Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6671
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6671, 426 aa
1>>>pF1KB6671 426 - 426 aa - 426 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8678+/-0.000876; mu= 14.0043+/- 0.052
mean_var=62.7554+/-12.895, 0's: 0 Z-trim(105.9): 40 B-trim: 382 in 1/48
Lambda= 0.161901
statistics sampled from 8646 (8686) to 8646 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 2.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5702.1 ACTL6B gene_id:51412|Hs108|chr7 ( 426) 2893 684.4 5.7e-197
CCDS3231.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 429) 2505 593.7 1.1e-169
CCDS43174.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 387) 2236 530.9 8.2e-151
CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 ( 377) 460 116.1 6e-26
CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 ( 377) 454 114.7 1.6e-25
CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 ( 375) 452 114.2 2.2e-25
CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 ( 375) 451 114.0 2.6e-25
CCDS1930.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 376) 445 112.6 6.8e-25
CCDS7392.1 ACTA2 gene_id:59|Hs108|chr10 ( 377) 439 111.2 1.8e-24
CCDS34163.1 ACTBL2 gene_id:345651|Hs108|chr5 ( 376) 431 109.3 6.5e-24
CCDS59432.1 POTEJ gene_id:653781|Hs108|chr2 (1038) 427 108.4 3.3e-23
CCDS59431.1 POTEI gene_id:653269|Hs108|chr2 (1075) 426 108.2 4e-23
CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 ( 376) 416 105.8 7.4e-23
CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 ( 376) 410 104.4 2e-22
CCDS46414.1 POTEE gene_id:445582|Hs108|chr2 (1075) 413 105.2 3.3e-22
CCDS46409.1 POTEF gene_id:728378|Hs108|chr2 (1075) 412 104.9 3.8e-22
CCDS33277.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 418) 403 102.8 6.7e-22
CCDS5934.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 418) 395 100.9 2.5e-21
CCDS63000.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 367) 364 93.6 3.3e-19
CCDS34782.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 348) 349 90.1 3.5e-18
CCDS6771.1 ACTL7B gene_id:10880|Hs108|chr9 ( 415) 349 90.2 4.2e-18
CCDS45.1 ACTRT2 gene_id:140625|Hs108|chr1 ( 377) 345 89.2 7.3e-18
CCDS56124.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 333) 320 83.4 3.7e-16
CCDS3206.1 ACTRT3 gene_id:84517|Hs108|chr3 ( 372) 313 81.7 1.3e-15
CCDS46307.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 399) 310 81.0 2.2e-15
CCDS6772.1 ACTL7A gene_id:10881|Hs108|chr9 ( 435) 308 80.6 3.3e-15
CCDS14611.1 ACTRT1 gene_id:139741|Hs108|chrX ( 376) 301 78.9 9e-15
CCDS1881.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 394) 295 77.5 2.5e-14
CCDS9074.1 ACTR6 gene_id:64431|Hs108|chr12 ( 396) 285 75.2 1.3e-13
CCDS12207.1 ACTL9 gene_id:284382|Hs108|chr19 ( 416) 276 73.1 5.7e-13
CCDS33463.1 ACTL10 gene_id:170487|Hs108|chr20 ( 245) 244 65.6 6.1e-11
>>CCDS5702.1 ACTL6B gene_id:51412|Hs108|chr7 (426 aa)
initn: 2893 init1: 2893 opt: 2893 Z-score: 3649.7 bits: 684.4 E(32554): 5.7e-197
Smith-Waterman score: 2893; 100.0% identity (100.0% similar) in 426 aa overlap (1-426:1-426)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KGKIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KGKIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 EAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DGYVLQQGIVKSPLAGDFISMQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKKEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 DGYVLQQGIVKSPLAGDFISMQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKKEKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PQVSKSWHNYMCNEVIQDFQASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAERLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PQVSKSWHNYMCNEVIQDFQASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAERLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGFTDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGFTDR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LNRELSQKTPPSMRLKLIASNSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LNRELSQKTPPSMRLKLIASNSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQC
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 VERKCP
::::::
CCDS57 VERKCP
>>CCDS3231.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 (429 aa)
initn: 2493 init1: 2209 opt: 2505 Z-score: 3159.9 bits: 593.7 E(32554): 1.1e-169
Smith-Waterman score: 2505; 83.9% identity (95.6% similar) in 429 aa overlap (1-426:1-429)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGG--LELEGDK
::::::::::::::::::::..::::::::::::.::::..:... .. :. .:..:::
CCDS32 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSYTVRAGYAGEDCPKVDFPTAIGMVVERDDGSTLMEIDGDK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EKKG-KIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPV
:.: ..::::::.:::.. :..:::::::.:::. :.:::::::. ::::: .::::
CCDS32 GKQGGPTYYIDTNALRVPRENMEAISPLKNGMVEDWDSFQAILDHTYKMHVKSEASLHPV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LMSEAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAI
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS32 LMSEAPWNTRAKREKLTELMFEHYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLILDSGATHTTAI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 PVHDGYVLQQGIVKSPLAGDFISMQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKK
::::::::::::::::::::::.:::::::::: :...::::::.:: ::::.: :::.:
CCDS32 PVHDGYVLQQGIVKSPLAGDFITMQCRELFQEMNIELVPPYMIASKEAVREGSPANWKRK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EKLPQVSKSWHNYMCNEVIQDFQASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAE
::::::..:::::::: ::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: :.:::
CCDS32 EKLPQVTRSWHNYMCNCVIQDFQASVLQVSDSTYDEQVAAQMPTVHYEFPNGYNCDFGAE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RLRIPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGF
::.::::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::.:::::.:.:
CCDS32 RLKIPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVSHVVTTSVGMCDIDIRPGLYGSVIVAGGNTLIQSF
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 TDRLNRELSQKTPPSMRLKLIASNSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGG
::::::::::::::::::::::.:.:.::.:: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TDRLNRELSQKTPPSMRLKLIANNTTVERRFSSWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGG
370 380 390 400 410 420
420
pF1KB6 KQCVERKCP
:::::::::
CCDS32 KQCVERKCP
>>CCDS43174.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 (387 aa)
initn: 2209 init1: 2209 opt: 2236 Z-score: 2821.1 bits: 530.9 E(32554): 8.2e-151
Smith-Waterman score: 2236; 85.6% identity (96.0% similar) in 376 aa overlap (52-426:12-387)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 SVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEKKG-KIFHIDTNALHVPRDGAE
.:..::: :.: ..::::::.:::.. :
CCDS43 MVVERDDGSTLMEIDGDKGKQGGPTYYIDTNALRVPRENME
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 VMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMSEAPWNTRAKREKLTELMFEQ
..:::::::.:::. :.:::::::. ::::: .::::::::::::::::::::::::::.
CCDS43 AISPLKNGMVEDWDSFQAILDHTYKMHVKSEASLHPVLMSEAPWNTRAKREKLTELMFEH
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 YNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVHDGYVLQQGIVKSPLAGDFIS
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS43 YNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLILDSGATHTTAIPVHDGYVLQQGIVKSPLAGDFIT
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 MQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKKEKLPQVSKSWHNYMCNEVIQDFQ
:::::::::: :...::::::.:: ::::.: :::.:::::::..:::::::: ::::::
CCDS43 MQCRELFQEMNIELVPPYMIASKEAVREGSPANWKRKEKLPQVTRSWHNYMCNCVIQDFQ
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 ASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAERLRIPEGLFDPSNVKGLSGNTML
::::::::: :::::::::::::::.::::: :.:::::.::::::::::::::::::::
CCDS43 ASVLQVSDSTYDEQVAAQMPTVHYEFPNGYNCDFGAERLKIPEGLFDPSNVKGLSGNTML
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 GVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGFTDRLNRELSQKTPPSMRLKLIAS
::.::::::.:::::::::::::::::.:::::.:.:::::::::::::::::::::::.
CCDS43 GVSHVVTTSVGMCDIDIRPGLYGSVIVAGGNTLIQSFTDRLNRELSQKTPPSMRLKLIAN
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420
pF1KB6 NSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQCVERKCP
:.:.::.:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NTTVERRFSSWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQCVERKCP
350 360 370 380
>>CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 881 init1: 319 opt: 460 Z-score: 579.4 bits: 116.1 E(32554): 6e-26
Smith-Waterman score: 872; 37.6% identity (64.3% similar) in 417 aa overlap (9-425:5-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEK
::. ::: : :: :.::.::.: :.: ::. :: .. : . :.:..
CCDS15 MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVG--RPRHQGVMVGMGQKDS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KGKIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMS
.. .: . : . :...:.: .:. .. : ::. .... :. ::.:..
CCDS15 -----YVGDEA-QSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLT
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVH
::: : .:.:::.:..::: .:.::... :::. .:.::.::.::::: : .:..
CCDS15 EAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DGYVLQQGIVKSPLAGDFISMQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKKEKL
.::.: ..:.. ::: .. ... : . ... : .: ::. ::::
CCDS15 EGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVT---TAEREIVRD-------IKEKL
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PQVSKSWHNYMCNEVIQDFQASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAERLR
: : ::. . ...: :. ::.:.: : ::.:
CCDS15 -----------CY-VALDFENEMATAASSSSLEK--------SYELPDGQVITIGNERFR
220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGFTDR
:: ::.:: . : :. ... .:: :::::: ::.. ...::.:. :..::
CCDS15 CPETLFQPSFI----GMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADR
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LNRELSQKTPPSMRLKLIASNSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQC
...:.. .: .:..:.:: :::.: ::::::::::.:::::::.::::.:.: .
CCDS15 MQKEITALAPSTMKIKIIAPP---ERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSI
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 VERKCP
:.:::
CCDS15 VHRKCF
>>CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 (377 aa)
initn: 878 init1: 319 opt: 454 Z-score: 571.8 bits: 114.7 E(32554): 1.6e-25
Smith-Waterman score: 869; 37.6% identity (64.3% similar) in 417 aa overlap (9-425:5-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEK
.:. ::: : :: :.::.::.: :.: ::. :: .. : . :.:..
CCDS10 MCDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVG--RPRHQGVMVGMGQKDS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KGKIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMS
.. .: . : . :...:.: .:. .. : ::. .... :. ::.:..
CCDS10 -----YVGDEA-QSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLT
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVH
::: : .:.:::.:..::: .:.::... :::. .:.::.::.::::: : .:..
CCDS10 EAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DGYVLQQGIVKSPLAGDFISMQCRELFQEMAIDIIPPYMIAAKEPVREGAPPNWKKKEKL
.::.: ..:.. ::: .. ... : . ... : .: ::. ::::
CCDS10 EGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVT---TAEREIVRD-------IKEKL
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PQVSKSWHNYMCNEVIQDFQASVLQVSDSPYDEQVAAQMPTVHYEMPNGYNTDYGAERLR
: : ::. . ...: :. ::.:.: : ::.:
CCDS10 -----------CY-VALDFENEMATAASSSSLEK--------SYELPDGQVITIGNERFR
220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPEGLFDPSNVKGLSGNTMLGVGHVVTTSIGMCDIDIRPGLYGSVIVTGGNTLLQGFTDR
:: ::.:: . : :. ... .:: :::::: ::.. ...::.:. :..::
CCDS10 CPETLFQPSFI----GMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADR
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LNRELSQKTPPSMRLKLIASNSTMERKFSPWIGGSILASLGTFQQMWISKQEYEEGGKQC
...:.. .: .:..:.:: :::.: ::::::::::.::::::::::::.:.: .
CCDS10 MQKEITALAPSTMKIKIIAPP---ERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSI
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 VERKCP
:.:::
CCDS10 VHRKCF
>>CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 (375 aa)
initn: 885 init1: 318 opt: 452 Z-score: 569.3 bits: 114.2 E(32554): 2.2e-25
Smith-Waterman score: 868; 36.9% identity (64.5% similar) in 417 aa overlap (9-425:3-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSGGVYGGDEVGALVFDIGSFSVRAGYAGEDCPKADFPTTVGLLAAEEGGGLELEGDKEK
:...::: : :: .::.::.: :.: ::. :: .. : . :.:..
CCDS53 MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVG--RPRHQGVMVGMGQKDS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KGKIFHIDTNALHVPRDGAEVMSPLKNGMIEDWECFRAILDHTYSKHVKSEPNLHPVLMS
.. .: . : . :...:.. .:. .. : ::. .... :. ::::..
CCDS53 -----YVGDEA-QSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLT
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAPWNTRAKREKLTELMFEQYNIPAFFLCKTAVLTAFANGRSTGLVLDSGATHTTAIPVH
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CCDS11 VHRKCF
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CCDS19 VHRKCF
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CCDS73 CPETLFQPSFI----GMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADR
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CCDS73 MQKEITALAPSTMKIKIIAPP---ERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSI
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pF1KB6 VERKCP
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CCDS73 VHRKCF
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CCDS34 EAPLNPKINREKMTQIMFEAFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHIVPIY
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CCDS34 VHRKCF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]