Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6475
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6475, 326 aa
1>>>pF1KB6475 326 - 326 aa - 326 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9395+/-0.00119; mu= -9.1902+/- 0.068
mean_var=281.4169+/-67.265, 0's: 0 Z-trim(107.1): 659 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.076454
statistics sampled from 8601 (9372) to 8601 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.288), width: 16
Scan time: 2.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 2171 253.5 1.7e-67
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 ( 303) 1396 167.9 8.9e-42
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 879 110.9 1.3e-24
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 ( 305) 867 109.6 3.3e-24
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 ( 298) 851 107.8 1.1e-23
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 748) 784 100.8 3.7e-21
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 782) 784 100.8 3.8e-21
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 795) 784 100.8 3.9e-21
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 770) 778 100.1 6e-21
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 779) 778 100.1 6e-21
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 780) 778 100.1 6e-21
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 783) 778 100.1 6.1e-21
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 360) 719 93.3 3.1e-19
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 684 89.6 5.9e-18
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 684 89.6 5.9e-18
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 346) 668 87.7 1.5e-17
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7 ( 292) 665 87.3 1.6e-17
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452) 673 88.7 3e-17
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481) 673 88.8 3e-17
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490) 673 88.8 3e-17
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512) 673 88.8 3.1e-17
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 496) 627 83.3 4.4e-16
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 502) 627 83.3 4.5e-16
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 570) 627 83.3 4.9e-16
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 340) 621 82.5 5.3e-16
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 474) 624 83.0 5.4e-16
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 624 83.0 5.6e-16
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 621 82.6 6.2e-16
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 451) 621 82.6 6.5e-16
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 621 82.6 6.7e-16
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9 ( 346) 601 80.3 2.5e-15
CCDS13795.1 MAPK1 gene_id:5594|Hs108|chr22 ( 360) 600 80.2 2.7e-15
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 ( 372) 600 80.2 2.8e-15
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 272) 585 78.5 7e-15
CCDS83458.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX ( 960) 593 79.8 9.8e-15
CCDS14186.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX (1030) 593 79.8 1e-14
CCDS4818.1 MAPK13 gene_id:5603|Hs108|chr6 ( 365) 579 77.9 1.4e-14
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 384) 576 77.6 1.8e-14
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 400) 576 77.6 1.9e-14
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 576 77.6 2e-14
CCDS4816.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 572 77.1 2.3e-14
CCDS14089.1 MAPK12 gene_id:6300|Hs108|chr22 ( 367) 571 77.0 2.5e-14
CCDS9971.1 MOK gene_id:5891|Hs108|chr14 ( 419) 570 77.0 3e-14
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 583) 573 77.4 3.1e-14
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 623) 573 77.4 3.3e-14
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6 ( 648) 573 77.4 3.4e-14
CCDS11224.2 NLK gene_id:51701|Hs108|chr17 ( 527) 566 76.6 4.9e-14
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6 ( 632) 564 76.4 6.6e-14
CCDS9699.1 CDKL1 gene_id:8814|Hs108|chr14 ( 358) 550 74.7 1.2e-13
CCDS4815.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6 ( 360) 548 74.5 1.5e-13
>>CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 (326 aa)
initn: 2171 init1: 2171 opt: 2171 Z-score: 1325.0 bits: 253.5 E(32554): 1.7e-67
Smith-Waterman score: 2171; 100.0% identity (100.0% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 TIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 EDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYF
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB6 QDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
310 320
>>CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 (303 aa)
initn: 1370 init1: 1242 opt: 1396 Z-score: 863.5 bits: 167.9 E(32554): 8.9e-42
Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (9-304:2-299)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEG---MPLS
: ..:: ::::: :::: :.:::: ..:.::::: ::: .: : .:.:
CCDS89 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
:.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
CCDS89 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
:.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
CCDS89 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
CCDS89 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
: :.::::::.::: :: .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
CCDS89 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB6 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
:.. :
CCDS89 SYLHKDEGNPE
300
>>CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 (297 aa)
initn: 682 init1: 217 opt: 879 Z-score: 555.4 bits: 110.9 E(32554): 1.3e-24
Smith-Waterman score: 879; 46.3% identity (76.3% similar) in 300 aa overlap (11-304:2-291)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIR
..: . .::::.:: :.:.: :. :. ::.:..:... :::.: ..::
CCDS44 MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRH-KTTGQVVAMKKIRLESEEEGVPSTAIR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 EVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPG--VP
:...:..:. :::.: : :: ....: :.:: ...:: :::..: :: .
CCDS44 EISLLKELR---HPNIVSLQDVLM-----QDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIP-PGQYMD
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMAL-T
. .:....:.:.:. : ::.::.::::::::.:. ..: :::::::::: ... . . :
CCDS44 SSLVKSYLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYT
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SVVVTLWYRAPEVLLQSS-YATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIG
:::::::.::::: :. :.::::.::.: ::::. .::::.:.:..::: .:. ..:
CCDS44 HEVVTLWYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LPGEEDWPRDVALP--RQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSA
:..: ::. .: ...: . . . . : ..:: : ::: : : ..::::::. :
CCDS44 TPNNEVWPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMA
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB6 LSHPYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
:.::::.::.
CCDS44 LNHPYFNDLDNQIKKM
290
>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 (305 aa)
initn: 761 init1: 318 opt: 867 Z-score: 548.1 bits: 109.6 E(32554): 3.3e-24
Smith-Waterman score: 928; 48.0% identity (77.0% similar) in 296 aa overlap (13-304:4-290)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIR
.. : .::::.:: :.::.. .. :..::::..:.. ::.: ..::
CCDS11 MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKN-RETGQLVALKKIRLDLEMEGVPSTAIR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTE
:...:..:. :::.:::.:: . : :: :::: ..::: :.:..: .: .
CCDS11 EISLLKELK---HPNIVRLLDV-----VHNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLH
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB6 TIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQM-ALTSV
::...::::.:..: :::::.::::::::.:.. : :::::::::: .. . . :
CCDS11 LIKSYLFQLLQGVSFCHSHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VVTLWYRAPEVLLQSS-YATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLP
::::::::::.:: :. :.: ::.::.::::::: :: :: :.:..::: .:. ..: :
CCDS11 VVTLWYRAPEILLGSKFYTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTP
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GEEDWPRDVALP--RQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALS
.:. :: . :: . .: . . . .:..: ... :.:::.. : ..:..::.: .::.
CCDS11 SEDTWPGVTQLPDYKGSFPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALA
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB6 HPYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
::::.. :
CCDS11 HPYFSSPEPSPAARQYVLQRFRH
290 300
>>CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12 (298 aa)
initn: 780 init1: 321 opt: 851 Z-score: 538.7 bits: 107.8 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 918; 48.5% identity (73.6% similar) in 299 aa overlap (11-305:2-291)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIR
.... : .::::.:: :.:::. : :. ::::..:..: ::.: ..::
CCDS88 MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARN-KLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTE
:...:..:. :::.:.:.:: :.:: :::: . ::: ..: :.:
CCDS88 EISLLKELN---HPNIVKLLDV-----IHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLP
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB6 TIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQM-ALTSV
::...::::.:: : :::::.::::::::.:... : :::::::::: .. . . :
CCDS88 LIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 VVTLWYRAPEVLLQSSY-ATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLP
::::::::::.:: .: .: ::.::.::::::: :. :: :.:..::: .:. ..: :
CCDS88 VVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTP
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GEEDWPRDVALP--RQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALS
: :: ...: . .: . . : . : : .:: :..:: . : ..: ::::: .::.
CCDS88 DEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALA
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB6 HPYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
::.:::. .
CCDS88 HPFFQDVTKPVPHLRL
290
>>CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 (748 aa)
initn: 496 init1: 220 opt: 784 Z-score: 493.3 bits: 100.8 E(32554): 3.7e-21
Smith-Waterman score: 784; 40.7% identity (74.5% similar) in 302 aa overlap (7-302:385-678)
10 20 30
pF1KB6 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNG
::. ....:. .: ::.:: :..:.: :.
CCDS72 TEGDYVPDSPALSPIELKQELPKYLPALQGCRSVEEFQCLNRIEEGTYGVVYRAKD-KKT
360 370 380 390 400 410
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTL
..:::::.... .::.:....::. .. :.. .:::.: . .. . : : :. .
CCDS72 DEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTI--LKA-QHPNIVTVREIVVGSNMD---KIYI
420 430 440 450 460
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 VFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSS
:...:..:: . .. . .: .: : .: .:.:::::. ::.. ..::::: .:.:.. .
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pF1KB6 GQIKLADFGLARIYSFQM-ALTSVVVTLWYRAPEVLLQSS-YATPVDLWSVGCIFAEMFR
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100 110 120 130 140 150
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]