Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6520
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6520, 386 aa
1>>>pF1KB6520 386 - 386 aa - 386 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2644+/-0.000731; mu= 17.5367+/- 0.044
mean_var=77.2590+/-15.104, 0's: 0 Z-trim(110.5): 21 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.145915
statistics sampled from 11610 (11626) to 11610 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46650.1 DNMT3L gene_id:29947|Hs108|chr21 ( 386) 2693 576.1 1.8e-164
CCDS13705.1 DNMT3L gene_id:29947|Hs108|chr21 ( 387) 2681 573.6 1e-163
CCDS1718.2 DNMT3A gene_id:1788|Hs108|chr2 ( 723) 650 146.3 8.5e-35
CCDS33157.1 DNMT3A gene_id:1788|Hs108|chr2 ( 912) 650 146.3 1e-34
CCDS56184.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 694) 623 140.6 4.3e-33
CCDS56183.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 728) 623 140.6 4.4e-33
CCDS13207.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 770) 623 140.6 4.6e-33
CCDS13206.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 833) 623 140.6 4.9e-33
CCDS13204.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 845) 623 140.6 5e-33
CCDS13205.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 ( 853) 623 140.6 5e-33
>>CCDS46650.1 DNMT3L gene_id:29947|Hs108|chr21 (386 aa)
initn: 2693 init1: 2693 opt: 2693 Z-score: 3066.2 bits: 576.1 E(32554): 1.8e-164
Smith-Waterman score: 2693; 99.7% identity (99.7% similar) in 386 aa overlap (1-386:1-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAIPALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQ
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CCDS46 MAAIPALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VHTQHPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VHTQHPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CVDSLVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRESENPLEMFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CVDSLVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRESENPLEMFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS46 VYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWP
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB6 TKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
370 380
>>CCDS13705.1 DNMT3L gene_id:29947|Hs108|chr21 (387 aa)
initn: 2343 init1: 2343 opt: 2681 Z-score: 3052.5 bits: 573.6 E(32554): 1e-163
Smith-Waterman score: 2681; 99.5% identity (99.5% similar) in 387 aa overlap (1-386:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAIPALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAAIPALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VHTQHPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VHTQHPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CVDSLVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRESENPLEMFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CVDSLVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRESENPLEMFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 VYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS13 VYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB6 FLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRS-RHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKW
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CCDS13 FLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKW
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KB6 PTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
370 380
>>CCDS1718.2 DNMT3A gene_id:1788|Hs108|chr2 (723 aa)
initn: 948 init1: 565 opt: 650 Z-score: 738.1 bits: 146.3 E(32554): 8.5e-35
Smith-Waterman score: 875; 40.5% identity (65.1% similar) in 341 aa overlap (35-345:287-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQVHTQ
:. ..:::. . :::::::: ::::.: .
CCDS17 AAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLE
260 270 280 290 300 310
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFECVDS
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CCDS17 HPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVDL
320 330 340 350 360 370
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFY--DRESE-NPLEMFET
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CCDS17 LVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPP
380 390 400 410 420 430
190 200 210 220
pF1KB6 VPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFL-------------ESGSDPGQLKH------VV
::. .:.:.::::::. : : : : :.. :...: :
CCDS17 VPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVG
440 450 460 470 480 490
230 240 250 260 270
pF1KB6 DVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATP--------PLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKP
:: ....: ..:::::::: :..: : . . . .:.:.:::. ::::
CCDS17 DVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKE
500 510 520 530 540 550
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRH
:. ::::.: . .... : ::::: .:: : . .. . : :.:.:.. .:
CCDS17 GDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGM-NRP
560 570 580 590 600 610
340 350 360 370 380
pF1KB6 WALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
: . ...: :
CCDS17 LASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEM
620 630 640 650 660 670
>>CCDS33157.1 DNMT3A gene_id:1788|Hs108|chr2 (912 aa)
initn: 948 init1: 565 opt: 650 Z-score: 736.8 bits: 146.3 E(32554): 1e-34
Smith-Waterman score: 875; 40.5% identity (65.1% similar) in 341 aa overlap (35-345:476-815)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQVHTQ
:. ..:::. . :::::::: ::::.: .
CCDS33 AAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLE
450 460 470 480 490 500
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFECVDS
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CCDS33 HPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVDL
510 520 530 540 550 560
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFY--DRESE-NPLEMFET
:::::.. . . : ::.: .. :::.::. : :.:. :. ....: .: ...
CCDS33 LVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPP
570 580 590 600 610 620
190 200 210 220
pF1KB6 VPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFL-------------ESGSDPGQLKH------VV
::. .:.:.::::::. : : : : :.. :...: :
CCDS33 VPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVG
630 640 650 660 670 680
230 240 250 260 270
pF1KB6 DVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATP--------PLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKP
:: ....: ..:::::::: :..: : . . . .:.:.:::. ::::
CCDS33 DVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKE
690 700 710 720 730 740
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRH
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CCDS33 GDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGM-NRP
750 760 770 780 790 800
340 350 360 370 380
pF1KB6 WALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
: . ...: :
CCDS33 LASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEM
810 820 830 840 850 860
>>CCDS56184.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 (694 aa)
initn: 916 init1: 522 opt: 623 Z-score: 707.7 bits: 140.6 E(32554): 4.3e-33
Smith-Waterman score: 928; 37.1% identity (66.4% similar) in 372 aa overlap (35-375:321-691)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQVHTQ
:. .: .: :. ..:: :. :: . .
CCDS56 SATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSF
300 310 320 330 340 350
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFECVDS
:::::::.: :.:.::. ...::::::::::..:: :. ::.:.: .: ::.: ::..
CCDS56 HPLFEGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEV
360 370 380 390 400 410
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRES----ENPLEMFE
::: ::..... . : ::.:::. :.:.::. : .:.::. .. : : ...
CCDS56 LVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQRCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAP-KLYP
420 430 440 450 460
190 200 210 220
pF1KB6 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIK------KEL-TSLG-FLES---------GS--DPGQLKHV
..:. ::.:.::::::. : ::: ..: .. : :. :..:.:
CCDS56 AIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEESIAVGTVKHEGNIKYV
470 480 490 500 510 520
230 240 250 260 270
pF1KB6 VDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATP--PLGHTCDRPPSWY------LFQFHRLLQYARPK
:: . ..:..::::::::: :..: :... . : .:.:..::.:.:::
CCDS56 NDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPK
530 540 550 560 570 580
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 PGSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSR
:. :::::: . .... : ::::: .:: : .. .. . : :.:.:..
CCDS56 EGDDRPFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRI
590 600 610 620 630 640
340 350 360 370 380
pF1KB6 HWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
: ..: .... ... :. .: . .... : ::..::
CCDS56 FGFPVHYTDVSNMGRGARQKLLGRSWSVPVIRHLFAPLKDYFACE
650 660 670 680 690
>>CCDS56183.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 (728 aa)
initn: 916 init1: 522 opt: 623 Z-score: 707.4 bits: 140.6 E(32554): 4.4e-33
Smith-Waterman score: 928; 37.1% identity (66.4% similar) in 372 aa overlap (35-375:355-725)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQVHTQ
:. .: .: :. ..:: :. :: . .
CCDS56 SATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSF
330 340 350 360 370 380
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFECVDS
:::::::.: :.:.::. ...::::::::::..:: :. ::.:.: .: ::.: ::..
CCDS56 HPLFEGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEV
390 400 410 420 430 440
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRES----ENPLEMFE
::: ::..... . : ::.:::. :.:.::. : .:.::. .. : : ...
CCDS56 LVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQRCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAP-KLYP
450 460 470 480 490 500
190 200 210 220
pF1KB6 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIK------KEL-TSLG-FLES---------GS--DPGQLKHV
..:. ::.:.::::::. : ::: ..: .. : :. :..:.:
CCDS56 AIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEESIAVGTVKHEGNIKYV
510 520 530 540 550 560
230 240 250 260 270
pF1KB6 VDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATP--PLGHTCDRPPSWY------LFQFHRLLQYARPK
:: . ..:..::::::::: :..: :... . : .:.:..::.:.:::
CCDS56 NDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPK
570 580 590 600 610 620
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 PGSPGPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSR
:. :::::: . .... : ::::: .:: : .. .. . : :.:.:..
CCDS56 EGDDRPFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRI
630 640 650 660 670 680
340 350 360 370 380
pF1KB6 HWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL
: ..: .... ... :. .: . .... : ::..::
CCDS56 FGFPVHYTDVSNMGRGARQKLLGRSWSVPVIRHLFAPLKDYFACE
690 700 710 720
>>CCDS13207.1 DNMT3B gene_id:1789|Hs108|chr20 (770 aa)
initn: 916 init1: 522 opt: 623 Z-score: 707.1 bits: 140.6 E(32554): 4.6e-33
Smith-Waterman score: 928; 37.1% identity (66.4% similar) in 372 aa overlap (35-375:397-767)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PALDPEAEPSMDVILVGSSELSSSVSPGTGRDLIAYEVKANQRNIEDICICCGSLQVHTQ
:. .: .: :. ..:: :. :: . .
CCDS13 SATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSF
370 380 390 400 410 420
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HPLFEGGICAPCKDKFLDALFLYDDDGYQSYCSICCSGETLLICGNPDCTRCYCFECVDS
:::::::.: :.:.::. ...::::::::::..:: :. ::.:.: .: ::.: ::..
CCDS13 HPLFEGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEV
430 440 450 460 470 480
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LVGPGTSGKVHAMSNWVCYLCLPSSRSGLLQRRRKWRSQLKAFYDRES----ENPLEMFE
::: ::..... . : ::.:::. :.:.::. : .:.::. .. : : ...
CCDS13 LVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQRCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAP-KLYP
490 500 510 520 530 540
190 200 210 220
pF1KB6 TVPVWRRQPVRVLSLFEDIK------KEL-TSLG-FLES---------GS--DPGQLKHV
..:. ::.:.::::::. : ::: ..: .. : :. :..:.:
CCDS13 AIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEESIAVGTVKHEGNIKYV
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