Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6694
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6694, 462 aa
1>>>pF1KB6694 462 - 462 aa - 462 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7443+/-0.00094; mu= 15.1053+/- 0.056
mean_var=65.5532+/-12.962, 0's: 0 Z-trim(104.7): 34 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.158408
statistics sampled from 8029 (8058) to 8029 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 2.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 ( 462) 3055 707.2 8.9e-204
CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 ( 463) 2858 662.2 3.2e-190
CCDS47479.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 642) 745 179.3 9.9e-45
CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 ( 684) 745 179.4 1.1e-44
CCDS45414.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 499) 707 170.6 3.2e-42
CCDS45413.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 636) 707 170.7 4e-42
CCDS45412.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 ( 637) 707 170.7 4.1e-42
CCDS14336.1 GSPT2 gene_id:23708|Hs108|chrX ( 628) 692 167.2 4.3e-41
CCDS10642.1 TUFM gene_id:7284|Hs108|chr16 ( 455) 271 71.0 2.9e-12
>>CCDS4980.1 EEF1A1 gene_id:1915|Hs108|chr6 (462 aa)
initn: 3055 init1: 3055 opt: 3055 Z-score: 3771.9 bits: 707.2 E(32554): 8.9e-204
Smith-Waterman score: 3055; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
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CCDS49 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB6 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
430 440 450 460
>>CCDS13522.1 EEF1A2 gene_id:1917|Hs108|chr20 (463 aa)
initn: 2858 init1: 2858 opt: 2858 Z-score: 3528.6 bits: 662.2 E(32554): 3.2e-190
Smith-Waterman score: 2858; 92.6% identity (97.8% similar) in 461 aa overlap (1-461:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGIDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DKLKAERERGITIDISLWKFETTKYYITIIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.:::::::.::::
CCDS13 GEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNKMDSTEPAYSEKRYDEIVKEVSAYIKK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 IGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTR
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CCDS13 IGYNPATVPFVPISGWHGDNMLEPSPNMPWFKGWKVERKEGNASGVSLLEALDTILPPTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALS
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CCDS13 PTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGILRPGMVVTFAPVNITTEVKSVEMHHEALS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPPMEAAGFTAQVIILNHPGQISAGYAPV
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CCDS13 EALPGDNVGFNVKNVSVKDIRRGNVCGDSKSDPPQEAAQFTSQVIILNHPGQISAGYSPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPP
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CCDS13 IDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDNPKSLKSGDAAIVEMVPGKPMCVESFSQYPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB6 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTKSAQKAQKAK
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CCDS13 LGRFAVRDMRQTVAVGVIKNVEKKSGGAGKVTKSAQKAQKAGK
430 440 450 460
>>CCDS47479.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 (642 aa)
initn: 945 init1: 628 opt: 745 Z-score: 916.5 bits: 179.3 E(32554): 9.9e-45
Smith-Waterman score: 1083; 39.7% identity (68.5% similar) in 438 aa overlap (5-441:216-640)
10 20 30
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
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CCDS47 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPG
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CCDS47 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
250 260 270 280 290 300
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
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CCDS47 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
310 320 330 340 350 360
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 MDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGW
::... ..:.:..::. ... ..:. :.. . :.:.: :: .:.:.. : . : .
CCDS47 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
370 380 390 400 410 420
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 KVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKP
: : ::: .: . :: : :::.:: ..::.: : : .:..:.: ..
CCDS47 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
430 440 450 460 470
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPP
: . : : : ::.. .: : .. : ::.:.... .... . : . : :
CCDS47 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPK--VP
480 490 500 510 520 530
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 MEAAG-FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKF
..: : :...:.: :. :. .: .:. . .: ... .:. . :::
CCDS47 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
540 550 560 570 580 590
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTK
: .:. :.:.. .:. .: ..:. :::: .: .:.:.::. .
CCDS47 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE
600 610 620 630 640
460
pF1KB6 SAQKAQKAK
>>CCDS5173.1 HBS1L gene_id:10767|Hs108|chr6 (684 aa)
initn: 945 init1: 628 opt: 745 Z-score: 916.1 bits: 179.4 E(32554): 1.1e-44
Smith-Waterman score: 1083; 39.7% identity (68.5% similar) in 438 aa overlap (5-441:258-682)
10 20 30
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGGI
: .:.:::::::.:::: ::..: :.:
CCDS51 QSSTPAPVKKSGKLRQQIDVKAELEKRQGGKQLLNLVVIGHVDAGKSTLMGHMLYLLGNI
230 240 250 260 270 280
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 DKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAPG
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CCDS51 NKRTMHKYEQESKKAGKASFAYAWVLDETGEERERGVTMDVGMTKFETTTKVITLMDAPG
290 300 310 320 330 340
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 HRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVNK
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CCDS51 HKDFIPNMITGAAQADVAVLVVDASRGEFEAGFETGGQTREHGLLVRSLGVTQLAVAVNK
350 360 370 380 390 400
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 MDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDTVAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFKGW
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CCDS51 MDQVN--WQQERFQEITGKLGHFLKQAGFKESDVGFIPTSGLSGENLITRSQSSELTKWY
410 420 430 440 450 460
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 KVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVLKP
: : ::: .: . :: : :::.:: ..::.: : : .:..:.: ..
CCDS51 K---------GLCLLEQIDSFKPPQRSIDKPFRLCVSDVFKDQGSGFCITGKIEAGYIQT
470 480 490 500 510
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKNDPP
: . : : : ::.. .: : .. : ::.:.... .... . : . : :
CCDS51 GDRLLAMPPNETCTVKGITLHDEPVDWAAAGDHVSLTLVGMDIIKINVGCIFCGPK--VP
520 530 540 550 560 570
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 MEAAG-FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDGPKF
..: : :...:.: :. :. .: .:. . .: ... .:. . :::
CCDS51 IKACTRFRARILIFNIEIPITKGFPVLLHYQTVSEPAVIKRLISVLNKSTGEVTKKKPKF
580 590 600 610 620 630
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVGVIKAVDKKAAGAGKVTK
: .:. :.:.. .:. .: ..:. :::: .: .:.:.::. .
CCDS51 LTKGQNALVELQTQRPIALELYKDFKELGRFMLRYGGSTIAAGVVTEIKE
640 650 660 670 680
460
pF1KB6 SAQKAQKAK
>>CCDS45414.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 (499 aa)
initn: 909 init1: 642 opt: 707 Z-score: 871.4 bits: 170.6 E(32554): 3.2e-42
Smith-Waterman score: 1046; 38.4% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (4-444:71-498)
10 20 30
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
.: :.:.: :::::.:::: :...: :
CCDS45 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
.::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: : . ::.:::
CCDS45 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
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CCDS45 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
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CCDS45 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
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CCDS45 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 KPGMVVTFAPVNVTTEVKSVEMHHEALSEALPGDNVGFNVKNVSVKDVRRGNVAGDSKND
:. ... : . ..:: .. . . ::.:. . .:.. ... : . : .:
CCDS45 CKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNN-
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 PPMEAAG--FTAQVIILNHPGQISAGYAPVLDCHTAHIACKFAELKEKIDRRSGKKLEDG
. .: : ::..:..: . : :: :: :: ... : .:..::.: .
CCDS45 --LCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTR
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440
pF1KB6 PKFLKSGDAAIVDMVPGKPMCVESFSDYPPLGRFAVRDMRQTVAVG-VIKAVDKKAAGAG
:.:.:. .. :. . . .:.:.:.:.: .:::..:: .:.:.: :.: : .:
CCDS45 PRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVPEKD
450 460 470 480 490
450 460
pF1KB6 KVTKSAQKAQKAK
>>CCDS45413.1 GSPT1 gene_id:2935|Hs108|chr16 (636 aa)
initn: 909 init1: 642 opt: 707 Z-score: 869.6 bits: 170.7 E(32554): 4e-42
Smith-Waterman score: 1046; 38.4% identity (66.7% similar) in 445 aa overlap (4-444:208-635)
10 20 30
pF1KB6 MGKEKTHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKCGG
.: :.:.: :::::.:::: :...: :
CCDS45 RPPEESAHEMMEEEEEIPKPKSVVAPPGAPKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGM
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 IDKRTIEKFEKEAAEMGKGSFKYAWVLDKLKAERERGITIDISLWKFETSKYYVTIIDAP
.::::.::.:.:: : .. .. .:.:: . ::..: :.... ::: : . ::.:::
CCDS45 VDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAP
240 250 260 270 280 290
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 GHRDFIKNMITGTSQADCAVLIVAAGVGEFEAGISKNGQTREHALLAYTLGVKQLIVGVN
::..:. ::: :.:::: :::...: ::::.:. :.:::::::.:: : :::.::: .:
CCDS45 GHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLIN
300 310 320 330 340 350
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KMDSTEPPYSQKRYEEIVKEVSTYIKKIGYNPDT-VAFVPISGWNGDNMLEPSANMPWFK
:::. .:..:::: ... ..::.:.:: . :.: :: .: :. : : ::.
CCDS45 KMDDPTVNWSNERYEECKEKLVPFLKKVGFNPKKDIHFMPCSGLTGANLKEQSDFCPWY-
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 GWKVTRKDGNASGTTLLEALDCILPPTRPTDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVL
: .. :: . .: .: :.:::. : :: .::: .:..:.: .
CCDS45 -----------IGLPFIPYLDNLPNFNRSVDGPIRLPIVDKYK--DMGTVVLGKLESGSI
420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
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:. ... : . ..:: .. . . ::.:. . .:.. ... : . : .:
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