FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6456, 351 aa
  1>>>pF1KB6456 351 - 351 aa - 351 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3234+/-0.00104; mu= 15.9704+/- 0.062
 mean_var=62.3378+/-12.395, 0's: 0 Z-trim(102.6): 15  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.162442
 statistics sampled from 7027 (7035) to 7027 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.216), width:  16
 Scan time:  2.130

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34932.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8         ( 351) 2328 554.5 4.9e-158
CCDS55267.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8         ( 299) 1877 448.8 2.8e-126
CCDS1669.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2            ( 389) 1861 445.1 4.7e-125
CCDS54334.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2           ( 449) 1861 445.1 5.3e-125


>>CCDS34932.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8              (351 aa)
 initn: 2328 init1: 2328 opt: 2328  Z-score: 2950.7  bits: 554.5 E(32554): 4.9e-158
Smith-Waterman score: 2328; 100.0% identity (100.0% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-351)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350 
pF1KB6 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
              310       320       330       340       350 

>>CCDS55267.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8              (299 aa)
 initn: 1876 init1: 1876 opt: 1877  Z-score: 2380.6  bits: 448.8 E(32554): 2.8e-126
Smith-Waterman score: 1877; 96.6% identity (98.3% similar) in 295 aa overlap (57-351:5-299)

         30        40        50        60        70        80      
pF1KB6 IKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEK
                                     .. .:.    .:::::::::::::::::::
CCDS55                           MGDPERPEAAGLDQDEVDLSKDLPHWNKLKADEK
                                         10        20        30    

         90       100       110       120       130       140      
pF1KB6 YFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEARCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEARCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYI
           40        50        60        70        80        90    

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB6 RDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRKSTFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRKSTFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIF
          100       110       120       130       140       150    

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB6 WLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQYLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 WLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQYLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFL
          160       170       180       190       200       210    

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB6 TEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFSKVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFSKVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEK
          220       230       240       250       260       270    

        330       340       350 
pF1KB6 RVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
          280       290         

>>CCDS1669.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2                 (389 aa)
 initn: 1861 init1: 1861 opt: 1861  Z-score: 2358.6  bits: 445.1 E(32554): 4.7e-125
Smith-Waterman score: 1861; 83.8% identity (96.3% similar) in 321 aa overlap (31-351:69-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ
                                     .:::::.. ::::::::.: :::.:::.:.
CCDS16 GTRVLASKTARRIFQEPTEPKTKAAAPGVEDEPLLRENPRRFVIFPIEYHDIWQMYKKAE
       40        50        60        70        80        90        

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA
       ::::::::::::::. ::..:: .:.:::::.::::::::::::::::::::::::. ::
CCDS16 ASFWTAEEVDLSKDIQHWESLKPEERYFISHVLAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQITEA
      100       110       120       130       140       150        

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK
       :::::::: .::.:::::::::::::.:::.:::::::::::: ::::::::::::.:..
CCDS16 RCFYGFQIAMENIHSEMYSLLIDTYIKDPKEREFLFNAIETMPCVKKKADWALRWIGDKE
      160       170       180       190       200       210        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ
       .:.::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS16 ATYGERVVAFAAVEGIFFSGSFASIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFK
      220       230       240       250       260       270        

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS
       .::.:::::::::::..::.:::::::::::: :::::: :::::::::::::..:::::
CCDS16 HLVHKPSEERVREIIINAVRIEQEFLTEALPVKLIGMNCTLMKQYIEFVADRLMLELGFS
      280       290       300       310       320       330        

              310       320       330       340       350 
pF1KB6 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
       :::..:::::::::::::::::::::::.::::..::.  :.: :::::::
CCDS16 KVFRVENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVGEYQRMGVMSSPTENSFTLDADF
      340       350       360       370       380         

>>CCDS54334.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2                (449 aa)
 initn: 1861 init1: 1861 opt: 1861  Z-score: 2357.6  bits: 445.1 E(32554): 5.3e-125
Smith-Waterman score: 1861; 83.8% identity (96.3% similar) in 321 aa overlap (31-351:129-449)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ
                                     .:::::.. ::::::::.: :::.:::.:.
CCDS54 GTRVLASKTARRIFQEPTEPKTKAAAPGVEDEPLLRENPRRFVIFPIEYHDIWQMYKKAE
      100       110       120       130       140       150        

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA
       ::::::::::::::. ::..:: .:.:::::.::::::::::::::::::::::::. ::
CCDS54 ASFWTAEEVDLSKDIQHWESLKPEERYFISHVLAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQITEA
      160       170       180       190       200       210        

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK
       :::::::: .::.:::::::::::::.:::.:::::::::::: ::::::::::::.:..
CCDS54 RCFYGFQIAMENIHSEMYSLLIDTYIKDPKEREFLFNAIETMPCVKKKADWALRWIGDKE
      220       230       240       250       260       270        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ
       .:.::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATYGERVVAFAAVEGIFFSGSFASIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFK
      280       290       300       310       320       330        

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS
       .::.:::::::::::..::.:::::::::::: :::::: :::::::::::::..:::::
CCDS54 HLVHKPSEERVREIIINAVRIEQEFLTEALPVKLIGMNCTLMKQYIEFVADRLMLELGFS
      340       350       360       370       380       390        

              310       320       330       340       350 
pF1KB6 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF
       :::..:::::::::::::::::::::::.::::..::.  :.: :::::::
CCDS54 KVFRVENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVGEYQRMGVMSSPTENSFTLDADF
      400       410       420       430       440         




351 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 16:46:16 2016 done: Sat Nov  5 16:46:16 2016
 Total Scan time:  2.130 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]