Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6966
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6966, 241 aa
1>>>pF1KB6966 241 - 241 aa - 241 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5525+/-0.000735; mu= 12.5184+/- 0.044
mean_var=62.4011+/-12.334, 0's: 0 Z-trim(108.2): 21 B-trim: 21 in 1/49
Lambda= 0.162360
statistics sampled from 10024 (10041) to 10024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16
Scan time: 1.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 ( 241) 1588 380.3 6.4e-106
CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 ( 253) 1104 266.9 9e-72
CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 686) 1032 250.2 2.6e-66
CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 251) 1020 247.2 7.5e-66
CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 410) 1013 245.6 3.6e-65
CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 704) 1013 245.7 5.9e-65
CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX ( 247) 959 232.9 1.5e-61
CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 205) 820 200.3 7.9e-52
CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 ( 236) 775 189.8 1.3e-48
>>CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 (241 aa)
initn: 1588 init1: 1588 opt: 1588 Z-score: 2015.0 bits: 380.3 E(32554): 6.4e-106
Smith-Waterman score: 1588; 100.0% identity (100.0% similar) in 241 aa overlap (1-241:1-241)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCP
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CCDS47 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKAL
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 K
:
CCDS47 K
>>CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 (253 aa)
initn: 1087 init1: 1087 opt: 1104 Z-score: 1402.0 bits: 266.9 E(32554): 9e-72
Smith-Waterman score: 1104; 67.2% identity (87.0% similar) in 238 aa overlap (3-240:14-251)
10 20 30 40
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTK
...: .:::::::::: .::::::::::::.::::::.:.::::: :
CCDS25 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 RRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLD
:. .:.: :: . ::. ...::.::.:::::::: :::::.: ::. .:::::::.:
CCDS25 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 IFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLD
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CCDS25 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 GNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEI
:::.::::::::::::::.:: ::::.: ::. . :. :::.:::.:.::..:::.:.:.
CCDS25 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
190 200 210 220 230 240
230 240
pF1KB6 ELAYEQVAKALK
:.:: .::: :
CCDS25 EIAYSDVAKRLTK
250
>>CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (686 aa)
initn: 1027 init1: 1027 opt: 1032 Z-score: 1303.8 bits: 250.2 E(32554): 2.6e-66
Smith-Waterman score: 1032; 64.3% identity (82.4% similar) in 238 aa overlap (4-241:449-686)
10 20 30
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMV
.. .. :::::: :: .::::::::::::.
CCDS13 EEGPAEGSGEAARVNGRREDGEASEPRALGQEHDITLFVKAGYDGESIGNCPFSQRLFMI
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 LWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRY
:::::: ::::::: ::. .:.: :: . ::. . ::.::.:::::::: : ::::
CCDS13 LWLKGVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRY
480 490 500 510 520 530
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 PKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVD
:::.. .::::.:: :.::::::.:::.. :. ::.:::::. :::::.::::.:.:
CCDS13 PKLGTQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEID
540 550 560 570 580 590
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNA
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CCDS13 AYSTEDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNA
600 610 620 630 640 650
220 230 240
pF1KB6 YAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKALK
:::.::..::: :.::: :: .::: .:
CCDS13 YARDEFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
660 670 680
>>CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (251 aa)
initn: 1021 init1: 994 opt: 1020 Z-score: 1295.7 bits: 247.2 E(32554): 7.5e-66
Smith-Waterman score: 1020; 64.9% identity (84.5% similar) in 239 aa overlap (3-240:11-248)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRT
...:..::::::: :: .::::::::::::.::::::.::::::: ::.
CCDS49 MTDSATANGDDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFA
...: :: . ::: .. .:.::.:::::::: .: : .:::::: . ::::::.:::.
CCDS49 ADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVD-ETSAEDEGVSQRKFLDGN
::::::::.. : ::.:: :::: ::.::..:::::.: .: .::.: :.::::::.
CCDS49 KFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKG-SRRKFLDGD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIEL
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CCDS49 ELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEIEL
180 190 200 210 220 230
240
pF1KB6 AYEQVAKALK
:: .::: :
CCDS49 AYADVAKRLSRS
240 250
>>CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (410 aa)
initn: 1015 init1: 988 opt: 1013 Z-score: 1283.4 bits: 245.6 E(32554): 3.6e-65
Smith-Waterman score: 1013; 64.6% identity (83.8% similar) in 240 aa overlap (2-240:169-407)
10 20 30
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLF
:. .:.. :::::: :: .:::::::::::
CCDS47 SSFTIQHSKAFSTTKYSCYSDAEGLEEKEGAHMNPEIYLFVKAGIDGESIGNCPFSQRLF
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 MVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPP
:.::::::.::::::: ::. ...: :: . ::: .. .:.::.:::::::: .: :
CCDS47 MILWLKGVVFNVTTVDLKRKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPE
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 RYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEE
.:::::: . ::::::.:::.::::::::.. : ::.:: :::: ::.::..:::::
CCDS47 KYPKLAAKHRESNTAGIDIFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEE
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VD-ETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYL
.: .: .::.: :.::::::.::::::::::::::.:..: ::::.. :: . :. :::
CCDS47 IDANTCGEDKG-SRRKFLDGDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYL
320 330 340 350 360 370
220 230 240
pF1KB6 SNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKALK
.:::::.::..:: : :::::: .::: :
CCDS47 KNAYARDEFTNTCAADSEIELAYADVAKRLSRS
380 390 400 410
>>CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (704 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1013 Z-score: 1279.6 bits: 245.7 E(32554): 5.9e-65
Smith-Waterman score: 1013; 63.7% identity (82.5% similar) in 234 aa overlap (8-241:471-704)
10 20 30
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLK
.. ...:: :: .::::::::::::.::::
CCDS82 ASEPRALGQEHDITLFVKVKLTALGCSRIAIKKYLRAGYDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
450 460 470 480 490 500
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLA
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CCDS82 GVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRYPKLG
510 520 530 540 550 560
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSA
. .::::.:: :.::::::.:::.. :. ::.:::::. :::::.::::.:.: :.
CCDS82 TQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEIDAYST
570 580 590 600 610 620
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 EDEGVSQRKFLDGNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYARE
:: :: ::::::.:::::::::::::::...: :::: : .: . :. :::.:::::.
CCDS82 EDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNAYARD
630 640 650 660 670 680
220 230 240
pF1KB6 EFASTCPDDEEIELAYEQVAKALK
::..::: :.::: :: .::: .:
CCDS82 EFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
690 700
>>CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX (247 aa)
initn: 959 init1: 959 opt: 959 Z-score: 1218.6 bits: 232.9 E(32554): 1.5e-61
Smith-Waterman score: 959; 62.2% identity (80.3% similar) in 233 aa overlap (6-238:12-244)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTET
:..:::::::::: .:::::: :::::.:::::: ::::::: :. :
CCDS14 MSGLRPGTQVDPEIELFVKAGSDGESIGNCPFCQRLFMILWLKGVKFNVTTVDMTRKPEE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKF
.. : :: . :::.:. :..:: ::::::: .: :::::.:. :: .: ..::::
CCDS14 LKDLAPGTNPPFLVYNKELKTDFIKIEEFLEQTLAPPRYPHLSPKYKESFDVGCNLFAKF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLDGNELT
::::::.. : :.::.::: .: ::.::..:: .:.: :::. ::.: ::::..::
CCDS14 SAYIKNTQKEANKNFEKSLLKEFKRLDDYLNTPLLDEIDPDSAEEPPVSRRLFLDGDQLT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYE
::::.:::::.:..:. :::: : :: : :: ::: ::::::::. :::.:.::: .:
CCDS14 LADCSLLPKLNIIKVAAKKYRDFDIPAEFSGVWRYLHNAYAREEFTHTCPEDKEIENTYA
190 200 210 220 230 240
240
pF1KB6 QVAKALK
.:::
CCDS14 NVAKQKS
>>CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (205 aa)
initn: 794 init1: 794 opt: 820 Z-score: 1044.0 bits: 200.3 E(32554): 7.9e-52
Smith-Waterman score: 820; 66.3% identity (86.1% similar) in 187 aa overlap (3-188:11-196)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRT
...:..::::::: :: .::::::::::::.::::::.::::::: ::.
CCDS59 MTDSATANGDDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFA
...: :: . ::: .. .:.::.:::::::: .: : .:::::: . ::::::.:::.
CCDS59 ADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVD-ETSAEDEGVSQRKFLDGN
::::::::.. : ::.:: :::: ::.::..:::::.: .: .::.: :.::::::.
CCDS59 KFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKG-SRRKFLDGD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIEL
::::::::::::::.:.
CCDS59 ELTLADCNLLPKLHVVKEQVPLKGMI
180 190 200
>>CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 (236 aa)
initn: 791 init1: 510 opt: 775 Z-score: 986.0 bits: 189.8 E(32554): 1.3e-48
Smith-Waterman score: 775; 53.6% identity (75.5% similar) in 233 aa overlap (1-233:1-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTKRRTETVQKLCP
::: . : :::::. :: ..:.:: ::::::: :::: :..:::::.: .... . :
CCDS70 MAETKLQ--LFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTRRSPDVLKDFAP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLDIFAKFSAYIKN
:.:::.::: ....::: .::.::: .: :: .:.:: :::::: :.: ::::.:::
CCDS70 GSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGNDVFHKFSAFIKN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLDGNELTLADCNL
:: .. : . ::.:: ::.:: .:: .:. : :.:.::::..::::::.:
CCDS70 PVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHELAGEPQLRE--SRRRFLDGDRLTLADCSL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEIELAYEQVAKAL
:::::::..:: ..: :: .:::.:::..:. ..:: ::: . :: ::
CCDS70 LPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEILAAYRPAVHPR
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 K
241 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 11:11:36 2016 done: Fri Nov 4 11:11:37 2016
Total Scan time: 1.350 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]