Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6538
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6538, 391 aa
1>>>pF1KB6538 391 - 391 aa - 391 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6906+/-0.000807; mu= 2.5535+/- 0.049
mean_var=172.1850+/-34.756, 0's: 0 Z-trim(114.5): 6 B-trim: 269 in 2/49
Lambda= 0.097741
statistics sampled from 15268 (15274) to 15268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16
Scan time: 1.770
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS8159.1 RAD9A gene_id:5883|Hs109|chr11 ( 391) 2618 380.7 1.3e-105
CCDS73527.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 ( 345) 533 86.6 3.7e-17
CCDS73526.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 ( 417) 464 77.0 3.7e-14
CCDS9148.2 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 ( 429) 464 77.0 3.8e-14
>>CCDS8159.1 RAD9A gene_id:5883|Hs109|chr11 (391 aa)
initn: 2618 init1: 2618 opt: 2618 Z-score: 2009.8 bits: 380.7 E(33420): 1.3e-105
Smith-Waterman score: 2618; 100.0% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPLFFQQ
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CCDS81 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPLFFQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSRLVVQLHCKFGVRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSRLVVQLHCKFGVRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 THNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVTLGIGRGRRVILRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 THNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVTLGIGRGRRVILRS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLSFAESANLNLSIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLSFAESANLNLSIHF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHSQDLGSPERHQPVPQLQAHSTPHPDDFAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHSQDLGSPERHQPVPQLQAHSTPHPDDFAN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 DDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEEDEAEPSTVPGTPPPKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEEDEAEPSTVPGTPPPKK
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB6 FRSLFFGSILAPVRSPQGPSPVLAEDSEGEG
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FRSLFFGSILAPVRSPQGPSPVLAEDSEGEG
370 380 390
>>CCDS73527.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 (345 aa)
initn: 321 init1: 275 opt: 533 Z-score: 421.6 bits: 86.6 E(33420): 3.7e-17
Smith-Waterman score: 533; 31.0% identity (61.3% similar) in 326 aa overlap (71-390:12-334)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 VNSSRSAYACFLFAPLFFQQYQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCIS
:.::. :::.: .:: : ::...::: :
CCDS73 MSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIF
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LNGRSSRLVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFS
. . ..:.:. . :...:::. ::. . ::..:: : . : :.:..:.. :.
CCDS73 TRSDKCKVVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFT
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 PALAEVTLGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLK
. ::::.. :.: .:: : ..:. .:: .: ..:. .: . ::::.:
CCDS73 SSQEEVTLAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFK
110 120 130 140 150
230 240 250 260 270
pF1KB6 EFRGLLSFAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGS
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CCDS73 ELKGILTFSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCL
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 PERHQPVPQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSP
.... .. .. . : . : : : . .: . .. .: .
CCDS73 SQKRKRSDLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVD
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 GPHSEEEDEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG
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CCDS73 GDVSEVSESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMN
280 290 300 310 320 330
CCDS73 NGSFSIF
340
>>CCDS73526.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 (417 aa)
initn: 585 init1: 278 opt: 464 Z-score: 367.8 bits: 77.0 E(33420): 3.7e-14
Smith-Waterman score: 774; 34.8% identity (64.9% similar) in 405 aa overlap (1-390:5-406)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPL
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CCDS73 MAAMLKCVMSGSQVKVFGKAVQALSRISDEFWLDPSKKGLALRCVNSSRSAYGCVLFSPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB6 FFQQYQAAT----PGQDL-----LRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSR
:::.:: .. ..: :.::. :::.: .:: : ::...::: : . . .
CCDS73 FFQHYQWSALVKMSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIFTRSDKCK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVT
.:.:. . :...:::. ::. . ::..:: : . : :.:..:.. :. . :::
CCDS73 VVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFTSSQEEVT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 LGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLS
:.. :.: .:: : ..:. .:: .: ..:. .: . ::::.::..:.:.
CCDS73 LAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFKELKGILT
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 FAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGSPERHQPV
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CCDS73 FSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCLSQKRKRS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEE
.. .. . : . : : : . .: . .. .: . : ::
CCDS73 DLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVDGDVSEVS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB6 DEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG
. . .: :::. .:: .:::.. . . . : ::. :..:
CCDS73 ESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMNNGSFSIF
360 370 380 390 400 410
>>CCDS9148.2 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12 (429 aa)
initn: 585 init1: 278 opt: 464 Z-score: 367.6 bits: 77.0 E(33420): 3.8e-14
Smith-Waterman score: 774; 34.8% identity (64.9% similar) in 405 aa overlap (1-390:5-406)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPL
.::...:..:::.::::..::::.::..:.: . ::.:: ::::::::.: ::.:.
CCDS91 MAAMLKCVMSGSQVKVFGKAVQALSRISDEFWLDPSKKGLALRCVNSSRSAYGCVLFSPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB6 FFQQYQAAT----PGQDL-----LRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSR
:::.:: .. ..: :.::. :::.: .:: : ::...::: : . . .
CCDS91 FFQHYQWSALVKMSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIFTRSDKCK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVT
.:.:. . :...:::. ::. . ::..:: : . : :.:..:.. :. . :::
CCDS91 VVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFTSSQEEVT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 LGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLS
:.. :.: .:: : ..:. .:: .: ..:. .: . ::::.::..:.:.
CCDS91 LAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFKELKGILT
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 FAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGSPERHQPV
:.:... .::.:: ::.: ..: : :....:.::::.: .:.. :.: ....
CCDS91 FSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCLSQKRKRS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEE
.. .. . : . : : : . .: . .. .: . : ::
CCDS91 DLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVDGDVSEVS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB6 DEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG
. . .: :::. .:: .:::.. . . . : ::. :..:
CCDS91 ESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMNNVCCRKE
360 370 380 390 400 410
CCDS91 FNGSDAKYFCII
420
391 residues in 1 query sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Oct 24 21:33:42 2019 done: Thu Oct 24 21:33:43 2019
Total Scan time: 1.770 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]