Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6618
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6618, 433 aa
1>>>pF1KB6618 433 - 433 aa - 433 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6233+/-0.000835; mu= 16.0371+/- 0.050
mean_var=76.1802+/-14.912, 0's: 0 Z-trim(107.1): 59 B-trim: 2 in 1/54
Lambda= 0.146944
statistics sampled from 9309 (9368) to 9309 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.288), width: 16
Scan time: 3.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 ( 433) 2856 615.0 4.6e-176
CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 398) 1168 257.1 2.3e-68
CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 ( 406) 1168 257.1 2.3e-68
CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 ( 403) 1077 237.8 1.5e-62
CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 367) 1050 232.1 7.2e-61
CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 ( 440) 1050 232.1 8.3e-61
CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 ( 439) 982 217.7 1.8e-56
CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 387) 973 215.8 6.1e-56
CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 ( 418) 960 213.0 4.4e-55
CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 ( 797) 706 159.3 1.2e-38
CCDS6573.1 VCP gene_id:7415|Hs108|chr9 ( 806) 703 158.7 1.9e-38
CCDS6343.1 ATAD2 gene_id:29028|Hs108|chr8 (1390) 647 147.0 1.1e-34
CCDS46227.1 ATAD2B gene_id:54454|Hs108|chr2 (1458) 636 144.6 5.9e-34
CCDS10977.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 795) 622 141.5 2.8e-33
CCDS58072.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 683) 588 134.3 3.6e-31
CCDS7151.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 716) 588 134.3 3.8e-31
CCDS7152.1 YME1L1 gene_id:10730|Hs108|chr10 ( 773) 588 134.3 4e-31
CCDS3730.1 SPATA5 gene_id:166378|Hs108|chr4 ( 893) 554 127.1 6.7e-29
CCDS4877.1 PEX6 gene_id:5190|Hs108|chr6 ( 980) 549 126.1 1.5e-28
CCDS1542.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 750) 535 123.1 9.5e-28
CCDS58063.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 765) 535 123.1 9.7e-28
CCDS1541.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 856) 535 123.1 1.1e-27
CCDS64710.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1226) 536 123.4 1.2e-27
CCDS5627.1 PEX1 gene_id:5189|Hs108|chr7 (1283) 536 123.4 1.3e-27
CCDS31956.1 KATNAL1 gene_id:84056|Hs108|chr13 ( 490) 517 119.1 9.4e-27
CCDS5217.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 491) 502 116.0 8.5e-26
CCDS5510.1 FIGNL1 gene_id:63979|Hs108|chr7 ( 674) 485 112.4 1.4e-24
CCDS11983.1 VPS4B gene_id:9525|Hs108|chr18 ( 444) 477 110.6 3.1e-24
CCDS1779.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 584) 453 105.6 1.3e-22
CCDS1778.1 SPAST gene_id:6683|Hs108|chr2 ( 616) 453 105.6 1.4e-22
CCDS45517.1 VPS4A gene_id:27183|Hs108|chr16 ( 437) 447 104.3 2.5e-22
CCDS32828.1 KATNAL2 gene_id:83473|Hs108|chr18 ( 466) 440 102.8 7.4e-22
CCDS42354.1 NSF gene_id:4905|Hs108|chr17 ( 744) 437 102.3 1.7e-21
CCDS7386.1 ATAD1 gene_id:84896|Hs108|chr10 ( 361) 416 97.7 2e-20
CCDS10978.1 SPG7 gene_id:6687|Hs108|chr16 ( 489) 361 86.1 8.5e-17
CCDS81877.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 620) 360 85.9 1.2e-16
CCDS10123.1 SPATA5L1 gene_id:79029|Hs108|chr15 ( 753) 361 86.2 1.2e-16
CCDS58062.1 NVL gene_id:4931|Hs108|chr1 ( 667) 357 85.3 2e-16
CCDS2221.2 FIGN gene_id:55137|Hs108|chr2 ( 759) 351 84.1 5.3e-16
CCDS56456.1 KATNA1 gene_id:11104|Hs108|chr6 ( 311) 337 80.9 2e-15
>>CCDS5731.1 PSMC2 gene_id:5701|Hs108|chr7 (433 aa)
initn: 2856 init1: 2856 opt: 2856 Z-score: 3274.4 bits: 615.0 E(32554): 4.6e-176
Smith-Waterman score: 2856; 100.0% identity (100.0% similar) in 433 aa overlap (1-433:1-433)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKIN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ELTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ELTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 FVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 FVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 IGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTML
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHAR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 SMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSY
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB6 AKFSATPRYMTYN
:::::::::::::
CCDS57 AKFSATPRYMTYN
430
>>CCDS56043.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 1149 init1: 1149 opt: 1168 Z-score: 1341.0 bits: 257.1 E(32554): 2.3e-68
Smith-Waterman score: 1168; 50.8% identity (73.9% similar) in 372 aa overlap (53-418:14-384)
30 40 50 60 70
pF1KB6 RALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGI---KESDTGLAPPALWD
: :.::.:: : : .. .
CCDS56 MELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNE
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LAADKQTLQSEQPL---QVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEE
: : . :. : : : . ... : . : ...:. .:::::.. .. .:.
CCDS56 LNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRA-MDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTP
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 GMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLL
. ::.. ..: .: :: :.:: :..:.::. :: :: .:: .::....::.: :.
CCDS56 NCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPVK
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 HPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARM
::: : ::: ::::::.::::::::: :::::..:: :::: :::::::..::::::
CCDS56 HPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARM
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 VRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIK
::::: ::: . .::.::::.::..:.. :.:::.:::::::::.::::::. :::
CCDS56 VRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNIK
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 VLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARL
:.::::: : :: ::.::::.:::::: :. :.: :.:::.:.:.. : : .. .:.:
CCDS56 VIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAEL
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 CPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
:...:::...:::::::.:.: :: .:..:: :: ::..
CCDS56 MPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
350 360 370 380 390
>>CCDS11645.1 PSMC5 gene_id:5705|Hs108|chr17 (406 aa)
initn: 1149 init1: 1149 opt: 1168 Z-score: 1340.8 bits: 257.1 E(32554): 2.3e-68
Smith-Waterman score: 1168; 50.8% identity (73.9% similar) in 372 aa overlap (53-418:22-392)
30 40 50 60 70
pF1KB6 RALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGI---KESDTGLAPPALWD
: :.::.:: : : .. .
CCDS11 MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNE
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 LAADKQTLQSEQPL---QVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEE
: : . :. : : : . ... : . : ...:. .:::::.. .. .:.
CCDS11 LNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRA-MDKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTP
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 GMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLL
. ::.. ..: .: :: :.:: :..:.::. :: :: .:: .::....::.: :.
CCDS11 NCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKEIKEVIELPVK
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 HPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARM
::: : ::: ::::::.::::::::: :::::..:: :::: :::::::..::::::
CCDS11 HPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARM
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 VRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIK
::::: ::: . .::.::::.::..:.. :.:::.:::::::::.::::::. :::
CCDS11 VRELFVMAREHAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNIK
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 VLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARL
:.::::: : :: ::.::::.:::::: :. :.: :.:::.:.:.. : : .. .:.:
CCDS11 VIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPPNEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAEL
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 CPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
:...:::...:::::::.:.: :: .:..:: :: ::..
CCDS11 MPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMSIKKLWK
360 370 380 390 400
>>CCDS9710.2 PSMC6 gene_id:5706|Hs108|chr14 (403 aa)
initn: 1104 init1: 1052 opt: 1077 Z-score: 1236.6 bits: 237.8 E(32554): 1.5e-62
Smith-Waterman score: 1078; 45.5% identity (75.1% similar) in 374 aa overlap (46-419:34-391)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 EKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPP
:... ...: ....::: :.. .
CCDS97 PGIPYERRLLIMADPRDKALQDYRKKLLEHKEIDGRLKELREQLKELTKQYEKSEN----
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 ALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIE
:: : ::: :.. .... .:. :.:... . ..:: :. . ..
CCDS97 ---DLKA----LQSVG--QIV--GEVLKQLTEE-KFIVKATNGPRYVVGCRRQLDKSKLK
60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 EGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPL
: ::..: . : :: ..:: : :. :. .:.::..:: .:::..::::.: ::
CCDS97 PGTRVALDMTTLTIMRYLPREVDPLVYNMSHEDPGNVSYSEIGGLSEQIRELREVIELPL
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 LHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGAR
.:: : .:: :::: ::.::::::::: :::::.. : :..:..: .:.::.::.::
CCDS97 TNPELFQRVGIIPPKGCLLYGPPGTGKTLLARAVASQLDCNFLKVVSSSIVDKYIGESAR
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 MVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNI
..::.:..:: .. :.::.:::::::: ::..:...: :.:::..::.::.:::: .
CCDS97 LIREMFNYARDHQPCIIFMDEIDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLNQMDGFDTLHRV
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 KVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLAR
:..:::::::::::::.:::::::::...::. ..: :.:::: .. . .: .: ...
CCDS97 KMIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKIHIDLPNEQARLDILKIHAGPITKHGEIDYEAIVK
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 LCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
: . .::..:.:::::::::::: . .....::..:: :: :
CCDS97 LSDGFNGADLRNVCTEAGMFAIRADHDFVVQEDFMKAVRKVADSKKLESKLDYKPV
350 360 370 380 390 400
>>CCDS81837.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (367 aa)
initn: 1022 init1: 1022 opt: 1050 Z-score: 1206.3 bits: 232.1 E(32554): 7.2e-61
Smith-Waterman score: 1050; 47.3% identity (76.2% similar) in 336 aa overlap (92-427:33-362)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKF
:..:. .:: .: . :.... ..
CCDS81 EEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEII----DDNHAIVSTSVGSEH
10 20 30 40 50
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCK
:.. . : .: : : .... . . : :: ::.:.::. :. ::.:.::
CCDS81 YVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLD
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVI
.::....: :: :: ::: . ..::.:::::.:.::::::::: :.::::.:.: :.::.
CCDS81 NQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVV
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLE
::::.:::.:.: ..:::::..:. . ..:.::::::: :.:...::. :.::::::
CCDS81 GSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLE
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARS
:.::::::: ::..::.::::: .::::::.::::.:::::: ::: . . .::.::.
CCDS81 LLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSR
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 MSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYA
:.. :. .. : . .::.:...:::::..:.: :: .:..:: .. ..:. :
CCDS81 MTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVL--YK
300 310 320 330 340 350
430
pF1KB6 KFSATPRYMTYN
: .::
CCDS81 KQEGTPEGLYL
360
>>CCDS32139.1 PSMC1 gene_id:5700|Hs108|chr14 (440 aa)
initn: 1022 init1: 1022 opt: 1050 Z-score: 1205.1 bits: 232.1 E(32554): 8.3e-61
Smith-Waterman score: 1050; 47.3% identity (76.2% similar) in 336 aa overlap (92-427:106-435)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKF
:..:. .:: .: . :.... ..
CCDS32 EEFIRNQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEII----DDNHAIVSTSVGSEH
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCK
:.. . : .: : : .... . . : :: ::.:.::. :. ::.:.::
CCDS32 YVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVIGVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLD
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVI
.::....: :: :: ::: . ..::.:::::.:.::::::::: :.::::.:.: :.::.
CCDS32 NQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVANQTSATFLRVV
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLE
::::.:::.:.: ..:::::..:. . ..:.::::::: :.:...::. :.::::::
CCDS32 GSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLE
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARS
:.::::::: ::..::.::::: .::::::.::::.:::::: ::: . . .::.::.
CCDS32 LLNQLDGFDSRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSR
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 MSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYA
:.. :. .. : . .::.:...:::::..:.: :: .:..:: .. ..:. :
CCDS32 MTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICTEAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVL--YK
380 390 400 410 420
430
pF1KB6 KFSATPRYMTYN
: .::
CCDS32 KQEGTPEGLYL
430 440
>>CCDS7935.1 PSMC3 gene_id:5702|Hs108|chr11 (439 aa)
initn: 981 init1: 958 opt: 982 Z-score: 1127.2 bits: 217.7 E(32554): 1.8e-56
Smith-Waterman score: 984; 40.4% identity (66.6% similar) in 416 aa overlap (3-416:27-427)
10 20 30
pF1KB6 MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTY
: .: . : . .: .. : :: ..: ..:.
CCDS79 MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRT-RLLD-SEIKIMKS-
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVA
.. .: ..: . ::.: .:. . .: :... : . .: .
CCDS79 -------EVLRVTHELQAMKDKIKE-----NSEKIKVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQE
60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 RCTKIINADSEDPKYIINVKQFAK--FVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLP
. :. ::. .: .. . . . : .. : :::....: : ::
CCDS79 EDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLILETLP
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 PKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLL
. : : :.:.:.: :::.:: .::..: :.. :. : :.: ::::.::::::.
CCDS79 TEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLM
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 FGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFF
.::::::::: ::: : .: : :... : .::: ..:.::..::. : .:. : .::.
CCDS79 YGPPGTGKTLLARACAAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFI
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 DEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRP
::.:::: :::. .:: :::::::::.::::::.: ..::. :::: : :::::.:
CCDS79 DELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGFQPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 GRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGM
::::::::: .:. :.:..:..::.:.:.: :. .: ::: . .::. ..::.::::
CCDS79 GRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVCVEAGM
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430
pF1KB6 FAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN
.:.: :..:..:.. .:
CCDS79 IALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA
410 420 430
>>CCDS46076.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (387 aa)
initn: 955 init1: 955 opt: 973 Z-score: 1117.7 bits: 215.8 E(32554): 6.1e-56
Smith-Waterman score: 973; 42.5% identity (69.9% similar) in 379 aa overlap (45-418:8-377)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 DEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAP
.....:.: : . . ::. : : :
CCDS46 MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQ-TGL--SFLGPEP
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 PALWDLAAD-KQTLQSEQ--PLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAP
: :: . :. .. : :: ... . .. .. :.. ... : . . .
CCDS46 EDLEDLYSRYKEEVKRIQSIPLVIGQFLEAVDQNTA----IVGSTTGSNYYVRILSTIDR
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 TDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVV
.. . :.. ... . :::. : .. :. ..:::: :.:.:: : ...::.:
CCDS46 ELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEVREAV
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 ETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVG
: :: : : . ..::.::.:::..:::: :::. :.:::..: : ::::.:::.::::.:
CCDS46 ELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYLG
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 EGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDP
:: ::::..:..:. . .::.::::::. ::: .:.: :::: .:::.::.::::
CCDS46 EGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQ
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 RGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFE
:.::.::::: :::::::.::::::::::: ::: . . ::. . .:.. ... .:
CCDS46 NVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLE
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420
pF1KB6 -LLARLCPNS-TGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRY
.:: :.. .::.: :.: :.::.:.: : :. ::: .: . :::
CCDS46 DYVAR--PDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHEFYK
340 350 360 370 380
430
pF1KB6 MTYN
>>CCDS12547.1 PSMC4 gene_id:5704|Hs108|chr19 (418 aa)
initn: 955 init1: 955 opt: 960 Z-score: 1102.3 bits: 213.0 E(32554): 4.4e-55
Smith-Waterman score: 964; 41.8% identity (70.2% similar) in 383 aa overlap (38-418:38-408)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 DQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKE
.. ::: :....... : ...: ::.
CCDS12 VEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRY-KKLQQELEFL--EVQE-EYIKD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SDTGLAPPALWDLAADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSD
. .: : . . .:: :: ... . .. .. :.. ... : . .
CCDS12 EQKNLKKEFL-HAQEEVKRIQS-IPLVIGQFLEAVDQNTA----IVGSTTGSNYYVRILS
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKL
. .. . :.. ... . :::. : .. :. ..:::: :.:.:: : ...
CCDS12 TIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKPDVMYADIGGMDIQKQEV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 REVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQ
::.:: :: : : . ..::.::.:::..:::: :::. :.:::..: : ::::.:::.::
CCDS12 REAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLD
::.::: ::::..:..:. . .::.::::::. ::: .:.: :::: .:::.::.:
CCDS12 KYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMD
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GFDPRGNIKVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERD
::: :.::.::::: :::::::.::::::::::: ::: . . ::. . .:.. ..
CCDS12 GFDQNVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEE
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 IRFE-LLARLCPNS-TGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSA
. .: .:: :.. .::.: :.: :.::.:.: : :. ::: .: . :::
CCDS12 VDLEDYVAR--PDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFEKAYKTVIKKDEQEHE
360 370 380 390 400 410
430
pF1KB6 TPRYMTYN
CCDS12 FYK
>>CCDS11859.1 AFG3L2 gene_id:10939|Hs108|chr18 (797 aa)
initn: 711 init1: 572 opt: 706 Z-score: 807.2 bits: 159.3 E(32554): 1.2e-38
Smith-Waterman score: 706; 41.8% identity (72.4% similar) in 261 aa overlap (166-422:299-558)
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 EGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPTVTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPL
.... :: ..::.::.: .. : :. :
CCDS11 YTIRRGPAGIGRTGRGMGGLFSVGETTAKVLKDEIDVKFKDVAGCEEAKLEIMEFVNF-L
270 280 290 300 310 320
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 LHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRVIGSELVQKYVGEGAR
.:... .:: . :::..: ::::::::: :.:.:..... :: : :::... .:: :
CCDS11 KNPKQYQDLGAKIPKGAILTGPPGTGKTLLAKATAGEANVPFITVSGSEFLEMFVGVGPA
330 340 350 360 370 380
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 MVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNI
::.:: .:: . :..:.:::::.: : . ::..: . :. .:. ..:::. :.
CCDS11 RVRDLFALARKNAPCILFIDEIDAVGRKRGRGNFGGQSEQENTLNQLLVEMDGFNTTTNV
390 400 410 420 430 440
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 KVLMATNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSM----SVERDIRFE
.: .::::: :::::.::::.::.: .. ::..::. :::.: : . ..:.: .
CCDS11 VILAGTNRPDILDPALLRPGRFDRQIFIGPPDIKGRASIFKVHLRPLKLDSTLEKDKLAR
450 460 470 480 490 500
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 LLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRARRKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMT
:: : :. .::.. .::.::...: : ..: : .:...:: . :
CCDS11 KLASLTPGFSGADVANVCNEAALIAARHLSDSINQKHFEQAIERVIGGLEKKTQVLQPEE
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 YN
CCDS11 KKTVAYHEAGHAVAGWYLEHADPLLKVSIIPRGKGLGYAQYLPKEQYLYTKEQLLDRMCM
570 580 590 600 610 620
433 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 11:07:32 2016 done: Sat Nov 5 11:07:33 2016
Total Scan time: 3.000 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]