Result of FASTA (omim) for
pF1KB6516
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6516, 385 aa
1>>>pF1KB6516 385 - 385 aa - 385 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4332+/-0.00055; mu= 11.6072+/- 0.034
mean_var=179.5882+/-33.956, 0's: 0 Z-trim(114.1): 275 B-trim: 726 in 2/50
Lambda= 0.095705
statistics sampled from 23367 (23733) to 23367 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 5.740
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000646 (OMIM: 153240) L-selectin precursor [Hom ( 385) 2817 401.9 1.3e-111
XP_005245497 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-se ( 768) 1230 183.2 1.8e-45
XP_005245496 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-se ( 790) 1229 183.1 2e-45
XP_005245495 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-se ( 790) 1229 183.1 2e-45
XP_005245492 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-se ( 830) 1229 183.1 2.1e-45
NP_002996 (OMIM: 147050,173610) P-selectin precurs ( 830) 1229 183.1 2.1e-45
XP_005245493 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-se ( 830) 1229 183.1 2.1e-45
NP_000441 (OMIM: 131210,145500) E-selectin precurs ( 610) 1148 171.7 4e-42
XP_016856597 (OMIM: 126700,134370,235400,609814,61 ( 446) 275 51.0 6.4e-06
NP_001014975 (OMIM: 126700,134370,235400,609814,61 ( 449) 275 51.0 6.5e-06
XP_016882280 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 243) 240 45.8 0.00013
XP_016882279 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 293) 240 46.0 0.00014
XP_016882276 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 310) 240 46.0 0.00015
XP_016882278 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 310) 240 46.0 0.00015
XP_016882277 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 310) 240 46.0 0.00015
XP_016882275 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 310) 240 46.0 0.00015
XP_016882274 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 310) 240 46.0 0.00015
NP_001316999 (OMIM: 605999) C-type lectin domain f ( 289) 239 45.8 0.00015
NP_006335 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 292) 239 45.8 0.00016
NP_878910 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 316) 239 45.9 0.00016
XP_011521916 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319) 239 45.9 0.00016
XP_011521915 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319) 239 45.9 0.00016
NP_001191047 (OMIM: 616838) C-type lectin domain f ( 378) 240 46.1 0.00017
NP_699197 (OMIM: 611691) sushi, von Willebrand fac (3571) 252 49.0 0.00021
NP_001193948 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 320) 236 45.4 0.00022
NP_001207429 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 321) 236 45.4 0.00022
NP_001993 (OMIM: 151445) low affinity immunoglobul ( 321) 236 45.4 0.00022
XP_005272519 (OMIM: 151445) PREDICTED: low affinit ( 321) 236 45.4 0.00022
NP_001138365 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 268) 233 44.9 0.00026
XP_006721587 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 248) 232 44.8 0.00027
NP_001138367 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 312) 233 45.0 0.00029
XP_005256705 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 287) 232 44.8 0.0003
XP_006721589 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 287) 232 44.8 0.0003
NP_550435 (OMIM: 108361) asialoglycoprotein recept ( 287) 232 44.8 0.0003
XP_016880140 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 292) 232 44.8 0.0003
NP_550436 (OMIM: 108361) asialoglycoprotein recept ( 292) 232 44.8 0.0003
XP_011522165 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 299) 232 44.9 0.00031
XP_011522167 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 299) 232 44.9 0.00031
XP_011522168 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 299) 232 44.9 0.00031
NP_001188281 (OMIM: 108361) asialoglycoprotein rec ( 306) 232 44.9 0.00031
XP_016880142 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 311) 232 44.9 0.00032
NP_550434 (OMIM: 108361) asialoglycoprotein recept ( 311) 232 44.9 0.00032
NP_001172 (OMIM: 108361) asialoglycoprotein recept ( 311) 232 44.9 0.00032
XP_016880141 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 311) 232 44.9 0.00032
XP_011522166 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 318) 232 44.9 0.00032
XP_011531176 (OMIM: 604862,613393) PREDICTED: C-ty ( 328) 231 44.8 0.00036
NP_056532 (OMIM: 604862,613393) C-type lectin doma ( 328) 231 44.8 0.00036
XP_011522164 (OMIM: 108361) PREDICTED: asialoglyco ( 410) 232 45.0 0.00037
NP_055282 (OMIM: 300642,300643) sushi repeat-conta ( 465) 227 44.4 0.00065
NP_783641 (OMIM: 605886) complement component rece ( 569) 228 44.7 0.00067
>>NP_000646 (OMIM: 153240) L-selectin precursor [Homo sa (385 aa)
initn: 2817 init1: 2817 opt: 2817 Z-score: 2124.8 bits: 401.9 E(85289): 1.3e-111
Smith-Waterman score: 2817; 100.0% identity (100.0% similar) in 385 aa overlap (1-385:1-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGCRRTREGPSKAMIFPWKCQSTQRDLWNIFKLWGWTMLCCDFLAHHGTDCWTYHYSEKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGCRRTREGPSKAMIFPWKCQSTQRDLWNIFKLWGWTMLCCDFLAHHGTDCWTYHYSEKP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MNWQRARRFCRDNYTDLVAIQNKAEIEYLEKTLPFSRSYYWIGIRKIGGIWTWVGTNKSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MNWQRARRFCRDNYTDLVAIQNKAEIEYLEKTLPFSRSYYWIGIRKIGGIWTWVGTNKSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TEEAENWGDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TEEAENWGDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 HGECVEIINNYTCNCDVGYYGPQCQFVIQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGECVEIINNYTCNCDVGYYGPQCQFVIQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFSC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SEGTNLTGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SEGTNLTGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACTF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ICSEGTELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ICSEGTELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFSG
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB6 LAFIIWLARRLKKGKKSKRSMNDPY
:::::::::::::::::::::::::
NP_000 LAFIIWLARRLKKGKKSKRSMNDPY
370 380
>>XP_005245497 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-select (768 aa)
initn: 3039 init1: 1226 opt: 1230 Z-score: 937.3 bits: 183.2 E(85289): 1.8e-45
Smith-Waterman score: 1230; 51.0% identity (74.4% similar) in 312 aa overlap (21-332:11-322)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGCRRTREGPSKAMIFPWKCQSTQRDLWNIFKLWGWTMLCCDFLAHHGTDCWTYHYSEKP
: :: ...: .: .. : .. .. . :::::: :
XP_005 MANCQIAILYQRFQRVVFGISQLLCFSALISELTNQKEVAAWTYHYSTKA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MNWQRARRFCRDNYTDLVAIQNKAEIEYLEKTLPFSRSYYWIGIRKIGGIWTWVGTNKSL
..:. .:..:.. :::::::::: ::.::.:.::. ::::::::: . ::::::.:.:
XP_005 YSWNISRKYCQNRYTDLVAIQNKNEIDYLNKVLPYYSSYYWIGIRKNNKTWTWVGTKKAL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TEEAENWGDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSG
:.:::::.:.:::::.:.::::::::: . :::::. : : : ::::::::: :::
XP_005 TNEAENWADNEPNNKRNNEDCVEIYIKSPSAPGKWNDEHCLKKKHALCYTASCQDMSCSK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 HGECVEIINNYTCNCDVGYYGPQCQFVIQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFSC
.:::.: :.::::.: :.:::.:..: .: :: :. :.:.::::::::.:::.: :
XP_005 QGECLETIGNYTCSCYPGFYGPECEYVRECGELELPQHVLMNCSHPLGNFSFNSQCSFHC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SEGTNLTGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACTF
..: ...: . : : :.. : : . :: ::. :. : :.: : .:. :.:.:
XP_005 TDGYQVNGPSKLECLASGIWTNKPPQCLAAQCPPLKIPERGNMTCLHSAKAFQHQSSCSF
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ICSEGTELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFSG
: :: :.: . . : .::.:. :.:.:. .
XP_005 SCEEGFALVGPEVVQCTASGVWTAPAPVCKAISCEPLESPVHGSMDCSPSLRAFQYDTNC
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB6 LAFIIWLARRLKKGKKSKRSMNDPY
XP_005 SFRCAEGFMLRGADIVRCDNLGQWTAPAPVCQALQCQDLPVPNEARVNCSHPFGAFRYQS
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 1393 init1: 434 opt: 434 Z-score: 343.3 bits: 73.3 E(85289): 2.2e-12
Smith-Waterman score: 452; 35.8% identity (63.1% similar) in 176 aa overlap (160-332:337-508)
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSGHGECVEIIN
: :. : ..:. . :. .: .. .
XP_005 TASGVWTAPAPVCKAISCEPLESPVHGSMDCSPSLRAFQYDTNCS-FRCA-EGFMLRGAD
310 320 330 340 350 360
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NYTCNCDVGYY---GPQCQFVIQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFSCSEGTNL
:. ..: . .: :: ..::. : .:. . ..:.::.: : ..: :.:.:.:: :
XP_005 IVRCD-NLGQWTAPAPVCQ-ALQCQDLPVPNEARVNCSHPFGAFRYQSVCSFTCNEGLLL
370 380 390 400 410 420
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACTFICSEGT
.: : :::.: : ::.: : :: .:. : :.: .::.: :. :.: :::.::
XP_005 VGASVLQCLATGNWNSVPPECQAIPCTPLLSPQNGTMTCVQPLGSSSYKSTCQFICDEGY
430 440 450 460 470 480
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFSGLAFIIW
: : .. : :: :.. :.:. .
XP_005 SLSGPERLDCTRSGRWTDSPPMCEAIKCPELFAPEQGSLDCSDTRGEFNVGSTCHFSCDN
490 500 510 520 530 540
>--
initn: 377 init1: 373 opt: 402 Z-score: 319.4 bits: 68.9 E(85289): 4.7e-11
Smith-Waterman score: 402; 29.6% identity (55.8% similar) in 233 aa overlap (160-382:523-748)
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSGHGECVEIIN
: .. . ..:. .::. .: .: :
XP_005 TRSGRWTDSPPMCEAIKCPELFAPEQGSLDCSDTRGEFNVGSTCH-FSCD-NGFKLEGPN
500 510 520 530 540 550
190 200 210 220 230
pF1KB6 NYTCNCDVGYYG---PQCQFV-------IQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFS
: :. . : .. : :. . .:: : .: ::: : : :.:.:.. : :.
XP_005 NVECTTS-GRWSATPPTCKGIASLPTPGVQCPALTTPGQGTMYCRHHPGTFGFNTTCYFG
560 570 580 590 600
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 CSEGTNLTGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACT
:. : .: : .: : :.:.. :.:....: : . ::::. ..::. : :.
XP_005 CNAGFTLIGDSTLSCRPSGQWTAVTPACRAVKCSELHVNKPIAMNCSNLWGNFSYGSICS
610 620 630 640 650 660
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 FICSEGTELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFS
: : :: : :. .: :. .: ::. : :: . :.:. . . :: . .
XP_005 FHCLEGQLLNGSAQTACQENGHWSTTVPTCQAGPLT---IQEA-LTYFGGAVASTIGLIM
670 680 690 700 710 720
360 370 380
pF1KB6 GLAFIIWLARRLKKGKKSKRSMNDPY
: ... : .:... .: .:
XP_005 GGTLLALLRKRFRQKDDGKCPLNPHSHLGTYGVFTNAAFDPSP
730 740 750 760
>>XP_005245496 (OMIM: 147050,173610) PREDICTED: P-select (790 aa)
initn: 3469 init1: 1225 opt: 1229 Z-score: 936.4 bits: 183.1 E(85289): 2e-45
Smith-Waterman score: 1229; 51.3% identity (74.5% similar) in 310 aa overlap (21-330:11-320)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGCRRTREGPSKAMIFPWKCQSTQRDLWNIFKLWGWTMLCCDFLAHHGTDCWTYHYSEKP
: :: ...: .: .. : .. .. . :::::: :
XP_005 MANCQIAILYQRFQRVVFGISQLLCFSALISELTNQKEVAAWTYHYSTKA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MNWQRARRFCRDNYTDLVAIQNKAEIEYLEKTLPFSRSYYWIGIRKIGGIWTWVGTNKSL
..:. .:..:.. :::::::::: ::.::.:.::. ::::::::: . ::::::.:.:
XP_005 YSWNISRKYCQNRYTDLVAIQNKNEIDYLNKVLPYYSSYYWIGIRKNNKTWTWVGTKKAL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TEEAENWGDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSG
:.:::::.:.:::::.:.::::::::: . :::::. : : : ::::::::: :::
XP_005 TNEAENWADNEPNNKRNNEDCVEIYIKSPSAPGKWNDEHCLKKKHALCYTASCQDMSCSK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 HGECVEIINNYTCNCDVGYYGPQCQFVIQCEPLEAPELGTMDCTHPLGNFSFSSQCAFSC
.:::.: :.::::.: :.:::.:..: .: :: :. :.:.::::::::.:::.: :
XP_005 QGECLETIGNYTCSCYPGFYGPECEYVRECGELELPQHVLMNCSHPLGNFSFNSQCSFHC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SEGTNLTGIEETTCGPFGNWSSPEPTCQVIQCEPLSAPDLGIMNCSHPLASFSFTSACTF
..: ...: . : : :.. : : . :: ::. :. : :.: : .:. :.:.:
XP_005 TDGYQVNGPSKLECLASGIWTNKPPQCLAAQCPPLKIPERGNMTCLHSAKAFQHQSSCSF
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ICSEGTELIGKKKTICESSGIWSNPSPICQKLDKSFSMIKEGDYNPLFIPVAVMVTAFSG
: :: :.: . . : .::.:. :.:.:.
XP_005 SCEEGFALVGPEVVQCTASGVWTAPAPVCKAVQCQHLEAPSEGTMDCVHPLTAFAYGSSC
300 310 320 330 340 350
>--
initn: 1826 init1: 452 opt: 456 Z-score: 359.6 bits: 76.3 E(85289): 2.7e-13
Smith-Waterman score: 482; 37.1% identity (66.9% similar) in 178 aa overlap (158-332:336-508)
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSGHGECVEI
: : : .:. : .::. . :. : :.
XP_005 CTASGVWTAPAPVCKAVQCQHLEAPSEGTMDCVHPL-TAFAYGSSCK-FECQP-GYRVRG
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: :. : . : : :.. : . .
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. : .. . ..:. .::. .: .: :: :. . : .. : :. .
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:: :: :. . : :.: :.. : :: . : :. : :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]