Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6495
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6495, 285 aa
1>>>pF1KB6495 285 - 285 aa - 285 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4763+/-0.000962; mu= 13.6505+/- 0.058
mean_var=199.0937+/-41.867, 0's: 0 Z-trim(112.7): 132 B-trim: 646 in 2/49
Lambda= 0.090896
statistics sampled from 13296 (13445) to 13296 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.413), width: 16
Scan time: 2.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 285) 1924 264.1 8.1e-71
CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 ( 332) 1800 248.0 7e-66
CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 336) 1116 158.3 7.1e-39
CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 363) 1081 153.7 1.8e-37
CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 306) 1065 151.5 6.9e-37
CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 ( 420) 1016 145.3 7.1e-35
CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 ( 355) 1009 144.3 1.2e-34
CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 328) 633 94.9 8.1e-20
CCDS2273.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 378) 611 92.1 6.5e-19
CCDS5397.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 341) 597 90.2 2.2e-18
CCDS43557.1 HNRNPA2B1 gene_id:3181|Hs108|chr7 ( 353) 597 90.2 2.2e-18
CCDS31980.1 HNRNPA1L2 gene_id:144983|Hs108|chr13 ( 320) 594 89.8 2.8e-18
CCDS11597.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 251) 589 89.0 3.8e-18
CCDS41793.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 320) 590 89.3 4e-18
CCDS44909.1 HNRNPA1 gene_id:3178|Hs108|chr12 ( 372) 590 89.4 4.4e-18
CCDS82536.1 HNRNPA3 gene_id:220988|Hs108|chr2 ( 356) 589 89.2 4.7e-18
CCDS82168.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 ( 324) 582 88.2 8.3e-18
CCDS9196.1 MSI1 gene_id:4440|Hs108|chr12 ( 362) 556 84.9 9.4e-17
CCDS4193.1 HNRNPA0 gene_id:10949|Hs108|chr5 ( 305) 493 76.5 2.6e-14
CCDS122.1 TARDBP gene_id:23435|Hs108|chr1 ( 414) 406 65.3 8.5e-11
>>CCDS34310.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (285 aa)
initn: 1924 init1: 1924 opt: 1924 Z-score: 1384.8 bits: 264.1 E(32554): 8.1e-71
Smith-Waterman score: 1924; 100.0% identity (100.0% similar) in 285 aa overlap (1-285:1-285)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 AASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB6 GSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
250 260 270 280
>>CCDS34309.1 HNRNPAB gene_id:3182|Hs108|chr5 (332 aa)
initn: 2378 init1: 1774 opt: 1800 Z-score: 1296.3 bits: 248.0 E(32554): 7e-66
Smith-Waterman score: 1800; 94.1% identity (97.2% similar) in 288 aa overlap (1-284:1-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 AASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMKKDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB6 GSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGST---NYGKSQRRG-GHQNNYKPY
::::::::::::::::::::::::... .::. .: :.:..: :
CCDS34 GSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQSQSWNQGYGNYWNQGYGYQQGYGPGYGGYDYSPYGY
250 260 270 280 290 300
CCDS34 YGYGPGYDYSQGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
310 320 330
>>CCDS3591.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (336 aa)
initn: 1052 init1: 561 opt: 1116 Z-score: 811.4 bits: 158.3 E(32554): 7.1e-39
Smith-Waterman score: 1116; 63.2% identity (84.1% similar) in 277 aa overlap (12-285:22-293)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSG
..: :.. :. .: . :.::.::..:.: :... .:
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAA-AAAGSGAGTGGGTASGGTEGG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 NQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRS
. . .:: .:.::::::: ::::.:::::::.::::::::.:::::::::.:.:: ::::
CCDS35 SAE-SEGAKIDASKNEEDEGKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFSKFGEVVDCTLKLDPITGRS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB6 RGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK-KDPVKKIFVGGLNPEATEEK
:::::.:::.. ::.::.:::::.:.:.:::::.: ::: :.::::::::::.:.. :::
CCDS35 RGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTKEPVKKIFVGGLSPDTPEEK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 IREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVA
:::::: :::.:.:::::: : :::::: ::::::::::::..:::.:.:. ::::::::
CCDS35 IREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKKIMEKKYHNVGLSKCEIKVA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 QPKEVYQQQQ-YGS-GGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
. :: ::::: .:: :: ..: :: :: :: . . .:: .:: .: :.. : . :
CCDS35 MSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARG-RG-GGPSQNWNQGYSNYW-NQGYGNYGYNSQGYGG
240 250 260 270 280 290
CCDS35 YGGYDYTGYNNYYGYGDYSNQQSGYGKVSRRGGHQNSYKPY
300 310 320 330
>>CCDS75153.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 (363 aa)
initn: 589 init1: 525 opt: 1081 Z-score: 786.3 bits: 153.7 E(32554): 1.8e-37
Smith-Waterman score: 1081; 69.2% identity (86.8% similar) in 234 aa overlap (55-285:133-363)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 EGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKK
:::..::::::..: ::::.::::::::::
CCDS75 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDGKMFIGGLSWDTSKK
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 DLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKK
:: .:...:::::::::: :: :::::::::.::::::::.:::. :::.:::..::::.
CCDS75 DLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKLIDPKR
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 AMAMK-KDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFK
: :.: :.: ::.:::::.:...::.:.:::: ::::: :::::: : :.:::: :::.
CCDS75 AKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGFCFITYT
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 EEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVY-QQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGG
.::::::.::...: ....::::::::::::: :::: .:::: :.:: : : :
CCDS75 DEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGA-AAGGRG-GTRGRGR
290 300 310 320 330 340
270 280
pF1KB6 GQGSTNYGKSQRRGG-HQNNYKPY
:: :: :::..: :: :::::.::
CCDS75 GQQST-YGKASRGGGNHQNNYQPY
350 360
>>CCDS3590.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (306 aa)
initn: 1075 init1: 474 opt: 1065 Z-score: 775.7 bits: 151.5 E(32554): 6.9e-37
Smith-Waterman score: 1124; 60.5% identity (79.4% similar) in 296 aa overlap (12-285:22-306)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSG
..: :.. :. .: . :.::.::..:.: :... .:
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAA-AAAGSGAGTGGGTASGGTEGG
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB6 NQNGAEGDQINASKNEEDAG-------------------KMFVGGLSWDTSKKDLKDYFT
. . .:: .:.::::::: : :::.:::::::.::::::::.
CCDS35 SAE-SEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFS
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 KFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK-K
:::::::::.:.:: :::::::::.:::.. ::.::.:::::.:.:.:::::.: ::: :
CCDS35 KFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKK
.::::::::::.:.. ::::::::: :::.:.:::::: : :::::: ::::::::::::
CCDS35 EPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB6 VLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQ-YGS-GGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTN
..:::.:.:. ::::::::. :: ::::: .:: :: ..: :: ::. ...
CCDS35 IMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARGR---------GGDQQSG
240 250 260 270 280
270 280
pF1KB6 YGKSQRRGGHQNNYKPY
::: .:::::::.::::
CCDS35 YGKVSRRGGHQNSYKPY
290 300
>>CCDS3593.1 HNRNPDL gene_id:9987|Hs108|chr4 (420 aa)
initn: 986 init1: 513 opt: 1016 Z-score: 739.6 bits: 145.3 E(32554): 7.1e-35
Smith-Waterman score: 1016; 65.0% identity (83.8% similar) in 234 aa overlap (55-282:133-365)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 EGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTSKK
:::..::::::..: ::::.::::::::::
CCDS35 AATRTARQHPPADSSVTMEDMNEYSNIEEFAEGSKINASKNQQDDGKMFIGGLSWDTSKK
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 DLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKK
:: .:...:::::::::: :: :::::::::.::::::::.:::. :::.:::..::::.
CCDS35 DLTEYLSRFGEVVDCTIKTDPVTGRSRGFGFVLFKDAASVDKVLELKEHKLDGKLIDPKR
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 AMAMK-KDPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFK
: :.: :.: ::.:::::.:...::.:.:::: ::::: :::::: : :.:::: :::.
CCDS35 AKALKGKEPPKKVFVGGLSPDTSEEQIKEYFGAFGEIENIELPMDTKTNERRGFCFITYT
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 EEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVY-QQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGGGGGGG
.::::::.::...: ....::::::::::::: :::: .:::: : :. : : :
CCDS35 DEEPVKKLLESRYHQIGSGKCEIKVAQPKEVYRQQQQQQKGGRGAAAGGRGGTRGRGRGQ
290 300 310 320 330 340
270 280
pF1KB6 GQ----GSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
:: : .:: .: :.... :
CCDS35 GQNWNQGFNNY-YDQGYGNYNSAYGGDQNYSGYGGYDYTGYNYGNYGYGQGYADYSGQQS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS3592.1 HNRNPD gene_id:3184|Hs108|chr4 (355 aa)
initn: 992 init1: 505 opt: 1009 Z-score: 735.4 bits: 144.3 E(32554): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 1068; 59.1% identity (78.7% similar) in 296 aa overlap (12-285:22-312)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSEAGEEQPMETTGATENGHEAVPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSG
..: :.. :. .: . :.::.::..:.: :... .:
CCDS35 MSEEQFGGDGAAAAATAAVGGSAGEQEGAMVAATQGAA-AAAGSGAGTGGGTASGGTEGG
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB6 NQNGAEGDQINASKNEEDAG-------------------KMFVGGLSWDTSKKDLKDYFT
. . .:: .:.::::::: : :::.:::::::.::::::::.
CCDS35 SAE-SEGAKIDASKNEEDEGHSNSSPRHSEAATAQREEWKMFIGGLSWDTTKKDLKDYFS
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 KFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDPKKAMAMK-K
:::::::::.:.:: :::::::::.:::.. ::.::.:::::.:.:.:::::.: ::: :
CCDS35 KFGEVVDCTLKLDPITGRSRGFGFVLFKESESVDKVMDQKEHKLNGKVIDPKRAKAMKTK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DPVKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGFVFITFKEEEPVKK
.::::::::::.:.. ::::::::: :::.:.:::::: : :::::: ::::::::::::
CCDS35 EPVKKIFVGGLSPDTPEEKIREYFGGFGEVESIELPMDNKTNKRRGFCFITFKEEEPVKK
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB6 VLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQ-YGS-GGRGNRNRGNRGSGGGGGGGGQGSTN
..:::.:.:. ::::::::. :: ::::: .:: :: ..: :: :: :: . . .:: .:
CCDS35 IMEKKYHNVGLSKCEIKVAMSKEQYQQQQQWGSRGGFAGRARG-RG-GGPSQNWNQGYSN
240 250 260 270 280 290
270 280
pF1KB6 YGKSQRRGGHQNNYKPY
: .: :.. : . :
CCDS35 YW-NQGYGNYGYNSQGYGGYGGYDYTGYNNYYGYGDYSNQQSGYGKVSRRGGHQNSYKPY
300 310 320 330 340 350
>>CCDS11596.1 MSI2 gene_id:124540|Hs108|chr17 (328 aa)
initn: 624 init1: 389 opt: 633 Z-score: 469.2 bits: 94.9 E(32554): 8.1e-20
Smith-Waterman score: 633; 44.6% identity (69.3% similar) in 231 aa overlap (53-276:4-229)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 VPEGESPAGAGTGAAAGAGGATAAPPSGNQNGAEGDQINASKNEEDAGKMFVGGLSWDTS
::..: . .:. ...: ::::.:::::.::
CCDS11 MEANGSQGTSGSANDSQHDPGKMFIGGLSWQTS
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 KKDLKDYFTKFGEVVDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKDAASVEKVLDQKEHRLDGRVIDP
.:.:::.::::. .: . ::.: :::::::. : : :::.::: : .:.::...:::
CCDS11 PDSLRDYFSKFGEIRECMVMRDPTTKRSRGFGFVTFADPASVDKVLGQPHHELDSKTIDP
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190
pF1KB6 KKAMAMKKDP-----VKKIFVGGLNPEATEEKIREYFGEFGEIEAIELPMDPKLNKRRGF
: :. . .: .::::::::. ... : ...:: .::..: : .: :..:::
CCDS11 KVAFPRRAQPKMVTRTKKIFVGGLSANTVVEDVKQYFEQFGKVEDAMLMFDKTTNRHRGF
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 VFITFKEEEPVKKVLEKKFHTVSGSKCEIKVAQPKEVYQQQQYGSGGRGNRNRGNRGSGG
:.::..:. :.:: : .:: .... : : ::::::. . : :: : :: .
CCDS11 GFVTFENEDVVEKVCEIHFHEINNKMVECKKAQPKEVM----FPPGTRG-RARGLPYTMD
160 170 180 190 200
260 270 280
pF1KB6 GG--GGGGQGSTNYGKSQRRGGHQNNYKPY
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