Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6349
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6349, 266 aa
1>>>pF1KB6349 266 - 266 aa - 266 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7421+/-0.000862; mu= 12.5334+/- 0.051
mean_var=79.3260+/-16.782, 0's: 0 Z-trim(107.1): 62 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.144001
statistics sampled from 9281 (9345) to 9281 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.287), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1810 385.5 2.1e-107
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1599 341.7 3.2e-94
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1127 243.6 1.1e-64
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1106 239.2 2.2e-63
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1102 238.4 3.8e-63
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1085 234.9 4.4e-62
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 988 214.7 5.4e-56
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 902 196.8 1.1e-50
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 276 66.8 1.7e-11
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 275 66.6 2e-11
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 276 66.9 2.1e-11
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 276 66.9 2.2e-11
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 274 66.5 2.9e-11
>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1810 init1: 1810 opt: 1810 Z-score: 2041.9 bits: 385.5 E(32554): 2.1e-107
Smith-Waterman score: 1810; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
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CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
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CCDS47 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS47 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
250 260
>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1619 init1: 1599 opt: 1599 Z-score: 1805.0 bits: 341.7 E(32554): 3.2e-94
Smith-Waterman score: 1599; 88.7% identity (95.9% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
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CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
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CCDS47 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS47 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
250 260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 1125 init1: 1098 opt: 1127 Z-score: 1275.0 bits: 243.6 E(32554): 1.1e-64
Smith-Waterman score: 1127; 64.1% identity (82.4% similar) in 262 aa overlap (4-265:7-268)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLD
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CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVES
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CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLI
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CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
250 260
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 1083 init1: 809 opt: 1106 Z-score: 1251.5 bits: 239.2 E(32554): 2.2e-63
Smith-Waterman score: 1106; 64.1% identity (81.3% similar) in 262 aa overlap (4-265:3-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
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CCDS78 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
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CCDS78 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
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CCDS78 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS78 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS78 FLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
240 250 260
>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 1102 init1: 1102 opt: 1102 Z-score: 1247.1 bits: 238.4 E(32554): 3.8e-63
Smith-Waterman score: 1102; 65.1% identity (82.9% similar) in 252 aa overlap (4-255:7-258)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLD
:..:: ....:. : .::: :: . :. :..: : :.: :::::::..
CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVES
::.::.:: .::::::: .:::: ::::::::::::..:: .:: .:: ::::: :.
CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLI
.::::.: ::. ::.:. :.:::::::::. ::::.:.:::: : ::: ::.::: ::
CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
::.::: ::.: :.:::
CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH
250 260
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 1084 init1: 996 opt: 1085 Z-score: 1228.1 bits: 234.9 E(32554): 4.4e-62
Smith-Waterman score: 1085; 62.4% identity (83.7% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-256)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
:. :.. .. .:::. :::: . .. . : .:.: ..::. ::::.: ::.::.
CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
::::::.:.: ::: :::::::::: :. ::::::.:::::::::: ::.:::.::.::
CCDS47 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
. :.:.:.. :..: . :
CCDS47 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
240 250
>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa)
initn: 934 init1: 913 opt: 988 Z-score: 1118.8 bits: 214.7 E(32554): 5.4e-56
Smith-Waterman score: 988; 57.1% identity (80.6% similar) in 252 aa overlap (12-263:9-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
..:: :.: :.: .. . :. :. : : .:.: ::::.:.:. :..
CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVVRFI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
.: :: :::::::: : :.:.::.:::: :::. :.::..: ::: ::::: . :::
CCDS47 FNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAPFTV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
:.:::.::::: .: :..:::: :::.:::::.:...::::::::.::..::: :.::
CCDS47 GRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
:: .:. : .: :::. : .:
CCDS47 FLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
240 250 260 270
>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (227 aa)
initn: 898 init1: 624 opt: 902 Z-score: 1023.4 bits: 196.8 E(32554): 1.1e-50
Smith-Waterman score: 902; 62.7% identity (80.2% similar) in 217 aa overlap (4-220:3-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
:..::: .:.:: :..::.:.: . : :: : : :.: ::::::: . ::.
CCDS56 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
::.:: :::::::::.::::::: . : ::. ::.::: ::::: ::::: . :.
CCDS56 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
::.:.: ::. ::.:. :.:::::::::. :::..:.:::: : ::: ::.:::.::.::
CCDS56 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
::::: ::::: .:. :..:::::::::. ::.::::: :
CCDS56 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH
180 190 200 210 220
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
>>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (260 aa)
initn: 134 init1: 134 opt: 276 Z-score: 319.7 bits: 66.8 E(32554): 1.7e-11
Smith-Waterman score: 276; 28.6% identity (56.3% similar) in 206 aa overlap (58-258:49-249)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 LSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDA
.: :. .. ..: :. ..::. . :
CCDS45 VLQGRLLQSHTLQVILGCEMQEDNSTEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTK
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 EYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESF---TVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLL
:. .: .: :: .. : . . . .....: : : : :. . . :
CCDS45 LEWERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVTHHVTSSV---TTL
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 VCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVST-GLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQ
: . ..:: .: ..:. . : : .. ::: :.: . : . : . ::::
CCDS45 RCRALNYYPQNITMKWLKDKQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQ
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VEHPSVTSPLTVEWRAR-SESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPT
::::.. .:: : :. : . ..::.. ::. .::.: ::: .:...: :
CCDS45 VEHPGLDQPLIVIWEPSPSGTLVIGVISGIAVFVV-ILFIGI-LFIILRKRQGSRGAMGH
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 GFLS
CCDS45 YVLAERE
260
>>CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 (263 aa)
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50 60 70 80 90 100
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:: ... :. ... :.. .... : ..
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.. :. :.: . : :.: : .:: :.. .. .:.: : ::::. . . :
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::. . : :::::.::: : .: :..::: ::: .. :. .:
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220 230 240 250 260
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