Result of FASTA (omim) for
pF1KB6628
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6628, 406 aa
1>>>pF1KB6628 406 - 406 aa - 406 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3694+/-0.000497; mu= 16.1724+/- 0.031
mean_var=301.9208+/-67.755, 0's: 0 Z-trim(117.4): 243 B-trim: 2977 in 2/54
Lambda= 0.073812
statistics sampled from 29082 (29425) to 29082 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 7.430
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001229529 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 ( 502) 1512 175.1 3.4e-43
NP_001229528 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 ( 508) 1451 168.6 3.1e-41
XP_016883627 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 476) 1425 165.8 2.1e-40
NP_004893 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 is ( 524) 1384 161.5 4.5e-39
NP_001310353 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 ( 529) 1325 155.2 3.5e-37
NP_909122 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 is ( 530) 1323 155.0 4e-37
NP_001310351 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 ( 498) 1297 152.2 2.7e-36
XP_016883632 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 367) 1208 142.5 1.7e-33
XP_016883634 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 367) 1208 142.5 1.7e-33
XP_016883631 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 367) 1208 142.5 1.7e-33
XP_016883633 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 367) 1208 142.5 1.7e-33
XP_016883630 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 367) 1208 142.5 1.7e-33
XP_016883628 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
XP_016883629 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
NP_001310352 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
XP_011527413 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
XP_006723954 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
XP_006723953 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 373) 1147 136.0 1.5e-31
XP_016883635 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 341) 1121 133.1 9.8e-31
XP_016883636 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding ( 341) 1121 133.1 9.8e-31
NP_001129505 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 516) 317 47.8 7.1e-05
XP_016868728 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 516) 317 47.8 7.1e-05
NP_001258028 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 530) 317 47.9 7.2e-05
NP_001258027 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 558) 317 47.9 7.3e-05
NP_510965 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding-sp ( 559) 317 47.9 7.4e-05
XP_016868724 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 584) 317 47.9 7.5e-05
XP_016868727 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 596) 317 48.0 7.6e-05
XP_011515231 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 596) 317 48.0 7.6e-05
XP_016868723 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 596) 317 48.0 7.6e-05
XP_016868726 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 596) 317 48.0 7.6e-05
NP_001258029 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 499) 305 46.5 0.00017
XP_016868729 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 499) 305 46.5 0.00017
NP_001258026 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 513) 305 46.6 0.00017
NP_001258025 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding ( 541) 305 46.6 0.00018
NP_055096 (OMIM: 604819,615583) poly(U)-binding-sp ( 542) 305 46.6 0.00018
XP_016868725 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 579) 305 46.7 0.00018
XP_011515232 (OMIM: 604819,615583) PREDICTED: poly ( 579) 305 46.7 0.00018
XP_016881345 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 456) 268 42.5 0.0025
XP_016881342 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 457) 268 42.5 0.0025
XP_016881343 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 457) 268 42.5 0.0025
XP_011524393 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 458) 268 42.5 0.0025
XP_016881333 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 484) 268 42.6 0.0026
XP_011524392 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 485) 268 42.6 0.0026
XP_016881331 (OMIM: 612679) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 485) 268 42.6 0.0026
NP_064565 (OMIM: 612679) CUGBP Elav-like family me ( 486) 268 42.6 0.0026
XP_011531379 (OMIM: 603518,604454) PREDICTED: nucl ( 385) 261 41.7 0.0038
NP_071505 (OMIM: 603518,604454) nucleolysin TIA-1 ( 386) 261 41.7 0.0039
NP_001020258 (OMIM: 612679) CUGBP Elav-like family ( 485) 259 41.6 0.005
XP_016879637 (OMIM: 607897) PREDICTED: RNA-binding ( 295) 251 40.4 0.0071
NP_001309180 (OMIM: 607897) RNA-binding protein Mu ( 255) 248 40.0 0.0083
>>NP_001229529 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 iso (502 aa)
initn: 1359 init1: 1189 opt: 1512 Z-score: 896.4 bits: 175.1 E(85289): 3.4e-43
Smith-Waterman score: 1512; 60.7% identity (79.1% similar) in 422 aa overlap (3-405:2-408)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_001 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRSRDHRR-EDRVHYRSPPLA
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: .:: ... .:.
NP_001 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYRRRSRSKSPFRKDKSP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISDRNSRRSKGIA
. ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::.:::::::::::::
NP_001 VREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 YVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNGGPMRLYVGSL
:::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..::::::::::
NP_001 YVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 HFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRALEQLNGFELA
:::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:::::::::::
NP_001 HFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAA
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NP_001 GRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEGTGLQIPP---
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 AAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLASQCLQLSSLF
:: :: ::..:.. .::. . .::.: . . ::.::.:::..:
NP_001 -----AAQQA--LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMF
360 370 380 390 400
pF1KB6 TPQTM
.:::
NP_001 NPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALH
410 420 430 440 450 460
>>NP_001229528 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 iso (508 aa)
initn: 1359 init1: 1189 opt: 1451 Z-score: 861.2 bits: 168.6 E(85289): 3.1e-41
Smith-Waterman score: 1506; 60.3% identity (80.1% similar) in 418 aa overlap (3-405:2-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_001 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRSRDHRR-EDRVHYRSPPLA
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: .:: ... .:.
NP_001 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYRRRSRSKSPFRKDKSP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISDRNSRRSKGIA
. ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::.:::::::::::::
NP_001 VREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 YVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNGGPMRLYVGSL
:::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..::::::::::
NP_001 YVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 HFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRALEQLNGFELA
:::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:::::::::::
NP_001 HFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAA
::::.::::::: :... .: :.:. .:::..: :.::::.::::.:.:.: .:
NP_001 GRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEGTGLQIPPAAQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 AAAAAAAAQA--AALQLNGAVPLGA-----LNPAALTALSPALNLASQCLQLSSLFTPQT
: ... : :. ... .. : . . .::.: . . ::.::.:::..:.:::
NP_001 QALQMSGSLAFGAVAEFSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQT
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 M
NP_001 EEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWF
420 430 440 450 460 470
>>XP_016883627 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding pro (476 aa)
initn: 1288 init1: 1197 opt: 1425 Z-score: 846.5 bits: 165.8 E(85289): 2.1e-40
Smith-Waterman score: 1446; 60.3% identity (77.6% similar) in 411 aa overlap (3-405:2-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
XP_016 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRSRDHRR-EDRVHYRSPPLA
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: .:: ... .:.
XP_016 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYRRRSRSKSPFRKDKSP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISDRNSRRSKGIA
. ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::.:::::::::::::
XP_016 VREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 YVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNGGPMRLYVGSL
:::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..::::::::::
XP_016 YVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 HFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRALEQLNGFELA
:::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:::::::::::
XP_016 HFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 GRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAA
::::.::::::: :... .: :.:. .:::..: :.::::.::: .: . .
XP_016 GRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEDLQTRLSQQTE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB6 AAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGALNPAALTALSPALNLASQCLQLSSLFTPQTM
:.: :::: ...: ::.::.:::..:.:::
XP_016 ASALAAAA--------------SVQP-----------LATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWD
360 370 380
XP_016 TEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITA
390 400 410 420 430 440
>>NP_004893 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 isofor (524 aa)
initn: 1463 init1: 1161 opt: 1384 Z-score: 822.5 bits: 161.5 E(85289): 4.5e-39
Smith-Waterman score: 1468; 57.9% identity (75.5% similar) in 444 aa overlap (3-405:2-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_004 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. ::
NP_004 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ---RDHRREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSA
. ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.
NP_004 HSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFST
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRL
::::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::::::::
NP_004 VGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 AAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGF
::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.:::::::::
NP_004 AAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGF
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 ITFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAG
:::::::::..:::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..:
NP_004 ITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370
pF1KB6 GRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPA
:.::::.::::.:.:.: :: :: ::..:.. .::. . .
NP_004 -RLQLMARLAEGTGLQIPP--------AAQQA--LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEAS
360 370 380 390 400
380 390 400
pF1KB6 ALTALSPALNLASQCLQLSSLFTPQTM
::.: . . ::.::.:::..:.:::
NP_004 ALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSA
410 420 430 440 450 460
>>NP_001310353 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 iso (529 aa)
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Smith-Waterman score: 1462; 57.9% identity (76.8% similar) in 439 aa overlap (3-405:2-435)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_001 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90 100
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:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. :: : .
NP_001 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB6 -----RREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAV
::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:
NP_001 HSIKLRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTV
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
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:::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: :
NP_001 GKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAA
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220 230 240 250 260 270
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:::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::
NP_001 AMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFI
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280 290 300 310 320 330
pF1KB6 TFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGG
::::::::..:::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..:
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340 350 360 370 380
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:.::::.::::.:.:.: .: : ... : :. ... .. : . . .::.:
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390 400
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. . ::.::.:::..:.:::
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>>NP_909122 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 isofor (530 aa)
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Smith-Waterman score: 1462; 57.5% identity (76.4% similar) in 440 aa overlap (3-405:2-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_909 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
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pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. ::
NP_909 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP
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100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ---RDHRREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSA
. ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.
NP_909 HSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFST
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRL
::::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::::::::
NP_909 VGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRA
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220 230 240 250 260 270
pF1KB6 AAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGF
::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.:::::::::
NP_909 AAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGF
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 ITFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAG
:::::::::..:::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..:
NP_909 ITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB6 GRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAAAAAAAAAAQA--AALQLNGAVPLGA-----LNPAALTA
:.::::.::::.:.:.: .: : ... : :. ... .. : . . .::.:
NP_909 -RLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAEFSFVIDLQTRLSQQTEASALAA
360 370 380 390 400 410
390 400
pF1KB6 LSPALNLASQCLQLSSLFTPQTM
. . ::.::.:::..:.:::
NP_909 AASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNV
420 430 440 450 460 470
>>NP_001310351 (OMIM: 604739) RNA-binding protein 39 iso (498 aa)
initn: 1307 init1: 1175 opt: 1297 Z-score: 772.7 bits: 152.2 E(85289): 2.7e-36
Smith-Waterman score: 1402; 57.5% identity (73.9% similar) in 433 aa overlap (3-405:2-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
NP_001 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
10 20 30 40 50
70 80 90
pF1KB6 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. ::
NP_001 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ---RDHRREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSA
. ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.
NP_001 HSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFST
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRL
::::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 VGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 AAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGF
::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.:::::::::
NP_001 AAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGF
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 ITFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAG
:::::::::..:::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..:
NP_001 ITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 GRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGALNPAALTALSPALNL
:.::::.::: .: . . :.: :::: ...: :
NP_001 -RLQLMARLAEDLQTRLSQQTEASALAAAA--------------SVQP-----------L
360 370 380
400
pF1KB6 ASQCLQLSSLFTPQTM
:.::.:::..:.:::
NP_001 ATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSI
390 400 410 420 430 440
>>XP_016883632 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding pro (367 aa)
initn: 1209 init1: 1039 opt: 1208 Z-score: 722.6 bits: 142.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1208; 68.7% identity (84.9% similar) in 284 aa overlap (137-405:1-273)
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 RVHYRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISD
:::::::::::::.:::.::::::::.:::
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pF1KB6 RNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNG
:::::::::::::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..
XP_016 RNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSA
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pF1KB6 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRA
:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:
XP_016 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKA
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pF1KB6 LEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEG
::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..: :.::::.::::
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pF1KB6 AGIQLPSTAAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLA
.:.:.: ::: : ::..:.. .::. . .::.: . . ::
XP_016 TGLQIPP---------AAQQA-LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLA
210 220 230 240 250
400
pF1KB6 SQCLQLSSLFTPQTM
.::.:::..:.:::
XP_016 TQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIA
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>>XP_016883634 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding pro (367 aa)
initn: 1209 init1: 1039 opt: 1208 Z-score: 722.6 bits: 142.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1208; 68.7% identity (84.9% similar) in 284 aa overlap (137-405:1-273)
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 RVHYRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISD
:::::::::::::.:::.::::::::.:::
XP_016 MQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISD
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:::::::::::::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..
XP_016 RNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSA
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pF1KB6 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRA
:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:
XP_016 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKA
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::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..: :.::::.::::
XP_016 LEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEG
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pF1KB6 AGIQLPSTAAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLA
.:.:.: ::: : ::..:.. .::. . .::.: . . ::
XP_016 TGLQIPP---------AAQQA-LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLA
210 220 230 240 250
400
pF1KB6 SQCLQLSSLFTPQTM
.::.:::..:.:::
XP_016 TQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIA
260 270 280 290 300 310
>>XP_016883631 (OMIM: 604739) PREDICTED: RNA-binding pro (367 aa)
initn: 1209 init1: 1039 opt: 1208 Z-score: 722.6 bits: 142.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1208; 68.7% identity (84.9% similar) in 284 aa overlap (137-405:1-273)
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 RVHYRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISD
:::::::::::::.:::.::::::::.:::
XP_016 MQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISD
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 RNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNG
:::::::::::::: ...::::::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..
XP_016 RNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSA
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRA
:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:
XP_016 GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKA
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 LEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEG
::::::::::::::.::::::: :... .: :.:. .:::..: :.::::.::::
XP_016 LEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEG
160 170 180 190 200
350 360 370 380 390
pF1KB6 AGIQLPSTAAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLA
.:.:.: ::: : ::..:.. .::. . .::.: . . ::
XP_016 TGLQIPP---------AAQQA-LQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLA
210 220 230 240 250
400
pF1KB6 SQCLQLSSLFTPQTM
.::.:::..:.:::
XP_016 TQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIA
260 270 280 290 300 310
406 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]