Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6677
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6677, 427 aa
1>>>pF1KB6677 427 - 427 aa - 427 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9343+/-0.00119; mu= 19.5117+/- 0.071
mean_var=128.3964+/-43.326, 0's: 0 Z-trim(103.0): 246 B-trim: 926 in 2/47
Lambda= 0.113187
statistics sampled from 6854 (7190) to 6854 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.56), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3769.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 ( 427) 2918 488.9 3.9e-138
CCDS9461.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 ( 442) 1611 275.5 7.1e-74
CCDS55902.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 ( 532) 1611 275.6 7.9e-74
CCDS45059.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 ( 436) 1529 262.1 7.6e-70
CCDS58927.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 ( 202) 1427 245.0 5.1e-65
CCDS54810.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 ( 318) 1261 218.1 9.5e-57
CCDS14174.1 GRPR gene_id:2925|Hs108|chrX ( 384) 606 111.3 1.7e-24
CCDS5196.1 NMBR gene_id:4829|Hs108|chr6 ( 390) 584 107.7 2e-23
CCDS14656.1 BRS3 gene_id:680|Hs108|chrX ( 399) 539 100.4 3.3e-21
CCDS5792.1 GPR37 gene_id:2861|Hs108|chr7 ( 613) 491 92.8 9.7e-19
CCDS1420.1 GPR37L1 gene_id:9283|Hs108|chr1 ( 481) 465 88.4 1.6e-17
CCDS3218.1 GHSR gene_id:2693|Hs108|chr3 ( 366) 403 78.1 1.5e-14
CCDS7950.1 APLNR gene_id:187|Hs108|chr11 ( 380) 403 78.2 1.6e-14
CCDS3719.1 QRFPR gene_id:84109|Hs108|chr4 ( 431) 368 72.5 8.8e-13
CCDS4321.1 NMUR2 gene_id:56923|Hs108|chr5 ( 415) 354 70.2 4.2e-12
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 347 69.0 9e-12
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 347 69.0 9e-12
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 347 69.0 9.1e-12
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 347 69.0 9.1e-12
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 347 69.0 9.2e-12
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 347 69.1 9.2e-12
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 347 69.1 9.4e-12
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 347 69.1 9.4e-12
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 347 69.1 9.7e-12
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 347 69.2 1e-11
CCDS73100.1 NPY4R gene_id:5540|Hs108|chr10 ( 375) 326 65.6 9.5e-11
>>CCDS3769.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 (427 aa)
initn: 2918 init1: 2918 opt: 2918 Z-score: 2593.4 bits: 488.9 E(32554): 3.9e-138
Smith-Waterman score: 2918; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 METLCLRASFWLALVGCVISDNPERYSTNLSNHVDDFTTFRGTELSFLVTTHQPTNLVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 METLCLRASFWLALVGCVISDNPERYSTNLSNHVDDFTTFRGTELSFLVTTHQPTNLVLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKCMRNGPNALIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 SNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKCMRNGPNALIA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLCKLFPFLQKSSVGITVLNLCALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 SLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLCKLFPFLQKSSVGITVLNLCALS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAIPEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 VDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAIPEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LNATSKFMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 LNATSKFMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 RREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 NSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 NSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRS
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SHKDSMN
:::::::
CCDS37 SHKDSMN
>>CCDS9461.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 (442 aa)
initn: 988 init1: 579 opt: 1611 Z-score: 1439.8 bits: 275.5 E(32554): 7.1e-74
Smith-Waterman score: 1611; 63.8% identity (85.0% similar) in 359 aa overlap (69-425:90-440)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TFRGTELSFLVTTHQPTNLVLPSNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGN
: .: .:::::::.:: .:..:..::
CCDS94 ASLARSLAPAEVPKGDRTAGSPPRTISPPPCQGPIEIKETFKYINTVVSCLVFVLGIIGN
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ATLLRIIYQNKCMRNGPNALIASLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLC
.:::::::.::::::::: ::::::::::...:::.::::.:::: ::: :. .:
CCDS94 STLLRIIYKNKCMRNGPNILIASLALGDLLHIVIDIPINVYKLLAEDWPF-----GAEMC
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KLFPFLQKSSVGITVLNLCALSVDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAI
:: ::.::.:::::::.:::::.:::::::::::..:::.: ::.::: ::..: .::.
CCDS94 KLVPFIQKASVGITVLSLCALSIDRYRAVASWSRIKGIGVPKWTAVEIVLIWVVSVVLAV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCMLNATSK--FMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYT
:::::: .. ..:.: . :.:. ..: ::.::. .::::::.::::.::. ::.:::
CCDS94 PEAIGFDIITMDYKGSYLRICLLHPVQKTAFMQFYKTAKDWWLFSFYFCLPLAITAFFYT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 LMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEM
::::::: ...: ..:::..::::::::::::::::..:::::.::::::::: :.::.
CCDS94 LMTCEMLRKKSG-MQIALNDHLKQRREVAKTVFCLVLVFALCWLPLHLSRILKLTLYNQN
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 DKNRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMT
: ::::::::::..::::::.:..::::::::::.:::.:::::.::::: : ::
CCDS94 DPNRCELLSFLLVLDYIGINMASLNSCINPIALYLVSKRFKNCFKSCLCCWC-QSFEEKQ
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KB6 SVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
:. . . ...: .:.. : :::.: :
CCDS94 SLEEKQSCLKFKANDHGYDNF-RSSNKYSSS
420 430 440
>>CCDS55902.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 (532 aa)
initn: 988 init1: 579 opt: 1611 Z-score: 1439.0 bits: 275.6 E(32554): 7.9e-74
Smith-Waterman score: 1611; 63.8% identity (85.0% similar) in 359 aa overlap (69-425:180-530)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TFRGTELSFLVTTHQPTNLVLPSNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGN
: .: .:::::::.:: .:..:..::
CCDS55 ASLARSLAPAEVPKGDRTAGSPPRTISPPPCQGPIEIKETFKYINTVVSCLVFVLGIIGN
150 160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ATLLRIIYQNKCMRNGPNALIASLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLC
.:::::::.::::::::: ::::::::::...:::.::::.:::: ::: :. .:
CCDS55 STLLRIIYKNKCMRNGPNILIASLALGDLLHIVIDIPINVYKLLAEDWPF-----GAEMC
210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KLFPFLQKSSVGITVLNLCALSVDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAI
:: ::.::.:::::::.:::::.:::::::::::..:::.: ::.::: ::..: .::.
CCDS55 KLVPFIQKASVGITVLSLCALSIDRYRAVASWSRIKGIGVPKWTAVEIVLIWVVSVVLAV
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCMLNATSK--FMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYT
:::::: .. ..:.: . :.:. ..: ::.::. .::::::.::::.::. ::.:::
CCDS55 PEAIGFDIITMDYKGSYLRICLLHPVQKTAFMQFYKTAKDWWLFSFYFCLPLAITAFFYT
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 LMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEM
::::::: ...: ..:::..::::::::::::::::..:::::.::::::::: :.::.
CCDS55 LMTCEMLRKKSG-MQIALNDHLKQRREVAKTVFCLVLVFALCWLPLHLSRILKLTLYNQN
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 DKNRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMT
: ::::::::::..::::::.:..::::::::::.:::.:::::.::::: : ::
CCDS55 DPNRCELLSFLLVLDYIGINMASLNSCINPIALYLVSKRFKNCFKSCLCCWC-QSFEEKQ
450 460 470 480 490 500
400 410 420
pF1KB6 SVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
:. . . ...: .:.. : :::.: :
CCDS55 SLEEKQSCLKFKANDHGYDNF-RSSNKYSSS
510 520 530
>>CCDS45059.1 EDNRB gene_id:1910|Hs108|chr13 (436 aa)
initn: 940 init1: 531 opt: 1529 Z-score: 1367.5 bits: 262.1 E(32554): 7.6e-70
Smith-Waterman score: 1529; 61.8% identity (83.3% similar) in 353 aa overlap (69-415:90-436)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TFRGTELSFLVTTHQPTNLVLPSNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGN
: .: .:::::::.:: .:..:..::
CCDS45 ASLARSLAPAEVPKGDRTAGSPPRTISPPPCQGPIEIKETFKYINTVVSCLVFVLGIIGN
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ATLLRIIYQNKCMRNGPNALIASLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLC
.:::::::.::::::::: ::::::::::...:::.::::.:::: ::: :. .:
CCDS45 STLLRIIYKNKCMRNGPNILIASLALGDLLHIVIDIPINVYKLLAEDWPF-----GAEMC
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 KLFPFLQKSSVGITVLNLCALSVDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAI
:: ::.::.:::::::.:::::.:::::::::::..:::.: ::.::: ::..: .::.
CCDS45 KLVPFIQKASVGITVLSLCALSIDRYRAVASWSRIKGIGVPKWTAVEIVLIWVVSVVLAV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCMLNATSK--FMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYT
:::::: .. ..:.: . :.:. ..: ::.::. .::::::.::::.::. ::.:::
CCDS45 PEAIGFDIITMDYKGSYLRICLLHPVQKTAFMQFYKTAKDWWLFSFYFCLPLAITAFFYT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 LMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEM
::::::: ...: ..:::..::::::::::::::::..:::::.::::::::: :.::.
CCDS45 LMTCEMLRKKSG-MQIALNDHLKQRREVAKTVFCLVLVFALCWLPLHLSRILKLTLYNQN
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 DKNRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMT
: ::::::::::..::::::.:..::::::::::.:::.:::::.. . .
CCDS45 DPNRCELLSFLLVLDYIGINMASLNSCINPIALYLVSKRFKNCFKAGPHVGNKLVMLFSV
360 370 380 390 400 410
400 410 420
pF1KB6 SVPMNGTSIQ----WKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
.. .:: : : .. .::.
CCDS45 NIECDGTVNQNPTMWPERKSNNN
420 430
>>CCDS58927.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 (202 aa)
initn: 1427 init1: 1427 opt: 1427 Z-score: 1280.8 bits: 245.0 E(32554): 5.1e-65
Smith-Waterman score: 1427; 100.0% identity (100.0% similar) in 202 aa overlap (226-427:1-202)
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 IGIPLVTAIEIVSIWILSFILAIPEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCMLNATSKFMEFYQDVK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MVPFEYRGEQHKTCMLNATSKFMEFYQDVK
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 DWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQRREVAKTVFCLVVIF
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 ALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATMNSCINPIALYFVSKK
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420
pF1KB6 FKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRSSHKDSMN
160 170 180 190 200
>>CCDS54810.1 EDNRA gene_id:1909|Hs108|chr4 (318 aa)
initn: 1261 init1: 1261 opt: 1261 Z-score: 1132.3 bits: 218.1 E(32554): 9.5e-57
Smith-Waterman score: 1956; 74.5% identity (74.5% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 METLCLRASFWLALVGCVISDNPERYSTNLSNHVDDFTTFRGTELSFLVTTHQPTNLVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 METLCLRASFWLALVGCVISDNPERYSTNLSNHVDDFTTFRGTELSFLVTTHQPTNLVLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKCMRNGPNALIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKCMRNGPNALIA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLCKLFPFLQKSSVGITVLNLCALS
::::::::::::::::::::
CCDS54 SLALGDLIYVVIDLPINVFK----------------------------------------
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VDRYRAVASWSRVQGIGIPLVTAIEIVSIWILSFILAIPEAIGFVMVPFEYRGEQHKTCM
CCDS54 ------------------------------------------------------------
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LNATSKFMEFYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ---------FYQDVKDWWLFGFYFCMPLVCTAIFYTLMTCEMLNRRNGSLRIALSEHLKQ
150 160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RREVAKTVFCLVVIFALCWFPLHLSRILKKTVYNEMDKNRCELLSFLLLMDYIGINLATM
200 210 220 230 240 250
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 NSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NSCINPIALYFVSKKFKNCFQSCLCCCCYQSKSLMTSVPMNGTSIQWKNHDQNNHNTDRS
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 SHKDSMN
:::::::
CCDS54 SHKDSMN
>>CCDS14174.1 GRPR gene_id:2925|Hs108|chrX (384 aa)
initn: 422 init1: 237 opt: 606 Z-score: 553.4 bits: 111.3 E(32554): 1.7e-24
Smith-Waterman score: 606; 33.5% identity (65.2% similar) in 313 aa overlap (81-387:41-340)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 THQPTNLVLPSNGSMHNYCPQQTKITSAFKYINTVISCTIFIVGMVGNATLLRIIYQNKC
:. .. .:...:..:: ::..:. :
CCDS14 LEVDHFMHCNISSHSADLPVNDDWSHPGILYVIPAVYGVIILIGLIGNITLIKIFCTVKS
20 30 40 50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 MRNGPNALIASLALGDLIYVVIDLPINVFKLLAGRWPFDHNDFGVFLCKLFPFLQKSSVG
::: :: .:.:::::::. .. :... . :: :: :: . :::.::.: .:::
CCDS14 MRNVPNLFISSLALGDLLLLITCAPVDASRYLADRW-----LFGRIGCKLIPFIQLTSVG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]