709 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 1 pr (1047 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPAE
:::: . :: : . :::. :.:.. .: ..:::::: ::: : .
NP_001 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQR
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. .... . .: ... . : :: :. ::: :.:.
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XP_016 KHKDECHNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKH
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pF1KB7 --------------TGLLRASLSED---------RAG-----------------------
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XP_016 IILQGWSFWSCWHSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSH
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XP_016 NHQDKKGVIRESYLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITV-YCVCDHRRKDVAVV
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pF1KB7 ------AKATLLQGGPHDLDSGLLPTPEQTP-LPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPLL
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XP_016 LATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPTLQQKRKPSR-------GSREWERNQNLI
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pF1KB7 PASASSSLLLLAPARAPEQPPAPGEPTPDGRLYAARPGRASHGDFPLTPHASPDRRRVVS
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XP_016 NACTKDMPPMGSPV-IPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMAL
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pF1KB7 MQTPRASPPRPALLLLLLLLGGAHGL-FPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPA
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pF1KB7 EGADDLNIQRVLRVNRTLFIGDRDNLYRVELEPPTSTELRYQRKLTWRSNPSDINVCRMK
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NP_705 ESQHRLDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRSRQQDRENCAMK
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pF1KB7 GKQEGECRNFVKVLLLRDESTLFVCGSNAFNPVCANYSIDTLQPVGDNISGMARCPYDPK
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NP_705 GKHKDECHNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDAR
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