Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6555
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6555, 372 aa
1>>>pF1KB6555 372 - 372 aa - 372 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8854+/-0.000809; mu= 10.0141+/- 0.050
mean_var=100.4378+/-19.689, 0's: 0 Z-trim(110.1): 29 B-trim: 8 in 1/51
Lambda= 0.127975
statistics sampled from 11347 (11367) to 11347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.349), width: 16
Scan time: 3.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44541.2 PARVA gene_id:55742|Hs108|chr11 ( 412) 2390 451.3 6.8e-127
CCDS14056.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 ( 364) 1777 338.1 7.2e-93
CCDS46724.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 ( 397) 1614 308.1 8.9e-84
CCDS58808.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 ( 327) 1610 307.3 1.2e-83
CCDS74874.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 ( 289) 938 183.2 2.5e-46
CCDS14057.1 PARVG gene_id:64098|Hs108|chr22 ( 331) 850 167.0 2.2e-41
>>CCDS44541.2 PARVA gene_id:55742|Hs108|chr11 (412 aa)
initn: 2390 init1: 2390 opt: 2390 Z-score: 2391.6 bits: 451.3 E(32554): 6.8e-127
Smith-Waterman score: 2390; 100.0% identity (100.0% similar) in 372 aa overlap (1-372:41-412)
10 20 30
pF1KB6 MATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KPQPQSRRRPLRPPSASSASRPARGSLRRAMATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFL
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDH
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 VSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLIT
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 FVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFA
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370
pF1KB6 FELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
380 390 400 410
>>CCDS14056.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 (364 aa)
initn: 1733 init1: 1733 opt: 1777 Z-score: 1780.8 bits: 338.1 E(32554): 7.2e-93
Smith-Waterman score: 1777; 75.1% identity (91.0% similar) in 365 aa overlap (10-372:3-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATSPQKSPSVPKSPTPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLP
:.:.::::. : :::.::::::::::::...:.:::.::::: :::: :
CCDS14 MSSAPRSPTPR-PRRMKKDESFLGKLGGTLARKRRAREVSDLQEEGKNAINSP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLA
.:: .. ::::.::::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.:
CCDS14 MSPALVDVHPEDTQLEENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 EDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWN
::::::::::::.::: . ::::::::::::.:::::::::: ... :. :: ...:.
CCDS14 EDLYDGQVLQKLLEKLAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNT
:::.:.:.:::::::::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:
CCDS14 VDSIHGKNLVAILHLLVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVL
: . :: ::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EMMMGRFERDAFDTLFDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTL
:::::: :::::: :.:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::
CCDS14 LMGLLEDYFVPLHHFYLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTL
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB6 RVLYNLFTKYRNVE
::::::::::.:::
CCDS14 RVLYNLFTKYKNVE
360
>>CCDS46724.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 (397 aa)
initn: 1613 init1: 1613 opt: 1614 Z-score: 1617.6 bits: 308.1 E(32554): 8.9e-84
Smith-Waterman score: 1614; 76.0% identity (91.2% similar) in 329 aa overlap (46-372:71-397)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 TPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTML
::.::::: :::: :.:: .. ::::.:
CCDS46 SQALMASLAGSLLPGSDRSGVETSEYAQGGVSDLQEEGKNAINSPMSPALVDVHPEDTQL
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 EENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEK
:::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::
CCDS46 EENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEK
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHL
: . ::::::::::::.:::::::::: ... :. :: ...:.:::.:.:.:::::::
CCDS46 LAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHL
170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 LVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTL
::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::
CCDS46 LVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTL
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 FDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSF
::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::: :
CCDS46 FDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHF
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 FLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
.:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS46 YLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
340 350 360 370 380 390
>>CCDS58808.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 (327 aa)
initn: 1609 init1: 1609 opt: 1610 Z-score: 1614.9 bits: 307.3 E(32554): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 1610; 75.7% identity (91.2% similar) in 329 aa overlap (46-372:1-327)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 TPKSPPSRKKDDSFLGKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTML
.:.::::: :::: :.:: .. ::::.:
CCDS58 MSDLQEEGKNAINSPMSPALVDVHPEDTQL
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 EENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEK
:::: :::.::.:. :::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::
CCDS58 EENEERTMIDPTSKEDPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEK
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHL
: . ::::::::::::.:::::::::: ... :. :: ...:.:::.:.:.:::::::
CCDS58 LAGCKLNVAEVTQSEIGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHL
100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 LVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTL
::.:...::::::::.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::
CCDS58 LVSLAMHFRAPIRLPEHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTL
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 FDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSF
::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::: :
CCDS58 FDHAPDKLSVVKKSLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHF
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 FLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
.:::.::.::: ::::::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS58 YLTPESFDQKVHNVSFAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
270 280 290 300 310 320
>>CCDS74874.1 PARVB gene_id:29780|Hs108|chr22 (289 aa)
initn: 937 init1: 937 opt: 938 Z-score: 945.2 bits: 183.2 E(32554): 2.5e-46
Smith-Waterman score: 1352; 68.8% identity (84.1% similar) in 314 aa overlap (61-372:1-289)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GKLGGTLARRKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRS
.:: .. ::::.::::: :::.::.:.
CCDS74 MSPALVDVHPEDTQLEENEERTMIDPTSKE
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 DPKLQELMKVLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSE
:::..::.:::.:::::::: ::::::.: ::::::::::::.::: . :::::::::::
CCDS74 DPKFKELVKVLLDWINDVLVEERIIVKQLEEDLYDGQVLQKLLEKLAGCKLNVAEVTQSE
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200
pF1KB6 IAQKQKLQTVLEKINETLKLPPR--SIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLP
:.:::::::::: ... :. :: ...:.:::.:.:.:::::::::.:...::::::::
CCDS74 IGQKQKLQTVLEAVHDLLR--PRGWALRWSVDSIHGKNLVAILHLLVSLAMHFRAPIRLP
100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 DHVSIQVVVVQKREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHERDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTL
.::..:::::.::::.:.: .:.::.: .:: . :: ::::::::::::::::.::::
CCDS74 EHVTVQVVVVRKREGLLHSSHISEELTTTTEMMMGRFERDAFDTLFDHAPDKLSVVKK--
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 ITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVS
::::::::::::::: :::::: :.:::.::.::: :::
CCDS74 ---------------------FADGVYLVLLMGLLEDYFVPLHHFYLTPESFDQKVHNVS
210 220 230 240
330 340 350 360 370
pF1KB6 FAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
:::::: ::::.::: ::::.:: ::::::::::::::::.:::
CCDS74 FAFELMLDGGLKKPKARPEDVVNLDLKSTLRVLYNLFTKYKNVE
250 260 270 280
>>CCDS14057.1 PARVG gene_id:64098|Hs108|chr22 (331 aa)
initn: 885 init1: 427 opt: 850 Z-score: 856.5 bits: 167.0 E(32554): 2.2e-41
Smith-Waterman score: 850; 43.5% identity (78.1% similar) in 301 aa overlap (70-368:19-316)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 RKKAKEVSELQEEGMNAINLPLSPIPFELDPEDTMLEENEVRTMVDPNSRSDPKLQELMK
: . : .. . .. :.::.:::..::.:
CCDS14 MEPEFLYDLLQLPKGVEPPAEEELSKGGKKKYLPPTSRKDPKFEELQK
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 VLIDWINDVLVGERIIVKDLAEDLYDGQVLQKLFEKLESEKLNVAEVTQSEIAQKQKLQT
::..::: .:. :.:.:..: ::..:: .:..::..: . ::.. ... . .::.:: .
CCDS14 VLMEWINATLLPEHIVVRSLEEDMFDGLILHHLFQRLAALKLEAEDIALTATSQKHKLTV
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 VLEKINETLKLPPRSIKWNVDSVHAKSLVAILHLLVALSQYFRAPIRLPDHVSIQVVVVQ
::: .:..:.: . ::.:.:. :.:.. :::::::.. :. . :: .:...:....
CCDS14 VLEAVNRSLQLEEWQAKWSVESIFNKDLLSTLHLLVALAKRFQPDLSLPTNVQVEVITIE
110 120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 KREGILQSRQIQEEITGNTEALSGRHE--RDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLN
. .. :.:... :..: : . . : .:.:: :: ::.:.:.::.....:::..:.
CCDS14 STKSGLKSEKLVEQLT---EYSTDKDEPPKDVFDELFKLAPEKVNAVKEAIVNFVNQKLD
170 180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 KLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDG
.:.: : .:.::::::: :.::.: :::.:. :. :.:::.: . . ::..:.::..:
CCDS14 RLGLSVQNLDTQFADGVILLLLIGQLEGFFLHLKEFYLTPNSPAEMLHNVTLALELLKDE
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370
pF1KB6 GLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE
:: . :::::: : ::::::::.:: :.
CCDS14 GLLSCPVSPEDIVNKDAKSTLRVLYGLFCKHTQKAHRDRTPHGAPN
290 300 310 320 330
372 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 23:18:50 2016 done: Fri Nov 4 23:18:50 2016
Total Scan time: 3.030 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]