Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6353
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6353, 266 aa
1>>>pF1KB6353 266 - 266 aa - 266 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5158+/-0.000863; mu= 13.5039+/- 0.051
mean_var=69.5253+/-14.562, 0's: 0 Z-trim(106.5): 70 B-trim: 492 in 1/48
Lambda= 0.153816
statistics sampled from 8930 (9002) to 8930 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 2.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1801 408.6 2.3e-114
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1599 363.8 7e-101
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1136 261.1 6e-70
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1125 258.6 3.2e-69
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1112 255.7 2.4e-68
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1036 238.9 2.8e-63
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 960 222.0 3.5e-58
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 914 211.8 3.5e-55
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 276 70.2 1.6e-12
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 276 70.3 2e-12
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 276 70.3 2.1e-12
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 274 69.8 2.8e-12
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 262 67.1 1.4e-11
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 255 65.6 5.3e-11
>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1801 init1: 1801 opt: 1801 Z-score: 2166.8 bits: 408.6 E(32554): 2.3e-114
Smith-Waterman score: 1801; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
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CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
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CCDS47 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
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CCDS47 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
250 260
>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1619 init1: 1599 opt: 1599 Z-score: 1924.6 bits: 363.8 E(32554): 7e-101
Smith-Waterman score: 1599; 88.7% identity (95.9% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
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CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
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CCDS47 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
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CCDS47 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
::::::::::.::::::::.:::..:
CCDS47 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
250 260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 1172 init1: 1126 opt: 1136 Z-score: 1369.2 bits: 261.1 E(32554): 6e-70
Smith-Waterman score: 1136; 66.0% identity (81.3% similar) in 262 aa overlap (4-265:7-268)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLH
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CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RDIYNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGES
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CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLI
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CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
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CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
250 260
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 1121 init1: 849 opt: 1125 Z-score: 1356.2 bits: 258.6 E(32554): 3.2e-69
Smith-Waterman score: 1125; 65.3% identity (82.4% similar) in 262 aa overlap (4-265:3-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
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CCDS78 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
::.:: ::::::::..::::::: . : ::. :::::..::::: ::::: . :.
CCDS78 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
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CCDS78 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS78 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
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CCDS78 FLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
240 250 260
>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 1112 init1: 1112 opt: 1112 Z-score: 1340.6 bits: 255.7 E(32554): 2.4e-68
Smith-Waterman score: 1112; 67.1% identity (81.7% similar) in 252 aa overlap (4-255:7-258)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLH
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CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RDIYNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGES
: :::.:: ::::::: ::::: ::::::::::::. :: :: .:: ::::: :.
CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLI
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CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
::.::: ::.: ..:::
CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH
250 260
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 1051 init1: 956 opt: 1036 Z-score: 1249.6 bits: 238.9 E(32554): 2.8e-63
Smith-Waterman score: 1036; 59.7% identity (81.8% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-256)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
:. :.. .. . ::. :::: . .. . : .: : . ::. ::::.: ::.: :
CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
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CCDS47 YNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
::::.:.:.: :.. ::::::::: :. ::::::.:::: :.::: ::::::.::.::
CCDS47 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
. :.:.:.. ...: . :
CCDS47 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
240 250
>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa)
initn: 917 init1: 896 opt: 960 Z-score: 1158.0 bits: 222.0 E(32554): 3.5e-58
Smith-Waterman score: 960; 55.7% identity (79.1% similar) in 253 aa overlap (11-263:8-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
... : :.: :.: .. . :. :. : : .:.: ::::.:.:. : :
CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVVRFI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
.: :: .::::::: . :.:.::.:::: :::. :.:: : ::: ::::: .: :::
CCDS47 FNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAPFTV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
:.:.:.::::: :: :..:::: :::.:::::.:...:: :.:::.:::.::: :.::
CCDS47 GRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
::::::.:::: .:. :.:::: :.: :. ::..:::::::: . :::::...:.:::.
CCDS47 DWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
:: .:. : .. :::. . .:
CCDS47 FLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
240 250 260 270
>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (227 aa)
initn: 913 init1: 641 opt: 914 Z-score: 1104.1 bits: 211.8 E(32554): 3.5e-55
Smith-Waterman score: 914; 64.2% identity (81.9% similar) in 215 aa overlap (4-218:3-216)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
:..::: . : .:: :..::.:.: : : :: : : :.: ::::::: . : :
CCDS56 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
::.:: ::::::::..::::::: . : ::. :::::..::::: ::::: . :.
CCDS56 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
::.::: ::. :.::..:.:::::::::. :::..:.::::::.::: ::::::.::.::
CCDS56 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
::::: ::::: .:. :..:::::::::. ::.:::::
CCDS56 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH
180 190 200 210 220
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
>>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (260 aa)
initn: 134 init1: 134 opt: 276 Z-score: 338.1 bits: 70.2 E(32554): 1.6e-12
Smith-Waterman score: 276; 28.4% identity (59.3% similar) in 204 aa overlap (61-258:52-249)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 DTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDIYNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYW
:. .. :.: :. ..::. . : :
CCDS45 GRLLQSHTLQVILGCEMQEDNSTEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEW
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140
pF1KB6 NSQKDFLEDRRAAVDTYC----RHNYGVGESFTVQRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVC
. .: .. :: .. : .. .:.. .....: : : : :... . : :
CCDS45 ERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRG-VLDQQVPPLVKVTHHVTSSV---TTLRC
90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 SVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVST-GLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVE
. ..:: .: ..:....: : .. ::: :.: . : . : . ::::::
CCDS45 RALNYYPQNITMKWLKDKQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVE
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 HPSVTSPLTVEWR-AQSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGL
::.. .:: : :. . : . ..::.. ::. .::.: ::: .....: :
CCDS45 HPGLDQPLIVIWEPSPSGTLVIGVISGIAVFVV-ILFIGI-LFIILRKRQGSRGAMGHYV
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 VS
CCDS45 LAERE
260
>>CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (325 aa)
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40 50 60 70 80 90
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CCDS47 LAERE
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