Result of FASTA (omim) for
pF1KB6659
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6659, 424 aa
1>>>pF1KB6659 424 - 424 aa - 424 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4545+/-0.000625; mu= -12.7112+/- 0.038
mean_var=383.9736+/-77.425, 0's: 0 Z-trim(113.7): 156 B-trim: 286 in 1/54
Lambda= 0.065452
statistics sampled from 23068 (23212) to 23068 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 9.450
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 2646 264.7 3.2e-70
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1298 137.4 6.8e-32
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 1291 136.8 1.2e-31
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 1205 128.6 3.2e-29
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1204 128.5 3.3e-29
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1180 126.2 1.5e-28
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1180 126.3 1.6e-28
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1174 125.7 2.4e-28
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 1168 125.1 3.2e-28
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1133 121.8 3.4e-27
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1102 118.9 2.7e-26
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1093 118.1 4.8e-26
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1093 118.1 4.8e-26
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 1077 116.5 1.4e-25
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 1073 116.2 1.9e-25
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1071 116.1 2.4e-25
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1069 115.8 2.4e-25
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1069 115.8 2.5e-25
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1068 115.8 3.1e-25
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 1049 113.9 8.6e-25
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1027 111.8 3.5e-24
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 1020 111.1 5.3e-24
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1016 110.7 6.7e-24
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1014 110.6 7.8e-24
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1010 110.2 1e-23
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1003 109.5 1.6e-23
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1003 109.5 1.7e-23
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 981 107.5 7e-23
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 981 107.5 7e-23
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 978 107.2 8.7e-23
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 978 107.2 8.8e-23
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 954 104.9 4.1e-22
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 954 105.0 4.5e-22
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 952 104.7 4.6e-22
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 951 104.7 5.3e-22
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 948 104.3 6e-22
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 947 104.4 8.5e-22
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 911 100.9 7e-21
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 908 100.6 8.6e-21
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 896 99.5 2e-20
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 735 84.1 5e-16
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 735 84.1 5e-16
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 735 84.1 5e-16
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 612 72.6 2.1e-12
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 611 72.5 2.3e-12
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 612 72.7 2.3e-12
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 606 72.1 3.2e-12
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 596 71.1 6.5e-12
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 596 71.1 6.5e-12
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 591 70.9 1.5e-11
>>NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskeletal (424 aa)
initn: 2646 init1: 2646 opt: 2646 Z-score: 1381.6 bits: 264.7 E(85289): 3.2e-70
Smith-Waterman score: 2646; 100.0% identity (100.0% similar) in 424 aa overlap (1-424:1-424)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDFSRRSFHRSLSSSLQAPVVSTVGMQRLGTTPSVYGGAGGRGIRISNSRHTVNYGSDLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MDFSRRSFHRSLSSSLQAPVVSTVGMQRLGTTPSVYGGAGGRGIRISNSRHTVNYGSDLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GGGDLFVGNEKMAMQNLNDRLASYLEKVRTLEQSNSKLEVQIKQWYETNAPRAGRDYSAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGGDLFVGNEKMAMQNLNDRLASYLEKVRTLEQSNSKLEVQIKQWYETNAPRAGRDYSAY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YRQIEELRSQIKDAQLQNARCVLQIDNAKLAAEDFRLKYETERGIRLTVEADLQGLNKVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YRQIEELRSQIKDAQLQNARCVLQIDNAKLAAEDFRLKYETERGIRLTVEADLQGLNKVF
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pF1KB6 DDLTLHKTDLEIQIEELNKDLALLKKEHQEEVDGLHKHLGNTVNVEVDAAPGLNLGVIMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DDLTLHKTDLEIQIEELNKDLALLKKEHQEEVDGLHKHLGNTVNVEVDAAPGLNLGVIMN
190 200 210 220 230 240
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pF1KB6 EMRQKYEVMAQKNLQEAKEQFERQTAVLQQQVTVNTEELKGTEVQLTELRRTSQSLEIEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EMRQKYEVMAQKNLQEAKEQFERQTAVLQQQVTVNTEELKGTEVQLTELRRTSQSLEIEL
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pF1KB6 QSHLSMKESLEHTLEETKARYSSQLANLQSLLSSLEAQLMQIRSNMERQNNEYHILLDIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QSHLSMKESLEHTLEETKARYSSQLANLQSLLSSLEAQLMQIRSNMERQNNEYHILLDIK
310 320 330 340 350 360
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pF1KB6 TRLEQEIATYRRLLEGEDVKTTEYQLSTLEERDIKKTRKIKTVVQEVVDGKVVSSEVKEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRLEQEIATYRRLLEGEDVKTTEYQLSTLEERDIKKTRKIKTVVQEVVDGKVVSSEVKEV
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EENI
::::
NP_061 EENI
>>NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, type I (432 aa)
initn: 1369 init1: 1219 opt: 1298 Z-score: 693.6 bits: 137.4 E(85289): 6.8e-32
Smith-Waterman score: 1298; 52.7% identity (82.0% similar) in 395 aa overlap (29-415:35-423)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDFSRRSFHRSLSSSLQAPVVSTVGMQRLGTTPSVYGGAGGRGIRISNSRHTV-----
::. :.::: : ...: ..
NP_000 IRQFTSSSSIKGSSGLGGGSSRTSCRLSGGLGAGSCRLGSAGGLGSTLGGSSYSSCYSFG
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pF1KB6 ---NYGSDLTGGGDLFVGNEKMAMQNLNDRLASYLEKVRTLEQSNSKLEVQIKQWYETNA
.:::.. : :..:.:: .::::::::::::.:::.::..:..:::.:..::. .:
NP_000 SGGGYGSSFGGVDGLLAGGEKATMQNLNDRLASYLDKVRALEEANTELEVKIRDWYQRQA
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pF1KB6 PRAGRDYSAYYRQIEELRSQIKDAQLQNARCVLQIDNAKLAAEDFRLKYETERGIRLTVE
: .:::: ::: ::::...: : ..:: .::::::.:::.::: :.:::...::.::
NP_000 PGPARDYSQYYRTIEELQNKILTATVDNANILLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRLSVE
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pF1KB6 ADLQGLNKVFDDLTLHKTDLEIQIEELNKDLALLKKEHQEEVDGLHKHLGNTVNVEVDAA
::..:: .:.:.::: ..:::.:::.:...:: :::.:.::...:. ..:. .:::.:::
NP_000 ADINGLRRVLDELTLARADLEMQIENLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGEINVEMDAA
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pF1KB6 PGLNLGVIMNEMRQKYEVMAQKNLQEAKEQFERQTAVLQQQVTVNTEELKGTEVQLTELR
::..:. :.::::..:: ::.:: ..:.. : .: :...:..:.: ... . ...:::
NP_000 PGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRKDAEDWFFSKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELR
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pF1KB6 RTSQSLEIELQSHLSMKESLEHTLEETKARYSSQLANLQSLLSSLEAQLMQIRSNMERQN
:: :.:::::::.:::: ::: .: ::. :: ::...:.:..:.: :: :.: .::.::
NP_000 RTMQALEIELQSQLSMKASLEGNLAETENRYCVQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQN
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pF1KB6 NEYHILLDIKTRLEQEIATYRRLLEGEDVKTTEYQLSTLEERDIKKTRKIKTVVQEVVDG
.::.::::.:::::::::::::::::::.. :.:. .. ::...:.:.:: ::
NP_000 QEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLEGEDAHLTQYK------KEPVTTRQVRTIVEEVQDG
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420
pF1KB6 KVVSSEVKEVEENI
::.::
NP_000 KVISSREQVHQTTR
420 430
>>NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,148066,16 (472 aa)
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Smith-Waterman score: 1291; 53.8% identity (83.3% similar) in 383 aa overlap (36-415:88-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 RSFHRSLSSSLQAPVVSTVGMQRLGTTPSVYGGAGGRGIRISNSRHTVNYGSDLTGGGDL
:::. : :. ..:. ..:: :
NP_000 SSGGAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGL-------GGGFGGGFAGGDGL
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70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FVGNEKMAMQNLNDRLASYLEKVRTLEQSNSKLEVQIKQWYETNAPRAGRDYSAYYRQIE
.::.::..::::::::::::.:::.::..:. :::.:..::. . : .::: :.. ::
NP_000 LVGSEKVTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIE
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pF1KB6 ELRSQIKDAQLQNARCVLQIDNAKLAAEDFRLKYETERGIRLTVEADLQGLNKVFDDLTL
.::..: : ..:: .::::::.:::.::: ::::: ..:..::::..:: .:.:.:::
NP_000 DLRNKILTATVDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTL
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 HKTDLEIQIEELNKDLALLKKEHQEEVDGLHKHLGNTVNVEVDAAPGLNLGVIMNEMRQK
..:::.::: :...:: :::.:.::...:. ..:. ::::.:::::..:. :.::::..
NP_000 ARADLEMQIESLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQ
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250 260 270 280 290 300
pF1KB6 YEVMAQKNLQEAKEQFERQTAVLQQQVTVNTEELKGTEVQLTELRRTSQSLEIELQSHLS
:: ::.:: ..:.: : .: :...:..:.: ... . ...::::: :.:::::::.::
NP_000 YEKMAEKNRKDAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLS
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310 320 330 340 350 360
pF1KB6 MKESLEHTLEETKARYSSQLANLQSLLSSLEAQLMQIRSNMERQNNEYHILLDIKTRLEQ
:: :::..:::::.:: :::..: ...:.: :: :.: .::.::.::.::::.::::::
NP_000 MKASLENSLEETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQ
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370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EIATYRRLLEGEDVKTTEYQLSTLEE--RDI-KKTRKIKTVVQEVVDGKVVSSEVKEVEE
:::::::::::::.. . :.:. . ::. ...:.:.: :..: ::::::.
NP_000 EIATYRRLLEGEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRT
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 NI
NP_000 KN
>>NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, type I (473 aa)
initn: 1267 init1: 1195 opt: 1205 Z-score: 645.6 bits: 128.6 E(85289): 3.2e-29
Smith-Waterman score: 1205; 49.9% identity (80.6% similar) in 391 aa overlap (25-406:71-461)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MDFSRRSFHRSLSSSLQAPVVSTVGMQRLGTTPSVYGGAGGRGIRIS-NSRHTV
:.. .. : .::. : :. . .. .
NP_005 RAPSTYGGGLSVSSRFSSGGACGLGGGYGGGFSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGA
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60 70 80 90 100 110
pF1KB6 NYGSDLTGGGDLFVGNEKMAMQNLNDRLASYLEKVRTLEQSNSKLEVQIKQWYETNAPRA
..:. ..:: :.::.::..::::::::::::.:::.::..:. :::.:..::. . :
NP_005 GFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSE
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120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GRDYSAYYRQIEELRSQIKDAQLQNARCVLQIDNAKLAAEDFRLKYETERGIRLTVEADL
.::: :.. ::.::..: : ..::. .::::::.:::.::: ::: : ..: :::::.
NP_005 IKDYSPYFKTIEDLRNKIIAATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADV
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180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QGLNKVFDDLTLHKTDLEIQIEELNKDLALLKKEHQEEVDGLHKHLGNTVNVEVDAAPGL
.:: .:.:.::: .::::.::: :...:: :.:.:.::. .:. . :. ::::.:::::.
NP_005 NGLRRVLDELTLARTDLEMQIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGV
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pF1KB6 NLGVIMNEMRQKYEVMAQKNLQEAKEQFERQTAVLQQQVTVNTEELKGTEVQLTELRRTS
.:. :.::::..:: ::.:: ..:. : .: :...:. :.: ..... ..:::::.
NP_005 DLSRILNEMRDQYEQMAEKNRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVL
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 QSLEIELQSHLSMKESLEHTLEETKARYSSQLANLQSLLSSLEAQLMQIRSNMERQNNEY
:.:::::::.:::: :::..:::::.:: ::...:.:..:.: :: :.: .::.:..::
NP_005 QGLEIELQSQLSMKASLENSLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEY
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400
pF1KB6 HILLDIKTRLEQEIATYRRLLEGEDVKTTEYQLS--TLEERDI------KKTRKIKTVVQ
.::::.:::::::::::::::::::.. . : : . :.. ...:. . ...
NP_005 QILLDVKTRLEQEIATYRRLLEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILK
410 420 430 440 450 460
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pF1KB6 EVVDGKVVSSEVKEVEENI
:
NP_005 EQSSSSFSQGQSS
470
>>NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskeletal (456 aa)
initn: 1249 init1: 973 opt: 1204 Z-score: 645.3 bits: 128.5 E(85289): 3.3e-29
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10 20 30 40 50
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240 250 260 270 280 290
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XP_016 GGGDGGLLSGNEKITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDY
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XP_016 QEYKMLLDIKTRLEQEIATYRSLLEGQDAKMAGIAIREAYSFSL
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424 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]